После того, как истек срок мандата в палате представителей Иллинойса в 1842 году, Линкольн посвятил себя, наряду с адвокатской практикой, дальнейшим политическим задачам внутри партии вигов, оа его выдающуюся активность в поддержке кандидата Генри Клейя в предвыборной борьбе 1844 года виги выдвинули его в 1846 году в Конгресс. Он прошел подавляющим большинством голосов, но его деятельность в качестве депутата Конгресса в Вашингтоне с 1847 по 1849 год прошла без сенсаций. Благодаря неприятию популярной войны с Мексикой Линкольн создал себе больше врагов, чем друзей. Он поддержал так называемую Оговорку Вильмо, которая предусматривала запрещение рабства на всех новоприобретенных территориях, но она не прошла в сенате. В 1848 году активно поддерживал президентство генерала Закари Тейлора и после его победы был явно разочарован, не получив ожидаемого поста в правительстве. После этих двух лет, навевающих скорее уныние, он долгое время оставался в стороне от политики и посвятил себя своей процветающей адвокатской практике в Спрингфилде.
Закон Канзас-Небраска 1854 года усилил политическую поляризацию и способствовал роспуску прежней партийной системы и возникновению новой политической ситуации. Виги, северное крыло которых настаивало на однозначном отказе от рабства, потеряли поддержку на Юге, и партия распалась. Политический вакуум заполнила вновь образованная республиканская партия, которая организовала сопротивление закону Канзас-Небраска. Конфликты политически разбудили Линкольна и подстегнули к активности. В 1856 году он примкнул к республиканцам и взял на себя роль лидера в Иллинойсе. Состав партии не мог быть более неоднородным: демократы, выступающие против рабства, бывшие виги, аболиционисты, трезвенники и нативисты составляли конгломерат, основой объединения которых являлась цель не допустить дальнейшего распространения рабства. За исключением аболиционистов, эти группировки не выступали за уничтожение рабства в областях, где оно уже существовало. Для них важными были, прежде всего, новые территории, еще "свободная земля". Программа республиканцев свелась к общеизвестной формуле "Свободная земля, свободный труд, свобода слова, свободный человек".
С растущим беспокойством Линкольн наблюдал за событиями "Кровавого Канзаса^, где сторонники и противники рабства развязали партизанскую войну. Он был глубоко возмущен тем, что Верховный суд в приговоре Дрейда-Скотта в 1857 году явно оправдал рабство и тем самым практически отменил "Компромисс Миссури". Когда известный сенатор-демократ Иллинойса Стивен Е. Дуглас, главный ответственный за закон Канзас-Небраска, в 1858 году захотел выдвинуть свою кандидатуру на выборы. Линкольн выступил оппозиционным кандидатом от республиканцев. Публичные дебаты обоих политиков привлекли десятки тысяч людей: массы приезжали, частично даже специальными поездами, чтобы послушать устраиваемые в семи городах Иллинойса словесные дуэли между "Маленьким гигантом" Дугласом (1,62 м) и "высоким молокососом" Линкольном (1,9 м). Линкольн проиграл выборы, однако, благодаря словесным сражениям, которые вращались в основном вокруг рабства, привлек к себе национальное внимание и приобрел важные политические преимущества для своей дальнейшей карьеры. Речь Линкольна, лозунг которой был взят из Нового Завета (от Матфея 12, 25): "И всякий дом, разделившийся сам в себе, не устоит", особенно глубоко проникла в общественное сознание. Ее основной тезис гласил, что Соединенные Штаты не могут постоянно выносить существование рабства и свободного общества и что американцы поэтому вынуждены выбирать ту или другую систему. Когда Дуглас обвинил своего соперника в аболиционизме. Линкольн парировал теорией заговора, которая гласила, что влиятельные демократы, включая президента Бьюкенена, хотят распространить рабство сначала на новых территориях, а потом и на весь союз. Линкольн знал, что для этого нет точных доказательств, но он сознательно сделал обвинение частью своей предвыборной стратегии, которая уже тогда, как он сам признавал, имела долгосрочные перспективы. Дуглас смог защитить кресло сенатора от Линкольна благодаря своему опыту и выступлению за принцип "суверенитета народа", который предоставлял решение о допуске или запрете рабства на усмотрение штатов и территорий. В некоторых пунктах он так далеко пошел навстречу своему президенту, что его популярность на Юге резко упала. Дебаты, однако, ясно показали, что разделяло обоих: в отличие от Дугласа Линкольн считал рабство злом, которое отвергал из моральных убеждений.
В октябре 1859 года общественное волнение достигло новой высшей точки вследствие акции фанатичного, религиозно настроенного противника рабства Джона Брауна, который еще до этого в Канзасе провел политические террористические акты. Он вместе со своими сыновьями и несколькими сторонниками напал на арсенал оружия в Харперс-Ферри, Виргиния. Браун, который тайно получал поддержку от состоятельных аболиционистов Нью-Йорка, хотел этим дать сигнал к восстанию рабов на Юге. Но попытка не удалась, и Браун вскоре был повешен вместе со своими людьми. Линкольн принадлежал к тем, кто осуждал акцию Брауна из-за ее насилия. Одновременно он предостерег южан, что отделение будет не менее неправомерным и наказуемым, чем действия подпольного борца.
На партийном конвенте республиканцев в Чикаго в мае 1860 года Линкольн был выдвинут кандидатом на пост президента в третьем туре. Как компромиссный кандидат с относительно малым количеством врагов он умело обошел своих известных конкурентов Уильяма Сюарда и Салмона Чейза. Его соратником и кандидатом на пост вице-президента стал убежденный противник рабства Ганнибал Хэмлин из Мэна. Предвыборная программа республиканцев отвергала рабство на новых территориях, но не требовала его устранения в южных штатах. Она осуждала "распродажу интересов" администрацией Бьюкенена Югу, резко критиковала решение Верховного суда по делу Дрейд-Скотта, обещала в перспективе закон о быстром заселении западных областей, выступала за более свободные положения по принятию гражданства и улучшение инфраструктуры. Линкольн публично не выступал во время предвыборной борьбы, но из Спрингфилда осуществлял хорошо продуманное руководство.
Тем временем демократическая партия раскололась о вопрос рабства: ее северное крыло голосовало за Дугласа, южное за Джона Брекинриджа. И она действительно вышла на выборы с двумя кандидатами - обстоятельство, выгодное Линкольну. Обе партии вели свою предвыборную борьбу не за конкретное содержание, а за более общие ценности, которые олицетворяли кандидаты. "Честный Эйб" Линкольн идентифицировался при этом с такими качествами, которые до сегодняшнего дня составляют его миф: трудолюбие и трудовая этика, честная скромность пионера, который добился подъема из бедности и, не забывая своего происхождения и связи с народом, стал кандидатом на высшую должность. Он представлял собой не только социальную мобильность, но и честность и способность оставаться верным самому себе. Эти свойства контрастировали со скандалами и коррупцией администрации Бьюкенена. Предвыборная борьба мобилизовала американское население в невиданной до этого времени степени. 6 ноября 1860 года участие в выборах впервые превысило 80 процентов. Неудивительно, что Линкольн, который подвергался нападкам южных демократов как аболиционист и "черный республиканец", своим избранием обязан исключительно голосам Севера, хотя получил 40% голосов, отданных по всей стране, все они, с небольшими исключениями, из плотно заселенных северных штатов, так что со своими 180 голосами выборной коллегии даже при сплоченности демократов он имел недосягаемый отрыв.
Еще последовательнее, чем его предшественники, Линкольн применял протекционистскую систему при раздаче должностей. Уже весной 1861 года 80 процентов управляемых до этого демократами политических постов были заняты республиканцами. При распределении постов в кабинете Линкольн проявил большую политическую ловкость: важнейшие посты, такие как министр иностранных дел, министр юстиции и министр финансов, он отдал своим прежним конкурентам - республиканцам Уильяму Сьюарду, Эдварду Бейтсу и Салмону Чейзу.
Избрание Линкольна вызвало у южан чрезвычайную тревогу, и время до его введения в должность в начале марта оказалось тяжелым для него самого и для всей нации. Еще до этого некоторые рабовладельческие штаты грозили отделением в случае победы республиканцев, и как раз это и случилось перед Рождеством. Южная Каролина была первым штатом, который расторг свой союз с другими штатами. До 1 февраля 1861 года первой волной последовали отделения Миссисипи, Флориды, Алабамы, Джорджии, Луизианы и Техаса. Решения принимались соответственно конвентами штатов, выбранными населением. Еще находящийся в должности президента Бьюкенен допустил, чтобы отделившиеся южные штаты приняли в свое владение находящиеся на их территориях федеральные укрепления, форты и арсеналы оружия. Только две крепости, одна из них форт Самтер, расположенный на острове перед портом Чарльстоун, остались во владении союза. В начале февраля 1861 года отделившиеся штаты провозгласили "Конфедерацию штатов Америки" и сделали ее президентом бывшего сенатора и военного министра Джефферсона Дэвиса.
Стремясь восстановить национальное единство и сознавая, что штаты "верхнего Юга" пока вели себя лояльно, Линкольн в своей инаугурационной речи 4 марта избегал резких тонов. Он сравнил требование отделения с анархией, но вновь подчеркнул, что и не думает угрожать рабству там, где оно уже существует. Президент дал явно понять, что не помышляет о военном конфликте, что судьба нации находится в руках южан. Они не клялись насильно разрушить союз, в то время как он сам поклялся его сохранять, беречь и защищать.
Конфедералисты не обратили особого внимания на призыв Линкольна, а последние неохотные попытки по средничества в Конгрессе остались безуспешными. Когда президент отказался отдать форт Самтер Югу, то войска Южной Каролины ответили на это 12 апреля обстрелом форта. Гражданская война началась. Срочно отделились следующие четыре штата: Теннесси, Арканзас, Северная Каролина и Виргиния, чья столица Ричмонд стала также столицей Конфедерации. Пограничные штаты Кентукки, Миссури, Делавэр и Мериленд - все рабовладельческие штаты - сначала колебались, но после колебаний и внутренних разногласий остались в союзе. Итак, 23 штатам союза с примерно 22 миллионами жителей противостояли 11 конфедеративных штатов, в которых проживало 5,5 миллионов белых и ровно 3,5 миллиона рабов.