Вже на другу пол.. 16 ст. Січ мала чітку військову організацію. Все запорізьке військо ділилося на курені, кількість яких зростала відповідно до збільшення козаків і досягла 38. Курінь – це і своєрідна казарма, у якій проживали козаки, і адміністративна одиниця у самій Січі, і водночас завжди готовий до дії бойовий підрозділ. Сам курінь-казарма вміщував 150-200 чол., хоч загальна кількість приписаних до того чи іншого куреня могла досягти 400-600 осіб. Більшість із них тільки числилися за ним, проживаючи постійно разом із сім`ями при своїх господарствах на території, що підпорядковувалася Запорізькій Січі – у згаданих уже паланках і з`являлися на Січ за першим наказом курінного отамана. До служби козак мав прибути із власною зброєю, обладунками, одягом і харчами. Загалом, згідно з даними Д. Яворницького, у період розквіту Запорізька Січ нараховувала в середньому 10-12 тис. добірного війська, а разом із мешканцями зимівників і слобод – бл. 100 тис. чол.
Формально підвладна урядові Речі Посполитої, Січ де-факто виступала як цілком самостійна політична сила не тільки у своїй внутрішній, а й у зовнішній політиці. Вже наприкінці 16 ст. вона починає відігравати помітну роль у міжнародних справах. Зважаючи на запорізьке козацтво як значну військову та політичну потугу, уряди Австрії, Венеції, Московщини, Туреччини, Молдавії, Трансільванії, Швеції, Кримського ханства, Персії та інших країн встановлюють із Січчю зв`язки. Немало козаків воювало в Європі на боці Австрії, Франції, Іспанії. Приблизно з поч. 17 ст.встановлюються сталі взаємини із Західною Грузією. Традиційно добросусідські стосунки і воєнний союз зберігали запорожці з донським козацтвом, координуючи з ним воєнні акції проти Кримського ханства й Османської імперії. Запорізька Січ активно втручалася в непрості відносини між Кримом і Туреччиною, допомагаючи першому в його боротьбі проти турецького втручання у внутрішні справи.
У постійній боротьбі з ворогами запорізьке козацтво створило самобутнє військове мистецтво, ставши на рівень кращих європейських армій. Його зброя складалася з самопалів різного калібру, пістолів, шабель. Поширеними були також луки зі стрілами, бойові ножі, келепи або чекани, якими розбивали ворожі обладунки, довгі списи з металевими наконечниками, що, крім прямого призначення, використовувались, якщо їх скласти у вигляді грат, при переході через багно, ощепи, якірці та рогульки проти ворожої кінноти тощо. Основу війська становила піхота, яку вважали найкращою в Європі, Найпоширенішим видом піхотного бойового порядку був так званий „табір”, коли у центрі чотирикутного рухомого укріплення, що складалося з кількох рядів зсунутих і скріплених між собою возів, розташовувалося військо. Такий спосіб давав змогу швидко переходити від наступального бою до оборони і навпаки. Очевидці зазначали, що у такому таборі сотня козаків могли відбити цілу тисячу поляків і ще більше татар. Козацька кіннота була не такою численною, як піхота, але і її дії відзначалися майстерністю. Вона, як правило, наступала „лавою” – шикувалася напівколом і атакувала не лише зфронту, а й з флангів, заходячи у тили ворога. Артилерія запорожців складалася з важких гармат для облоги й захисту, а також легких рухливих фальконетів. Січ мала також свій вітрильно-весловий флот з великих човнів-чайок або байдаків і, як свідчать окремі джерела, навіть своєрідні підводні човни. Широко використовувалися розвідка, різні засоби дезінформації ворога, фортифікаційні земляні роботи тощо. Складовими успіху запорізького козацтва у бою насамперед були особиста хоробрість, постійні заняття військовою справою, досконале знання місцевості, на якій воно діяло проти ворогів.
Запорізька Січ була своєрідним лицарським орденом, що вимагав від своїх членів особливої дисципліни і самопосвяти. Даючи характеристику запорожців, Г. Боплан, французький інженер та картограф, безпосередній свідок тодішніх подій в Україні, зазначав: „Вони кмітливі і проникливі, дотепні і надзвичайно щедрі, не побиваються за великим багатством, зате дуже люблять свободу, без якої не уявляють собі життя. Задля цьоготак часто бунтують та повстають проти шляхтичів, бачачи, що їх у чомусь утискають… Вони добре загартовані, легко переносять спеку й холод, спрагу й голод, невтомні в битвах, відважні, сміливі, чи, радше, одчайдушні, власним життям не дорожать… Вони високі на зріст, вправні, енергійні…відзначаються міцним здоров`ям… Мало хто з козаків умирає від недуги, хіба що у глибокій старості, бо більшість з них гине на полі слави”.
В усіх своїх справах запорізькі козаки керувалися не писаними законами, а „стародавнім звичаєм, словесним правом і здоровим глуздом”. Це пояснювалося порівняно коротким терміном існування Запорізької Січі, щоб виробити, систематизувати й викласти на папері закони, постійними воєнними діями, які не сприяли законотворчості, та побоюванням козаків, що писані закони могли б змінити та обмежити їхні свободи. За козацьким правом, як вхід, так і вихід із Січі були вільними і перебування тут обмежувалось якимось терміном. Запорізьким козаком міг стати кожен, хто прибував на Січ, але за умови володіння українською мовою, сповідування православ`я та 7-річного військового навчання. Прийнятий до козацького товариства записувався до одного з 38 куренів і для того, щоб позбавитися від можливого переслідування за попередню діяльність, наприклад за втечу від пана, змінював своє прізвище на якесь нове прізвисько. Усі козаки вважалися рівними, мали однакові права і називали один одного товаришами. При вияві пошани до уваги брався не вік козака, а час його вступу до Січі: хто вступив раніше, мав перевагу перед пізнішим прибульцем, тому останній називав першого „батьком”, а перший останнього – „сином”, хоч „батькові” могло бути 20, „синові” 40 років.
На Запоріжжі жорстоко карлися прояви будь-яких аморальних вчинків. Нещадно викорінювали злодійство, розбій, неповагу до жінки, конокрадство. Не було місця в козацькому товаристві зраді, боягузтву, підлості, шахрайству. Навіть кара смерті за вживання алкоголю під час походу, приведення жінки на Січ, не кажучи вже про тяжчі злочини, тут вважалося нормою. Найтяжчим покаранням для запорожця було вигнання його з ганьбою з січового товариства. Вірність козацькому звичаю, громаді цінувалася понад усе.
Характерними ознакми духовного життя Запоізької Січі, котру цілком обґрунтовано називали „християнською козацькою республікою”, були глибока релігійність козаків та ревний захист ними православної віри. Скрізь, де Січ, вони негайно будували храм на честь Покрови Пресвятої Богородиці, яку вважали покровителькою. У межах „Вольностей Війська Запорізького” існувало понад 60 церков. Спонукувані релігійними почуттями, запорізькі козаки регулярно відвідували Богослужіння та молебні, давали дари та пожертви на церкви, двічі на рік у мирний час, за словами Д. Яворницького, ходили пішки „на прощу”, щоб вклонятися святим місцям у Самарський, Мотронинський, Києво-Печерський та деякі інші монастирі; окремі з них там залишалися назавжди.