Сильное беспокойство Временного правительства вызывала также Кронштадтская военно-морская база, находившаяся под влиянием большевиков и анархистов. Кронштадтский совет с 12 мая фактически стал единственной властью в этом городе. Важную роль в переходе кронштадтских матросов на сторону большевиков сыграл заместитель председателя Кронштадтского совета Раскольников Ф. Ф., а Первого пулемётного полка — Семашко Н. А..
2го — 3го июля в расположении 1-го Пулемётного полка появляются большевистские и анархистские агитаторы, причём никакого конкретного плана выступления у них не было; по выражению анархистов, «цель укажет улица». Анархист Ярчук прибыл в Кронштадт, где заявил, что «Там уже льется кровь, а кронштадтцы сидят и занимаются чтением лекций».
3-4 июля у особняка Кшесинской начали сосредотачиваться восставшие солдаты семи полков Петроградского гарнизона, кронштадтские матросы, рабочие Путиловского завода и Выборгской стороны. Июльское выступление по сравнению с последующим октябрьским было организовано очень плохо: большевики заявили толпе, собравшейся у особняка Кшесинской: «идите к Таврическому, возьмите власть», не давая более никаких конкретных указаний. Анархисты выдвигают лозунги «Долой Временное правительство!», «Безвластие и самоустройство». Фактически никем не управляемая вооружённая демонстрация в составе до 500 тыс. чел. движется к Таврическому дворцу, произошли перестрелки с лояльными Временными правительству частями на Невском и Литейном проспектах. Происходят также перестрелки с правыми организациями полувоенного типа: «Военная лига», «Национальный клуб» и т. д.[119] Очевидец событий, исполняющий должность начальника контрразведки Петроградского военного округа капитан Никитин Б. В. так характеризует происходящее: «Нас окружала тесным поясом лавина в несколько десятков тысяч человек. Большевики действительно постарались нагнать возможно больше народа, но именно такое число участников обрекло их сегодня на неудачу….они потеряли друг друга, сами потерялись в этой чудовищной толпе из бесчисленных голов. Большевики прежде всего завязли. По мере того как прибывали новые люди, они теряли управление. Уже к полудню было заметно, как рвались цепочки и исчезало оцепление. А во вторую половину дня технические средства управления были окончательно раздавлены массой, что было видно по всем ее бестолковым передвижениям.»[127]
Выступление большевиков оказывается неудачным, в чём сыграли определённую роль сообщения о предполагаемых связях большевиков с германскими спецслужбами. В разгар событий Сталин обращается в Исполком Петросовета с требованием «пресечь распространение клеветнической информации», но благодаря активным действиям министра юстиции Временного правительства Переверзева в газете «Живое слово» всё же появляется статья «Ленин, Ганецкий и К0 — шпионы», копии из которой расклеиваются по всему городу.
Комментируя обвинения Ленина в финансировании со стороны немцев, американский историк Адам Улам отметил:
Глава французской военной миссии в России генерал Ниссель в своём докладе французскому правительству от 11 декабря 1917 года охарактеризовал Ленина следующим образом: «Всегда полностью поглощён тем, чтобы быть „самым левым“ в мире…фанатик, мало озабоченный средствами, которыми он достигает своей цели: мировой социальной революции».
Опубликованные в газете «Живое слово» данные имели очень сомнительную достоверность, и основывались на показаниях перебежчика, прапорщика Ермоленко С. Д., опубликованных при содействии скандального политика Алексинского Г. А., социал-демократа, колебавшегося между большевиками, меньшевиками и с.-д. фракцией «Единство» Плеханова. Сами эти показания были противоречивы, Ермоленко путался в датах, и, кроме того, его личность вызывала недоверие, так как он сам служил в контрразведке, откуда был уволен за неблаговидные поступки. Сама газета «Живое слово» при этом имела репутацию бульварной газеты самого низкого пошиба.
Троцкий Л. Д. так прокомментировал показания прапорщика Ермоленко:
Не менее негативно Троцкий отозвался о Алексинском Г. А., которому впоследствии был приписан «троцкизм». Сам же Троцкий описывает Алексинского в выражениях вроде: «клеймённый клеветник», «профессионал клеветы», «неофициальный чиновник особых (то есть особо гнусных) поручений при контрразведке»[128], и т. д.
Тем не менее, эти сообщения повлияли на колеблющихся солдат. По утверждению Церетели, Ленину «пришлось просить защиты у Исполкома»; Троцкий сообщает, что Ленин заявил ему, что «теперь они нас перестреляют, самый подходящий для них момент». 6 июля Ленин и десять его ближайших соратников объявляются вне закона в связи с обвинениями в государственной измене. Ленин вместе с Зиновьевым и рабочим Емельяновым Н. А. бежал в Финляндию. В августе — сентябре Ленин пишет теоретический труд «Государство и революция». По некоторым источникам, приказ об аресте Ленина подписывает будущий Прокурор СССР Вышинский А. Я., бывший в 1917 году меньшевиком.
По воспоминаниям генерала Половцева, «Офицер, отправляющийся в Териоки с надеждой поймать Ленина, меня спрашивает, желаю ли я получить этого господина в цельном виде или разобранном?», на что генерал Половцев, по его словам, «с усмешкой» отвечает, что «арестованные часто делают попытки к побегу».
Сталин на заседании ЦК комментирует положение Ленина словами: «юнкера до тюрьмы не довезут, убьют по дороге». 26 июля 1917 года VI Съезд РСДРП(б) одобряет решение Ленина о неявке в суд. После своего бегства Ленин передаёт Каменеву Л. Б. записку с просьбой издать работу «Государство и революция» в случае своей гибели.
4 июля ВЦИК вызывает Волынский полк для защиты Таврического дворца от предполагаемого нападения большевиков, в ночь с 4 на 5 июля ВЦИК объявил военное положение.
Основные переговоры между большевиками и меньшевистско-эсеровским ВЦИК во время июльских событий шли через Сталина, который тогда имел среди меньшевиков репутацию «умеренного». Этим объясняется и то, что Сталин не попал в список большевиков, подлежавших аресту, хотя он и входил в ЦК РСДРП(б). Кроме того, председатель исполкома Петросовета Чхеидзе Н. С. был, так же как и Сталин, грузином, что облегчало им общение.
После бегства Ленина в Финляндию основная связь большевиков со своим вождём вплоть до его возвращения идёт также через Сталина. В то же время Сталин в целом в 1917 году играл только второстепенную роль в событиях; по выражению меньшевика Суханова Н. Н., «за время своей скромной деятельности в Совете он производил на меня (не на одного меня) впечатление серого пятна, всегда маячившего тускло и бесследно. Больше о нём, собственно, нечего сказать». По выражению Троцкого Л. Д., «работа Сталина развертывается в закрытом сосуде, неведомая для масс, незаметная для врагов». Сталин со своим стилем «вопросов и ответов» мог быть эффективен в качестве «газетного оратора», но в 1917 году он, со своим акцентом, старался избегать митингов[130].
5 июля Сталин возобновляет переговоры, однако, по его словам, «ЦИК ни одного своего обязательства не выполнил».
6 июля в Петроград начинают прибывать вызванные с фронта части, которые, впрочем, насчитывали всего 10 тыс. чел., во много раз уступая Петроградскому гарнизону. Сталин по приказу ЦК ведёт переговоры с гарнизоном Петропавловской крепости. В ходе июльских событий Петропавловская крепость была фактически захвачена анархистской 16-й ротой Первого пулемётного полка, после долгих переговоров сдавшейся силам Временного правительства[119].
Лев Троцкий (на тот момент формально ещё не присоединившийся к большевикам) на 40 дней оказывается в тюрьме. По сравнению с Лениным и Зиновьевым, во время событий бежавшими в Финляндию, действия Троцкого отличаются значительной дерзостью: он один выступает перед толпой практически никем не контролируемых кронштадтских матросов, к тому времени уже ограбивших в Петрограде до трёхсот «буржуев», и отбивает у них министра земледелия Чернова. В ходе событий Временное правительство пытается арестовать Троцкого, однако Чернов в качестве благодарности «продавливает» через Совет отмену этого ареста, и лично предупреждает Троцкого. После этого Троцкий сам начинает требовать его арестовать в знак солидарности с большевиками.
В ходе событий осадившая Таврический дворец и слабо поддававшаяся какому-либо контролю толпа кронштадтских революционных матросов и петроградских рабочих собирается арестовать министра юстиции Переверзева, но вместо него хватает министра земледелия Временного правительства, правого эсера Чернова В. М..
Чернов безуспешно пытается объяснить толпе преимущества своей земельной программы[127], но его игнорируют; кронштадтские матросы потащили его в автомобиль, порвав пиджак, и заявили, что не отпустят, «пока Совет не возьмёт власть», а неизвестный рабочий, поднеся к лицу министра кулак, заорал: «ну бери власть, коли дают!». Министра Чернова отбивает от толпы Троцкий[127], заявивший: «Товарищи кронштадтцы, краса и гордость русской революции! Я убежден, что никто не омрачит нашего сегодняшнего праздника, нашего торжественного смотра сил революции, ненужными арестами. Кто тут за насилие, пусть поднимет руку!».
Согласно приказу Временного правительства, аресту подлежали: Ленин, Луначарский, Зиновьев, Коллонтай, Козловский, Суменсон (двоюродная сестра Ганецкого Суменсон Евгения Маврикиевна), Семашко, Парвус, Ганецкий, Раскольников, Рошаль. 7 июля был проведён обыск на квартире сестры Ленина Елизаровой, где жила Крупская, через несколько дней была предпринята неудачная попытка арестовать Каменева. Всего арестовано около 800 большевиков, разогнана редакция газеты «Правда» и штаб большевиков в особняке Ксешинской. В ходе событий казачьим патрулём был убит на Шпалерной улице корреспондент «Правды» Воинов И. А.