Сыну и преемнику Фридриха Барбароссы Генриху VI в серии военных операций удалось ещё более расширить территориальное могущество императора, подчинив Сицилийское королевство. Именно в этом государстве Гогенштауфены смогли создать централизованную наследственную монархию с сильной королевской властью и развитой бюрократической системой, тогда как в собственно немецких землях усиление региональных князей не только не позволило закрепить самодержавную систему правления, но и обеспечить передачу императорского престола по наследству. После смерти Генриха VI в 1197 г. было избрано сразу два римских короля Филипп Швабский и Оттон IV Брауншвейгский, что привело к междоусобной войне в Германии.
В 1220 г. императором был коронован Фридрих II Гогенштауфен, сын Генриха VI и король Сицилии, который возобновил политику Гогенштауфенов по установлению имперского господства в Италии. Он пошёл на жёсткий конфликт с папой римским, был отлучён от церкви и объявлен антихристом, но тем не менее предпринял крестовый поход в Палестину и был избран королём Иерусалима. В правление Фридриха II в Италии развернулась борьба гвельфов, сторонников папы римского, и гибеллинов, поддерживавших императора, развивавшаяся с переменным успехом, но в целом достаточно удачно для Фридриха II: его войска контролировали большую часть Северной Италии, Тоскану и Романью, не говоря о наследственных владениях императора в Южной Италии. Сосредоточенность на итальянской политике, однако, вынудила Фридриха II пойти на существенные уступки немецким князьям. Согласно Соглашению с князьями церкви 1220 г. и Постановлению в пользу князей 1232 г. за епископами и светскими князьями Германии были признаны суверенные права в рамках территории их владений. Эти документы стали правовой основой для формирования в составе империи полунезависимых наследственных княжеств и расширения влияния региональных правителей в ущерб прерогативам императора.
Трансформация империи в соответствии с требованием нового времени была осуществлена в период правления Максимилиана I и Карла V. Первый шаг был сделан в 1495 г., когда Вормсским рейхстагом была утверждена так называемая «Имперская реформа», предусматривающая формирование десяти имперских округов — региональных органов управления, Высшего имперского суда — верховного органа судебной власти для всей империи, а также Имперского управления — высшего исполнительного органа. Рейхстаг превратился в периодически созываемый орган законодательной власти, ставшим центром осуществления имперской политики, к участию в управлении империей были привлечены, в разной степени, основные социальные группы страны (курфюрсты, имперские князья, имперские рыцари, горожане), между которыми сформировался устойчивый баланс власти. В основу взаимодействия государственных образований внутри империи был положен принцип «земского мира» — возведённый в ранг закона запрет использования военных способов разрешения конфликтов между субъектами империи. Наконец была разработана система финансирования общеимперских расходов, которая хотя и давала сбои из-за нежелания курфюрстов вносить свою долю в общий бюджет, всё-таки давала императорам возможность вести активную внешнюю политику и позволила отразить турецкую угрозу в начале XVI века. При Карле V был утверждён единый уголовный кодекс для всей империи — «Constitutio Criminalis Carolina».
В результате преобразований конца XV — начала XVI века империя приобрела организованную государственно-правовую систему, позволившую ей сосуществовать и успешно конкурировать с национальными государствами нового времени. Хотя не все органы новой империи работали достаточно эффективно, они позволяли поддерживать единство и относительное спокойствие в Германии. Реформы, однако, не были завершены, и империя до конца своего существования продолжала оставаться совокупностью старых и новых институтов и не приобрела атрибутов единого государства.
Формирование новой модели организации Священной Римской империи сопровождалось ослаблением выборного принципа избрания императора. Начиная с 1439 г. на престоле империи установилась династия Габсбургов — наиболее сильный в территориальном плане немецкий род. Обширные владения Габсбургов вне империи (в числе их наследственных земель были Чехия, Моравия, Силезия, Венгрия, Хорватия и Испания) резко расширили экономическую базу императора и позволили закрепить за династией Габсбургов имперскую корону. Столицей Германии фактически стала Вена, в которой располагался двор императора и подчинённые ему органы управления. Смещение центра власти в империи на юго-восточную периферию имело фундаментальное значение для судеб страны в период нового времени.
3.2. Реформация
В результате начавшейся в 1517 г. Реформации империя оказалась расколотой на лютеранский север и католический юг. Протестантство в первой половине XVI века приняли многие крупные княжества (Саксония, Бранденбург, Курпфальц, Брауншвейг-Люнебург, Гессен, Вюртемберг), а также важнейшие имперские города — Страсбург, Франкфурт, Нюрнберг, Гамбург, Любек. Католическими остались церковные курфюршества Рейна, Брауншвейг-Вольфенбюттель, Бавария, Австрия, Лотарингия, Аугсбург, Зальцбург и некоторые другие государства. Конфессиональный раскол империи в условиях возрождения претензий на гегемонию в Европе императора Карла V (Итальянские войны), а также проводимой им политики централизации имперских институтов привёл к обострению внутреннего положения Германии и нарастанию конфликта между сословиями империи и императором. Нерешённость церковного вопроса и провал попыток императора достичь компромисса по теологическим вопросам на Аугсбургском рейхстаге 1530 г. вызвал оформление двух политических союзов в Германии — протестантского Шмалькальденского и католического Нюрнбергского союза. Их противостояние вылилось в Шмалькальденскую войну 1546—1547 гг., потрясшую конституционные основы империи. Хотя Карл V одержал победу в войне, вскоре против него сплотились все основные политические силы империи, недовольные универсализмом политики Карла, желающим создать «всемирную империю» на основе своих немецких, австрийских и испанских владений, и непоследовательностью в решении церковных вопросов. В 1555 г. на рейхстаге в Аугсбурге был заключён Аугсбургский религиозный мир, который признал лютеранство в качестве легитимной религии и гарантировал свободу вероисповедания для имперских сословий, по принципу «чья страна, того и вера» (лат. cujus regio, ejus religio). Карл V отказался подписать это соглашение и вскоре сложил с себя полномочия императора.
Аугсбургский религиозный мир позволил преодолеть кризис, вызванный Реформацией, и восстановить работоспособность имперских институтов. Хотя конфессиональный раскол сохранился, политически империя обрела единство. На протяжении последующего полувека католические и протестантские субъекты империи достаточно эффективно сотрудничали в органах управления, что позволяло поддерживать в Германии мир и социальное спокойствие.
Поражение в Тридцатилетней войне лишило империю ведущей роли на европейской политической сцене, которая перешла к Франции. Новый император Леопольд I, продолжая традиционную политику поддержки Испании, одновременно начал сближаться с Англией и Голландией в совместной борьбе против Франции. Агрессия Людовика XIV привела к отторжению от империи Франш-Конте и всего Эльзаса, однако в войне Аугсбургской лиги (1688—1697) благодаря активным действиям союзников в Нидерландах удалось оказать отпор дальнейшему продвижению французов в направлении прирейнских земель. Война за испанское наследство (1701—1714) стала реваншем Габсбургов за Тридцатилетнюю войну: французская гегемония в Западной Европе рухнула, Южные Нидерланды, Неаполь и Милан перешли под власть австрийских Габсбургов. На северном направлении сложилось партнёрство Габсбургов, Польши, Ганновера и Бранденбурга в противостоянии Швеции, в результате чего после Голландской войны (1672—1678) и Второй Северной войны (1700—1721) шведское доминирование в балтийском регионе подошло к концу, а большинство её владений на территории империи (Передняя Померания, Бремен и Ферден) были поделены между Бранденбургом и Ганновером. Главного успеха Габсбурги добились на юго-восточном направлении: в серии военных кампаний против Османской империи последней четверти XVII века была освобождена Венгрия, Трансильвания и северная Сербия, вошедшие в состав Габсбургской монархии, что резко подняло политический престиж и экономическую базу императоров. Войны с Францией и Турцией конца XVII — начала XVIII века вызвали возрождение имперского патриотизма и вновь превратили императорский престол в символ национальной общности немецкого народа.
Внутреннее состояние империи непосредственно после Тридцатилетней войны характеризовалось существенным ограничением возможностей для влияния императора: западнонемецкие княжества тесно блокировались с Францией, северные ориентировались на Швецию. Однако установление в Пфальце в 1685 г. католической линии династии Виттельсбахов и экспансионистская политика Франции позволили императору Леопольду I восстановить позиции на западе страны и сплотить вокруг имперского престола прирейнские государства. Главными союзниками императорского престола в этом регионе стали курфюршество Пфальц, Гессен-Дармштадт, Майнц и имперские рыцари Вестфалии, Среднего Рейна и Швабии. В южном секторе Германии в конце XVII — начале XVIII века полностью преобладала Бавария, курфюрст которой конкурировал по своему влиянию с самим императором. В северной части империи в условиях усиления Бранденбурга к более тесному союзу с Габсбургами перешла Саксония, правитель которой в 1697 г. принял католичество, а также Ганновер, добившийся для себя девятого титула курфюрста в 1692 г. В процессы имперской интеграции был включён и Бранденбург: ориентация на императора стала основой политики «Великого курфюрста», а его сын в 1700 г. получил согласие Леопольда I на принятие титула короля Пруссии.