2005 год был отмечен новой эскалацией насилия. За год в результате боевых действий в Афганистане погибло в общей сложности 1500 человек, наибольшее число после свержения режима талибов[22]. Возросли потери американского контингента и сил ISAF. В июне был сбит американский вертолёт MH-47, погибло 16 военнослужащих частей специального назначения — наибольшая единовременная потеря США с начала войны. В августе 17 испанских военнослужащих погибли в очередной вертолётной катастрофе. Увеличилось число атак с применением самодельных взрывных устройств. Тем не менее, в сентябре правительству Карзая удалось успешно организовать и провести выборы в парламент (хотя эти выборы были попросту только официальной частью, на деле же в классическом понимании выборов проведено полностью не было).
3.4. 2006: НАТО в Южном Афганистане
С января 2006 года началось размещение войск ISAF на юге Афганистана. Костяк группировки в этом районе составила британская 16-я воздушно-штурмовая бригада, усиленная канадским, голландским и другими контингентами. 1 августа НАТО приняло от США командование международными силами на юге страны; новая миссия, взятая на себя Североатлантическим альянсом, упоминалась как самая опасная за 57 лет существования организации[23]. Но ещё в середине мая силы ISAF начали операцию «Горный прорыв», ознаменовавшую возобновление активных боевых действий в Афганистане после четырёхлетнего затишья. Операция проводилась в провинциях Гильменд, Забуль, Кандагар, Пактика, Урузган, в ней принимали участие более 11 тыс. военнослужащих международных войск. Талибы, успевшие укрепиться в этих районах, оказывали серьёзное сопротивление. «Горный прорыв» закончился в июле. За ним последовали операции «Медуза» (сентябрь) и «Горная ярость» (сентябрь 2006 — январь 2007). Они также сопровождались интенсивными боевыми действиями.
Результаты наступления сил международной коалиции на юге Афганистана были неоднозначными. Командование ISAF сообщало, что талибы были выбиты из ряда районов и понесли существенные потери (так, было заявлено об уничтожении 1100 талибов во время «Горного прорыва»[24] и ещё около 500 во время «Медузы»[25]). Однако полный успех достигнут не был, а потери международной коалиции тоже оказались значительными. Крупнейшей единовременной потерей была катастрофа британского разведывательного самолёта «Нимрод» 2 сентября, в которой погибло 14 человек[26]. О возросшей интенсивности боевых действий говорит тот факт, что, к примеру, канадский контингент в июле—сентябре 2006 года потерял погибшими 21 человека — больше, чем за предыдущие четыре года пребывания в Афганистане[27].
3.5. 2007: Наступление Альянса
В 2007 году на юге Афганистана продолжались боевые действия. И талибы, и силы НАТО проявили наибольшую активность в провинции Гильменд. Осенью 2006 года британские войска покинули город Муса-Кала, центр одноимённого округа в Гильменде, передав контроль местным старейшинам. Талибы воспользовались этим и в феврале 2007 года заняли город, что стало их крупнейшим успехом с начала войны. В Муса-Кале были введены законы шариата, закрыты школы, а местных жителей принуждали платить большой налог[28]. В ответ на действия талибов войска НАТО провели в провинции крупные операции «Ахиллес» (март—май) и «Ластай Куланг» (май—июнь). Большим успехом международной коалиции стало убийство 12 мая известного полевого командира муллы Дадуллы, командовавшего всеми силами Талибана на юге. Однако Муса-Кала оставалась в руках талибов, которые были выбиты из города лишь в результате трёхдневного сражения в декабре. Это была первая операция со значительным участием новой афганской армии.
Хотя в других районах Афганистана ситуация оставалась более спокойной, в октябре и ноябре на севере страны было проведено первое крупное наступление против талибов. В двухэтапной операции под кодовым названием «Харекате Йоло» участвовали немецкие, норвежские и афганские подразделения.
Рост интенсивности боевых действий привёл к тому, что международные силы в ряде случаев наносили удары по гражданским объектам, что приводило к гибели мирных жителей. Достаточно большую известность получил инцидент, произошедший 4 марта 2007 года в округе Шинвар (Нангархар), когда специальное подразделение морской пехоты США было атаковано террористом-смертником и открыло беспорядочную стрельбу, жертвами которой стали до 20 мирных афганцев[29][30]. Наиболее трагический случай имел место 2 августа в округе Багран (Гильменд), где в результате авиаудара, направленного против двух полевых командиров, погибло и было ранено от 200 до 300 человек (по свидетельствам местных жителей)[31].
3.6. 2008: Контрнаступление талибов из Вазиристана
В 2008 году общая ситуация в Афганистане была неоднозначной. Талибы постепенно оправлялись от нанесённых альянсом ран и собирались с силами. Этому способствовал соседний Вазиристан (северо-западная область Пакистана на границе с Афганистаном). Тем более что проживающие в Вазиристане пуштуны отвергнуть просьбы талибов о помощи никак не могли. В результате талибы получили в Вазиристане надёжное убежище, кроме того действующие в Вазиристане тренировочные лагеря способствовали не только отдыху но и параллельно военной подготовке талибов для последующих диверсий на территории Афганистана против сил НАТО. Таким образом, весеннее контрнаступление талибов было простой формальностью и являлось лишь вопросом времени. Целью талибов на этот раз стал небольшой приграничный с Пакистаном уезд Гармсер. Он занимал стратегически важное расположение. Для талибов это уезд был необходим прежде всего из-за того что он находился близ Пакистанской границы да ещё и в труднодоступной местности. С точки зрения перевалочного лагеря, в который можно было перебрасывать новых боевиков, боеприпасы, оружие это было идеальное место для талибов. Таким образом в апреле-мае 2008 года в уезде Гармсер состоялись серьёзные боевые действия между силами контингента НАТО, АНА (Афганской национальной армией) и талибами. Кончилось всё тем, что талибы осуществили штурм города Мусакала в котором погибло 350 чел. и закрепились в уезде. 1 мая командование НАТО заявило, что уезд полностью очищен от талибов. Это относительное затишье продолжалось две недели, после чего силы талибов нагрянули в уезд вновь и стали досаждать силам НАТО партизанскими набегами. На 14 мая численность талибов составляла около 500 боевиков, а на 24 мая силы движения Талибан составляли уже 1000 чел. Таким образом, Министерство обороны Афганистана и НАТО (до этого отрицавшее информацию о присутствии талибов в этом регионе) вынуждены были возобновить военную операцию в Гармсере. Надо сказать, что талибы применили довольно хитрую тактику, которую использовали ещё против советских войск. Талибы сначала провели эвакуацию населения, отвели основные силы в Пакистан, и оставили лишь небольшие отряды обстреливающие противника. После чего силы НАТО захватили регион и успокоились. Далее талибы на Пакистанской границе осуществляли перегруппировку сил, пополнение боеприпасов, продовольствия, и проникновение в уезд. Результаты успехов Талибана были налицо. Силы альянса НАТО потеряли 70 человек. Такие потери для НАТО были довольно масштабны. Усугубляли ситуацию и трещащие по швам взаимоотношения между американскими силами (действующими в рамках операции «Несокрушимая свобода»), силами ООН (Красный крест и другие гуманитарные организации, действующими отдельно от союзного блока НАТО), и непосредственно союзными войсками НАТО (ISAF) в частности канадцами, голландцами, англичанами, французами и др. Все они действовали несогласованно, а зачастую сами по себе. Эти проблемы сказались на мобильной оперативности НАТО в целом. Кроме того существовали разногласия по осуществлению основного командования над всеми войсками союзников (оно переходило то к американцам, то к англичанам). И хотя в 2008 г. британцы и голландцы согласились на продолжение американского командования во всём афганском регионе, это было унизительным шагом, прежде всего для британцев. Вся эта дискуссия была очень показательна в плане нестабильности союзных войск в Афганистане.
Талибы в целом продолжали нагнетать обстановку по всей стране. В апреле было организовано покушение на президента Афганистана Хамида Карзая.
В июле 2008 г. было осуществлено нападение на Кандагарскую тюрьму с последующей военной акцией по освобождению 400 заключённых членов Талибана.
Февраль 2008 г. Талибы осуществляют одну из своих самых дерзких операций против сил НАТО. Целью операции являлся Пакистанский маршрут снабжения НАТО, по которому осуществлялось 80 % поставок натовского контингента. В результате непрерывных атак талибами военных конвоев Североатлантического альянса, НАТО было вынуждено обратиться с просьбой к России предоставить им воздушный коридор через территорию РФ. Это было естественно дороже, чем сухопутное снабжение. Талибы назвали эту операцию настоящим достижением к осуществлению слома позиций военного контингента НАТО в Афганистане. Таким образом, Талибан собирался взять измором Натовские войска и выдавить их из страны.