После смерти Пачакути Тупак Юпанки отправился в новый поход. Без особого труда им были подчинены мелкие государства и племена центрального и южного побережья Перу. С упорным сопротивлением инки встретились лишь в небольшой долине Каньете, южнее Лимы. Еще легче, чем захват южного побережья Перу, прошло покорение тысячекилометровых пространств к югу от Титикаки. Небольшие группы скотоводов, земледельцев и рыбаков в местных оазисах не были в состоянии оказать его армии заметного сопротивления. После южного похода Тупака Юпанки империя достигла своих естественных границ. Были объединены под одной властью народы, жившие на плоскогорье в горных долинах и в оазисах Тихоокеанского побережья. Инкские правители пытались раздвинуть рубежи своего государства также и на восток. Преемник Тупака Юпанки Уайна Капак одержал победу над племенами чачапоя в Восточных Кордильерах. Однако дальше к востоку – в Амазонию – инки продвинуться не смогли. Восточная граница была единственной, которая нуждалась в постоянной защите. Здесь инки возвели серию крепостей, а на территории современной Боливии эти крепости даже были соединены тянущейся по гребням гор каменной стеной протяженностью почти 200 км.
При Уайне Капаке (1493-1525 гг.) империя инков достигла апогея развития. После его смерти вспыхнула междоусобная война двух претендентов на инкский престол – Атауальпы и Уаскара, закончившаяся победой Атауальпы. Этой борьбой воспользовался Писсаро, заманивший Атауальпу в ловушку. Взяв с Атауальпы огромный выкуп золотом, испанцы затем казнили его и возвели на трон младшего брата Уаскара Манко Капака. Последний вскоре поднял восстание, но не смог отвоевать Куско и увел своих сторонников на северо-запад от столицы, где в труднодоступном горном районе создал так называемое Новоинкское царство. Последний его правитель был казнен испанцами в 1572 году [17, с.56].
В 1524 году Франциско Писсаро вместе с Диего де Альмагро и священником Эрнандо де Люке организовывает экспедицию по неоткрытым территориям Южной Америки. В 1527 году Писсаро попадает в город инков Тумбес. От местных жителей он узнает о большом количестве золота и серебра украшающие сады и храмы в глубинах их земель. Примерно в это же время умирает Уайна Капака (Сапа Инка). И среди его приближенных начинается борьба за власть. При помощи хитрости и силы трон захватывает один из сыновей Уайна Капака Атуальпа. В 1532 году Писсаро с Альмагро вернулись в Тумбес вместе с 160-тью хорошо вооруженными авантюристами. На месте когда–то цветущего города они застали лишь руины. Он сильно пострадал от эпидемии, а потом и от гражданской войны. В итоге Писсаро отправляется ко двору Атауальпы. Узнав о передвижении белых людей внутри его страны, Атауальпа приглашает их к себе в гости. Со слов посла он понял, что испанцы выглядят и настроены дружелюбно. Во время встречи с послом Писсаро сделал подарки монарху и много говорил о мире. Писсаро разместил своих людей на открытом пространстве, на главной площади города Кахамарк. Он отправил Эрнандо де Сото засвидетельствовать своё почтение Атауальпе, с тем, чтобы тот попытался соблазнить его своим предложением, встретиться лично. Атауальпа соглашается нанести визит Писсаро в Кахамарке. Писсаро же следуя примеру Кортеса, который завоевал могущественную империю ацтеков с помощью похищения императора, начал готовить свою засаду [20, с.35].На рассвете Писсаро разместил своих людей в строениях вокруг площади. На закате к площади приблизился императорская процессия. Атауальпу несли 80 слуг на деревянных носилках, инкрустированных золотом и со всех сторон украшенных перьями попугаев. Они пришли без оружия. На площади они увидели лишь одного доминиканского монаха в сутане с крестом в одной и Библией в другой руке. По закону Испании, захватчики обязаны были предоставить возможность дикарям принять «истинную веру». Атуальпа в оскорбительных словах отказывается, и Писсаро, практически без потерь, захватывает правителя инков в плен. Поняв, что белых людей манит золото, он решил откупиться, предложив за свою свободу наполнить комнаты, в которых он находился, золотом, а так же дважды «набить серебром индейскую хижину». Вместо освобождения Атауальпа таким предложением подписал свой смертный приговор. Приказав, сорвать всё золото в Куско, и доставив его испанцам, он лишь разжёг их страсть к драгоценному металлу. Инки не воспринимали золото и серебро как что-то ценное. Для них это был просто красивый металл. Золото они называли «потом Солнца», а серебро «слезами Луны». Для них ценными были ткани, так как на их изготовление уходило много времени [17, с.86].
На заседании совета, возглавляемого самим Писсаро, было решено сжечь Атауальпу. Писсаро понимал, какие выгоды ему сулит местный правитель под испанским контролем. Он остановил выбор на сыне Уайны Капака – Манко Инке. Когда испанцы прибыли в Куско, их встречали как доброжелателей, восстановивших законную правящую ветвь инков, хотя все мумии до их появления были надёжно спрятаны. Но бесчинства, творимые испанцами, привели к тому, что Манко наотрез отказался от сотрудничества и предпринял попытку покинуть Куско. Испанцы вернули его в столицу, закованным в цепи. В итоге Манко снова, но уже удачно, сбегает. Как только он выбрался за пределы Куско, он призвал свой народ к мятежу. Дело кончилось осадой Куско, которая продолжалась почти целый год. Безнадёжность осады стала ясна, когда из Испании прибыло подкрепление. После провала осады Куско Манко увёл с собой в густые джунгли 20000 своих соотечественников. Там они за короткий срок возвели новый город Вилькабамба. Из этого города инки порой совершали набеги на завоевателей, нападая на сторожевые посты. В 1572 году испанцы решили покончить с этим последним оплотом, как свидетельством прежнего могущества туземцев [20, с.112]. Добравшись до Вилькабамбы, они на месте города нашли лишь пустынные развалины. Защитники, перед тем как покинуть город, сожгли его. Испанцы продолжили погоню, проникая всё дальше и дальше в джунгли. В итоге ими был захвачен последний вождь инков Тупак Амару. Его привезли в Куско и отрубили голову на городской площади. Так пресеклась династия правителей инков.
В Испанию было вывезено огромное количества золота и серебра. Предметы искусства, как правило, переплавлялись перед вывозом. Самые прекрасные изделия доставлялись ко двору Карла V, затем они были выставлены для всеобщего обозрения в Севилье. Когда Карл начал испытывать нехватку в средствах для проведения военных кампаний, было велено переплавить эти выдающиеся произведения инкского искусства. Итогом пятидесятилетнего пребывания испанцев стало сокращение коренного населения – на три четвери. Многие умерли от болезней, завезённых из Старого Света, а многие от каторжного труда.
Таким образом, великая империя инков погибла от руки более хитрого и могущественного противника – испанцев. Культура народа, захватившего огромные территории, строившего великолепные сооружения, имевшего хорошо организованное войско, была уничтожена до основания. Осталось совсем немного археологических доказательств ее существования. В основном мы знаем о культуре инков из записей испанцев. Цивилизация инков развивалась быстрыми темпами. Буквально несколько десятилетий им хватило для того, чтобы достигнуть столь высокого уровня: четкий аппарат управления, организованная армия, города с могучими сооружениями. Инки так же, как и ацтеки, пришли на земли, где до них уже существовали древние цивилизации, и тоже имели не так много времени перед вторжением испанцев, чтобы сплотить вокруг себя только что побежденные народы. Сравнивая их с другими цивилизациями, сразу обнаруживаешь, что в жизни и религии инков было намного меньше мистики и философии, чем у ацтеков или майя. Зато у инков были большие организационные способности, направленные на создание одной из самых консолидированных теократических империй в истории человечества. Если ацтеки прославились своим богатым наследием в виде философских трактатов и знаний в области астрономии, то инки достигли непревзойденного уровня урбанизации, включая сложную транспортную систему, которая связывала их высокогорную столицу Куско со всем регионом Анд.