Своими действиями против противников войны на Севере и временной декларацией свободы Линкольн предоставил демократам достаточно аргументов для борьбы на предстоящих выборах Конгресса. Тем временем был уже издан популярный закон о заселении, который облегчал приобретение земли для фермеров на Западе, но последние поражения войск союза в сочетании со спадом производства и быстро растущей инфляцией привели к потерям в республиканской партии. Демократы протестовали против, по их мнению, слишком произвольной интерпретации конституции Линкольном, используя предвыборный лозунг "За конституцию, как она есть, и за союз, каким он был", и требовали возвращения отделившихся штатов без отмены рабства. Хотя отрыв республиканцев в палате представителей уменьшился с 35 до 18 мест, они сохраняли в обеих палатах Конгресса свое большинство.
В январе 1863 года демократы усилили нападки на Линкольна и его стиль ведения войны и потребовали мирных переговоров с конфедератами. На основании таких публичных высказываний был арестован и приговорен военным трибуналом к заключению в тюрьму ведущий лидер этого движения, депутат Конгресса Валландигхэм из Огайо. Линкольн, однако, позволил ему покинуть союз и уехать на Юг. Отмена президентом гарантии Habeas Corpus коснулась в этом случае даже политика. Такие меры предпринимались еще не раз, но это не привело к подавлению оппозиции администрации Линкольна на Севере. Новой внутриполитической искрой послужила военная обязанность, впервые в истории Соединенных Штатов введенная 3 марта 1863 года. Особенно спорными были положения, которые позволяли богатым американцам выставлять вместо себя подставных лиц и откупаться от военной службы. В городах усилилась напряженность, и в июле 1863 года начались волнения и уличные бои, подавленные с применением военной силы. В этих выступлениях протеста погибло более 100 человек, среди них много негров, павших жертвой судов Линча.
Только летом 1863 года Северу удалось эффективно использовать свое огромное материальное и численное преимущество. Перелом наступил в июле 1863 год а в битве под Геттисбергом в Пенсильвании, где столкнулись два войска общей численностью в 160 000 солдат, из которых три дня спустя погибло более одной четверти. Войска союза с трудом смогли удержаться, и конфедераты под руководством генерала Роберта Ли вынуждены были отступить в Виргинию. Почти одновременно войска союза под командованием генерала Улисса Гранта добились успехов на западном фронте и овладели укрепленным городом Виксбергом на Миссисипи. Теперь вся долина Миссисипи находилась в руках Севера, а Конфедерация была разрезана на две части в направлении с севера на юг. 19 ноября 1863 года в Геттисберге Линкольн произнес по поводу открытия большого солдатского кладбища свою самую знаменитую речь, Геттисбергское обращение, вошедшую в мировую литературу. Президент использовал печальный повод для того, чтобы воплотить в слове давно лелеемые мысли о смысле войны. Над могилами погибших он определил значение гражданской войны в десяти предложениях. Используя блестящие формулировки, остановился на фазе основания нации и на основных демократических ценностях, за которые Соединенные Штаты отвечают: равноправие всех людей, их право на свободу и народное правление. Он подчеркнул общность жертв, принесенных северными и южными штатами, и закончил торжественным обещанием, "что эти погибшие умерли не напрасно, что эта нация с божьей помощью переживет возрождение свободы, и что правление народа, благодаря народу и для народа, никогда не исчезнет с лица земли".
В марте 1864 года Линкольн назначил главнокомандующим Гранта, в котором нашел наконец убедительного военного вождя. Вместе с Уильямом Шерманом и Филипом Шериданом Грант осуществил план Линкольна - широкомасштабное и хорошо скоординированное наступление. Сам Линкольн, который обычно до позд ней ночи просиживал над военными книгами, взятыми из библиотеки Конгресса, разработал для Соединенных Штатов совершенно новую концепцию главного командования, согласно которой его начальник Генерального штаба (Халлек), военный министр (Стентон заменил Камерона) и главнокомандующий (Грант) получали от него самого координирующие указания. Военная гениальность Линкольна в сочетании с недогматичным подходом к комплексным, новым проблемам современного ведения войны была позже многократно оценена.
Выборы президента 1864 года вошли в историю Америки как самые важные. Народ должен был решать, нужно ли продолжать войну или нет - образованная демократами администрация должна была предложить Югу мир. Соперничество внутри республиканского лагеря и появление влиятельных претендентов на пост президента, прежде всего министра финансов Салмона Чейза, не позволяли определенно сказать, будет ли Линкольн переизбран. К тому же один срок пребывания на посту президента стал почти политической традицией, после Эндрю Джексона ни одному президенту не удалось попасть в Белый дом второй раз. В июле Линкольн был выбран кандидатом Партии союза, но еще сомневался в своем переизбрании. Настроение на Севере склонялось к компромиссному решению, и поэтому не исключалась победа демократов, чей кандидат был никто иной, как уволенный Линкольном в конце 1862 года генерал МакКлелан.
Решающей оказалась победа в сражении: взятие Атланты в Джорджии войсками союза под командованием генерала Шермана 2 сентября 1864 года резко изменило общественное настроение, успокоило внутрипартийные разногласия республиканцев и оттеснило в политический тупик демократическую партию с пропагандируемым ею предложением мира. Победу Линкольна можно было рассматривать как однозначное полномочие для продолжения войны и полного освобождения рабов. Президент быстро представил в Конгресс 13-е дополнение к конституции, где оно было принято необходимым большинством в две трети.
К моменту нового введения президента в должность гражданская война была почти выиграна. В своей второй инаугурационной речи 4 марта 1865 года Линкольн вновь затронул темы Геттисбергского обращения и протянул южным штатам руку примирения: "Без зла к кому-либо и с любовью к ближнему для всех, твердо стоя на праве, данном нам богом, будем же и дальше стремиться к тому, чтобы довести до конца начатое нами дело; перевязать раны нации... сделать все, что может дать и сохранить справедливый и длительный мир у нас самих и со всеми нациями". Так он обозначил свою позицию к реинтеграции южных штатов: снисхождение и примирение, а не наказание и расплата должны определять послевоенную фазу.
Между тем наступление Гранта на Ричмонд и еще более пресловутый "бросок к морю" Шермана, оставивший после себя следы опустошения, деморализовали Конфедерацию и положили начало ее поражению. Сначала Линкольн скептически противостоял планам Шермана, потому что, как и Грант, не понимал стратегический принцип "выжженной земли", который придал войне на заключительной фазе "тотальный" характер. 9 апреля 1865 года генерал Ли капитулировал со своей армией в Виргинии, а несколько недель спустя прекратили борьбу остатки войск Юга.
В своей последней речи Линкольн настойчиво высказывался за мирное восстановление южных штатов в союзе. Их реконструкция включала в себя, помимо уничтожения рабства, и начало конфронтации американского общества с положением освобожденных негров. Линкольн понимал фундаментальную задачу правового и политического уравнивания рабов, но еще не знал, как это практически осуществить ввиду расистских позиций на Юге, да и на Севере. Избирательного права для черных мужчин на юге можно было добиться только принуждением, что противоречило идее Линкольна о соглашении и примирении. В этой дилемме потерпел поражение и его преемник Эндрю Джонсон. Но, возможно, и сам Линкольн не был в состоянии справиться с этим чрезвычайным историческим требованием.
Несколько дней спустя после окончания войны, 14 апреля 1865 года, в ложе театра Линкольн был сражен несколькими выстрелами и в ту же ночь умер от ран. Это было первое покушение на американского президента. Покушавшийся - фанатичный и, возможно, душевнобольной южанин, актер Джон Уилкс Бут, который вместе с другими заговорщиками хотел убить ведущих политиков союза.