Наукова діяльність
Поряд активної громадської і літературної діяльності, Франко продовжував свої студії, спочатку в Чернівецькому університеті (1891 р.), готуючи дисертацію про І. Вишенського, згодом у Віденському; там 1 липня 1893 захистив докторську дисертацію у відомого славіста В. Яґіча про духовний роман «Варлаам і Йоасаф».
Могила Івана Франка у Львові. Скульптор Литвиненко Сергій1894 р. Франко габілітувався у Львівському університеті з історії української літератури, але професури не здобув через опір намісника Бадені і галицьких реакційних кіл. У 1894—1897 рр. Франко разом з дружиною Ольгою видавав часопис «Житє і Слово», в якому серед інших з'явилась його стаття «Соціалізм і соціал-демократизм» (1897 р.) з гострою критикою української соціал-демократії й соціалізму Маркса й Енгельса. Критику марксизму, як «релігії, основаної на догмах ненависти і класової боротьби», Франко продовжив у передмові до збірки «Мій Ізмарагд» (1897 р.).
З 1894 р., з приїздом М. Грушевського до Львова, Франко тісно співпрацював з НТШ (1899 р. став його дійсним членом, 1904 р. — почесним), публікуючи у «ЗНТШ» більшість своїх наукових праць, історико-літературних нотаток, рецензій; Франко працював також в Етнографічній Комісії, очолював Філологічну Секцію НТШ (1898—1908 рр.). Саме завдяки Франку і Грушевському НТШ стало фактичною академією наук напередодні війни 1914 р. 1898 р. українська громада урочисто відзначила 25-літній ювілей літературної діяльности Франка. Покинувши в 1897 р. журналістику, до чого призвела його стаття у віденській газеті «Die Zeit», в якій він назвав Міцкевича поетом зради (Der Dichter des Verrates), Франко повністю віддається спільно з Грушевським і В. Гнатюком редагуванню «Літературно-Наукового Вісника»; фактично вся редакція була в руках Франка.
Останні роки життя
З 1908 р. стан здоров'я Франка значно погіршився, однак він продовжував працювати до кінця свого життя. За останній період він написав «Нарис історії українсько-руської літератури» (1910 р.), «Студії над українськими народними піснями» (1913 р.), здійснив велику кількість перекладів з античних поетів. 1913 р. вся Україна святкувала сорокарічний ювілей літературної праці Франка.
Помер Іван Франко у Львові, похований на Личаківському цвинтарі.