Главная причина этого - борьба двух этносов за ресурсы, то есть за орошаемые земли и поливную воду. В приграничной зоне иногда происходят и эксцессы. 9 января 2007 года на кыргызско-таджикской границе произошел инцидент даже с участием губернатора Баткенской области, которого остановили таджикские пограничники из-за нарушения пограничного режима. Губернатор вызвал на подмогу кыргызские правоохранительные органы. Жители близлежащих кыргызских сел из-за солидарности с губернатором заблокировали дорогу Баткен - Исфара. После переговоров конфликт был урегулирован. Этот эпизод вызвал общественный резонанс, так как в него были втянуты чиновники высшего звена. Самой серьезной этнополитической проблемой в середине 2008 года стал вопрос контроля над водными ресурсами вдоль неурегулированной пограничной линии, разделяющей Согдийскую область Таджикистана и Баткенскую область Кыргызстана. В конце марта порядка 150 жителей Таджикистана, включая ряд местных чиновников, предприняли попытку разрушить плотину на трансграничном канале, возведенную кыргызскими властями.
Данный канал обеспечивал питьевой и поливной водой население села "Хочаи ало" и 120 га плодородных земель дехканского хозяйства Чорку Исфаринского района Таджикистана. Канал находится на балансе водного хозяйства Исфаринского района, и кыргызские власти должны были согласовать вопрос строительства гидросооружения. Таджикская сторона заявила, что плотина находится в районе, где вопрос о границе не согласован между сторонами, и она препятствует прохождению воды в ирригационные каналы Согдийской области. Кыргызские власти настаивали, что сооружение находится на территории Кыргызстана, вдали от границы, и направили пограничников пресечь попытку его уничтожения. Конфликтный потенциал сохранялся два месяца. Кыргызские дипломаты обвиняли таджикскую сторону в нарушении границы. Как выяснилось, кыргызская сторона реализует проект "Реабилитация Актатырского водозаборного сооружения и магистрального канала", финансируемый Всемирным банком. По проекту на трансграничном канале "Матчои" должен расположиться водозабор, с помощью которого власти Кыргызстана могут контролировать объем воды, поступающий в села Исфаринского района.
Таджикская сторона считает, что Всемирный банк не имеет права финансировать проекты, имеющие трансграничный характер, не поставив в известность все страны, имеющие отношение к проектной зоне. В этот период в отношениях между Таджикистаном и Кыргызстаном сложилась ощутимая напряженность. Неурегулированная пограничная ситуация заставила власти в Бишкеке и Душанбе принять срочные превентивные меры на высшем уровне для предотвращения потенциального межгосударственного конфликта, в который могла перерасти "кетменная война". В ходе своей встречи 16 мая президенты Кыргызстана и Таджикистана учредили межгосударственный совет по совершенствованию координации и ускорению процесса демаркации границ. Именно незавершенность делимитации границ, их прозрачность стали причиной водных и территориальных споров, незаконного использования земель и пастбищ, незаконной миграции, таможенно-пограничных конфликтов. Исфаринско-баткенский конфликт, перешедший в настоящее время в латентную форму, в случае затягивания его решения в любой момент может быть реанимирован с непредсказуемыми последствиями. Этот конфликт - один из примеров, когда "нетрадиционные" угрозы могут трансформироваться в военные и создать серьезный дестабилизирующий фактор в Центральной Азии.
Запутанная ситуация со спорными участками вдоль границы с Узбекистаном, протяженностью 1 тысяча 308 километров, которая уже привела к образованию в Джалал-Абадской и Ошской областях Кыргызстана около 75 спорных участков, постепенно попадающих под влияние Узбекистана. С молчаливого согласия местных властей, жители соседней республики захватывают земли, принадлежащие Кыргызстану. Суммарное количество спорных участков на границе достигает 140. Существование "прозрачной" границы между двумя государствами явно не на руку Кыргызской Республике и позволяет Узбекистану добиваться многочисленных уступок, связанных с земельными вопросами.
Продолжается захват новых земель, не говоря уже о спорных территориях в Ноокенском, Аксыйском и Узгенском районах, принадлежащих Кыргызстану. Противодействие самовольному переносу границ пытаются оказывать только местные жители. Судя по всему, процесс пограничного разграничения между Кыргызстаном и Узбекистаном будет сложным и длительным. Стремление Ташкента в одностороннем порядке и с нарушением международного права, с позиции силы решить существующие приграничные проблемы, вносит дополнительный элемент напряженности между двумя странами. Затягивание вопросов границ позволяет узбекским хозяйствующим субъектам проводить тихую экспансию кыргызских земель в южных районах Кыргызстана.Так, в текущем году уже было зарегистрировано по крайней мере, четыре случая подрыва домашних животных и кыргызских граждан на минах, что нанесло им ущерб в размере около 500 тысяч сомов. Помимо этого в конце 2000 года двое граждан Кыргызстана подорвались на минах вблизи узбекского анклава Сох и с ранениями различной тяжести были доставлены в Баткенскую областную больницу. Узбекские анклавы на территории Кыргызстана в тоже время охраняются местными вооруженными силами. Согласно подписанному в феврале секретному меморандуму между правительствами Киргизии и Узбекистана, Бишкек согласился на передачу Сохского анклава Узбекистану.
Как говорится в меморандуме, стороны договорились "о целесообразности соединения Сохского массива с Риштанским районом республики Узбекистан вдоль реки Сох в обход киргизских населенных пунктов с адекватной компенсацией в пользу Киргизской Республики". Однако, губернатор Баткенской области сообщил, что Киргизия не может выполнить данного условия, поскольку гористая местность Таян, которую Узбекистан предлагает в обмен на коридор к Сохскому анклаву, совершенно бесполезна. Руководство области направило в Бишкек письмо, в котором говорится, что создание коридора, соединяющего Узбекистан с анклавом Сох, не соответствует национальным интересам Киргизии, поскольку в таком случае Узбекистан получает контроль над рекой Сох.
3.3 Таджикистан
Из наиболее известных конфликтов в Таджикистане выделяют конфликт в Душанбе (1990 г. см. выше) и Гражданскую войну (1992-1997 гг.). Война началась в связи с развалом СССР, осложнением внутриполитической обстановки в Таджикистане и усилением борьбы между региональными кланами в лице Объединённой таджикской оппозиции, последовавший за провозглашением независимости страны в результате распада СССР (1992-1997 гг.). Наиболее ожесточённое противостояние происходило с конца августа 1992 г. по июль 1993 г., когда страна была фактически разделена на две части. С лета 1993 г. интенсивность конфликта пошла на спад, хотя отдельные стычки продолжались до примирения противоборствующих сторон 27 июня 1997 г.
За время войны экономика страны была подорвана. Таджикистан стал одной из беднейших стран мира. Огромное количество беженцев покинуло страну. Многие таджики эмигрировали в Афганистан. Хотя конфликт почти не принимал антирусской направленности, почти всё русское население, а также немцы, украинцы, евреи и представители других некоренных народов вынуждены были искать убежища в России и других странах. На восстановление страны потребовались многие годы.
После образования Таджикистана в 1992 г. в результате распада СССР КНР заявила о необходимости подписания нового договора о границе, и пересмотреть некоторые демакарционные линии. В 1999 г. между двумя странами было подписано соглашение "О таджикско-китайской государственной границе", согласно которому Таджикистан сохранял полную юрисдикцию над спорным участком в районе перевала Карзак, но уступал Китаю около 200 кв.км. другого участка близ реки Маркансу, т.е вопрос был решен путем раздела второго участка пополам между Китаем и Таджикистаном. Проблема территориальной принадлежности третьего участка решилась во время визита президента Таджикистана Эмомали Рахмонова в Китай.
В мае 2002 г. было подписано дополнительное соглашение "О демаркации границы и урегулировании территориальных споров", согласно которому Таджикистан согласился передать Китаю 1 тысячу кв. км. из 28 тыс. кв. км. спорных территорий в районе Восточного Памира (Мургабская область на востоке Таджикистана). В мае 2004 года, в соответствии с подписанным правительствами Китая и Таджикистана соглашением, открылся первый контрольно-пропускной пункт на китайско-таджикистанской границе — КПП "Карасу". 12 января 2011 г. парламент Таджикистана проголосовал за передачу Китаю тысячи квадратных километров спорных территорий в горах Памира. Это около 3 % общей площади спорных территорий.