Бодуэну были не чужды колебания между физиолого-психологическим дуализмом и психолого-социологическим монизмом в объяснении природы языковых явлений. Эволюцию его взглядов характеризует своеобразное движение к синтезу деятельностного подхода В. фон Гумбольдта, натуралистических идей А. Шлайхера и психологических идей Х. Штайнталя, стремление видеть сущность языка в речевой деятельности, в речевых актах говорящих, а не в некой абстрактной системе (типа lalangue Ф. де Соссюра).
Бодуэн не принимает “археологического” подхода к языку и призывает к изучению прежде всего живого языка во всех его непосредственных проявлениях, наречиях и говорах, с обращением к его прошлому лишь после основательного его исследования. Бодуэн один из первых сказал о том, что нужно изучать живой язык, его диалекты (поэтому он часто совершал лингвистические экспедиции), а не "мертвые буквы", которые неизвестно как звучали в момент своего написания.
Он признаёт научным не только историческое, но и описательное языкознание, различая состояние языка и его развитие. Ему свойственно диалектическое понимание языковой статики как момента в движении языка, в его динамике или кинематике. Он указывает на возможность видеть в состоянии языка и следы его прошлого, и зародыши его будущего. Он убеждён в нарастании черт системности в процессе развития языка, призывая искать эти черты в противопоставлениях и различиях, имеющих социально-коммуникативную функцию.
Бодуэн критически оценивает теорию “родословного древа” и механистические попытки реконструкции праязыка, призывая считаться также с географическими, этнографическими и прочими факторами и признавая смешанный характер каждого отдельно взятого языка. Бодуэн допускает сознательную языковую политику.
Ученый принимает идею вспомогательного искусственного международного языка. Проблема создания общего языка для всех жителей планеты издревле волновала человеческие умы. Первый проект искусственного славянского языка известен в России еще с XVII века. Но особенно эта идея была популярна среди южных славян, которые часто подвергались нападениям как с севера, так и с юга, и они боялись ассимиляции. Бодуэн де Куртенэ изучал на практике, что такое "родство языков", и сделал научный обзор славянских языков (кстати, он не только отредактировал, но и дополнил "Толковый словарь живого великорусского языка" В.И. Даля - также выпускника Дерптского университета). А сам Бодуэн - автор первого в мире диалектного славянского словаря тончайшей транскрипции. По его записям можно и сегодня воспроизвести живую разговорную речь. Поэтому не случайно, что ученый предложил рассмотреть проект создания межславянского языка на I съезде славянских филологов и историков, который состоялся в Петербурге в 1904 году.
На материале исследования флексий польского языка он устанавливает изменения по аналогии и вводит это понятие (ещё до младограмматиков) в широкий научный обиход. Обоснование этих изменений, в отличие от младограмматиков, он ищет не в индивидуально-психологических, а социолого-психологических факторах. Вместе с тем он не принимает младограмматическое понимание звуковых законов, указывая на противоречивость и многочисленность одновременно действующих факторов звуковых изменений. Бодуэн тщательно описывает звуковую сторону диалектов ряда славянских языков и литовского языка. При этом он пользуется собственной фонетической транскрипцией с множеством дополнительных знаков.
Бодуэну принадлежит одна из первых в мировой лингвистике структурно-типологическая характеристика различных видов письма. Он делает попытки осмыслить специфику регламентированной письменной речи в отличие от устной.
В языке выделяются три уровня: “фонетическое строение слов и предложений”, “морфологическое строение слов” и “морфологическое строение предложений”. Различаются также три стороны: “внешняя” (фонетическая), “внеязыковая”, включающая в себя семантические представления, и “собственно языковая” (морфологическая — при самом широком понимании этого термина; эта сторона языка образует его “душу” и обеспечивает специфическое для каждого языка соединение звуковой стороны и семантических представлений). Синтаксис предстаёт как “морфология высшего порядка”. Бодуэн вводит в научный обиход понятие морфема. Слово в составе предложения характеризуется как минимальная синтаксическая единица (синтагма).
И.А. Бодуэн де Куртенэ акцентирует роль социологии, которая — наряду с индивидуальной психологией — должна служить объяснению жизни языка. Он подчёркивает необходимость обращения к объективной истории общества, обеспечивающего непрерывность общения между людьми во времени, от поколения к поколению.
Бодуэн опережал свое время, он сделал несколько гениальных предсказаний о связи лингвистики с другими науками - психологией, антропологией, социологией, биологией и заложил основы таких наук, как психолингвистика и социолингвистика. Ученый первым начал применять в лингвистике математические модели и был зачинателем нового направления - экспериментальной фонетики.
Различаются горизонтальное (территориальное) и вертикальное (собственно социальное) членение языка. Он проявляет глубокий интерес к жаргонам и тайным языкам, признаёт реальность языков отдельных индивидов и (по мало понятным причинам) отказывается признавать реальность общенародного языка. Язык характеризуется как орудие “миросозерцания и настроения”. В этой связи Бодуэн призывает изучать народные поверья, предрассудки и т.п. Он понимает язык как главный признак, служащий определению антропологической и этнографической принадлежности людей. Он провозглашает равенство всех языков перед наукой. Ему присущ большой интерес к лексикографическим проблемам, проявившийся в работе над переизданием “Толкового словаря живого великорусского языка” В.И. Даля.
Бодуэн разрабатывает принципы типологической классификации славянских языков (по долготе—краткости гласных и по функции ударения), а также проводит типологические исследования других индоевропейских языков и урало-алтайских языков. Ему принадлежит пророческое утверждение о внедрении в будущем в языковедческие исследования математического аппарата. Поэтому он всемерно поддерживает шаги по созданию в стране лабораторий экспериментальной фонетики. Им создаются не только учебник, но и первый в университетской практике сборник задач по введению в языковедение.
Любопытны мысли ученого и о преподавании языков, в том числе для иностранцев, которые он выразил в статье “Значение языка как предмета изучения”. “Из всех общественных или психолого-социальных проявлений, - писал ученый, - язык представляет самое простое, самое богатое и вместе с тем постоянно, беспрерывно наличное в умственном мире каждого человека. Перед объектами естественных наук язык имеет то технически-педагогическое преимущество, что он всегда, так сказать, под рукою, он всегда присущ, и при его наблюдении не требуется никаких особенных приборов и приспособлений”. “Но выстроить правильно процесс преподавания очень сложно. Нужно подготовить такие учебники, чтобы они могли "приохочивать к занятию этим языком, а не запугивать учащихся”.
Так, ученый критикует автора “Учебника русского языка для немцев” А. Быстрова за “называние букв звуками...”. Такое же недопустимое смешение букв и звуков Куртенэ находит и в “Русском букваре для польских детей” В. Хорошевского.
Дело в том, что основные принципы Казанской школы языкознания строго различали звуки и буквы. Например, в некоторых случаях - ель, боец, отъезд, елка, прием, вьюга, ясный, обезьяна - буквы е, ё, ю, я обозначают сочетание двух звуков ([й] + гласный). А в словах типа мера, поселок, клюв, сяду - один гласный звук [э], [о], [у], [а] и мягкость предшествующего согласного.
Бодуэн помимо работы в университете преподавал в первом классе Казанской гимназии. О своем опыте он подробно рассказал на первом съезде преподавателей русского языка в военно-учебных заведениях. Широко известен такой пример.
Профессор задал вопрос: “Какой корень у слова “власть”?” Ученик не смог ответить. Тогда Бодуэн задает новый вопрос:
- Ну а какой глагол в связи с этим словом?
- Владеть, - последовал ответ.
- Какой корень в слове “владеть”?
- Влад.
- А в слове “власть”?
- Влад.
- Как же это так?
- “Д” перед “т” переходит в “с”!
В России значительную роль в развитии общей фонетики сыграли труды Ивана Александровича Бодуэна де Куртенэ (Казанская лингвистическая школа), а также его учеников — Василия Алексеевича Богородицкого и Льва Владимировича Щербы: именно Бодуэном де Куртенэ и Щербой было положено начало теории фонемы (фонологии). Таким образом, фонология зародилась в России в 70-80 гг.
И.А. Бодуэн де Куртенэ строит первую в мировой науке о языке теорию фонемы. Как он сам писал, существует "несовпадение физической природы звуков с их значением в механизме языка для чутья народа". То есть материальный элемент языка – “звук речи” - не совпадает с основной фонетической единицей, которую Бодуэн называл фонемой. Определения фонемы у ученого менялись, но фонема всегда понималась им как психическая сущность, "некоторое устойчивое представление группы звуков в человеческой психике". Правда, эта теория не была понята его современниками - она появилась слишком рано. Но в XX веке она оказала решающее воздействие на развитие фонетики.
Ученый исходит из осознания неустойчивой природы звуков речи как явлений физических, ставя им в соответствие устойчивое психическое представление (названное взятым у Ф. де Соссюра термином фонема, но трактуемое совершенно иным образом). Фонема понимается как “языковая ценность”, обусловленная системой языка, в которой функцию имеет лишь то, что “семасиологизировано и морфологизировано”.