Далее регламент указывает исторические примеры того, к чему приводило властолюбие духовенства в Византии и в других государствах. Поэтому Синод стал вскоре послушным орудием в руках государя.
Состав Святейшего Синода определялся по регламенту в 12 «правительствующих особ», из которых три непременно должны были носить сан архиерея. Как и в гражданских коллегиях, в Синоде считался один президент, два вице-президента, четыре советника и пять асессоров. В 1726 году эти иностранные названия, так не вязавшиеся с духовными санами заседавших в Синоде лиц, были заменены словами: первоприсутствующий член, члены Синода и присутствующие в Синоде. Президенту, впоследствии первоприсутствующему, принадлежит, по регламенту, голос, равный с прочими членами коллегии.
Перед вступлением в определённую ему должность, каждый член Синода, или, по регламенту, «всякъ коллегиатъ, какъ президентъ, такъ и прочие», должны были «учинить присягу или обещание передъ св. Евангелиемъ», где «подъ именнымъ штрафомъ анаѳемы и телеснаго наказания» обещались «искать всегда самыя сущия истины и самыя сущия правды» и поступать во всём «по написаннымъ в духовномъ регламенте уставамъ и впредь могущимъ последовать дополнительнымъ къ нимъ определениямъ». Вместе с клятвой в верности служения своему делу, члены Синода клялись в верности служения царствующему государю и его преемникам, обязывались доносить заблаговременно об ущербе его величества интереса, вреде, убытке, и в заключение клятвенно должны были «исповедовать крайняго судию духовныя сея коллегій, быти самого всероссийскаго монарха». Чрезвычайно знаменателен конец этого клятвенного обещания, составленный Феофаном Прокоповичем и правленый Петром: «кленуся и еще всевидящимъ Богом, что вся сия мною нынѣ обѣщаваемая не инако толкую во уме моемъ, яко провѣщеваю устнами моими, но въ той силе и разуме, яковую силу и разумъ написанныя зде слова чтущимъ и слышащимся являютъ».
Президентом Синода был назначен митрополит Стефан. В Синоде он как-то стразу оказался чужим человеком, несмотря на своё президентство. За весь 1721 год Стефан в Синоде был только 20 раз. Никакого влияния на дела он не имел.
Вице-президентом был назначен человек, безусловно преданный Петру, — Феодосий, архиерей Александро-Невского монастыря.
По устройству канцелярии и делопроизводства Синод напоминал Сенат и коллегии, со всеми заведёнными в этих учреждениях чинами и обычаями. Так же, как и там, Пётр позаботился об устройстве надзора за деятельностью Синода. 11 мая 1722 года было приказано присутствовать в Синоде особому обер-прокурору. Первым обер-прокурором Синода был назначен полковник Иван Васильевич Болтин. Главной обязанностью обер-прокурора было вести все сношения Синода с гражданской властью и голосовать против решений Синода, когда они не согласовывались с законами и указами Петра. Сенат дал обер-прокурору особую инструкцию, являвшуюся почти полной копией с инструкции генерал-прокурору Сената.
Так же как и генерал-прокурор, обер-прокурор Синода называется инструкцией «оком государевым и стряпчим о делах государственных». Обер-прокурор подлежал суду только государя. Сначала власть обер-прокурора была исключительно наблюдательная, но мало-помалу обер-прокурор становится вершителем судеб Синода и его руководителем на деле.
Как в Сенате подле должности прокурора стояли фискалы, так и в Синоде был поставлены духовные фискалы, называвшиеся инквизиторами, с протоинквизитором во главе. Инквизиторы должны были тайно наблюдать за правильным и законным течением дел церковной жизни. Канцелярия Синода была устроена по образцу Сената и так же подчинена обер-прокурору. Чтобы создать живую связь с Сенатом, при Синоде была установлена должность агента, обязанностью которого, по данной ему инструкции, было «рекомендовать какъ въ сенатѣ, так и в коллегіяхъ и в канцеляріи настоятельно, дабы по онымъ синодскимъ вѣдѣниямъ и указамъ надлежащая отправка чинена была безъ продолженія времени». Затем агент смотрел, чтобы синодские ведения, посылаемые в Сенат и коллегии, слушались прежде других дел, иначе он должен был «президующимъ тамо персонамъ протестовать» и доносить генерал-прокурору. Важные бумаги, поступавшие из Синода в Сенат, агент должен был носить сам. Кроме агента, при Синоде находился ещё комиссар от Монастырского приказа, ведавшие частые и обширные по своему объёму и значению сношения этого приказа с Синодом. Должность его во многом напоминала должность комиссаров от губерний при Сенате. Для удобства самого заведования подлежащими ведению Синода делами они были разделены на четыре части, или конторы: контора школ и типографий, контора судных дел, контора раскольнических дел и контора инквизиторских дел.
Новое учреждение, по мысли Петра, должно было немедленно взяться за исправление пороков в церковной жизни. Духовный Регламент указывал задачи нового учреждения и отмечал те недостатки церковного устройства и быта, с которыми надлежало начать решительную борьбу.
Все дела, подлежащие ведению Святейшего Синода, Регламент подразделял на общие, касающиеся всех членов Церкви, то есть и светских и духовных, и на дела «собственные», относящиеся только к духовенству, белому и чёрному, к духовной школе и просвещению. Определяя общие дела Синода, регламент возлагает на Синод обязанность наблюдать за тем, чтобы среди православных всё «делалось правильно по закону христианскому», чтобы ничего не было противного этому «закону», и чтобы не было «скудности в наставлении, подобающем всякому христианину». Регламент перечисляет, следить за правильностью текста священных книг. Синод должен был искоренять суеверия, устанавливать подлинность чудес новоявленных икон и мощей, наблюдать за порядком церковных служб и их правильностью, оберегать веру от пагубного влияния лжеучений, для чего наделся правом суда над раскольниками и еретиками и иметь цензуру над всеми «историями святых» и всякого рода богословскими сочинениями, наблюдая, чтобы не прошло чего-либо противного православному вероучению. Синоду же принадлежит категорическое разрешение «недоуменных» случаев пастырской практики в делах христианской веры и добродетели.
По части просвещения и образования Духовный Регламент предписывал Синоду следить, чтобы «у нас было довольное к исправлению христианскому учение», для чего надлежит составить краткие и удобопонятные для простых людей книжки для обучения народа главнейшим догматам веры и правилам христианской жизни.
В деле управления церковным строем Синод должен был исследовать достоинство лиц, поставляемых в архиереи; защищать церковный клир от обид со стороны «светских господ команду имеющих»; наблюдать, чтобы всякий христианин пребывал в своём звании. Синод был обязан наставлять и наказывать погрешающих; епископы должны смотреть, «не безчинствуют ли священницы и дьяконы, не шумят ли по улицам пьяные, или, что хуже, в церквях не ссорятся ли по-мужичью». Относительно самих епископов предписывалось: «укротить оную вельми жестокую епископов славу, чтоб оных под руки, пока здравы, не вожено и в землю бы оным подручная братия не кланялись».
Суду Синода подлежали все дела, которые прежде подлежали суду патриаршему. По части же церковного имущества Синод должен смотреть за правильным употреблением и распределением церковного достояния.
Относительно дел собственных Регламент замечает, что Синод для правильного выполнения своей задачи должен знать, в чём состоят обязанности каждого члена Церкви, то есть епископов, пресвитеров, дьяконов и прочих церковнослужителей, монахов, учителей, проповедников, и затем посвящает много места делам епископов, делам образовательным и просветительным и обязанностям мирян по отношению к Церкви. Дела же прочего клира церковного и касающиеся монахов и монастырей подробно изложены были несколько позднее в особом «Прибавлении к Духовному регламенту».
Это прибавление было составлено самим Синодом и припечатано к Духовному регламенту без ведома царя.
При Петре духовенство стало превращаться в такое же сословие, имеющее государственные задачи, свои права и обязанности, как шляхетство и горожане. Пётр хотел, чтобы духовный чин сделался органом религиозно-нравственного влияния на народ, находящимся в полном распоряжении государства. Путём создания высшего церковного управления — Синода — Пётр получил возможность верховного распоряжения церковными делами. Образование других сословий — шляхетства, горожан и крестьян — уже ограничило довольно определённо тех, кто принадлежал к духовенству. Ряд мер относительно белого духовенства имел в виду ещё больше выяснить это ограничение нового сословия.
В Древней Руси доступ в духовенство было широко открыт для каждого желающего, и никакими стеснительными постановлениями духовенство тогда связано не было: каждое духовное лицо могло оставаться или не оставаться в духовном звании, свободно переходить из города в город, от служения в одном храме в другой; дети духовных лиц тоже ни в чём не были связаны своим происхождением и могли избирать, какое хотели, поприще деятельности. В духовное звание в XVII веке могли вступать даже люди несвободные, и землевладельцы того времени часто имели священников из крепких им людей. В духовенство шли охотно, потому что здесь больше было возможности найти заработок и можно было легче избежать тягла. Низшее приходское духовенство было тогда избирательным. Прихожане выбирали, обыкновенно, из своей среды, как им казалось, подходящего для священнического сана человека, давали ему грамоту о выборе и посылали «ставиться» к местному архиерею.