Политика владетелей Джунгарского ханства по отношению к России в значительной степени определялась характером и состоянием отношений западных монголов с маньчжурской империей Цин: в период военных поражений правители Джунгарии стремились заручиться военной поддержкой со стороны русского правительства и даже поднимали, как это было в 1720 г., вопрос о российском подданстве. Однако, как только угроза разгрома и вообще военное давление со стороны Китая ослабевало, русско-джунгарские противоречия вновь обострялись.
В треугольнике - Китай - Россия - Джунгария положение российской стороны было наиболее предпочтительным. Цинская империя и Джунгарское ханство искали союза с Россией, однако последняя не извлекла из этого существенных выгод.
Воспользовавшись междоусобицами среди ойратских князей, Цинская империя в 157-1758 гг. буквально стерла с лица земли Джунгарское ханство и его население. Неверная оценка ситуации и слабость военных сил в Сибири определили политику невмешательства России в происходящие события, позволили Цинам беспрепятственно расправиться со своим доселе могучим противником. Лишь несколько десятков тысяч ойратов и алтайцев спаслись под защитой русских крепостей.
После завоевания империей Цин Джунгарского и Яркендского ханств в 1757 г. границы китайского государства подступили к территориям современного Казахстана. В это же время Центральная Азия стала зоной интересов Российской империи. В первой половине XVIII в. состав Российской империи вошли Малый и Средний Жуз. После завершения присоединения восточных казахских земель (Большой Жуз) к России (1822-1882 гг.) встал вопрос о взаимных границах Российской и Цинской империй.
В эпоху правления династии Цин были подписаны три главных документа, относящихся к российско-китайской границе: Пекинский дополнительный договор от 2 ноября 1860 г., Чугучакский протокол от 25 октября 1864 г. и Санкт-Петербургский договор от 12 февраля 1881 г. Первый из них наметил лишь общее направление границы, а второй определял прохождение границы по основным общеизвестным географическим ориентирам. В 1881 г. Россия возвратила Китаю Илийский край, в связи с чем требовалось уточнить границу от Джунгарских Ворот до территории Киргизии, а также в районе озера Зайсан. В дополнение к этим основополагающим документам представителями синьцзянских провинциальных властей, с одной стороны, и Омской и Верненской администрации - с другой, были составлены и подписаны Хабарасуский протокол 1870 г., Бараталинский протокол от 16 октября 1882 г., Майкапчагайский протокол от 31 июля 1883 г., Алкабекский протокол от 23 августа 1883 г., Тарбагатайский (Чугучакский) протокол от 21 сентября 1883 г. Таким образом, линия границы была юридически оформлена в полном объеме.