Духовный Регламент подтвердил все эти распоряжения и особенно обрушился на основание скитов и пустынножительство, которое предпринимается не в целях душевного спасения, а «свободнаго ради житія, чтобы быть удалену отъ всякой власти и надсмотрѣнія и дабы на новоустрояемый скитъ собирать деньги и ими корыствоваться». В регламенте было помещено правило: «монахамъ никакихъ по кельямъ писемъ, какъ выписокъ из книгъ, такъ и грамотокъ совѣтныхъ никому не писать, и по духовнымъ и гражданскимъ регуламъ чернилъ и бумаги не держать, понеже ничто такъ монашескаго безмолвія не разоряетъ, какъ суетныя ихъ и тщетныя письма…».
Дальнейшими мерами монахам предписывалось жить в монастырях неисходно, всякие долговременные отлучки иноков запрещались, монах и монахиня могли выйти за стены монастыря только часа на два, на три, да и то с письменным разрешением от настоятеля, где за его подписью и печатью прописан срок отпуска монашествующего. В конце января 1724 года Пётр опубликовал указ о звании монашеском, об определении в монастыри отставных солдат и об учреждении семинарий, госпиталей. Этот указ, окончательно решая, чем быть монастырям, по обыкновению рассказывал, зачем и почему предпринимается новая мера: монашество сохранялось только ради «удовольствования им тех, кои прямой совестью оного желают», и для архиерейства, ибо, по обычаю, архиереи могут быть только из монахов. Однако через год Петра не стало, и этот указ не успел войти в жизнь со всей полнотой.
Духовный Регламент в двух своих разделах «Дела епископов» и «Домы училищные и в них учители, и ученики, и проповедники» давал указание об учреждении специальных духовных школ (архиерейские школы) для подготовки священников, уровень образования которых к этому времени был крайне неудовлетворителен.
В разделах «Дела епископов» сообщается, что «вельми ко исправлению церкви полезно есть сие, чтоб всяк Епископ имел в доме, или при доме своем школу для детей священнических, или и прочих, в надежду священства определенных».
Вводилась обязательность обучения для сыновей священнослужителей и причетников; необученные подлежали исключению из духовного сословия. Согласно Регламенту, епархиальные духовные училища должны были содержаться на средства архиерейских домов и доходов с монастырских земель.
Во исполнение проекта, изложенного в Регламенте, духовные училища семинарского типа постепенно создавались в разных городах России. В Петербурге в 1721 открыты были сразу две школы: одна — в Александро-Невской Лавре архиепископом Феодосием (Яновским), другая — на реке Карповке архиепископом Феофаном (Прокоповичем). В том же году открылась семинария в Нижнем Новгороде, в 1722 — в Харькове и Твери, в 1723 — в Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, в 1724 — в Рязани и Вологде, в 1725 — во Пскове.
В училища принимались мальчики, уже получившие начальное образование у себя дома или в цифирных школах. Курс обучения, согласно выработанным Феофаном (Прокоповичем) правилам, разделялся на восемь классов, с преподаванием в первом классе латинской грамматики, географии и истории, во втором — арифметики и геометрии, в третьем — логики с диалектикой, в четвертом — риторики и пиитики, в пятом — физики и метафизики, в шестом — политики, в седьмом и восьмом — богословия. Языки — латинский, греческий, еврейский, церковнославянский — должны были изучаться во всех классах, но на деле преподавалась одна латынь, которая была и языком преподавнания: даже Священное Писание изучалось по Вульгате.