Генеральная старшина представляла собой новую украинскую элиту. Врастая в брократическую иерархию России, старшина во главе с гетманом перенимала и некоторые особенности представителей российской знати. Стремление к мздоимству, пренебрежение должностными обязанностями, оттеснение рядовых казаков от участия в принятии важных решений стали характерными чертами поведения казацкой элиты. Постепенно старшина расширяла площади своих поместий, превращаясь в крупных землевладельцев. Такое положение не могло не порождать социального недовольства казацких низов и хлопов, для которых смена политической власти означала лишь перемена хозяина.
Появление каждого последующего гетмана, как правило, сопровождалась внесением более жестких ограничений в гетманские полномочия. После окончания войны 1648-1663 гг. и Руины срок пребывания на гетманской должности увеличился: гетман Самойлович правил более 15 лет, Иван Мазепа - более 20 лет. Однако, между царским правительством и малороссийскими гетманами, несмотря на врастание казацкой старшины в российскую бюрократическую элиту, существовала и взаимная подозрительность. Памятуя о прошлом, царские чиновники не отождествляли малороссийских гетманов с московскими воеводами. Переход гетмана Мазепы на сторону шведского короля лишний раз убедил русского царя в необходимости более тесного вовлечения Украины в орбиту российской государственности. Именно поэтому в начале XVIII в. в Москве была образована Малороссийская коллегия.
В состав слободской украины входили пять полков: Харьковский, Сумской, Ахтырский, Острогожский и Изюмский. Будучи в течение долгого периода южной окраиной Московского государства, огромные пространства слободской Украины, были практически незаселены. По мере снижения угрозы со стороны Турции и Крымского ханства царское правительство стремилось заселить эти земли. Этому способствовали и события в Украине, когда население правобережной ее части вследствие бесконечных войн было вынуждено покидать свои жилища. Численность этого региона на конец XVII в. составляло несколько сот тысяч человек, из которых на военной службе состояло 22 тыс. Представителем царской власти в Слобожанщине был воевода, административный центр которого располагался в Белгороде. Полковники избирались на неограниченный срок. Царское правительство проводило политику врастания населения Слобожанщины в российскую жизнь. Отрыв от стародавних корней, изолированность от гетманской власти, близость к Москве в течение нескольких веков сыграли свою роль. Слобожанщина и формально и фактически на столетия стала неотъемлемой частью российского государства.
В конце XVII в. территория Запорожья была достаточно велика, ее границы с севера и востока соприкасались с Гетманщиной и Слобожанщиной, а с юга выходили в бескрайнюю и малозаселенную степь. В силу описанных выше событий значение Запорожского коша существенно ослабло, население едва превышало 10 тыс. чел. В социальном отношении Запорожье представляло собой территорию, которая служила убежищем для обездоленных и обиженных. Постепенно экономическая основа Сечи переставала определяться военным искусством и продажностью сабли, низовое казачество все шире осваивало традиционную хозяйственную деятельность.
После заключения Андрусовского мира низовое Запорожское войско находилось под двойным подчинением России и Речи Посполитой, а после "Вечного мира" полностью перешло под юрисдикцию Москвы. Обособленное от гетмана существование Запорожья накладывало отпечаток и на их взаимоотношения. Гетманское правительство рассматривало Запорожье как свою подчиненную территорию, однако, низовые казаки не разделяли такую точку зрения. В свою очередь казацкая старшина Сечи стремилась занять в социальном положении ступеньку выше рядового казачества, что вызывало его законное недовольство.
Взаимоотношения с царским правительством складывались непросто. Самодержавно-бюрократическая российская машина не допускала и мысли о возможностях длительного сохранения запорожских вольностей. Такой вид социально-политического устройства уже не соответствовал новым задачам российского государства.
Как мы помним, гетман Самойлович в 1687 г. был смещен и отправлен в ссылку после неудачного крымского похода. По мнению ряда историков в обвинении гетмана не последнюю роль сыграл генеральный есаул Иван Мазепа, бывший близким другом князя Голицына, фаворита царевны Софьи и давно желавший стать гетманом. Мазепа при содействии Голицына и довольно значительной суммы денег стал гетманом.
В начале 1689 г. царевна Софья, уступая новым просьбам своего фаворита, согласилась предпринять второй поход на Крым, который оказался не более удачным, чем первый. В этом походе участвовал и новый гетман Мазепа, бывший неотлучно при князе. Вернувшись в Москву, Голицын при одобрении Софьи тщился представить крымский поход в выгодном для обоих свете, однако, молодой Петр был в гневе от результатов этого предприятия. Именно в это время, в августе 1689 г., в самый кульминационный момент схватки между претендующими на абсолютную власть Петром и Софьей, гетман Мазепа в сопровождении старшин прибыл в Москву. В начале своего визита он рассыпался в любезностях перед Софьей, всячески восхваляя военные заслуги Голицына. Но после поражения царевны Мазепа резко сменил тон высказываний о бывшем фаворите. Малороссийской делегации пришлось более двух месяцев ждать аудиенции у 17-летнего царя, находившегося в Троице-Сергиевом посаде. На этом приеме Мазепа продемонстрировал царю свое умение влезать в душу и приспосабливаться к обстоятельствам. Теперь малороссийский гетман не жалел красок, очерняющих князя Голицына, - восторженный тон на приеме у царевны сменился чуть ли не прямым доносом на бывшего покровителя. Этим гетман произвел приятное впечатление на царя, и гнев на Софью и Голицына не стал причиной отставки Мазепы.
Мазепа был весьма образованным человеком, в юности он учился в Европе, служил у польского короля Яна-Казимира. Король заметил способного юношу и давал ему дипломатические поручения. В частности, именно он был послан к гетману Выговскому в качестве королевского представителя, и именно он, по поручению короля, вручал гетману Тетере гетманские знаки отличия. После возвращения на правобережную Украину Мазепа служил у гетмана Дорошенко, выполняя дипломатические поручения. После своего пленения запорожцами Мазепа попадает к гетману Самойловичу, но и там становится видной фигурой.
На той же раде, на которой был избран Мазепа, были подписаны в качестве дополнения к предыдущим договорам так называемые "Коломацкие статьи", направленные на укрепление российской власти в Малороссии. Первые годы своего гетманства Мазепа показал себя рьяным сторонником Петра, вызвав недовольство со стороны, прежде всего, запорожского казачества. В 1692 г. в Украине было сильное движение против гетмана, которое возглавил бывший войсковой писарь Петро Иваненко (Петрик), призвав на помощь крымских татар. В течение трех лет Петрик "баламутил" Украину, но Мазепа решительными действиями расправился с бунтовщиком, которому не удалось завоевать всенародное признание.
В 1695 г. царь Петр предпринял новые походы против Крыма и Турции. Первый поход под Азов окончился неудачей, но следующий ознаменовался блестящим успехом: крепость Азов была взята. В этой кампании чуть ли не решающую роль сыграли 15 тыс. казаков под командованием черниговского полковника Якова Лизогуба. Сам же Мазепа вместе с фельдмаршалом Шереметьевым защищал южные границы, не давая возможности туркам и татарам придти на помощь осажденному Азову. Доверие и благодарность царя были так велики, что гетман Мазепа третьим по счету получил только что учрежденный орден Андрея Первозванного.
Зрелый политик, Мазепа умел угождать царю, не вызывая при этом неприязни у своих старшин. Царь щедро платил ему за верность: Мазепа стал одним из самых богатых людей в Российской империи, он владел 100 тыс. крестьян в Украине и 20 тыс. в российских уездах. В свою очередь, Мазепа одаривал генеральную старшину и полковников имениями, закрывая глаза на их алчность.
Надо отдать должное, Мазепа много сделал для всестороннего культурного развития Украины. Он построил множество православных церквей, за время его гетманства Киевско-Могилянская академия построила новые корпуса, где число обучающихся студентов доходило до 2 тысяч, было построено множество школ и типографий. На фоне предыдущих гетманов Мазепа представлялся царю идеальным наместником. Но, события начала XVIII в. в корне изменили российско-украинские отношения, испытав их на надежность и прочность.
В 1700 г. началась Северная война со шведами. 18-летний шведский король Карл XII вошел в российские пределы. Петр двинул против него наспех собранную 35-тысячную армию, состоявшую из новобранцев под командованием иностранцев. Под Нарвой 8-тысячный корпус шведов наголову разбил русскую армию, а генералов взял в плен. По царскому указу Мазепа выслал под Нарву до 10 тыс. казацкого войска, которому так и не удалось войти в контакт с противником. Они стали лишь свидетелями бегства русского войска, и вернулись домой оборванными и без коней. Через 8 месяцев Карл XII разбил русскую армию под Ригой. Только за эти два сражения русскими была потеряна почти вся артиллерия. Именно после этого На театре военных действий началось долгое семилетнее противостояние, во время которого Петр фактически заново создал и подготовил к военным действиям армию.