Для этого, прежде всего следовало наладить постоянную сеть сообщений, а необходимость защиты центральной власти от неблагоприятных случайностей, всегда возможных в той обстановке, в которой возникала монгольская держава, требовала прочной организации ставки верховного правителя государства и надежных мер для ее охраны. В осуществлении этих мероприятий и других, относящихся к разряду административных, Чингисхан с самого начала проявил огромный организационный талант.
Его ставка стала истинным центром зарождающейся великодержавности. Для связи, для передачи его приказов в народ он организовал отряд верховых, по нашей терминологии ординарцев или курьеров, которые "как стрелы" разлетались во все подвластные земли. В степном государстве, при отсутствии современных понятий о почте, телеграфе и железных дорогах, организация таких конных курьеров являлась чрезвычайно разумным нововведением, еще нигде до Чингисхана не практиковавшимся, по крайней мере, в таком крупном масштабе; позднее эта организация была введена во всей Монгольской державе, получив дальнейшее развитие в виде учреждения сети "ямов" - ямских станций, являвшихся, с одной стороны, этапами для передачи и дальнейшего препровождения почты, а с другой - подставами для должностных лиц и курьеров, которым были доверены особо важные письменные или словесные распоряжения и сношения. Когда монархия Чингисхана получила характер Мировой Империи, распространившись и на Россию и Китай, сеть ее линий сообщений обратилась в огромное государственное учреждение, обслуживавшее не только правительственные, но и частные потребности в сношениях, что открыло доступ в сердце Монголии путешественникам даже из далекой Европы: Плано Карпини, Рубруку и Марко Поло. Чингисхан хотел доставить торговле такие удобства и такую безопасность, чтобы можно было, как он выражался, во всей его империи носить золото на голове, как обыкновенные сосуды, не подвергаясь ни грабежу, ни притеснениям.
В то время как Чингисхан деятельно работал таким образом по сплочению своего молодого государства, враги его не дремали. Джамуха сумел приобрести среди подвластных ему вождей племен такое значение, что они, собравшись однажды на берегу реки Аргуни, провозгласили его "Гурханом", что значит "Всенародный хан"; это было прямым вызовом Чингис-хану, тем более что в этом провозглашении сыграла роль враждебная ему коалиция, в которой участвовали его собственные дяди (со стороны матери), вождь суровых меркитов Тохта-беги, а также сын престарелого Ван-хана, пытавшийся вести свою собственную, отличную от отцовской, политику.
Чингисхан со свойственной ему осторожностью обеспечил себя поддержкой со стороны своего союзника Ван-хана; после этого он выступил в поход и в 1202 г. нанес своему бывшему названому брату и его союзникам, меркитам решительное поражение. Джамуха бежал; подвластные ему роды подчинились победителю.
Начало завоеваний
При поддержке Тоорил-хана силы Темучина стали постепенно расти. К нему стали стекаться нукеры; он совершал набеги на соседей, умножая свои владения и стада. Он отличался от остальных завоевателей тем, что в ходе сражений старался сохранить в живых как можно больше человек из улуса противника, чтобы в дальнейшем привлечь их к себе на службу.
Первыми серьёзными противниками Темучина оказались меркиты, действовавшие в союзе с тайчиутами. В отсутствие Темучина, они напали на становище Борджигинов и угнали в плен Бортэ (по предположению, она была уже беременна и ждала первого сына Джучи) и вторую жену Есугея — Сочихэл, мать Бельгутая. В 1184 году (по приблизительным подсчетам, исходя из даты рождения Угэдэя), Темучин с помощью Тоорила-хана и его кереитов, а также Джамухи из рода джаджиратов (приглашенного Темучином по настоянию Тоорил-хана) разгромил меркитов в первом в своей жизни сражении в междуречии слияния рек Чикоя и Хилок с Селенгой на территории нынешней Бурятии и вернул Борте. Мать Бельгутая, Сочихэл, отказалась вернуться назад.
После победы Тоорил-хан отправился в свою орду, а Темучин и Джамуха остались жить вместе в одной орде, где они снова заключили союз побратимства, обменявшись золотыми поясами и конями. По прошествии некоторого времени (от полугода до полутора) они разошлись, при этом многие нойоны и нукеры Джамухи присоединились к Темучину (что послужило одной из причин неприязни Джамухи к Темучину). Отделившись, Темучин приступил к устройству своего улуса, создавая аппарат управления ордой. Старшими в ханской ставке были поставлены два первых нукера — Боорчу и Джелме, командный пост получил Субэдэй-багатур, в будущем знаменитый полководец Чингисхана. В этот же период у Темучина появляется второй сын Чагатай (точная дата его рождения не известна) и третий сын Угэдэй (октябрь 1186 года). Свой первый маленький улус Темучин создал в 1186 году (1189/90 годы также являются вероятными) и имел 3 тумена (30 000 человек) войска.
Джамуха искал открытой ссоры со своим андой. Поводом стала гибель младшего брата Джамухи — Тайчара — при его попытке угнать из владений Темучина табун лошадей. Под предлогом мести, Джамуха со своим войском в 3 тьмы двинулся на Темучина. Сражение произошло у гор Гулегу, между истоками реки Сенгур и верхним течением Онон. В этом первом большом сражении (по основному источнику «Сокровенное сказание монголов») потерпел поражение Темучин.
Первым крупным военным предприятием Темучина после поражения от Джамухи была война против татар совместно с Тоорил-ханом. Татары в то время с трудом отбивали атаки цзиньских войск, вступивших в их владения. Объединенные войска Тоорил-хана и Темучина, примкнув к войскам Цзинь, двинулись на татар. Сражение произошло в 1196 году. Они нанесли татарам ряд сильных ударов и захватили богатую добычу. Правительство чжурчжэней Цзинь, в награду за разгром татар, присвоило степным вождям высокие титулы. Темучин получил титул «Джаутхури» (военный комиссар), а Тоорил — «Ван» (князь), с этого времени он стал известен как Ван-хан. Темучин стал вассалом Ван-хана, в котором Цзинь видела наиболее могущественного из правителей Восточной Монголии.
В 1197—1198 гг. Ван-хан без Темучина совершил поход против меркитов, разграбил и ничего не уделил своему названному «сыну» и вассалу Темучину. Это положило началу новому охлаждению. После 1198 года, когда Цзинь разорила кунгиратов и другие племена, влияние Цзинь на Восточную Монголию стала ослабевать, что позволило Темучину овладеть восточными районами Монголии. В это время умирает Инанч-хан и найманское государство распадается на два улуса, во главе Буйрук-хана на Алтае и Тайан-хана на Чёрном Иртыше. В 1199 Темучин вместе с Ван-ханом и Джамухой, общими силами напали на Буйрук-хана и он был разбит. По возвращении домой, путь загородил найманский отряд. Бой было решено провести утром, но ночью Ван-хан и Джамуха скрылись, оставив Темучина одного в надежде, что найманы покончат с ним. Но к утру Темучин узнал об этом и отступил, не вступая в бой. Найманы же стали преследовать не Темучина, а Ван-хана. Кереиты вступили в тяжелый бой с найманами, и, в очевидности гибели, Ван-Хан направляет гонцов Темучину с просьбой о помощи. Темучин отправил своих нукеров, среди которых отличились в бою Боорчу, Мухали, Борохул и Чилаун. За свое спасение Ван-хан завещал после смерти свой улус Темучину.
В 1200 году Ван-хан и Темучин выступили в совместный поход против тайчиутов. На помощь к тайчиутам пришли меркиты. В этом бою Темучин был ранен стрелой, после чего всю последующую ночь его отхаживал Джелме. К утру тайчиуты скрылись, оставив многих людей. Среди них был Сорган-Шира, спасший когда-то Темучина, и меткий стрелок Джиргоадай, который сознался, что именно он стрелял в Темучина. Он был принят в войско Темучина и получил прозвище Джебе (наконечник стрелы). За тайчиутами была организована погоня. Многие были перебиты, некоторые сдались в услужение. Это была первая крупная победа, одержанная именно Темучином.
В 1201 году некоторые монгольские силы (включавшие татар, тайчиутов, меркитов, ойратов и другие племена) решили объединиться в борьбе против Темучина. Они приняли присягу верности Джамухе и возвели его на престол с титулом Гур-хан. Узнав об этом, Темучин связался с Ван-ханом, который незамедлительно поднял войско и прибыл к нему.
В 1202 году Темучин самостоятельно выступил против татар. Перед этим походом он издал приказ, согласно которому под угрозой смертной казни категорически запрещалось захватывать добычу во время боя и преследовать неприятеля без приказа: начальники должны были делить захваченное имущество между воинами только по окончании боя. Жестокое сражение было выиграно, и на совете, собранном Темучином после битвы, было решено уничтожить всех татар, кроме детей ниже тележного колеса, как месть за убитых ими предков монголов (в частности за отца Темучина).
Весной 1203 произошло сражение войск Темучина с объединенными силами Джамухи и Ван-хана (хотя Ван-хан не хотел войны с Темучином, но его уговорили его сын Нилха-Сангум, ненавидевший Темучина за то, что Ван-хан отдавал тому предпочтение перед своим сыном и думал передать ему кереитский престол, и Джамуха, утверждавший, что Темучин объединяется с найманским Тайян-ханом). В этом сражении улус Темучина понёс большие потери. Но был ранен сын Ван-хана, из-за чего кереиты покинули поле боя. Чтобы выиграть время, Темучин начал отправлять дипломатические послания, целью которых было разобщить как Джамуху и Ван-хана, так и Ван-хана с сыном. В то же время ряд племён, не присоединившихся ни к одной из сторон, создал коалицию против как Ван-хана, так и Темучина. Узнав об этом, Ван-хан напал первым и разбил их, после чего начал пировать. Когда об этом донесли Темучину, было принято решение молниеносно напасть и застать противника врасплох. Не делая даже ночных остановок, войско Темучина настигло кереитов и наголову их разбило осенью 1203 года. Улус кереитов перестал существовать. Ван-хан с сыном успели бежать, но натолкнулись на караул найманов, где Таян-хан велел срубить голову Ван-хану. Сын Ван-хана смог сбежать, но был убит позднее уйгурами.