Несмотря на это, к 1570 году испанцы в целом подавили мятеж на всей территории Нидерландов. В марте 1569 года, в целях финансирования его войск, Альба предложил штатам ввести новые налоги, среди них «Десятый Пенни» — 10 процентов налога на все продажи, кроме недвижимости. Это предложение было отвергнуто штатами, и было принято компромиссное решение. Затем, в 1571 году, Альба решил добиваться сбора «Десятого Пенни» независимо от позиции штатов. Это вызвало решительный протест католиков и протестантов, и поддержка повстанцев выросла в том числе за счет большой группы беженцев, которые бежали из страны во время правления Альбы. 1 апреля 1572 года гёзы под предводительством своего лидера графа де ла Марк неожиданно захватили почти незащищенный город Брилле. В лице Брилла повстанцы получили плацдарм и, что более важно, знак победы на севере страны. Это был знак для протестантов нижней Голландии восстать еще раз.
Большинство из наиболее важных городов в провинциях Голландии и Зеландии объявили лояльность по отношению к повстанцам. Заметным исключением являются Амстердам и Мидделбург, которые остались верными католикам до 1578 года. Вильгельм Оранский был поставлен во главе восстания. Он был признан в качестве генерал-губернатора и штатгальтера Голландии, Зеландии, Фрисландии и Утрехта на совещании в Дордрехте в июле 1572 года. Было решено, что власть будет распределена между Оранским и штатами. В связи с растущим влиянием повстанцев в северных провинциях, война вступила в решающую фазу.
Также усилились разногласия среди голландцев. С одной стороны там было кальвинистское воинствующее большинство, которое хотело продолжить борьбу с католическим Филиппом II и обратить всех голландских граждан в кальвинизм. С другой стороны существовало католическое меньшинство, которое хотело оставаться верным правителю и его администрации в Брюсселе. Вильгельм Оранский стал центральной фигурой сплочения этих групп во имя общей цели. В конце концов он был вынужден перейти к более радикальным кальвинистам потому, что кальвинисты были наиболее фанатичны в борьбе с испанцами. Он перешел в кальвинизм в 1573 году.
3.1. Гентское умиротворение
Вместо не сумевшего справиться с мятежом герцога Альбы в 1573 году был назначен новый наместник Нидерландов Луис де Рекезенс. Но за три года его правления (он умер в начале 1576 года) испанцам так и не удалось переломить ситуацию в борьбе с повстанцами. В 1575 году Испания объявила о банкротстве, что привело к задержке жалования наёмникам и 4 ноября 1576 года вылилось в мятеж, получивший название «Испанской ярости», в ходе которого испанские солдаты разграбили Антверпен и уничтожили около 8 тысяч его жителей. Эти события укрепили решимость повстанцев Семнадцати провинций взять судьбу в собственные руки.
8 ноября 1576 года между северными (кальвинистскими) и южными (католическими) провинциями Нидерландов было заключёно соглашение (Гентское умиротворение), в котором были провозглашены религиозная терпимость и политическое единство для совместной борьбы против испанских сил. В большинстве католических провинций ущерб от мятежных иностранных войск являлся главной причиной вступления в открытое противостояние с испанцами, при этом формально власть Филиппа II была сохранена. Тем не менее, отдельные религиозные столкновения продолжались и Испания, используя поставки золота из Нового Света, направила новую армию под командованием Алессандро Фарнезе.
3.2. Аррасская уния и Утрехтская уния
6 января 1579 года, устав от агрессивного кальвинизма северных провинций, некоторые южные провинции (Артуа, Хайнаулт и так называемая Валлонская Фландрия) подписали Аррасскую унию, выражая свою лояльность по отношению к испанскому королю. Это означало отказ от соглашений Гентского умиротворения.
23 января 1579 года в ответ на Аррасскую унию Вильгельм объединил северные провинции Голландии, Зеландию, Утрехт, Гронинген, Гельдерн в Утрехтскую унию. Южные города, такие как Брюгге, Гент, Антверпен и Брюссель, присоединились к Утрехтской унии. Семнадцать провинций были разделены на южную группу лояльных к испанскому королю и мятежную северную группу.
3.3. Акт о клятвенном отречении
Генеральные штаты пытались найти подходящую замену Филиппу в качестве короля. Протестантская королева Англии Елизавета казалась очевидным выбором для защитника Нидерландов. Елизавета, однако, нашла идею отвратительной и не захотела непосредственно вмешиваться в ситуацию. Генеральные штаты ответили на отказ Елизаветы, пригласив младшего брата французского короля, герцога Анжуйского, который должен был стать правителем. Анжу согласился при условии, что Нидерланды официально осудят любые проявления лояльности к Филиппу. В 1581 году был опубликован Акт о клятвенном отречении, который провозгласил, что король Испании не исполнял своих обязанностей в Нидерландах и поэтому больше не считается законным королем. Анжу, однако, вызывал глубокое недоверие со стороны населения и все больше беспокоился по поводу своего ограниченного влияния. После некоторых усилий увеличить свою власть с помощью военных действий Анжу покинул Нидерланды в 1583 году.
3.4. Падение Антверпена
Сразу же после Акта о клятвенном отречении Испания направила новую армию против вновь Соединенных Провинций. В течение последующих лет герцог Пармский завоевал основную часть Фландрии и Брабант, а также значительную часть северо-восточных провинций. Римско-католическая религия была восстановлена на большей части этой территории. В 1585 году Антверпен — крупнейший город в Нидерландах в то время — пал, в результате чего более половины его населения бежали на север. В период между 1560 и 1590 годом численность населения Антверпена упала со 100 тысяч жителей до 42 тысяч.
Вильгельм Оранский, объявленный вне закона Филиппом II в марте 1580 года, был убит сторонником короля Бальтазаром Жераром 10 июля 1584 года.
Нидерланды были поделены на независимую северную часть и южную часть, остававшуюся под контролем Испании. Из-за почти непрерывного господства кальвинистов-сепаратистов, большая часть населения северных провинций перешла в протестантизм в течение следующих десятилетий. Юг, контролируемый испанцами, оставался оплотом католичества. Большинство протестантов бежало на север. Испания сохранила большое военное присутствие на юге страны.
Де-факто независимость севера (1585—1609)
Соединенные Провинции нуждались в помощи Франции и Англии и с февраля по май 1585 года даже предлагали каждому монарху сюзеренитет над Нидерландами.
Несмотря на многолетнюю неофициальную поддержку Англии, английская королева Елизавета I, опасаясь осложнения отношений с Испанией, официально этого не признавала. За год до этого католики Франции подписали договор с Испанией, ставивший целью уничтожение французских протестантов. Опасаясь, что Франция подпадет под контроль Габсбургов, Елизавета начала действовать. В 1585 году она отправила в Нидерланды в качестве лорда-регента графа Лестера, дав ему с собой шеститысячное войско, включавшее 1000 человек кавалерии. Граф Лестер оказался плохим командиром и не слишком дальновидным политиком. Он не разобрался в специфике торговых соглашений между голландскими регентами и испанцами. Граф Лестер принял сторону радикальных кальвинистов, что вызвало недоверие католиков и умеренно настроенных жителей. Пытаясь укрепить свою власть за счёт провинций, граф настроил против себя голландских патрициев, а спустя ещё год лишился поддержки народа. Граф Лестер вернулся в Англию, после чего Генеральные Штаты, будучи не в состоянии найти подходящего регента, в 1587 году назначили 20-летнего Морица Оранского на должность командующего голландской армии. 7 сентября 1589 года Филипп II приказал переместить все имеющиеся силы на юг, чтобы помешать Генриху Наварскому стать королем Франции. Для Испании Нидерланды стали одним из противников во французских религиозных войнах.
Современные границы Нидерландов в основном сформировались в результате кампаний Морица Оранского. Голландские успехи определялись не только тактическим мастерством, но и финансовым бременем Испании, возникшим в результате замены кораблей, потерянных в катастрофической кампании испанской Армады 1588 года, а также необходимости переоснащения военно-морских сил для восстановления контроля над морем после последующей Английский контратаки. Одной из наиболее примечательных особенностей этой войны были волнения военнослужащих испанской армии, вызванные задержкой жалования: в период с 1570 по 1607 год произошло по меньшей мере 40 мятежей. В 1595 году, когда король Франции Генрих IV объявил войну Испании, испанское правительство объявило о банкротстве. Однако, восстановив контроль над морем, Испании удалось значительно увеличить поставки золота и серебра из Америки, что позволило ей усилить военное давление на Англию и Францию.
В рамках финансового и военного давления, в 1598 году Филипп уступил Нидерланды любимой дочери Изабелле и её мужу и своему племяннику Альбрехту VII Австрийскому (они оказались весьма компетентными правителями) после заключения договора с Францией. В это же время Мориц вёл захват важных городов страны. Начиная с важного укрепления Берген-оп-Зом (1588 г.), Мориц завоевал Бреду (1590 г.), Зютфен, Девентер, Делфзейл и Неймеген (1591 г.), Стеенвик, Коворден (1592 г.), Гертруденберг (1593 г.), Гронинген (1594 г.), Грунло, Энсхеде, Оотмарсум, Олдензал (1597 г.) и Граве (1602 г.). Эта кампания проводилась в пограничных районах современных Нидерландов, в сердце Голландии сохранялся мир, который впоследствии перешёл в голландский Золотой век.