Перестройка жилой части дворца началась с 1492 г. 5 апреля этого года великий князь со всей семьей переселился на новый двор князя Ивана Юрьевича Патрикеева, а «старый свой двор велел разобрати». В качестве временного жилища для великого князя был поставлен «двор деревян за Архангелом». Во время страшного пожара 16 июля 1493 г., уничтожившего почти все деревянные строения Кремля и значительную часть посада, сгорел и временный великокняжеский деревянный двор. Иван III принужден был перебраться из Кремля в «крестиянские» (посадские) дворы, стоявшие вблизи церкви Николы Подкопаева у Яузы. В ноябре он возвратился в Кремль, в выстроенные для него новые деревянные хоромы.
Каменный дворец, построенный ца подклети, производил на современников: большое впечатление. Главный фасад его был обращен к дворцовой площади, с которой в верхний парадный и жилой этажи вели три лестницы: одна из них, южная, начиналась от паперти Благовещенского собора, другая, «красная» (парадная), непосредственно примыкала к Грановитой палате; между ними находилась средняя лестница. Все три лестницы заканчивались передними переходами, носившими название верхнего «Красного» крыльца. Отсюда одна дверь вела в. сени Грановитой палаты,а другая—в «каменные сени». Последние сообщались с группой комнат, также служивших для парадных приемов: Средняя, или Золотая палата, Столовая изба, Брусяная изба, Средняя брусяная изба, Брусяная изба выходная, Набережная малая палата, Набережная большая палата. В северной. стороне дворца находились: Наугольная палата', Постельная изба с сенями, Проходная палата к хоромам великой княгини, хоромы великой княгини и ее-приемная (Западная палата). Южный фасад дворца, заканчивавшийся вблизи церкви Рождества Предтечи, занимали Набережные терема, к которым с внутренней стороны прилегал «сенник» с различными покоями.
Постройка кремлевских стен началась с южного участка, обращенного к Москве-реке. 19 июля 1485 г, Антон Фрязин заложил на месте старых Чишковых (или Шешковых) ворот «стрельницу» (башню), а под нею вывел «тайник», т. е. скрытый под землей ход к реке, позволявший беспрепятственно снабжать защитников Кремля водой в случае неприятельской осады. От этого тайника произошло название башни «Тайнипкая».
В 1487 г. была построена угловая Беклемшпевская стрельнипа, а в 1488 г. заложена выше по течению реки другая стрельнипа с тайником, на месте старой Свиб-ловой башни.В 1490 г. поставили две стрельницы: одну—у Боровицких, а другую — у Константино-Еленинских ворот; одновременно была построена стена от Свибло-вой стрельницы до Боровицких ворот. Этими работами была закончена постройка кремлевских стен, обращенных к Москве-реке. В следующем году приступили к постройке укреплений восточного фасада, составлявшего вторую сторону треугольника кремлевских стен. В 1491 г. заложили две стрельницы: Фроловскую (Спасст;ая башня) и Никольскую, в 1492 г.— крайнюю угловую стрельницу с тайником, который вел к реке Неглинной, а также стену, соединявшую Фроловскую стрельницу с Никольской.
Наибольшие трудности представляла постройка стен западной части Кремля, расположенной по высокому берегу Неглинной, где необходимо было предварительно произвести сложные работы по укреплению береговой возвышенности. Кроме того, правый берег Неглинной был густо застроен деревянными церквами и жилыми дворами, что при небольшой ширине речки было опасно в пожарном отношении и давало врагу хорошее укрытие во время осады крепости. В 1493 г. повелением великого князя «церкви сносиша и дворы за Неглимною; и постави меру от стеньг до дворов сто сажень да девять»1. Расстояние в 109 саженей примерно равнялось дальности- полета стрелы. В 1495 г. стена на участке, обращенном к Неглинной, была заложена «не по старой основе,—града прибавиша». С постройкой стены по Неглинной сомкнулся треугольник укреплений Кремля.
В 1508 г. после возведения последних стен и башен производились работы по устройству водяного рва, шедшего вдоль восточной стены Кремля и соединявшего Неглинную с Москвой-рекой. Ров, по данным 1701 г., имел ширину в подошве от l^js до 16 саженей, вверху —17 саженей и глубину — от 41/^ до 6 саженей2. Вода поступала из Неглинной и удерживалась во рву посредством шлюзов.
Длина всего обвода Кремля составляла 2270 м. В плане линия стен, если исключить небольшую кривизну, представляла фигуру, почти равнобедренного треугольника. Но в то же время каждая сторона имела ряд небольших исходящих и входящих углов, чем достигалось хорошее фланкирование подступов. Всего таких углов (кроме вершины треугольника) насчитывалось около 25. На основании обследования и раскопок есть данные предполагать, что не только фундамент,, но и вся нижняя часть стены были сложены из белого камня (постепенно, при ремонте выкрошившихся наружных частей она была облицована кирпичом).
В соответствии с рельефом местности высота стен колебалась в пределах от 8 до 17 метров. Наиболее высокие стены были построены с восточной стороны, не имевшей естественной водной преграды. Наоборот, с северо-западной стороны, где подход затруднялся руслом болотистой Неглинной, стены заметно понижались. Толщина стен была почти одинаковой (4—5 метров). Наверху стен была устроена довольно широкая площадка, защищенная зубцами, которая "служила для обхода стен поверху. С внешней стороны защитники крепости могли быть прикрыты парапетом с зубцами, часть которых имела прорези для стрельбы.
На каждой стороне треугольника стен было воздвигнуто по 7 башен (считая угловые для каждой стороны). Таким образом, всего было построено 18 башен, некоторые "были проездными. В настоящее время проездными являются башни:
Боровицкая и Троицкая— на северо-западной, Фроловская (Спасская) и' Никольская — на восточной стороне.
Каждая башня с точки зрения условий обороны представляла собой как бы самостоятельную крепость. Она могла бы защищаться и в том -случае, если бы соседние участки крепостной стены были заняты противником. В толще стены на всем ее протяжении были устроены внутренние ходы, которые соединяли между собой все башни.
Впереди проходных башен были построены для прикрытия ворот «отводные стрельницы» в виде невысоких квадратных башенок. Через водяной ров, проходивший с восточной стороны, были переброшены у Фроловских и Никольских ворот подъемные деревянные мосты. Для цепей подъемных мостов были сделаны особые щели в башнях. Троицкая башня соединялась с противоположным берегом Неглинной каменным мостом, опиравшимся на арочное основание; по бокам моста были устроены парапеты с зубцами.
Позднейшие перестройки несколько изменили первоначальный вид Кремля, хотя основная часть его сохранилась от XV в. Башни сначала не имели высоких перекрытий, сооружение которых относится к XVII в., и заканчивались площадкой с зубчатыми прямоугольными выступами и низкой конусообразной кровлей, дававшей прикрытие защитникам и предохранявшей верхнюю часть башен от разрушения; Деревянная кровля шла также вдоль всей стены.
Система обороны Кремля была связана с сетью подземных сооружений — тайников, часть которых предназначалась для укрытия людей и, может 'быть, ценностей, а часть — для обеспечения защитников водой (тайники к Москве-реке, и внутренние колодцы).
С точки зрения военно-инженерного искусства ростовский Кремль представлял собой выдающееся сооружение соответствующее всем требованиям оборонительной техники XV века.