З кристалізацією справжніх намірів окупаційних властей в Україні наростав радянський партизанський рух. У своєму розвитку він пройшов кілька етапів. Перший — «зародження і становлення» — тривав із початку війни до кінця 1942 р. Його змістом було збирання сил, визначення оптимальних організаційних форм і ефективних методів боротьби у ворожому тилу. Другий — «стабілізації» — тягнеться до середини 1943 р. Поява штабів партизанського руху, матеріальна допомога Великої землі дає змогу не тільки боронити власні бази, відбиваючи каральні акції фашистів, а й тримати під контролем цілі райони, поступово переходити до здійснення рейдових операцій. Третій — «активних наступальних дій» — триває до цілковитого розгрому фашистів. Для цього періоду характерні широкомасштабні диверсії, численні рейди в тилу противника, активна взаємодія з формуваннями Червоної армії, наступальна тактика бойових дій.
На початковому етапі війни перші виступи в тилу були нечисленними і неорганізованими. За донесеннями із штабу вермахту в Україні дії партизан не були активними аж до квітня 1942 р.
Слабкість радянського партизанського руху в початковий період війни була зумовлена кількома причинами.
У 20-ті — на початку 30-х років радянське військове керівництво вважало, що в разі ворожого вторгнення в тилу агресора необхідно організувати партизанську війну. Проте наприкінці 30-х, коли почала домінувати наступальна воєнна доктрина, згідно з якою ворога збиралися бити на його власній території, всі підготовчі роботи було згорнуто, а розмови про партизанську війну розцінювалися як вияв невіри в перемогу. Згортання підготовки до ведення «малої війни» значною мірою було зумовлене і роздмухуванням міфу про «армійську змову», яка нібито мала на меті, спираючись на населення, повалити сталінський режим. Своєрідними превентивними заходами проти цієї міфічної загрози стали вилучення та знищення в армійських штабах і органах НКВС інструкцій та посібників з питань організації і тактики боротьби партизанських формувань, згортання розробки, випробування і виробництва засобів ведення «малої війни», тотальна ліквідація партизанських схованок та баз.
Підготовку до ведення партизанських дій було відновлено із значним запізненням вже під час війни. Один з партизанських лідерів О. Федоров згадував, що «у нас в області ніхто не готував більшовицького підпілля, не працював над створенням партизанських загонів. Не думав про це, зізнаюсь, і я... Створювати підпілля! Навіть слова ці здавалися книжними, неживими».
Федоров Олексій Федорович (1901—1989) — організатор партизанського руху, державний діяч, двічі Герой Радянського Союзу, генерал-майор. У 1920—1924 pp. в Червоній армії. У 1938—1941 pp. — перший секретар Чернігівського обкому КП(б)У, у 1941—1944 pp. — перший секретар Чернігівського, а потім Волинського підпільних обкомів, начальник обласного штабу партизанського руху, командир великого партизанського з'єднання. Після розформування з'єднання з 1944 до 1957 р. працював першим секретарем Херсонського, Ізмаїльського та Житомирського обкомів КП(б)У. Був міністром соціального забезпечення УРСР.
Ще один партизанський ватажок С. Ковпак у своїх мемуарах зазначає, що лише в липні 1941 р. «на партійному активі, скликаному райкомом, ми дізналися про те, що згідно з рішенням ЦК КП(б)У всюди формуються партизанські групи».
На початковому етапі партизанського руху дуже гостро відчувався дефіцит підготовлених партизанських кадрів, яким було завдано відчутного удару в роки репресій 1937—1938 pp. До кінця 1941 р. так звану підготовку до «малої війни» пройшли лише 15% усіх тих, хто залишився на окупованій території для боротьби в тилу ворога чи був засланий за лінію фронту. Серйозною перешкодою розгортанню партизанського руху була хронічна відсутність кваліфікованих командних кадрів, військових фахівців — радистів, мінерів-підривників, шифрувальників. Нове покоління партизанських лідерів значною мірою сформувалося уже під час радянсько-німецького збройного протистояння. Навіть майбутній начальник Українського штабу партизанського руху Т. Строкач, згадуючи початковий період війни, писав: «...гадки не мав, що з часом моє місце якраз і буде на партизанських рубежах, що... доведеться займатися саме партизанським рухом на Україні».
Строкач Тимофій Амвросійович (1903—1963) — організатор партизанських формувань в Україні в роки німецько-радянської війни, генерал-лейтенант. До початку війни служив у прикордонних військах. Учасник оборонних боїв 1941 р. за Київ і Москву. В 1942—1945 pp. — начальник Українського штабу партизанського руху (УШПР). Під його керівництвом УШПР перетворив партизанські з'єднання та загони України на фактор стратегічного значення. Після війни — заступник народного комісара НКВС УРСР (1945—1946), міністр внутрішніх справ УРСР (1946—1956), начальник Головного управління прикордонних військ, заступник міністра МВС УРСР (1956—1957).
Партизанські загони і підпільні групи були недостатньо організовані і підготовлені для роботи в тилу. Через це, як свідчить один з керівників партизанського руху в Україні І. Старинов, із 3500 партизанських загонів і диверсійних груп, що були залишені в перший рік війни на окупованій території, на червень 1942 р. мали відомості про наявність лише 22 діючих загонів. На жаль, не краща ситуація була і з підпіллям: з утворених у червні— вересні 1941 р. 685 підпільних партійних органів у період тимчасової окупації республіки в різний час діяли тільки 223. Суттєво ослаблювали партизанський рух відсутність координаційного центру, епізодичність постачання загонів зброєю, боєприпасами, медикаментами.
Роль серйозного стримуючого фактора відігравало досить жорстке ставлення з самого початку війни до партизанського руху окупаційного режиму, який намагався придушити терором народний опір у зародку. Так, у наказі начальника Верховного командування вермахту Кейтеля від 16 вересня 1941 р. зазначено: «З початку війни проти Радянської Росії на окупованих Німеччиною територіях вибухнув комуністичний повстанський рух... Фюрер наказав вжити скрізь найсуворіших заходів, щоб розбити цей рух у найкоротший час... Треба при першій же нагоді вжити негайних і найсуворіших заходів для утримання авторитету окупаційної влади й запобігти розростанню руху... Справжнім засобом залякування тут може бути тільки смертна кара».
Навесні 1942 р. Сталін остаточно переконався у вагомому політичному значенні боротьби в німецькому тилу. 30 травня при Ставці Верховного Головнокомандування було створено Центральний штаб партизанського руху. Через місяць формується Український штаб партизанського руху (УШПР) на чолі з Т. Строкачем.
Спираючись на підтримку місцевого населення, знання місцевості, координацію дій і матеріальну підтримку з Великої землі, партизанський рух набирає сили, сіючи серед німецьких солдатів постійне відчуття небезпеки навіть у власному тилу, вселяючи в народ, що перебував під окупацією, віру в перемогу над ворогом. Наприкінці 1942 р. німецький тил вже розхитували великі, добре озброєні й керовані з центру рейдові з'єднання під командуванням О. Федорова, С. Ковпака, О. Сабурова, М. Наумова. Особливу активність партизанський рух виявив у вирішальному 1943 p.: цього року партизани в окупаційній зоні підірвали 3688 ешелонів, 1469 залізничних мостів. «Рейкова війна» стає однією з основних форм партизанської активності, оскільки вона давала змогу наносити потужні руйнівні удари малими силами. Так, вибухові пристрої, надіслані лише одним літаком з Великої землі, за підрахунками технічного відділу УШПР, давали змогу партизанам пустити під укіс щонайменше 4 фашистські ешелони і вивести з ладу майже 200 м залізничного полотна. Рух припинявся на 2—4 доби. Тобто втрати часто наносились більші, ніж бомбардувальною авіацією.
Всього протягом війни партизанські формування України провели 19 рейдів загальною довжиною 52 тис. км. У період 1941—1945 pp. у партизанських загонах і з'єднаннях налічувалося майже 180 тис. осіб, 30% з них загинули.
Отже, радянський партизанський рух в окупованих районах України у своєму розвитку пройшов кілька етапів, від зародження до широкого розгортання та активного протистояння фашистам. Стримуючими чинниками його розвитку (особливо в початковий період) стали: наступальна воєнна доктрина, що почала домінувати наприкінці 30-х років і призвела до згортання підготовки кадрів та вироблення засобів для ведення «малої війни», ліквідації документації та партизанських схованок і баз; дефіцит підготовлених партизанських кадрів; відсутність координаційного центру, погане постачання загонів зброєю, боєприпасами, медикаментами; жорстоке придушення окупаційними властями будь-яких виявів опозиції фашистському режиму. Створення Центрального партизанського штабу, координація дій, матеріальна підтримка з Великої землі, застосування партизанами ефективних методів боротьби («рейкова війна») і значна підтримка місцевого населення дали змогу партизанському руху перейти на якісно вищий щабель і перетворитися на важливий фактор війни, на справжній другий фронт.