21 травня 1698 року король Авґуст II особисто дякував полковнику С. Палію за військову службу і присланого «язика». У листі до Фастова польський монарх обіцяв, що «людей, прибувших з ним (полонених татарином - Т.Ч.), уконтенуємо, пошлемо і тобі уконденування, щоб вірно служили». З козаками, що привезли до Варшави полоненого, король відсилає на Правобережжя 4000 злотих і особистий дарунок для Палія. Така мізерна сума грошей не задовільнила потреби козацтва, зважаючи на те, що вони вже більше року не отримували належної плати. «І так рік ще винні зарплату і барви на Військо Козацьке, і зараз важко їх без зарплати випровадити на кампанію», - писав С.Яблоновський до короля. Зважаючи на вимоги козацького посольства, яке перебувало у Варшаві наприкінці літа 1698 р., Авґуст II повідомляв С. Палія: «... консистенція, що належить для твоїх молодців буде надана». Але вже у наступному році ситуація у польсько-українських відносинах докорінно змінюється. Вальний сейм 1699 року приймає постанову про заборону утримання «козацької міліції» - саме так трактувалися українські козацькі полки польськими політиками. Хоча невеликі регіменти правобережних полків запрошувались для проведення окремих військових операцій польської армії і після сеймового рішення. Влітку 1700 року невеликий загін української кінноти брав участь в облозі коронними військами Риги. І знову, як в попередні роки, козаки скаржилися на те, що від Авґуста II «плати зовсім немає».
Звернення правобережної старшини до московського царя і гетьмана про політичну і військову допомогу не мали успіху. Тому восени 1700 року С.Палій домовляється з коронним гетьманом С.Яблоновським про припинення обопільних військових дій. Але невдовзі дипломатичні заходи Палія та інших полковників правобережного Війська Запорозького щодо примирення з урядовими колами Польщі перестають діяти. Настійливі прохання правобережної старшини до гетьмана Мазепи про приєднання їхніх полків до Лівобережної Гетьманщини, зважаючи на міжнародну ситуацію, закінчуються безрезультатно. У 1701 році польська коронна армія розпочала широкий наступ на козацьку державність Правобережної України, а С.Палій припиняє всілякі політичні відносини з королем та його підопічним, оголосивши свої володіння «вільною козацькою областю». На землях Київщини, східних частинах Поділля та Волині влітку 1702 року почалося всенародне повстання проти влади Речі Посполитої, яке сучасники порівнювали з революційними подіями середини XVII ст. С.Палій разом з іншими правобережними полковниками відмовився від протекції польського монарха і заявив про присягу «найпотужнішому Пану Царю Московському і Вельможному Й.М. Пану Гетьманові Мазепі»,
Повстання на Правобережній Україні, які сучасники порівнювали з «другою Хмельниччиною» швидко охопило не тільки Київщину та Брацлавщину, але й східні частини Поділля і Волині. З вересня 1702 року козаки під керівництвом С.Папія облягали головну польську фортецю Правобережжя Білу Церкву. Тільки 10 листопада вона була відбита у польської залоги, а полковник Палій переніс сюди свою резиденцію з Фастова. Інші козацькі полки під керівництвом Самуся та А. Абазина оволоділи Немировим, Бердичевим, Баром, Бушею, Рашковим, Староконстянтиновим та іншими містами. Весною 1704 року влада козацької старшини поширилась майже на все Правобережжя.
Однак цей виступ був жорстоко придушений спільними польсько-російськими зусиллями, і чи не вперше у практиці міжнародних відносин один з пунктів Нарвського договору між Річчю Посполитою та Московщиною (19 серпня 1704 року) «присвячувався» одному з керівників визвольного руху. Виходячи з домовленностей між обома державами, полковник С.Палій «або добрим, або злим способом мав повернути фортеці і міста, які в нещодавнім українськім замішанні взяв» до володінь Корони Польської.
В зв'язку з тим, що Палій не припиняв військових дій проти Польщі, його було заарештовано лівобережним гетьманом І.Мазепою, який мав виконувати угоду, прийняту російським царем. Цей вчинок гетьмана був продиктований також можливістю зайняття Правобережної України військом Лівобережної Гетьманщини. Таким чином Правобережжя і Лівобережжя опинялись під єдиним гетьманським управлінням.
Майже рік перебував славетний козацький полковник у батуринській в'язниці. У 1705 році за наказом Петра І його було відправлено на заслання до сибірського містечка Тобольськ. Але коли І.Мазепа у 1709 році виступив проти Москви, то Палія, знову ж таки за особистим наказом царя, повернули з далекого Сибіру. Він ще бере участь, на боці російських військ у сумнозвісній Полтавській битві 1709 року, однак підірване у засланні здоров'я дає про себе знати. Тим не менш, повернувшись до Фастова, де проживала його друга дружина Феодосія, він знову займає уряд полковника і продовжує боротьбу з польською шляхтою за право володіти Правобережною Україною. Лише смерть перервала багаторічне стремління Семена Палія звільнити правобережних українців від польської влади і об'єднати Україну - у січні 1710 року його з почестями поховали на території старовинного Межигірського монастиря.
Головною історичною заслугою Семена Палія є відродження в останніх десятиліттях XVII - на початку XVIII ст. Правобережної України, де козацька старшина під його вмілим керівництвом відновлювала і запроваджувала традиційні форми, місцевої української адміністрації періоду Визвольної війни. Отримавши у середині 80-х років королівські привілеї на освоєння спустошених земель, козацькі полковники у наступні роки почали легітимізувати ними свою владу над територіями, де розміщувались їхні полки. З часом, органи козацького самоврядування почали перетворюватися у державні інститути гетьманської України, які існували тут з 1648 по 1676 роки. Козацький військовий устрій поступово трансформувався у самостійну політичну структуру, відроджуючи Правобережну Гетьманщину, яка представляла інтереси українського народу на правобережних землях.