Почва является основным средством производства в сельском хозяйстве и используется для получения урожая культурных растений, поэтому на кафедре агрономии почва изучалась не только как естественно-историческое тело природы, но и как средство производства. В связи с этим в исследовательской работе сотрудников кафедры ставились задачи осознать и оценить все природные свойства почвы, процессы, в ней протекающие, и изменения, вызываемые применением различных агротехнических приёмов. Возникновению и развитию такого агропочвенного направления способствовало то, что Павел Андреевич Костычев, основоположник этого направления, с 1882 года в течение ряда лет по приглашению А. В. Советова читал на кафедре агрономии приват-доцентский курс «Почвоведение».
В том же 1882 году летом при материальной поддержке Вольного Экономического Общества организуется комплексная почвенная экспедиция, которой не без поддержки Советова руководит В. В. Докучаев. В этой и последующих экспедициях формируется и развивается взгляд Докучаева на почву как на особое естественно-историческое тело природы. В 1883 году выходит исторический труд Докучаева «Русский чернозём», закрепивший его взгляд на почву и положивший начало прогрессивной русской школе генетического почвоведения и новой науке. За «Русский чернозём» Докучаеву была присуждена степень доктора минералогии и геогнозии. 19 января 1884 года Совет университета утвердил защиту, и в том же году В. В. Докучаев избирается на должность профессора. После этого его совместная с А. В. Советовым деятельность стала ещё продуктивней.
Взгляды Докучаева на почву получают развитие на кафедре агрономии. В Санкт-Петербургском университете научное почвоведение развивалось одновременно на двух кафедрах: на кафедре минералогии и кристаллографии под руководством Докучаева и на кафедре агрономии, где преподавался непосредственно курс «Почвоведение» как раздел обязательного курса агрономии.
В 1891 году по предложению А. В. Советова должность хранителя Агрономического кабинета занял Николай Павлович Адамов, ученик В. В. Докучаева, окончивший университет в 1889 году. В 1891 году он под руководством Докучаева работает в Полтавской экспедиции, а в 1892-1893 годах по приглашению Докучаева участвует в особой экспедиции Лесного департамента с целью организации метеорологических станций и проведения наблюдений и проведения наблюдений. За работу «Факторы плодородия русского чернозёма» в 1904 году ему была присвоена степень магистра агрономии, и он был избран приват-доцентом по кафедре агрономии.
В 1896 году А. В. Советов оставляет при кафедре своего ученика Сергея Павловича Кравкова, окончившего в этом году университет. С 1898 по 1900 год Кравков был командирован за границу. В 1903 году он снова поехал туда. С этого года, будучи в Мюнхене в лаборатории профессора Раманна, С. П. Кравков начал работы по проблемам гумусообразования. В своих работах Кравков показал, что свойства гумусовых веществ и количество их в почве находятся в тесной зависимости не только от количества и качества поступающих в почву растительных остатков, но и от температуры, количества, характера поступления к ним влаги, от состава зольной части растений, от свойств минеральной части почвы, с которой происходит теснейшее взаимодействие продуктов их превращения. Проблема гумуса до конца жизни Кравкова оставалась его главной научной темой, она осталась главной темой и для его учеников.
При Советове на кафедре агрономии прочно укрепляется докучаевский взгляд на почву как на самостоятельное естественно-историческое тело природы, а исследования сотрудников кафедры проводятся с целью оказания эффективной помощи сельскохозяйственному производству. По этой причине на кафедре усиливаются экспериментальные работы по различным разделам почвоведения. Всему этому способствовала не только большая эрудиция Советова, но и его высокий авторитет среди учёных других специальностей. В 1888 году он был выбран деканом физико-математического факультета и оставался в этой должности до своей смерти в 1901 году. Развитию научно-исследовательских работ и пропаганде знаний о почве в значительной мере содействовало создание в 1885 году на физико-математическом факультете специального печатного издания «Материалы по изучению русских почв» под руководством и редакцией Советова и Докучаева.
18 сентября 1897 года Докучаев подаёт в отставку с должности профессора и заведующего кафедрой минералогии Санкт-Петербургского университета, где проработал 25 лет. После ухода у Докучаева появилась возможность уделять больше внимания пропаганде сельскохозяйственных знаний. В 1899 году он публикует проект устава общества распространения сельскохозяйственных знаний и умений, читает публичные лекции и ведёт большую общественную работу.
Научные интересы кафедры минералогии и кристаллографии, которой руководил Докучаев, после его ухода сильно сузились. В то же время на кафедре агрономии работы по почвоведению не только продолжались, но и развивались. В 1898 году в редакцию «Материалов по изучению русских почв» вместо Докучаева включается его ученик – сотрудник кафедры агрономии Н. П. Адамов. Таким образом, редактирование и выпуск «Материалов по изучению русских почв» в этот период полностью переходит на кафедру агрономии, и она становится единственным центром развития почвенной науки в университете.
Однако, хотя докучаевские идеи плодотворно развиваются в работах сотрудников кафедры агрономии, связь её с кафедрой минералогии, которой заведует ученик Докучаева профессор П. А. Земятченский, не прекращается. Именно он был назначен наблюдающим за кафедрой после смерти Советова в 1901 году.
Фактически руководителем кафедры в последующие годы был Н. П. Адамов, который с 1901 по 1912 годы читал основной курс «Почвоведение». В 1907 году кафедра агрономии выехала из главного здания университета, получив новое, значительно большее помещение на 16 линии Васильевского острова, в котором оборудуются аудитория, лабораторные комнаты и кабинеты для преподавателей.
С 1912 года С. П. Кравков защитил при Юрьевском университете диссертацию на степень доктора агрономии на тему «Исследования в области изучения роли мёртвого растительного покрова в почвообразовании». В этом же году он избирается профессором, заведующим кафедрой агрономии, которую и возглавляет в течение 26 лет. С 1913 по 1917 годы он единолично редактирует «Материалы по изучению русских почв».
Новый этап развития университетского почвоведения начался после Октябрьской революции. И в этот период Петербургский университет играет ведущую роль в развитии почвенной науки, не только отечественной, но и мировой. В значительной степени это связано с тем, что до 1934 года Академия Наук находилась в Ленинграде. Здесь были сосредоточены крупные научные силы, и многие известные почвоведы были в той или иной степени связаны с университетом, являясь или его питомцами, или непосредственно читая лекции и работая на его кафедрах. В этот период был поднят вопрос об учреждении в университете самостоятельной кафедры почвоведения. Поэтому Б. Б. Полынов в своей статье «Роль Ленинградского университета в развитии науки о почве и коре выветривания» писал, что «именно этот момент (1918-1919) и приходится считать моментом учреждения в нашем университете самостоятельной кафедры почвоведения».
Однако только в 1920 году кафедра агрономии была переименована в кафедру агропочвоведения. С этого времени университет стал готовить не агрономов, а почвоведов, спрос на которых в стране резко вырос.
В 1925 году, когда в Ленинградский университет влился Географический институт в качестве отдельного факультета, появилась самостоятельная кафедра географии почв, которой руководил С. С. Неуструев, один из выдающихся представителей докучаевского генетического почвоведения. При нём на кафедре усиливается внимание к экспедиционным работам и полевым исследованиям.
С этого момента подготовка почвоведов в университете ведётся уже на двух факультетах. В 1929 году кафедру географии почв возглавил Б. Б. Полынов. В 30-е годы кафедра получила мировое признание как центр подготовки почвоведов-географов. Сюда для усовершенствования приезжают молодые специалисты из Англии В. Рессель, Ч. Джекс, А. Мюр, впоследствии известные учёные-почвоведы. В это же время на кафедре проходят подготовку М. А. Глазовская, И. Н. Скрынникова, Е. В. Лобова, Е. Н. Иванова, К. П. Горшенин, Н. Н. Розов, М. И. Рожанец, Н. Н. Соколов, Н. Л. Благовидов, И. Н. Дзенс-Литовская, С. П. Шустров, Р. С. Мельников-Волцит и др. На этой кафедре начинали свою деятельность и такие выдающиеся почвоведы, как академик И.П. Герасимов и член-корреспондент АН СССР В. А. Ковда.
С начала 30-х годов Ленинградский университет имени А. С. Бубнова неоднократно претерпевал организационные преобразования, и почвенные кафедры переходили в различные подразделения. Так, в 1931 году кафедра почвоведения входила в состав почвенно-ботанического сектора, которым руководил аспирант Лукашов. В 1932 году все почвенные кафедры вошли в состав геолого-почвенно-географического факультета, который вскоре разделился на геолого-почвенный и географический. Обе почвенные кафедры остались в составе геолого-почвенного факультета и получили название «Кафедра экспериментального почвоведения» (до 1938 года заведовал С. П. Кравков) и «Кафедра географии почв» (до 1935 года заведовал Б. Б. Полынов). Подготовка специалистов на этих кафедрах стала проводиться по двум специализациям: химия почв и генезис и география почв.
Очевидец этих событий доцент кафедры почвоведения и географии почв А. Ф. Цыганенко пишет следующее: «Некоторые факультеты выделились в самостоятельные вузы, а отделения были переведены в другие вузы (химическое – в Технологический, геологическое – в Горный институт). В результате этого этапа реорганизации в ЛГУ были образоваы только три факультета: физмат, биофак и факультет географии и геофизики. В состав последнего попали почвенные кафедры. В 1931 году факультеты упраздняются и создаются 7 секторов, в том числе и почвенно-ботанический. В составе этого сектора были 2 почвенных специальности: экспериментального почвоведения и географии почв. Слово «кафедра» заменили словом «кабинет». В 1932 году сектора переименовываются в отделения, восстанавливается название «кафедра». В 1933 году возрождаются факультеты: матмех, физфак, химфак, биофак и геолого-почвенно-географический. Кафедра экспериментального почвоведения попала на геолого-почвенный, а кафедра географии почв – на географический. Но в результате борьбы двух факультетов за географическое почвоведение в 1938 году кафедра географии почв была переведена на геолого-почвенный факультет с условием, что она будет обслуживать нужды геофака в почвоведении».