С начала 1860-х гг. в стране начался экономический кризис, что ряд историков связывает с отказом Александра II от промышленного протекционизма и переходом к либеральной политике во внешней торговле. Так, в течение нескольких лет после введения либерального таможенного тарифа 1857 г. ( к 1862 г.) переработка хлопка в России упала в 3,5 раза, а выплавка чугуна сократилась на 25%.Либеральная политика во внешней торговле продолжалась и в дальнейшем, после введения нового таможенного тарифа 1868 г. Так, было подсчитано, что по сравнению с 1841 годом импортные пошлины в 1868 г. снизились в среднем более чем в 10 раз, а по некоторым видам импорта – даже в 20-40 раз. По словам М.Покровского, «таможенные тарифы 1857-1868 гг. были самыми льготными, какими пользовалась Россия в 19 столетии…» . Это вызывало неизменный восторг либеральной прессы, которая в то время доминировала над другими экономическими изданиями. Как пишет историк, «финансово-экономическая литература 60-х годов дает почти сплошной хор фритредеров…». При этом реальное положение в экономике страны продолжало ухудшаться: современные экономические историки характеризуют весь период до конца царствования Александра II и даже до второй половины 1880-х гг. как период экономической депрессии.Вопреки целям, декларированным крестьянской реформой 1861 г., урожайность в сельском хозяйстве страны не увеличивалась вплоть до 1880-х годов, несмотря на стремительный прогресс в других странах (США, Западная Европа), и ситуация в этой важнейшей отрасли экономики России также лишь ухудшалась. Впервые в России в царствование Александра II начались периодически повторявшиеся голодоморы, которых в России не было со времен Екатерины II и которые принимали характер настоящих бедствий (например, массовый голод в Поволжье в 1873 г.).Либерализация внешней торговли привела к резкому увеличению импорта и сокращению экспорта. Если ранее торговый баланс России был все время положительным, то в течение царствования Александра II происходило его непрерывное ухудшение. Начиная с 1871 г. он все время сводился с дефицитом, достигшим к 1875 г. рекордного уровня 162 млн. рублей или 35% от объема экспорта. При этом на основной продукт русского экспорта – зерно – цены на внешних рынках с 1861 по 1880 гг. выросли почти в 2 раза. В дальнейшем же они начали падать, что лишь еще более усугубило проблему дефицита внешней торговли и привело к настоящей финансовой катастрофе, с которой пришлось столкнуться Александру III в начале его царствования.Единственной отраслью, которая быстро развивалась, был железнодорожный транспорт: сеть железных дорог в стране стремительно росла, что стимулировало также собственное паровозо- и вагоностроение. Однако развитие железных дорог сопровождалось массовыми злоупотреблениями и резким ухудшением финансового положения государства. Так, государство гарантировало создаваемым частным железнодорожным компаниям полное покрытие их расходов и еще поддержание за счет субсидий гарантированной нормы прибыли. Результатом были огромные бюджетные расходы на поддержание частных компаний, в то время как последние ради получения государственных субсидий искусственно завышали свои расходы.Для покрытия огромных расходов государство впервые начало активно прибегать к внешним займам (при Николае I их почти не было). Займы привлекались на чрезвычайно неблагоприятных условиях: комиссия банкам составляла до 10% от суммы заимствования, кроме того, займы размещались, как правило, по цене 63-67% к его номиналу. Таким образом, в казну поступало лишь чуть более половины от суммы займа, но задолженность возникала на полную сумму, с полной же суммы займа производился и расчет ежегодных процентов (7-8% годовых). В результате объем государственного внешнего долга достиг к 1862 г. 2,2 млрд. руб., а к началу 1880-х годов – астрономической суммы в 5,9 миллиардов руб. М.Н.Покровский сравнивал резкий переход к политике внешних заимствований при Александре II с открытием банки скоропортящихся консервов – как только банка была откупорена, процесс разложения российской экономики начался «с молниеносной быстротой» .Если при Николае I (вплоть до 1858 г.) поддерживался твердый курс рубля к золоту, то после перехода к либеральной экономической политике он был отменен, начались инфляция и обесценение рубля. Неоднократные попытки вновь ввести твердый курс рубля не дали результата, и правительство отказалось от попыток стабилизации курса рубля и обуздания инфляции вплоть до конца царствования Александра II.
В течение царствования Александра II произошел заметный рост коррупции. Так, многие вельможи и знатные персоны, близкие ко двору, учреждали частные железнодорожные компании , которые получали на беспрецедентно льготных условиях государственные субсидии, разорявшие казну. Например, ежегодная выручка Уральской железной дороги в начале 1880-х годов составляла всего лишь 300 тыс. руб., а ее расходы и гарантированная акционерам прибыль – 4 млн. руб., таким образом, государству приходилось только на содержание одной этой частной железнодорожной компании ежегодно доплачивать из своего кармана 3,7 млн. руб., что в 12 раз превышало доходы самой компании . Помимо того что вельможи сами выступали в качестве акционеров железнодорожных компаний, последние платили им, в том числе лицам, близким к Александру II, крупные взятки за те Другим примером коррупции может служить размещение государственных займов (см. выше), значительную часть которых (порядка 45%) присваивали различные финансовые посредники, что также является беспрецедентным примером разбазаривания государственных средств.Есть и примеры «фаворитизма» со стороны самого Александра II. Как писал Н.А.Рожков, он «бесцеремонно обращался с казенным сундуком… раздарил свои братьям ряд роскошных имений из казенных земель, построил им на казенный счет великолепные дворцы».В целом характеризуя экономическую политику Александра II, М.Н.Покровский писал, что она была "растратой средств и сил, для народного хозяйства совершенно бесплодная и вредная… О стране просто забыли" . Русская экономическая действительность 1860-х и 1870-х годов, писал Н.А.Рожков, «отличалась грубо-хищническим характером, расточением живых и вообще производительных сил ради самой элементарной наживы»; государство в этот период «в сущности, служило орудием для обогащения грюндеров, спекулянтов, вообще – хищнической буржуазии» .