Как президент. Линкольн был главнокомандующим всех вооруженных сил, функция, требовавшая от него много времени и энергии. Кроме краткой службы капитаном в войне "Черных соколов" у него не было военно го опыта. Однако во время войны он развил очень скоро способность оценивать стратегическое положение и необходимые оперативные действия. В качестве первой меры он призвал все штаты союза к мобилизации 75 000 добровольцев, с которыми хотел подавить "мятеж". Население на Севере откликнулось на этот призыв с большим энтузиазмом. 19 апреля Линкольн приказал предпринять морскую блокаду, чтобы парализовать торговлю Конфедерации и пресечь ввоз военных грузов из Европы. На полях сражений лучше обученные и руководимые войска южных штатов наносили чувствительные удары союзу. После поражения при Булл-Ран в Виргинии, где северные войска были обращены в бегство в июле конфедералистами, Линкольн потребовал увеличения войск до 500 000 человек. Надежда быстро принудить мятежников к капитуляции уступила место реальной оценке, что предстоит длительная и жестокая война. Линкольн призвал в Вашингтон генерала Мак-Клелана, чтобы реорганизовать деморализованные войска, и сделал в ноябре "нового Наполеонам своим командующим - выбор, оказавшийся проблематичным. Благодаря осторожно-выжидательным действиям генерала Линкольн попал под политическое давление из его собственных рядов. Население хотело наконец увидеть победы, и к тому же Мак-Клелан принадлежал к демократической партии, что еще более усиливало скепсис прежде всего радикальных республиканцев.
Естественно, военные операции имели решающее значение для продвижения войны. С точки зрения Линкольна было очень важно найти связующую политическую концепцию, которая придала бы смысл этой борьбе. Конфедеративному правительству в этом отношении было относительно просто: южные штаты боролись за свою независимость, сохранение их основанной на рабстве общественной системы и защиту их собственной территории. Север же боролся за принцип: за единство нации - и только позже, и во вторую очередь, за ликвидацию рабства.
Только если президенту удастся внушить политическую идею, ради которой стоило приносить большие жертвы, существовала перспектива на успех. При этом Линкольн должен был получить согласие республиканской фракции, политический спектр которой простирался от консерваторов до радикалов. Так, радикальные республиканцы пропагандировали сразу же после начала войны ликвидацию рабства и требовали от президента сделать освобождение чернокожих центральной целью войны. Крыло большинства партии, как и Линкольн сам, выступали, напротив, за постепенную эмансипацию в сочетании с финансовой компенсацией для рабовладельцев и ставили борьбу за единство нации на передний план. Сознавая, что только объединившись можно будет выстоять против демократической партии, Линкольн сумел удивительным образом связать различные группировки посредством компромиссов. Это было и его заслугой, что во время его президентства шел нормальный политический процесс и наступила исторически необычная ситуация для военного времени, в которой не только военные, но и избиратели могли решать судьбу нации. Линкольн был глубоко убежден, что демократия и в военное время должна придерживаться упорядоченного политического хода событий. Действительно, двухпартийная система на Севере осталась невредимой во время гражданской войны и даже укрепляла тылы президента, так как разногласия и протесты могли быть направлены в партийно-политическое русло, чего не было на Юге.
После инцидента в форте Самтер часть демократической партии на Севере образовала "лояльную оппозицию" республиканцам и обещала администрации свою полную поддержку. Стивен Дуглас, еще недавно ярый противник президента, принадлежал теперь к его союзникам и быстро набирал добровольцев. Когда он два месяца спустя в июне неожиданно умер, демократическая партия осталась сначала без руководства. Однако на первом заседании нового Конгресса в июле 1861 года фракция продолжила политику Дугласа и поддержала предложенное Линкольном обусловленное войной законодательство.
Линкольн умело раздавал важные военные посты ведущим демократам, таким как Бенджамин Батлер из Массачусетса и Джон Логан из Иллинойса. Его второй военный министр, приведенный к присяге в начале 1862 года, Эдвин Стентон, руководил министерством юстиции в демократической администрации Бьюкенена. Его, вначале суровая, критика Линкольна скоро уступила место глубокому восхищению. Постоянно ссылаясь на принципы лояльности и патриотизма во время войны, Линкольну удалось привлечь на свою сторону часть демократической партии. Эти так называемые "военные демократы" вошли в официальную коалицию с "Партией союза", как называли себя организованные республиканцы после 1862 года из тактических соображений. Консервативные "Мирные демократы", напротив, были по-прежнему готовы вступить в переговоры с Югом для мирного разрешения конфликта и составляли большинство внутри своей партии.
Единственно приемлемое решение для президента было в отмене отделившимися южными штатами своего заявления о независимости и возвращении в союз - это открыло бы, как недвусмысленно выразился Линкольн, простор для переговоров по вопросу рабства. Прежде всего для него важно было сохранение нации, хотя он и испытывал природную неприязнь к южной общественной системе. 22 августа 1862 года он отвечал радикально-республиканскому издателю "Нью-Йорк Трибюн" Хорасу Грилий на вопрос, почему он медлит с освобождением рабов: "Моей^высшей целью в этой борьбе является сохранение союза, не сохранение или уничтожение рабства. Если бы я смог спасти союз, не освободив ни одного единственного раба, я бы сделал это, и если бы я мог спасти его, освободив всех рабов, я бы сделал это, и если бы мог спасти его, освободив одних рабов, а других не освободив, я бы сделал это. Что я предпринимаю в вопросе рабства и для цветной расы, я делаю потому, что верю, это поможет сохранить союз... Этим я объяснил здесь мое намерение, которое рассматриваю как официальный долг. И не намерен изменять мое часто высказываемое личное желание, что все люди везде должны быть свободны".
Несколько недель спустя после этого письма, 22 сентября 1862 года, когда войска южных штатов после битвы под Антейтэм вынуждены были уйти из Мериленда, Линкольн счел, что наступил подходящий момент для обнародования давно созревшего решения: он издал предварительную декларацию свободы, согласно которой все рабы, находящиеся после 1 января 1863 года в "мятежных штатах", объявлялись свободными. Это географическое ограничение должно было обеспечить лояльность населения в пограничных штатах и в уже занятых областях. Она означала также уступку умеренным избирателям на Севере, для которых уничтожение рабства не являлось мотивом для войны, но которые понимали, что этот шаг может облегчить победу союза.
Часть радикальных республиканцев критиковала декларацию, обосновывая это тем, что она освобождает рабов там, где они в настоящий момент не могут быть освобождены, а именно - на вражеской территории, и не освобождала там, где это было возможно, а именно в оккупированных областях и в пограничных штатах, примкнувших к союзу. Этот безусловно меткий аргумент, однако, не мог скрыть символическую взрывную силу декларации, которая прямо или опосредованно принесла свободу почти трем миллионам рабов.
Декларация свободы действительно революционизировала войну, которая стала борьбой за уничтожение рабства и полное изменение структуры южной общественной системы. Особенно радикальным шагом, ставшим возможным в результате обнародования декларации, был набор негров в армию северных штатов. До конца войны в войска союза вступило почти 180 000 афро-американцев. В основном они были заняты на работах, связанных с укрепительными сооружениями или за линией фронта. Некоторые подразделения, как, например, 54-й полк Массачусетса, отличились храбростью в боях.
Внешнеполитически декларация Линкольна лишила правительства Англии и Франции всякой возможности вступить в войну на стороне Конфедерации. Так как теперь речь шла о войне "за" или "против" рабства, то общественность в обеих странах, которые давно уничтожили рабство в своих колониальных областях, однозначно взяла сторону северных штатов. Линкольн отлично понимал, что декларация свободы не имела прочной конституционно-правовой основы. Только правильно изданное дополнение к конституции могло окончательно решить судьбу рабства еще до окончания войны. Без этого шага рабовладельцы юридически могли бы потребовать назад свое "имущество" - т. е. освобожденных рабов, так как декларация была действительна лишь как военная мера. Поэтому Линкольн сделал все, что было в его власти, чтобы ускорить ратификацию изданного Конгрессом 13-го дополнения к конституции об окончательном уничтожении рабства отдельными штатами.
Среди населения северных штатов после широкой поддержки войны в начале рос ощутимый скепсис, так что "мирные демократы" медленно завоевывали поддержку. Когда в конце 1862 года приблизились промежуточные выборы, то основной задачей момента для Линкольна стало усиление лояльности населения и распространение уверенности в победе. В сентябре, незадолго до декларации свободы, он впервые начал действовать против возрастающих разногласий на "внутреннем фронте". Он отменил право арестованных на судебное слушание - мера, которая юридически позволила быстро и надолго сажать в тюрьму "возмутителей спокойствия", прежде всего дезертиров и коллаборационистов. Это соответствовало лишению основного демократического права, в известной степени - "чрезвычайному закону", но это оказалось чрезвычайно щекотливым и спорным средством, которое "мирные демократы" заклеймили как диктаторское. Фактически "отцы конституции" предвидели, что такой шаг будет необходим в случае мятежа или военного вторжения, чтобы обеспечить общественную безопасность. Но текст конституции не содержал определенных данных о том, кто должен решать: президент или Конгресс. Линкольн интерпретировал положения в духе "президентского руководства" и добился своего, несмотря на возражения Верховного суда, председатель которого Тэни дискредитировал себя участием в приговоре Дрейд-Скотта в 1857 году. До 1864 года Линкольн назначил четырех новых судей. Когда в октябре 1864 года умер Тэни, Линкольн заменил его бывшим министром финансов Салмоном Чейзом, который еще раньше требовал гражданских прав для негров. После этого Верховный суд утвердил право правительства арестовывать гражданских лиц, если этого требуют военные соображения. Так гражданская война - как и другие большие войны в истории США - стала "часом исполнительной власти", и Линкольн дал последующим президентам пример, как можно полностью использовать политические и военные полномочия должности, фактически не переходя границ конституции.