Тепер був для нього саме час, щоб почати впорядковувати усякі справи в свойому краї. Але він не міг нічого зробити через одне: через те, що ніяк не можна було домовитися з Польщею. В Польщі був такий лад, що ніякий закон не мав сили, коли його не ствердить польський сейм (збори уповноважених польських). Але шляхта, з котрої був той сейм, не хотіла давати козакам прав і ніяких умов з ними не хотіла складати. Виходило так, що король і радніший би був додержати умови, наділити козаків більшими правами, але не сила його була: шляхта гукала «не позволю!» А звичай був у Річі Посполитій такий, що коли б навіть усі згоджувалися на щось, а один гукнув «не позвалям!», то нічого не можна було подіяти. Так сталося і тепер, що сейм не ствердив умови Короля з козаками, і Сагайдачний мусів навіть оддати назад Київ. Мабуть, була б почалася велика війна козаків з Польщею, бо до Сагайдачного багато народу пристало у козаки, але тут сталася одна несподівана річ, і сейм мусів поступитися дечим козакам. Сталося те, що Турецькому урядові надокучило все жалітись та жалітись Польщі на козаків, а нічого з того не виходило. Тоді він надумав зібрати таке велике військо, щоб піти на Польщу і Україну і геть їх зруйнувати, — щоб пустиня тільки осталася, та й та була під турецькою владою. Турецький султан зібрав більш як 300.000 війська, а Польща ледве спромоглася на 57 тисяч.
Не одну серйозну битву виграв цей видатний полководець. І ось він повів козацькі полки на Хотинську війну. Величезне турецьке військо перейшло Дністер. Султан Осман вирішив раз і назавжди покінчити з Ляхистаном (так турки називали Польщу). Король Сигізмунд попрохав у Сагайдачного допомоги. Під проводом Сагайдачного прийшло сорок тисяч козаків, які й вирішили долю битви під Хотином. Але для гетьмана вона стала останньою. Його було важко поранено, і через рік — 1622-го — він помер. Ховали його як національного героя.
На часи Сагайдачного припадає небувале раніше піднесення сили й воєнного авторитету Запорожжя. Ще зовсім недавно гетьмани водили в походи кількатисячне військо, а в Сагайдачного під рукою постійно було понад сорок тисяч козаків. При ньому побудовано цілий козацький флот, що здійснив під його керівництвом кілька блискучих морських походів. Вольовий, непохитний і владний у своїх рішеннях, Сагайдачний, бувало, не раз викликав нарікання козаків, які починали бунтувати проти ним заведеної залізної дисципліни. Тоді сходилися на раду й обирали іншого гетьмана, а коли знову наставала якась скрута, всі нараз згадували про Сагайдачного, били йому чолом і просили повернутися на гетьманування. Сагайдачний брав у руки булаву — ознаку гетьманської влади — і вів полки по морю чи по суходолу й одержував чергову перемогу.
Відомий український письменник Андрій Чайковський вивчив за хроніками всі походи легендарного гетьмана. Ось тільки вісім років з ратного життя запорожців при Сагайдачному: «В році 1608-му руйнують запорожці береги Анатолії. В 1612-му і 1613-му роблять походи на Молдавію, а в тім часі розбивають татар над рікою Самарою. В році 1614-му руйнують козаки анатолійський город Синоп. В році 1615-му нападають на Царгород, столицю турецького султана, грабують і палять передмістя і відпливають із здобиччю. Тоді мало не попався в козацький полон сам султан турецький. Розбивають турецький флот, що пустився навздогін за ними, збирають турецькі кораблі і палять їх під Очаковом, на очах турецького війська. В році 1616-му руйнують запорожці турецьке місто Трапезунд. Всі ті походи своєю справністю, сміливістю, геройством перевищують усе, що людська фантазія може видумати. Супроти того турецьке військо є безсиле...»
Мало хто з наших гетьманів (можливо, тільки Іван Мазепа) зробив стільки для освіти й культури рідного краю, як Петро Сагайдачний. Упродовж свого гетьманування він жертвував значні кошти для монастирів та шкіл. З його іменем пов'язано народження славетної Київської колегії, що згодом стала називатися Києво-Могилянською академією. Питання захисту православної віри й поширення просвіти в рідному краю гетьман постійно тримав у полі зору. Коли в Києві організовувалося братство, яке ставило собі за мету відстоювати права українського народу й розповсюдити в Україні науки, Сагайдачний не тільки гаряче підтримав його, а й записався до нього разом з усім кошем
Запорозьким, виділивши для братства значні кошти. За часів його гетьманування Київ став справжнім центром культурного українського життя. При київських монастирях друкувалися книги, розквітли науки, медицина, ремесла. Сагайдачний був чоловік визначний і дуже корисний для народного діла. Він вернув Україні споконвічний громадський виборний устрій в житті світському та церковному і тим додав Українському народові сили на дальшу боротьбу.
Поховано Сагайдачного у церкві Богоявленського Київського Братства; але могили його тепер знайти не можна, бо якраз на тому місці, де вона була, у початку XVIII в. постановлено стіну нової церкви; там під нею могила й зосталася.
Про гетьмана Жмайло знаємо зовсім мало. Ім'я Жмайла згадується в історичних джерелах набагато рідше, аніж імена попередників, — особливо Петра Конашевича-Сагайдачного, чи наступників — Михайла Дорошенка, Павла Павлюка чи Тараса Трясила. Історія відвела йому місце порівняно скромніше.
Через два роки після смерті Сагайдачного польська шляхта значно посилила тиск на український люд. Вона закривала церкви, переслідувала священиків. Козаки послали до польського уряду депутацію з вимогами не переслідувати українську людність за віру, а також розширити їхні права, як це обіцяв зробити король напередодні битви під Хотином, де вирішальну роль відіграло 42-тисячне запорозьке військо. Але Варшава вже давно забула свої обіцянки. Шляхту вельми непокоїв дух козацької вольності, лякало зростання воєнної могутності козаків, які здійснювали успішні походи на Стамбул, Трапезунд і шукали собі союзників то в Росії, то в Криму, Швеції чи Ірані.
У відповідь на козацькі вимоги Польща вислала проти козаків каральну експедицію — тридцять тисяч жовнірів під орудою коронного гетьмана Станіслава Конецпольського, яка мала втихомирити незадоволених порядками. Шляхта вважала, що будь-які козацькі домагання своїх прав треба вбивати в зародку.
Запорожці кілька разів робили спроби порозумітися з Конецпольським, посилали до нього на переговори своїх представників, але нічого з того не виходило. Польща нічим не хотіла поступатися. Військо Конецпольського вперто насувалося на козацькі полки, очолювані гетьманом Марком Жмайлом. Козаки вирядили до нього посла і прохали, щоб він заждав, поки вернеться з Запоріжжя гетьман їхній Жмайло, а самі зібрали раду у Каневі. 3.000 козаків не схотіли робити згоду з поляками, вийшли з міста і пішли до Черкас, а за ними подався і Конецпольський.
У Черкасах зійшлися усі козаки (було їх коло 20.000) і знову вислали до Конецпольського послів з тим самим проханням, але знов нічого не вийшло. Тоді вони подалися далі під містечко Боровицю; звідтіль знов висилали послів до Конецпольського і, не згодившись, знову пішли далі до Крилова, і там вже зійшлися з гетьманом Жмайлом і запорожцями. Тоді Конецпольський прислав їм такі тяжкі умови про згоду, що на них вони ніяк не могли пристати, і ЗО жовтня сталося бойовище. Козаки одважно билися, та нічого не вдіяли; через те рушили табором і подалися нижче по Дніпру до м. Старого-Городища; там вони отаборилися над Еуруковим озером. Тут обложив їх Конецпольський своїм військом. Довго билися вони з поляками, але через те, що їх було дуже мало, мусіли скоритися і 6 листопада, на урочищі Ведмежі Лози, над тим таки Куруковим озером, сталася згода. Козаки своїх ватажків не оддали, а мусіли змінити тільки гетьмана Жмайла, і на його місце обрали собі за гетьмана Михайла Дорошенка. Його затвердив польський гетьман. Найголовніші пункти умови такі:
-щоб козаків тільки 6.000 у реєстр було записано;
-щоб військо те було під зверхністю „старшого", якого вони самі виберуть, але затверджуватиме коронний гетьман;
-усі-ж не вписані в реєстр козаки повинні вернутися під своїх старост та дідичів—панів, і всі землі, що пробилися козацькими, мусіли вернути панам. Козаки обіцяли не ходити походами на сусідні держави і спалити всі свої чайки.
На Січі вибори гетьмана. Козаки вигукують одне ім'я, друге, третє...
І у відповідь на кожне здіймається гул заперечення: «Боязливий!», «Обережний», «Дуже на Польщу оглядається!» Здається, на цій раді так і не буде знайдено того, хто заслуговує честі стати новим козацьким проводирем. І тут хтось вигукує ім'я Михайла Дорошенка. Мовчить у задумі натовп. Нічого заперечити — розумний, відважний, самостійний, Цей на Польщу не оглядатиметься, перед королем і шляхтою не колінкуватиме. Отож і ухвалили: віднині Михайло Дорошенко — їхній ватаг.
Після передчасної смерті Петра Сагайдачного смутні часи настали для козацтва. Ніяк не щастило наступникам славного гетьмана — Дмитрові Барабашеві, Яцьку Бородавці й Оліферові Голубу — відстоювати всі ті права й привілеї, що їх здобув своєю політикою Сагайдачний. Польща знову прибирала до рук Україну. Знов оббирала до нитки селян, руйнувала церкви. Новими королівськими указами урізалася кількість війська Запорозького. А тут і татари розперезалися, бо відчули, що після Сагайдачного немає в краю владної руки, яка рішуче кинула б їм назустріч козацькі полки. В такий нелегкий час взяв до рук гетьманську булаву Михайло Дорошенко.