До кінця 1644 р. у генерала Кромвеля - переможця при Марстон- Муре - нагромадилося багато фактів, що свідчили про те, що командні пости, що займали, в армії пресвітеріане, і зокрема граф Манчестер, принципово не бажають довести війну до перемоги, тому що вважають для себе "невигідним" "надмірно принизити короля".
І як можна було очікувати, бойові заслуги Кромвеля були вже настільки загальновизнаними, а воєнний стан парламенту настільки складним, якщо не критичним, що останній продовжував давати йому спочатку "тимчасові" військові повноваження, практично зробивши єдино для нього виключення із загального правила. Втім, тимчасові повноваження незабаром перетворилися в постійну посаду. 15 лютого палата общин прийняла постанову створити замість колишнього територіального ополчення, що збирається по графствах і нерідко що не бажало воювати за межами рідного графства, нову регулярну армію, фінансовану із загальнодержавних засобів. Це й була армія "нового зразка" (або "нової моделі"), що згодом включила й інші парламентські формування. Її головнокомандуючим був призначений Томас Ферфакс, що вирізнився у війні з роялістами на півночі країни. Місце його заступника, тобто генерал-лейтенанта, залишили не без наміру вакантним. Ядром кавалерії цієї армії стали кавалерійські полки Кромвеля, давно вже за мужність «заслужившие славу железнобоких». "Нова модель", що складалася головним чином з йоменів і вихідців з міських низів, дисциплінованих (одна зі статей її уставу говорила: "Злодійство або грабіж карають смертю") і охоплених прагненням швидше довести війну до перемоги, ця армія була першим в історії Європи зразком регулярної революційної армії. [1.3,228]
10 червня Кромвель був призначений генерал-лейтенантом "Нової моделі", 13 червня він прибув у її розташування, а 14 червня 1645 р. відбулася вирішальна битва громадянської війни при Незбі. При Незбі, як і в попередніх і в наступних боях, військове мистецтво Кромвеля було продемонстровано з такою переконливістю, що навіть палата лордів повинна була визнати його в армії незамінним.
Військова перемога над королем ще не означала остаточної перемоги революції. Монархія була тільки надламана, але не повалена. Програвши війну з парламентом, роялісти поклали свої надії на розкол у таборі парламенту, тобто на те, що король незабаром знадобиться однієї частини своїх ворогів у їхній боротьбі проти іншої. Тим часом король, біг у Шотландію. [1.7, 293]
Початок нової смуги в історії революції й у житті Кромвеля було для нього досить похмурим. Оскільки тепер, із завершенням громадянської війни, його меч став уже непотрібним парламенту, його колишнє положення й вплив у ньому сприймалося пресвитерианами як "невиправдане" і "зухвале". У результаті їхнього підступу Кромвель незабаром втратився своїх військових повноважень і з генерал-лейтенанта армії перетворився в приватну особу - рядового члена парламенту. Ця мета була легкодосягнутою, тому що ніщо вже не заважало поширити на нього дію "акту про самозречення". Тим часом, скориставшись відсутністю Кромвеля й падінням впливу індепендентів у парламенті, пресвітеріанська більшість провела в ньому спішно постанову про розпуск армії, за винятком 6400 чоловік кавалерії (з 40 тис.) і 10 тис. піхоти для несення гарнізонної служби. Але при цьому було повністю обійдене питання про виплату солдатам і офіцерам задолженного парламентом платні - піхоті за 18 тижнів і кавалерії - за 43 тижні, що становило на той час чималу суму в 331 тис. ф. ст. Так само зазначеною постановою не передбачалося призначення пенсії сиротам і вдовам загиблих на службі парламенту воїнів. Нарешті, парламент у ньому ні словом не згадав і по такому питанню, як визнання невинними солдатів, що розпускаються по будинках, і офіцерів за вчинене ними в ході громадянської війни.
Одночасно передбачався набір 12 тис. чоловік в експедиційний корпус для відправлення в Ірландію. Його командуючим був призначений Ферфакс. Крім нього, у ньому не повинне було бути з у чині старше полковника. Всі офіцери повинні були прийняти так званий ковенант, тобто погодитися на введення пресвітеріанського церковного пристрою. І останнє, члени парламенту не могли займати в новій армії командних посад. Очевидно, що цими трьома умовами парламент явно виключив можливість участі в експедиції Кромвеля. У цілому, якщо врахувати умонастрій, що панував в "Новій моделі", бажання пресвітеріанської більшості в парламенті позбутися від цієї грізної, раз у раз готової вийти з його підпорядкування збройної сили цілком зрозуміло. Армія виявилася тепер виразницею сподівань народних низів, що принесли найбільшої жертви в ім'я перемоги, але повністю обійдених при поділі її плодів. Природно, що рядові й молодші офіцери "Нової моделі" відмовилися скласти зброю, вони вийшли з покори парламенту. [2.2,228]
Безсумнівно, що Кромвель усвідомлював справжню мету парламенту в цьому конфлікті - одним ударом позбутися революційної армії - погрози його всевладдю - і заодно ліквідувати основну опору індепендентів, тим самим звівши їх до політичної незначності в парламенті.
Він погодився в парламенті поїхати в місце розташування армії з місією переконати її підкоритися його волі. І він дотримав обіцянки: прибувши в армію, він переконував офіцерів ужити свій вплив, "щоб розташувати солдатів до тієї влади, що стоїть над ними. Якщо ця влада буде низведена на нівець, нічого за цим не піде, крім замішання". Однак місія ця успіху не мала. Солдати залишилися твердими у своєму рішенні не підкорятися наказу про розпуск армії, і, бачачи коливання одних офіцерів і зрадництво інших, вони обрали в кожному полку по двох уповноважених (так званих агітаторів) для спільних дій у захист своїх інтересів.Заручившись відновленою єдністю в армії, він виступив у парламенті ініціатором прийняття постанови про припинення звертань до короля. [1.3,287]
3 січня палата громад після дебатів нарешті проголосувала ( 114-за, 92- проти) за пропозицію "Про припинення зверненнь" до Карла І. І як повідомляють присутні, найбільш вагомим аргументом у заключній мові Кромвеля перед голосуванням був рух його руки до меча, пристебнутому до його боку. У той же день Комітет обох королівств був перетворений у Комітет безпеки. Внаслідок того що двох членів цього комітету, пресвітеріан Ессекса й Степлтона, вже не було в живих, а шотландці були тепер по цілком зрозумілих причинах з нього виключені, Комітет безпеки, пости в якому займали індепенденти на чолі із Кромвелем, перетворився у вищий виконавчий орган влади в країні. На користь цього комітету Армійська рада в січні 1648 року "склала" свої повноваження й "саморозпустилася". Страта Карла І викликала потік роялістських публікацій, так новий режим Кромвеля знайшов ідеологічну підтримку в тих, хто вважав, що саме він здатний забезпечити політичну стабільність. Зі схваленням страти короля виступив Дж. Мільтон. Особливе значення мала публікація в 1651 році Т. Гоббса "Левіафан", у якому обґрунтовувалася ідея наступності державної влади. Вона тим більше викликала шок у роялістських колах, що автор був колись близький до кавалерів і був прямо пов'язаний із двором Карла ІІ у еміграції. [2.3,45]
Першорядним завданням для Кромвеля стало втихомирення Ірландії. В 1649 році його армія висадилася на "Зеленому острові". Центральним епізодом стало узяття фортеці Дрогеда. Після того, як у результаті запеклого штурму фортеця упала, її гарнізон і жителі були повністю знищені. Долю Дрогеди розділили й деякі інші ірландські міста. У літературі традиційно вказувалося, що фактором, багато в чому определившим жорстокість кромвелевських солдат, був фактор релігії: на ірландців- католиків англійські пуритани дивилися з ненавистю; багато хто вважали, що справедливо мстять за насильства, які раніше мали місце стосовно протестантів у ході ірландського повстання. У новітніх дослідженнях з'ясовано, що серед захисників Дрогеди з ірландців була меншость: гарнізон фортеці була частиною роялістської, в основному протестантській армії герцога Ормонда. У Дрогеді загинуло 3000 захисників, переважна більшість, коли фортеця впала. У той же час Кромвель, як і його армія, не з у реальності жахів ірландського повстання 1641 року, як їх представляла пуританська пропаганда, і це впливало на його політику. Ірландія була скорена до 1652 року. Більша частина ірландських землевласників, пов'язаних з повстанням, була вигнана з маєтків, їхня власність перейшла вруки нових хазяїв-англійців. Більше, ніж будь-яка інша його перемога, ірландська кампанія зробила Кромвеля пуританським героєм Англії, але вона ж багато в чому визначила гострі проблеми в англо-ірландських відносин на довгий час уперед. [1.10,395]
Іншим напрямком військової політики індепендентів була війна із Шотландією, де парламент після страти Карла І визнав його сина своїм королем Карлом ІІ. У той же час роялістське повстання на чолі з вождем одного з гірських кланів Монтрозом було подавлено ковенанторами, а сам Монтроз був страчений. У вересні 1650 р. Кромвель здобув блискучу перемогу при Денбаре над шотландським головнокомандуючим Лесли. В 1651 році війна продовжилася, і Карлові ІІ удалося вторгнутися в Північну Англію. Однак у вересні 1651 року англійці домоглися вирішальної перемоги при Вустері, а Карл біг. Завдяки допомозі вірних роялістів йому чудом удалося вкритися від кромвелевских солдат і покинути острів. Скорення Шотландії було завершено сподвижником Кромвеля генералом Монком. Новий режим прагнув захистити торговельні інтереси Англії. Навігаційні акти 1650 і 1651 р. обмежували ввіз у країну іноземних товарів і, отже, особливо боляче вдарили по Голландії, багатство якої багато в чому забезпечувалося її функцією як "морського перевізника". Це привело до англо-голландської морської війни 1652-1654 р., що в історіографії часто розглядали як одну з перших торговельних воєн ХVІІ-ХVІІІ ст. Війна виникла всупереч тому, що й англійці, і голландці були протестантами. Тут економічний фактор взяв гору над релігійним. Перемога Англії на море привела до ослаблення економічних і політичних позицій Голландії й поклала початок пануванню Англії на морях. У результаті успішної війни з Португалією ця країна виявилася в економічній і політичній залежності від Англії. [1.13,342]