В результате вторжения, Югославия расчленена на части. Германия аннексирует северную Словению, Венгрия - западную Воеводину, Болгария - вардарскую Македонию, Италия - южную Словению, часть побережья Далмации, Черногорию и Косово. Хорватия объявлена независимым государством под итало-немецким протекторатом. В Сербии создано коллаборационистское правительство Недича.
После разгрома Греции Болгария аннексирует восточную Македонию и западную Фракию. Остальная часть страны разделена на итальянскую (западную) и германскую (восточную) оккупационные зоны.
В апреле 1941 года, в результате переворота в Ираке, власть захватывает прогерманская националистическая группировка Рашида Али-Гайлани. По договоренности с режимом Виши, Германия приступает к транспортировке через Сирию, подмандатную Франции, военного снаряжения в Ирак. Но занятые подготовкой к войне с СССР немцы не в состоянии оказать существенной помощи иракским националистам. Английские войска вторгаются в Ирак и свергают правительство Али-Гайлани. Англичане вместе с частями "Сражающейся Франции" вторгаются в Сирию и Ливан и вынуждают вишистские войска капитулировать.
По оценкам руководства Великобритании и СССР существовала угроза вовлечения в 1941 году на сторону Германии в качестве активного союзника Ирана. Поэтому была осуществлена совместная англо-советская операция по оккупации Ирана. Её целью являлась защита иранских нефтяных месторождений от возможного захвата их войсками Германии и защита транспортного коридора (южный коридор), по которому союзниками осуществлялись поставки по ленд-лизу для Советского Союза. В ходе операции вооружённые силы союзников вторглись в Иран и установили свой контроль над железными дорогами и нефтяными месторождениями Ирана. При этом войска Великобритании оккупировали южный Иран. Войска СССР оккупировали северный Иран.
В Китае японцы в 1939—1941 годах захватили юго-восточную часть страны. Китай из-за сложной внутриполитической обстановки в стране не мог оказать серьёзного отпора.
После капитуляции Франции администрация Французского Индокитая признала вишистское правительство. Таиланд, воспользовавшись ослаблением Франции, выступил с территориальными претензиями на часть Французского Индокитая и в октябре 1940 года таиландские войска вторглись в Французский Индокитай. Таиланду удалось нанести ряд поражений вишистской армии и под давлением Японии Режим Виши вынужден был подписать мирный договор, по которому Таиланду отошёл Лаос и часть Камбоджи.
После потери вишистским режимом ряда колоний в Африке, возникла также угроза захвата Индокитая британцами и деголлевцами. Чтобы не допустить этого, в июне 1941 года фашистское правительство согласилось на ввод в колонию японских войск.
В июне 1940 года Гитлер приказывает начать подготовку нападения на СССР, и начинает разработку плана нападения под кодовым названием - "Операция Барбаросса". На совещании с высшим военным командованием Гитлер заявил: Надежда Англии — Россия и Америка. Если рухнут надежды на Россию, Америка также отпадёт от Англии, так как разгром России будет иметь следствием невероятное усиление Японии в Восточной Азии. Если Россия будет разгромлена, Англия потеряет последнюю надежду. Тогда господствовать в Европе и на Балканах будет Германия. Вывод: В соответствии с этим рассуждением Россия должна быть ликвидирована. Срок — весна 1941 года. Операция будет иметь смысл только в том случае, если одним стремительным ударом разгромить всё государство целиком (только захвата какой-то части территории недостаточно). Продолжительность операции — пять месяцев. Операция распадается на: 1-й удар: Киев, выход на Днепр; авиация разрушает переправы. Одесса. 2-й удар: Через Прибалтийские государства на Москву; в дальнейшем двусторонний удар — с севера и юга; позже — частная операция по овладению районом Баку. 18 декабря 1940 года план "Барбаросса" утверждён Верховным главнокомандующим вермахта. Примерный срок завершения военных приготовлений — 15 мая 1941 года. С конца 1940 года началась постепенная переброска немецких войск к границам СССР, интенсивность которой резко увеличилась. В январе 1941 года в СССР проходят штабные игры, в которых рассматривались действия крупной ударной группировки советских войск с государственной границы СССР в направлении (соответственно) Польша — Восточная Пруссия и Венгрия — Румыния. Отработка планов обороны вплоть до 22 июня не проводилось.
27 марта в Югославии происходит переворот и к власти приходят антинемецкие силы. Гитлер принимает решение о проведении операции против Югославии и помощи итальянским войскам в Греции, откладывая весеннее нападение на СССР на июнь 1941.
В конце мая — начале июня СССР проводит учебные сборы, по которым должно было быть призвано 975 870 военнообязанных на срок от 30 до 90 дней. Некоторые историки находят в сборах признаки подготовки СССР к нападению на Германию.
10 июня 1941 года главнокомандующим Сухопутными войсками Германии генерал-фельдмаршалом Вальтером фон Браухичем был издан приказ о сроке начала войны против СССР — 22 июня.
13 июня в западные округи были отправлены директивы ("Для повышения боевой готовности…") о начале выдвижения частей первого и второго эшелонов к границе, в ночное время и под видом учений. 14 июня 1941 года выходит сообщение ТАСС, что для войны с Германией нет никаких оснований и что слухи о том что СССР готовится к войне с Германией, являются лживыми и провокационными. 18 июня издан приказ о приведении в полную боевую готовность некоторых частей западных округов. 21 июня, после поступления нескольких сведений о завтрашнем нападении, в 23:30 в войска направлена Директива № 1, содержавшая вероятную дату нападения Германии и приказ быть в боеготовности. К 22 июня советские войска не были развёрнуты и начали войну разделёнными на три несвязанных оперативно эшелона. Некоторые историкирассматривают движение советских войск к границе не как оборонительную меру, а как подготовку нападения на Германию, называя различные даты нападения: июль 1941 года, 1942 год, а также выдвигают тезис о превентивной войне Германии против СССР, либо как признак подготовки к нападению или отражению агрессии.
22 июня 1941 года Германия при поддержке своих союзников - Италии, Венгрии, Румынии, Финляндии и Словакии — вторглась в СССР. Началась советско-германская война, в советской и российской историографии именуемая Великой Отечественной войной. Немецкие войска наносят мощный внезапный удар по всей западной советской границе тремя крупными группами армий: "Север", "Центр" и "Юг". В первый же день уничтожена или захвачена значительная часть советских боеприпасов, горючего и военной техники. Советские фронты пытаются нанести контрудары, однако терпят неудачу. К концу первой декады июля немецкие войска захватывают Латвию, Литву, Белоруссию, значительную часть Украины и Молдавии. Основные силы советского Западного фронта разгромлены в Белостокско-Минском сражении. Советский Северо-Западный фронт потерпел поражение в приграничном сражении и отброшен. Однако советский контрудар под Сольцами, привёл к приостановке немецкого наступления на Ленинград.
22 июня в шесть часов утра советские самолёты бомбят Хельсинки.
25 июня советские самолёты бомбят финские аэродромы.
26 июня в контрнаступление переходят финские войска и вскоре возвращают себе Карельский перешеек, ранее захваченный Советским Союзом (не переходя старую историческую российско-финскую границу на Карельском перешейке). 29 июня германо-финские войска предпринимают наступление в Заполярье, но продвижение вглубь советской территории остановлено.
На Украине советский Юго-Западный фронт также терпит поражение и отброшен от границы, но контрудар советских мехкорпусов не позволяет немецким войскам совершить глубокий прорыв и захватить Киев.
В новом наступлении на центральном участке советско-германского фронта, предпринятом 10 июля, группа армий "Центр" уже 16 июля захватывает Смоленск и окружает основные силы воссозданного советского Западного фронта. На волне этого успеха, а также учитывая необходимость поддержать наступление на Ленинград и Киев, Гитлер, несмотря на возражения армейского командования, отдаёт приказ перенести направление главного удара с московского направления на южное (Киев, Донбасс) и северное (Ленинград). В соответствии с этим решением танковые группы, наступавшие на Москву, выведены из состава группы "Центр" и направлены на юг (2-я танковая группа) и на север (3-я танковая группа). Наступление на Москву должны продолжить пехотные дивизии группы армий "Центр", однако сражение в районе Смоленска продолжалось, и группа армий "Центр" получила приказ перейти к обороне. Таким образом, наступление на Москву было отложено. 8-9 августа группа армий "Север" возобновила наступление на Ленинград. Фронт советских войск рассечён, они вынуждены отходить по расходящимся направлениям к Таллину и Ленинграду. Оборона Таллина сковала часть немецких сил, однако советские войска вынуждены начать эвакуацию. 8 сентября, с захватом Шлиссельбурга, немецкие войска берут Ленинград в кольцо. Однако новое немецкое наступление с целью захвата Ленинграда, не привело к успеху. К тому же основные ударные соединения группы армий "Север" вскоре должны были быть высвобождены для нового наступления на Москву. Не сумев взять Ленинград, группа армии "Север" предпринимает наступление на тихвинском направлении, намереваясь соединиться с финскими войсками восточнее Ленинграда. Однако контрудар советских войск под Тихвином останавливает противника.
На Украине в начале августа войска группы армий "Юг" отрезают от Днепра и окружают под Уманью две советские армии. Однако захватить Киев им снова не удалось. Только после поворота войск южного фланга группы армий "Центр" (2-й армии и 2-й танковой группы) на юг положение советского Юго-Западного фронта резко ухудшилось. Немецкая 2-я танковая группа, отразив контрудар Брянского фронта, форсирует Десну и соединяется с 1-й танковой группой, наступавшей с Кременчугского плацдарма. В результате сражения за Киев оказался полностью разгромлен советский Юго-Западный фронт. Катастрофа под Киевом открыла немцам путь на юг и 1-я танковая группа вышла к Азовскому морю у Мелитополя, отрезав войска Южного фронта. В октябре 1941 года немецкие войска захватывают почти весь Крым, кроме Севастополя. Поражение на юге открыло немцам дорогу на Донбасс и Ростов. В октябре пал - Харьков, Таганрог заняты основные города Донбасса. В ноябре 1-я танковая армия вошла в Ростов-на-Дону, достигнув, таким образом, целей плана "Барбаросса" на юге. Однако советские войска выбивают немцев из Ростова. До лета 1942 линия фронта на юге устанавливается на рубеже р. Миус.