Министр издаёт приказы и инструкции, даёт указания по вопросам деятельности министерства и подведомственных организаций.
Юридические особенности функций и полномочий федеральных министерств определяются, во-первых, прежде всего, тем, является ли министерство органом отраслевого или межотраслевого управления; во-вторых, спецификой порученных им сфер и отраслей. Министерства межотраслевой компетенции осуществляют преимущественно функции координации и регулирования, а также решают конкретные вопросы в порядке реализации данной функции.
Министерства отраслевой компетенции осуществляют разноплановые функции, «привязанные» к функционированию и развитию соответствующей отрасли. Они участвуют в формировании государственной политики, а также обеспечивают её проведение в отрасли; разрабатывают и реализуют федеральные целевые и отраслевые программы по развитию отрасли; выступают государственными заказчиками продукции, используемой в отрасли и т.д.
Вместе с тем каждое отраслевое министерство выполняет разнообразные задачи и функции соответствующего отраслевого профиля.
Государственные комитеты по определению должны быть и многие из них действительно являются коллегиальными органами. Государственный комитет возглавляется его председателем, который по должности не входит в состав Правительства. Только в тех случаях, когда статус комитета приравнивается к статусу федерального министерства, а его председателя — к статусу министра, председатель входит в состав Правительства.
Наряду с решающим коллегиальным органом в государственном комитете образуется коллегия в составе председателя комитета (председатель коллегии), его заместителей, руководящих работников комитета и подведомственных ему организаций.
В положениях о такого рода государственных комитетах дифференцируется компетенция комитета как коллегиального органа, его председателя, коллегии, в том числе и правовые формы их решений. Чаще всего комитеты принимают по вопросам своей компетенции постановления, а их председатели — приказы, инструкции, дают указания. Постановления являются межведомственными актами, а акты председателя издаются по внутриведомственным вопросам.
Государственные комитеты, являющиеся единоначальными органами, строятся обычно по модели министерств.
Федеральные ведомства (комитеты, службы и т.д.). Помимо министерств и государственных комитетов к федеральным органам исполнительной власти относятся ведомства в их разнообразных формах — комитеты, службы, агентства. Правовое положение их большинства также имеет общие черты. Перечень ведомств утверждается Президентом Российской Федерации. Он же образует их и утверждает положения о них, либо поручает решение данного вопроса Правительству. Руководители ведомств назначаются на должность и освобождаются Президентом, как правило, не входят по должности в состав Правительства.
Ведомства являются самостоятельными органами исполнительной власти и не могут входить в состав министерств и государственных комитетов. Они, за установленными исключениями, осуществляют свою деятельность под руководством Правительства Российской Федерации.
Среди ведомств имеются органы отраслевой, межотраслевой компетенции, по конкретным проблемам, имеющим значение для Российской Федерации в целом или её субъектов (например, космическое агентство). Среди них имеются коллегиальные и единоначальные органы.
Характерным для правового положения большинства федеральных органов исполнительной власти является то, что они находятся в ведении Правительства Российской Федерации (за исключением органов, подведомственных Президенту Российской Федерации по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, либо в соответствии с законодательными актами Российской Федерации).
В положениях о конкретных федеральных органах вопрос о подчинении их Президенту Российской Федерации решается по-разному. В одних случаях применяется вышеизложенная формулировка, в других устанавливается, что тот или иной орган подведомственен Президенту по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, и подчиняется Правительству Российской Федерации. Следует иметь в виду, что независимо от различий в формулировках во всех случаях, когда руководитель федерального органа входит в состав правительства, такой орган в той или иной степени ему подчиняется.
К федеральным органам исполнительной власти, подведомственным Президенту Российской Федерации по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, либо в соответствии с законодательными актами Российской Федерации относятся, например, министерства обороны, внутренних дел, иностранных дел, юстиции, Федеральная служба охраны Российской Федерации, Служба внешней разведки Российской Федерации, Федеральное агентство правительственной связи и информации, Федеральная пограничная служба Российской Федерации, Федеральная служба налоговой полиции Российской Федерации и др.
Таким образом, Президенту Российской Федерации напрямую подчинены в основном органы, представляющие атрибуты государства как политической организации, обладающей аппаратом принуждения.
Однако характер конституционных полномочий Президента таков, что в силу необходимости их осуществления в сфере его ведения оказываются другие федеральные органы исполнительной власти. Не оговорены также ограничения для законодательного решения этого вопроса. Формальность проступает особенно ярко при понимании того, что Президент Российской Федерации назначает и освобождает от должности руководителей этих органов.
Проблема в другом: прямое подчинение федеральных органов исполнительной власти Президенту Российской Федерации ограничивает полномочия Правительства Российской Федерации по руководству соответствующими органами, ослабляет его влияние на них и контроль их деятельности.
Руководители федеральных органов (министерств и др.) обладают рядом однородных полномочий в решении определённых вопросов. Они утверждают структуру и штатное расписание центрального аппарата данного органа; в пределах предоставленной компетенции назначают и освобождают работников; утверждают положения о структурных подразделениях органа и решают другие вопросы.
Руководители этих органов несут персональную ответственность за выполнение возложенных на возглавляемые ими органы задач и осуществление ими своих функций.
В зависимости от характера функций и полномочий федеральные органы исполнительной власти могут быть сведены с известным допуском условности в следующие группы:
a) Органы, осуществляющие руководство отраслями, либо их однородными комплексами;
b) Органы, осуществляющие межотраслевое регулирование и координацию;
c) Органы контроля и надзора, осуществляющие в пределах предоставленной им компетенции специализированные функции вневедомственного значения;
d) Органы по определённым общегосударственным социально-экономическим и иным проблемам;
e) Иные органы, выполняющие специфические по своему характеру функции.
Федеральные органы исполнительной власти функционируют в сфере:
a) Экономики. Это министерства топлива и энергетики; экономики; сельского хозяйства и продовольствия; природных ресурсов; торговли; Государственный земельный комитет; Федеральная служба лесного хозяйства; Федеральная служба по валютному и экспортному контролю; Федеральный горный и промышленный надзор и др.
b) Социально-культурной деятельности. Министерства общего и профессионального образования; культуры; науки и технологий; труда и социального развития; здравоохранения; Государственные комитеты по делам молодёжи; по кинематографии; по физической культуре и туризму; по печати; Федеральная служба по телевидению и радиовещанию и др.
c) Административно-политической деятельности. Министерства обороны; иностранных дел; внутренних дел; юстиции; региональной политики; по делам Содружества Независимых Государств; Федеральная пограничная служба; Служба внешней разведки; Федеральная служба налоговой полиции; Федеральная служба охраны Российской Федерации и др.
В настоящее время нет нормативно-правовых актов, которые бы устанавливали общие основы правового положения федеральных органов исполнительной власти.
Объём и характер их полномочий определяются особенностями порученных им отраслей и сфер деятельности.
Федеральные органы, действующие в экономической и социальной сферах, осуществляют общее руководство соответствующими отраслями.
Как правило, предприятия, учреждения и организации выведены из их прямого административного подчинения по вопросам их основной деятельности. В компетенцию федеральных органов исполнительной власти не входит всестороннее руководство этими объектами.
Главные функции федеральных органов — анализ состояния, прогнозирование и определение основных направлений развития профильных сфер и отраслей; создание более благоприятных условий для работы соответствующих предприятий, учреждений и организаций, в установленных случаях лицензирование их деятельности; получение и обработка информации по вопросам компетенции данного органа.
Федеральные, в том числе отраслевые, органы лишены права непосредственного распорядительства в отношении предприятий, учреждений и организаций. Свои функции они выполняют путём подготовки проектов решений, принимаемых Президентом или Правительством Российской Федерации, а также издания собственных нормативно-правовых актов. По строго определённым вопросам, требующим безотлагательного решения, отдельные Министерства наделяются распорядительными полномочиями. Например, Министерство путей сообщения по вопросам обеспечения безопасности движения; Министерство по атомной энергии — по вопросам, связанным с обеспечением эксплуатации соответствующих объектов и др.