С образованием Казахского ханства власть Шайбанидов из рода Абулхайра на территории Восточного Дешт-и Кыпчака прекратилась. Часть кочевых узбеков (групп из племен кыпчаков, карлуков, уйгуров, кунгратов и других) ушла во главе с ними в начале XVI в. в Мавераннахр. На территории Казахстана оставшиеся племена отошли под власть казахских ханов. Воспользовавшись ослаблением государства Тимуридов, Шайбаниды захватили власть в Средней Азии.
Одним из крупных государственных объединений, возникших в ходе распада Золотой Орды, была Ногайская Орда. Она занимала в XIV—XV вв. часть территории Западного Казахстана. Первоначально, с конца XIV в., это объединение племен между Уралом и Волгой называлось “Мангытским юртом”, по названию одного из наиболее крупных его племен. Обособление Ногайской Орды, как полунезависимого владения, началось еще при Едыге, который был крупным деятелем в Золотой Орде, фактически державшим в своих руках власть в ней около 15 лет (1396—1411). Едыге воевал с Тохтамышем, ставил подставных ханов в Золотой Орде, в период феодальных смут и усобиц пытался усилить Ногайский улус. Был убит в 1419 г. Позднее вожди мангытов ориентировались на восточных соседей, были союзниками Абулхайр-хана. Окончательно Ногайская Орда обособилась к середине XV в., усилившись при сыне Едыге Hyp ад-Дине (1426—1440).
Границы Ногайской Орды, как и других кочевых государств, менялись в зависимости от внешнеполитической обстановки. Ко второй половине XV в. ногаи вышли за пределы левобережья Урала и стали занимать кочевья “узбеков”, продвигаясь все дальше к востоку и югу. Занятый сырдарьинскими городами, набегами в Среднюю Азию, Абулхайр не противодействовал ногайцам. Они могли пополнить контингент его кочевых подданных. Кочевья ногаев на северо-востоке простирались уже до Сибири (земли юго-восточнее Тюмени назывались Ногайской степью), на юго-востоке они временами кочевали у Сырдарьи, берегов Аральского моря. Здесь их правители Ваккас-бий мангыт, Муса-мирза, Ямгурчи и др. помогли Абулхайру в захвате городов на Сырдарье. Позднее ногайцы то воевали, то вступали в союзные отношения с казахскими ханами. В середине XVI в. Хакк-Назар-хана называли в источниках “ханом казахов и ногаев”.
Этнический состав Ногайской Орды до определенного периода, периода завершения консолидации тюркских народностей региона, был близок к составу племен Ак-Орды и Ханства Абулхайра. В составе его были тюркские и тюркизированные монгольские племена и племенные объединения. Помимо мангытов, в Ногайскую Орду входили кыпчаки, канглы, кунграты, найманы, уйшуны, карлуки, ктай, аз(ас), алшин, тама и др. Ногайская Орда возникла как этнопо-литическое объединение; входившие в нее племена составили основу ногайской народности, сформировавшейся к концу XV в.
Во второй половине XV в. появилось название народности “ногаи”, под которым они стали известны соседним народам. В ногайском обществе XIV—XVI вв., как и в других обществах окружающего кочевого мира, существовали раннефеодальные отношения, при этом сохранялись многие черты патриархально-родового уклада. На высшей ступени сословной лестницы находились князья, ханы, мурзы, султаны, баи; они стояли во главе орд, улусов, аулов, решали все экономические вопросы жизни соплеменников. Владея огромным богатством, а оно заключалось главным образом в многочисленных табунах лошадей, верблюдов, отарах овец, стадах крупного рогатого скота, ногайская степная аристократия распоряжалась и кочевьями, пастбищами, охотничьими угодьями, хотя формально на них сохранялась родовая общинная собственность.
В XVI в. устанавливаются торгово-экономические и политические связи Ногайской Орды с Русским государством. История Ногайской Орды теснейшим образом связана с историей соседних ханств Поволжья и Сибири, Средней Азии и Казахстана. Особенно близко связана история ногайцев с историей кочевые узбеков и казахов. Часть ногайцев, кочевавшая от Эмбы до Сырдарьи, находилась в постоянных контактах с казахами.
После присоединения Казанского и Астраханского ханств к России и в связи с междоусобицами среди ногайского правящего рода, Ногайская Орда распалась на несколько самостоятельных орд. Часть ее населения на территории Казахстана вошла в состав Младшего жуза казахов. Ногайские орды в период раздробленности в XVI—XVIII вв. за пределами Казахстана находились в определенных отношениях с Крымским ханством и Российским государством. На северо-востоке часть ногайских родов отошла под власть сибирских владетелей. Владения Ногайской Орды в этом направлении доходили до Иртыша, граничили с территорией Сибирского ханства.
Сибирское ханство с 60-х гг. XV в. до конца XVI в. вместе с территориями Западной Сибири, землями по Оби, Тоболу, Ишиму, охватывало и часть территории современного Северо-Восточного Казахстана, земли правобережья Иртыша. До этого в XIV в. здесь существовало Тайбугинское политическое объединение тюркских племен, главенствующую роль среди которых играли киреиты. Южнее в XIV — начале XV вв. располагались земли Ак-Орды; до Иртыша и Алтая доходили владения ханов Могулистана.
Основное население Сибирского ханства составляли тюркоязыч-ные племена, известные под собирательным этнонимом “сибирские татары”, и угорские племена. В источниках упоминаются владения ханов Сибирского ханства (из династии Шайбанидов) на среднем течении Тобола, Ишима, Иртыша, землях до Ямышевского озера. Территории юго-восточнее по Иртышу занимали уже в XVI в. ойраты (джунгары или калмаки). На северных территориях распавшегося в начале XVI в. государства Могулистан, по верхнему течению Иртыша, к востоку от Тарбагатая, в верховьях Или, шел процесс политического объединения ойратских племен. Сибирские ханы и ойратские тайши в XV—XVI вв. были постоянными соперниками казахских ханов на северных и восточных границах Казахстана, которым приходилось в долгой борьбе отстаивать свои земли.