Архієпископа Агапіта (Вишневського), який був членом Святого Синоду, створеного Директорією, був звинувачений у пропагуванні автокефального руху серед київського кліру. Його засудив «Священний Синод юга России», позбавили панагії та заслали до монастиря. Богослужіння українською мовою було знову повністю заборонено.
У грудні 1919 року, під натиском більшовиків, разом з денікінцями залишив Київ, й Антоній. Управління Київською єпархією знову перейшло єпископові Назарієві Блінову.
4. Під більшовиками
Після остаточного встановлення більшовицької влади в Україні деякий час російське партійне керівництво проводило толерантну політику щодо української автокефалії, з метою послабити вплив патріарха Тихона та підпорядкувати РПЦ собі.
5 травня 1920 р. УАПЦ проголосила про своє відновлення як незалежної Помісноі Церкви. Тим часом в Україні не залишилось ні одного єпископа, який би був прихильником української церкви. Одночасно більшість священиків та мирян підтримували дії Всеукраїнської церковної ради.
У жовтні 1921 року на Свято Покрови зусиллями Липківського і його однодумців було скликано Перший Всеукраїнський Церковний Собор — у Софії Київській. Собор, що проходив з 14 по 30 жовтня, підтвердив автокефалію УАПЦ, проголошену Всеукраїнською Православною Церковною Радою 5 травня, і вписав її до канонів УАПЦ, як одну з головних засад: «Українська Православна Церква є автокефальною, ніякому духовному урядові інших Православних Церков не підлегла, і сама порядкує своїм духовним життям за провідництвом Святого Духа.»
На Першому Всеукраїнському Церковному Соборі було проголошено три основні засади УАПЦ — автокефалію, соборноправність, українізацію.
Автокефалія, тобто незалежність Української Церкви від будь-якої чужої церковної влади,
Соборноправність. тобто участь усіх вірних у розв'язуванні справ Церкви через своїх представників на Соборах — парафіяльних, єпархіяльних і Всеукраїнському, імпонувала всім, хто стояв на засадах боротьби з більшовицько-комуністичною диктатуро
Українізація сприймалась всіма, хто визнавав право на життя української культури, рідної мови, рідної пісні, рідних звичаїв і обрядів.
Жоден єпископ (усі вони належали до Російської православної церкви в Україні) не захотів узяти участь у Соборі українських православних. Це означало, згідно з канонами Церкви, що Собор не мав права обирати предстоятеля церкви (митрополита) та, в результаті, покладати єпископів. Для багатьох віруючих тоді повстало запитання — чи був присутній на Українському Соборі Христос, чи говорив на Соборі Дух Святий?
В ситуації, коли неможливо було провести канонічне поставлення єпископів, собор вирішив провести висвячення єпископів через рукоположення самих священиків. Таким чином було висвячено протоієрея Василя Липківського, який став митрополитом УАПЦ та протоієрея Нестора Шараївського. Після цього, вони рукоположили інших 27 єпископів для УАПЦ.
Після уважного обговорення тез отця Василя Собор визнав своє зібрання канонічним і правочинним голосом усієї Української церкви.
Всеукраїнський церковний собор висвятив — покладанням рук усього духовенства — свого першого єпископа Василя Липківського й обрав його главою Української автокефальної православної церкви — Митрополитом Київським і всієї України. Після цього була висвячена українська ієрархія й затверджені головні — нові й необхідні — засади життя Української церкви, такі, як автокефалія, відокремлення від держави, соборність, а також — рідна мова в храмах та в церковних школах. Таким древнім християнським чином Василь Липківський став митрополитом і приступив до реформації УАПЦ.
Собор проголосив створення Української Автокефальної Православної Церкви, наголосив на непідлеглості Церкви керівництву інших церков і визнав примусовий перехід Київської церкви під зверхність Московського патріархату 1686 року аморальним та антиканонічним актом. Сакральною мовою Церкви була визнана українська. Склад Собору втілював принцип соборноправності: приблизно сьома частина його делегатів були священнослужителями, решта — миряни, і серед них академіки Агатангел Кримський та Сергій Єфремов, професори Володимир Чехівський, Василь Данилевич, Григорій Стороженко та Петро Стебницький, композитор Кирило Стеценко, письменники Людмила Старицька-Черняхівська та Григорій Косинка.
Звертаючись у завершальний день Собору до українського православного люду, Василь Липківський сказав: «Все, що сталося, було підготовлено найкращими силами України», — і закликав делегатів «не тільки берегти Церкву, а й ширити. Кожен з вас повинен бути апостолом церкви Української».
Перші місяці після Собору 1921 року в Києві панувало духовне піднесення. Щодня правилися Служби Божі у Святій Софії, виступали проповідники, відбувалися висвяти нових священиків. Протягом двох місяців було висвячено близько 200 священиків і стільки ж дияконів. Наприкінці 1926 року УАПЦ мала 32 єпископи, близько 3000 священиків і майже 6 млн. вірних.
Незважаючи на для декого сумнівний спосіб висвячення українська церква швидко здобула велику кількість мирян. В 1927 році вона мала кілька тисяч церков по всій Україні.
Керівництво церквою здійснював Всеукраїнський православний церковний собор, а в міжсоборний період - постійно діюча Всеукраїнська православна церковна рада (ВПЦР); на місцевому рівні - округові, районні, парафіяльні собори та відповідні їм церковні ради. Головами ВПЦР були: Михайло Мороз (1919-24); протодиякон Василь Потієнко (1924-25), єпископ Петро Ромоданів (1926-27), протоієрей Леонід Юнаків (1927-30).
Після короткого часу толерантності, більшовики розпочали терор проти української церкви. 1927 року під натиском ГПУ було знято митрополита Липківського.
Внутрішні (здавалося б) певні непорозуміння, зокрема у особистісних відносинах, конфліктні ситуації, поява «опозиції», зневіра частини духовенства у можливості подальшого пастирського служіння не були суто власними, внутрішніми проблемами УАПЦ. Вони привносилися, підживлювалися, роздмухувалися ззовні — силами ГПУ.
Наступником митрополита Липківського став Микола (Борецький). Проте й він недовго пробув на митпрополичій кафедрі. За декілька років шляхом терору, арештів та розстрілів радянська влада повністю знищила всіх священиків та багато мирян УАПЦ. Єдиний з єпископів, якому вдалося вижити, був Іван Теодорович, який 1925 року, за дорученням митрополита Липківського виїхав до США. Пізніше він очолив Українську Православну Церкву у США.
1929 року, заарештовує більшість діячів УАПЦ, а 28—29 січня 1930 року інсценізований владою Надзвичайний Собор у Києві ліквідує УАПЦ. Деякий час напівзнищену церкву очолював Іван (Павловський).
22 жовтня 1937 року Митрополита Василя Липківського вчергове заарештували. Старша дочка та двоє синів Липківського теж були заарештовані й відправлені до Сибіру. За рішенням так званої «трійки» НКВД — Митрополита, якому на той час було 74 роки, було розстріляно 27 листопада 1937 року. Все священство та активні вірні УАПЦ були заарештовані, заслані та розстріляні НКВД протягом 1930 — 1937 рр. Напередодні Другої світової війни були ліквідовані майже всі прояви УАПЦ в радянській Україні.
Незважаючи на те, що священство УАПЦ протягом 1926—1937 років винищено большевицькими окупантами, єпархії УАПЦ продовжували діяти у Канаді та США під керівництвом митрополита Івана (Теодоровича).
5. Переплетіння двох шляхів автокефального руху
З самого початку існування сучасний український автокефалістський рух відрізнявся намаганням бути повноцінною Православною Церквою із законним єпископатом, з дотриманням всіх канонічних приписів Православної Церкви. Фактично відразу перемогла орієнтація на зразок УАПЦ 1942 року. Ідеї ж соборноправності та народності Церкви втілювалися в життя в межах звичайного канонічного устрою, що зробило УАПЦ традиційною Церквою українського народу. Від такої Церкви можна було сподіватися лише власного церковного (ритуального) життя, але не провідної ролі в духовному житті народу взагалі.
Автономістська тенденція в межах Московської Патріархії була пов'язана із діяльністю тодішнього Митрополита Київського Філарета. Ця тенденція була породжена його прагненням зберегти владу спершу як екзарха, а потім і в межах можливої автокефальної Церкви. Боротьба за автономізацію УПЦ мала своїм здобутком грамоту Московського Патріарха «про права широкої автономії» 1990 року. На основі цього статусу Митрополит Філарет порушив питання про автокефалію УПЦ. В цьому прагненні він був підтриманий не лише єпископатом. По всіх єпархіях відбувалися збори духовенства, проводилися голосування, в ході яких переважна більшість священиків висловилась за автокефалію. Але внаслідок заклику Патріарха про безпосереднє підкорення йому українських громад за можливої самостійності УПЦ, фактична відмова від розгляду питання про автокефалію, організація кампанії з дискредитації Патріарха Філарета привели УПЦ в 1992 році до розколу. Ті, хто залишилися вірні ідеї автокефалії, об'єдналися із УАПЦ, яка на той час вже мала тисячу громад в Україні. Ті, хто хотіли єдності з РПЦ або повірили обіцянкам розглянути питання української автокефалії пізніше, залишилися в УПЦ МП.
Українська Православна Церква Київського Патріархату була зареєстрована через зміни в статуті УАПЦ. Тоді ж єпископи УАПЦ, щодо свячень яких у Митрополита Філарета були сумніви, отримали повторні свячення.