В 1085 году умер архиепископ Безансона Гуго II. Гильому I удалось добиться избрания новым архиепископом своего сына Гуго III (ок.1067—13 сентября 1101), подчинив своему влиянию церковную власть в графстве. Еще один сын, Ги (ок.1064—12 декабря 1124) (будущий папа римский Каликст II) стал архиепископом Вьенна.
Гильом I имел многочисленное потомство. После его смерти графство Бургундия унаследовал его второй сын Рено II (ок.1056—1097)[2]. Графство Макон оказалось в совместном владении Рено II и его младшего брата Этьена I Храброго (ок.1057—27 мая 1102). А Раймонд (ок.1059—24 мая 1107) женился на Урраке (24 июня 1081—8 марта 1126), королеве Кастилии и Леона с 1109, став родоначальником Бургундской королевской династии Кастилии и Леона. Из дочерей Сибилла (ок.1065—после 1103)вышла замуж за герцога Бургундии Эда I Борреля (ок.1058—23 марта 1103), Гизелла (ок.1070—после 1133) — за Гумберта II Савойского (1070—14 октября 1103), графа Морьенна, Ирментруда (ок.1058—после 8 марта 1105) — за Тьерри I (1045—1105), графа Бар-ле-Дюк, Монбельяра и Пфирта, а Клеменция (ок.1071—ок.1133) сначала за Роберта II (1065—5 октября 1111), графа Фландрии, после его смерти за Жоффруа (Готфрида) I Бородатого (1060—1139), графа Лувена.
Граф Рено II посредством брака еще больше увеличил свои владения, женившись на наследнице графства Олтинген. Рено II умер в 1097 году во время 1-го крестового похода, в котором принимали участие также его братья Этьен I, унаследовавшего титул графа Бургундии, а также Гуго III, архиепископ Безансона. Они также умерли в Палестине, что значительно ослабило позиции рода в Германии.
Графство в 1-й половине XII века
Правление сына Рено Гильома II Немецкого (уб. после 3 января 1125), получившего свое прозвище или из-за происхождения матери (его воспитывал дед по материнской линии), или из-за брака на немке (его жена Агнес была дочерью герцога Бертольда II фон Церинген), продолжалось до 1125 года, когда он был убит в результате заговора баронов, когда он пытался захватить графство Вале. Его малолетний сын Гильом III Дитя (ок. 1110 — 1127) был убит баронами в феврале 1127 года, после чего на графство предъявили права сын Этьена I Рено III (ок. 1090 — 22 января 1148), а также Конрад фон Церинген, родственник Гильома III со стороны матери. Победителем вышел Рено III.
Став графом Бургундии, Рено отказался признавать своим сюзереном императора Лотаря Суплинбургского. Рено обосновывал это тем, что Лотарь не являлся потомком королей Бургундии и, следовательно, не имел прав на графство. Рено перенес свою резиденцию в Дол, который стал столицей графства.
Независимым графство оставалось недолго. Новый германский король Конрад III (из династии Гогенштауфенов), выбранный 1138 году, объявил о том, что конфискует владения Рено III и передает их Конраду фон Церингену. В разгоревшейся войне Конрад смог захватить Рено в плен и доставить его к императору. В результате Рено был вынужден подчинится императору, но при этом лишился части своих владений на востоке Юры, а Конрад получил титул «ректор Бургундии».
После смерти Рено III в 1148 году графство унаследовала его малолетняя дочь Беатрис I (ок. 1145 — 15 ноября 1184). Её опекуном и регентом графства стал младший брат Рено, Гильом III (ок.1095—27 сентября 1155), граф Макона (в Бургундии он носил имя Гильом IV). Он попытался присвоить себе титул графа, заточив свою племянницу, но на защиту её прав выступил Конрад, отправивший освободить её герцога Бертольда IV фон Церингена.
После смерти Гильома III император выдал Беатрис за своего племянника Фридриха Барбароссу, благодаря чему графство Бургундия перешло в дом Гогенштауфенов. Сыновья Гильома, Жерар I (ок. 1125 — 15 сентября 1184), граф Макона и Вьенна, и Этьен II (ок. 1122 — 21 июля 1173), граф Осона, были исключены из списка наследников графства Бургундия, хотя и сохранили влияние в регионе.
2.3. Гогенштауфены
В 1156 г. графство как приданое жены перешло под управление императора Фридриха I Барбароссы (1122—10 июня 1190). После его смерти в 1189 г. Бургундия перешла во владение его третьего сына — Оттона I (ок. 1170—1200). У Оттона не было сыновей, только две дочери. Сначала графство в 1200 г. перешло к Жанне, а после ее смерти в 1205 г. — к ее сестре Беатрис II, которая управляла графством совместно с матерью, Маргаритой де Блуа. Чтобы прекратить беспорядки в графстве, ее дядя, король Германии Филипп Швабский в 1208 г. выдал Беатрис замуж за Оттона II, герцога Меранского. Но это вызвало конфликт в 1208—1211 годах между Оттоном и графом Осона Этьеном III, внука графа Гильома III, желавшим женить на Беатрис своего сына Жана и вернуть графство под управление Иврейского дома.
Андексская (Меранская) династия
Оттон II и его сын Оттон III, чуждые по происхождению, языку и культуре, практически не принимали никакого участия в управлении графством, живя в основном в своих немецких владениях. Поэтому граф Осона, поддерживаемый королем Франции, герцогом Бургундии и архиепископом Безансона, постоянно возглавлял недовольных таким положением местных феодалов. В 1225/1227 это вылилось в настоящую войну, в которой приняли участие также герцог Бургундии и граф Шампани.
Начиная с 1230 г. одним из самых влиятельных людей в графстве становится граф Шалона Жан I Мудрый, сын графа Осона Этьена III. В 1214 г. он женился на Маго, дочери герцога Бургундии Гуго III. В 1236 году он женил своего сына Гуго на Алисе Меранской, дочери графа Оттона II. В 1237 г. Жан обменял герцогу Гуго Шалон и Осон на сеньорию Сален и ряд других владений, которые принесли ему большое богатство благодаря своим солончакам, а также позволили более активно вмешиваться в бургундские дела. Кроме того эти владения позволили ему взимать дорожные пошлины, поскольку именно через них проходила дорога из Италии во Францию. Кроме того Жан всячески старался увеличить свои владения, выкупая права на разные земли (их в Бургундии у него было больше пятидесяти).
Оттон III Меранский умер в 1248 году. Детей он не оставил, из-за чего его германские владения были были разделены между дальними родственниками. Бургундию же он еще при жизни завещал своей сестре Алисе, жене Гуго де Шалона.
2.5. Династия Шалон
Правление Гуго было довольно беспокойным. С 1250 года у Гуго постоянно возникали конфликты с отцом, желавшим править Бургундией от имени своей невестки. В 1258 г. восстало население Безансона против архиепископа Гильома. Восстание поддержали Жан и Гуго, в результате чего оно охватило все бургундское графство. В 1259 г. восстание осудил папа Александр IV, призвавший вмешаться короля Франции Людовика IX и герцога Бургундии Гуго IV. Восстание прекратилось в 1260 году.
Гуго умер в 1267 году, а Жан Мудрый — годом позже, оставив от трех браков многочисленное потомство. Графство Бургундия до 1279 года находилось под управлением вдовы Гуго, Алисы Меранской, вышедшей в 1268 г. вторично замуж — за Филиппа Савойского. Владения же Жана Мудрого разделили его живые на тот момент сыновья. Один сын, Жан де Шалон (1243—1309), сеньор де Рофор, получивший земли на юге графства. Кроме того, после брака на Алисе, внучке герцога Гуго IV, он унаследовал графство Осер. Другой сын, Жан де Шалон-Арлей (1259—1315), унаследовал владения на юге Юры, в центре Бургундии, а также Безансон.
После смерти Алисы Меранской в 1279 г. графство перешло под управление сына, Оттона IV. Начало его правления прошло в соперничестве с дядей, Жаном де Шалон-Арлей. Оттон был сторонником короля Франции, а Жан — Священной Римской империи, правителем которой в это время стал Рудольф I Габсбург. В 1289 г. император воспользовался конфликтом между графом Базеля и графом Монбельяра Рено (братом Оттона IV), решив подчинить графство своему влиянию. Поддерживаемая Жаном де Шалон-Арлей, двадцатитысячная армия Рудольфа вторглась в графство, захватив Монбельяр и осадив Безансон, где укрылись Оттон и Рено. Но город Рудольфу захватить так и не удалось, но он опустошил окрестности города. Но Оттон был вынужден подчиниться императору. Безансон при этом получил особый статус и свободу управления, при этом он был выведен из подчинения архиепископа. Жан де Шалон-Арлей, благодаря поддержке императора, стал в 1293 г. мэром Безансона, а в следующем году стал виконтом Безансона.
В поисках защиты от притязаний Рудольфа, Оттон IV в 1291 году женился вторым браком на Маго (1268—1329), дочери Роберта II, графа Артуа. Благодаря этому он сблизился с французским королевским двором. Позже он подписал тайный договор с королем Франции Филиппом IV, по которому обязался выдать старшую дочь, Жанну, за второго сына короля — Филиппа, в качестве приданного он обязался передать графства Бургундия. По тому же договору вторая дочь, Бланка, была обручена с младшим сыном короля — Карлом.
2.6. Династия Капетингов
В 1295 г. Филипп Красивый, не желая ждать брака, заставил Оттона уступить графство за 100000 ливров. Однако большая часть дворян отказалась признать Филиппа правителем, объединившись вокруг Жана де Шалон-Арлей. Восстание было поддержано Англией и императором, которые финансировали его. Только в 1301 г. дворяне графства подчинились королю. Жан де Шалон-Арлей в 1303 г. получил королевскую пенсию.
Оттон IV, продолжавший носить титул пфальцграфа Бургундии, служил королю Филиппу. Он умер в 1302 г. от раны, полученной в битве при Касселе. Его малолетний сын Роберт носил титул пфальцграфа до самой смерти в 1315 г., но реально графством распоряжался король Франции Филипп. В 1306 г. он назначил губернатором графства Жана де Шалон-Арлей. Брак между сыном короля Филиппом Длинный и Жанной II (ок.1293—1330), дочерью Оттона IV, состоявшийся в 1307 г., не изменил ничего, Жан де Шалон-Арлей продолжал управлять графством от имени короля. В том же году произошло новое восстание, закончившееся безрезультатно.
После смерти короля Филиппа IV в 1314 г. Жанна и Филипп Длинный смогли вступить в управление графством. Став в 1316 г. королем, Филипп поручил управление графством жене, которая правила им до самой смерти в 1330 г. В управлении графством ей часто помогала мать, Маго, ставшая в 1302 г. графиней Артуа. Сам король Филипп V умер в 1322 г., не оставив сыновей. Еще при жизни он завещал графство Бургундия своей старшей дочери, Жанне III (1308—1347), которая в 1318 г. была выдана за герцога Бургундии Эда IV (ок.1295—1350). После смерти Жанны II в 1330 г. графство Бургундия вместе с Артуа вошло в состав бургундского герцогства.