Асноўны ўдар па дзяржаўнай самастойнасьці Вялiкага Княства Літоўскага быў зроблены Люблінскай вуніей у 1569 г. Прадстаўнікі беларусаў, украінцаў і ліцьвіноў, на самым пачатку Люблінскага сойму, зажадалі зацьверджаньня каралём апошня апрацаванага і папраўленага Літоўскага Статуту, запэўняючага непадзельнасьць і самастойнасьць Вялiкага Княства Літоўскага. Аднак палякі на гэта не згадзіліся. Тады прадстаўнікі Беларусі пачалі раз'яжджацца з сойму, хочучы такім чынам прыпыніць ход вуніі. Палякі скарысталі з іх ад'езду і пачалі рабіць націск на прадстаўнікоў паасобных земляў. Такім чынам Палесьсе было змушана згадзіцца асобна на вунію, пасьля – Валынь, Падольле, Брацлаўскае і Кіеўскае ваяводзтвы. Усе гэтыя абшары былі адабраны ад Вялiкага Княства Літоўскага і далучаны непасрэдна да Польшчы. Беларусь і Жамойць найбольш цьвёрда супроцьставіліся вуніі. Але, пад уплывам трываючай цяжкой вайны з Масквой і яны былі змушаны пагадзіцца на вунію з Польшчай. На аснове гэтай вуніі:
1) Вялiкае Княства Літоўскае і Польшча на вечныя часы зьліваліся ў вадно дзяржаўнае цела з адным каралём, выбіраным на супольным сойме;
2) быў устаноўлены адзін супольны сэнат і сойм пад старшынствам караля, скліканыя ў Польшчы;
3) быў скасаваны асобны сойм Вялiкага Княства Літоўскага;
4) былі захаваныя асобныя назовы дзяржаваў: Карона Польская і Вялікае Княства Літоўскае;
5) Вялiкае Княства Літоўскае захавала асобную адміністрацыю, асобны скарб і асобнае войска;
6) жыхары ВКЛ на роўні з палякамі мелі карыстацца ўсімі сваімі правамі грамадзянскімі і рэлігійнымі;
7) у ВКЛ усе акты і законы і усё справаводзтва ў судох – будуць на беларускай мове;
8) грамадзяне абоіх дзяржаваў могуць вольна сяліцца ў тэй краіне, гдзе захочуць.
Фактычна вунія шырака адчыніла дзьверы для польскай экспансыі на Беларусь. Распачалася польская колёнізацыя Беларусі і акаталічваньне, што было тады адназначна з апалячваньнем. Ад Люблінскай вуніі ідзе сталае гострае змаганьне ў ВКЛ паміж беларусамі, украінцамі і жмудзінамі з аднаго боку, і палякамі – з другога. У працэсе гэтага нацыянальнага змаганьня палякі заціснулі беларускую нацыянальнасьць, забараліні ў дзяржаўным ўжытку беларускую мову і амаль зьнішчылі праваслаўе. У разгарнуўшайся барацьбе з боку беларусоў і ўкраінцаў бралі ўдзел вышэйшыя грамадзкія станы, царкоўныя брацтвы і казакі. 3 бегам часу вышэйшыя грамадзкія станы Беларусі былі акаталічаныя і спалянізаваныя, брацтвы здушаны тэррорам, збройныя казацкія змаганьні патоплены ў крыві паўставаўшых беларусоў і ўкраінцаў. Перахавальнікамі праваслаўя і беларускай нацыянальнасьці засталіся сяляне і мяшчане з часткай нізавога духавенства.
Ужо ў 1576 г. да караля Сьцяпана Баторыя паступалі лісты ад беларускай і ўкраінскай шляхты з зажаленьнямі, што з каралеўскай канцэлярыі высылаюцца граматы на польскай мове, а не на беларускай, наўсуперак Люблінскай вуніі, і прасілі на будучыню высылаць граматы на рускай (беларускай) мове.
Асабліва моцную каталіцкую і полёнізацыйную акцыю на Беларусі праводзілі іезуіты, якіх запрасіў на Беларусь віленскі біскуп Валер'ян Пратасэвіч у 1569 г. для барацьбы з пратэстантамі і праваслаўнымі. Іезуіты сталі дараднікамі каралёў, дыплёматамі, выхаваў-цамі, пэдагогамі і прапаведнікамі. Іезуіты былі сярод выдатных польскіх палітыкаў, як Пётра Скарга, і яны былі пружынай нячуванага ўціску і прасьледу праваслаўя і беларускасьці. Пад іх уплывам кароль Сьцяпан Баторы, здабыўшы Полацк у 1579 г. падчас вайны з маскоўцамі, усе 8 праваслаўных цэркваў гораду, усе 7 манастыроў з усімі прыналежнымі маемасьцямі, адабраў ад праваслаўных і аддаў іезуітам. Усё жыхарства Полацку было тады праваслаўным і для яго кароль пакінуў толькі адну кафэдральную Сафійскую царкву. Варшаўскі сойм з І585 г. зацьвердзіў за іезуітамі ўсе гэтыя цэрквы, манастыры і маемасьці. Гэта толькі адзін з прыкладаў жорсткага рэлігійнага прасьледу праваслаўных беларусаў праз польскае ваюючае каталіцтва.
З мэтай каталічаньня і полёнізацыі вышэйшых пластоў беларускага жыхарства іезуіты арганізавалі ў 1570 г. у Вільні калегію, узвышаную да ўзроўню акадэміі ў 1578 г. У 1586 г. яны заснавалі ў Вільні яшчэ дзьве сэмінарыі. Асьветную, місыянерскую і харытатыўную дзейнасьць іезуіты разгарнулі і па іншых гарадох Беларусі. Такім шляхам яны навярнулі на каталіцтва многіх праваслаўных і пратэстантаў.
Беларусы баранілі праваслаўе і сваю нацыянальнасьць шляхам арганізацыі брацтваў, якія клапаціліся аб сваіх цэрквах, пшіталях, ладзілі гадавыя сходы і мелі свае касы. Некаторыя брацтвы былі збліжаны па свайму характару да прафэсыйных арганізацыяў. 3 брацтваў ведамыя: у Вільні – брацтва панскае, купецкае і кушнерскае; у Мсьціслаўлі – мяшчанскае; на Росах у Вільні ў 1582 г. арганізавалася пры царкве Прачыстай Багародзіцы брацтва шапачнікаў, сярмяжнікаў і нагавічнікаў; у 1589 г. у Магілеве паўстала кушнерскае брацтва; у Вільні арганізавалася «брацтва царкоўнае траецкае». Гэта апошняе брацтва займалася дапамогай цэрквам, шпіталям, бедным і няшчасным; але за сваю галоўную справу яно ўважала: ўтрыманьне школы і друкарні, узгадаваньне моладзі ў духу праваслаўя і выдаваньне кнігаў патрэбных царкве. Траецкае брацтва знаходзілася ў сувязі з падобным украінскім брацтвам у Львове.
Распачалася рэлігійная палеміка паміж іезуітамі – з аднаго боку, а праваслаўнымі і пратэстантамі – з другога боку. Каталікі выкуплялі кнігі сваіх супраціўнікаў, а каталіцкі біскуп, Юры Радзівіл, загадаў забраць усе некаталіцкія кнігі ў Вільні і яны былі публічна спалены перад іезуіцкім касьцёлам сьв. Яна ў Вільні ў 1581 г.
У 1582 г. папа Грыгор ІІІ увёў новы каляндар, а кароль Сьцяпан Баторы зараз-жа выдаў загад, якім новы каляндар павінен быў быць прыняты ў Полыпчы і ВКЛ усімі веравызнаньнямі. Зараз пасьля гэтага каталіцкае духавенства ў праваслаўныя сьвяты па старому каляндару па ўсей Беларусі распачало пагромы праваслаўных; у суправаджаньні ўзброеных людзей яно ўрывалася ў праваслаўныя цэрквы, выганяла молячыхся, запячатывала цэрквы і забірала царкоўныя ключы. Пачаліся царкоўныя забурэньні супроць польскіх гвалтаў. Дзеля гэтага Сьцяпан Баторы выдаў новыя загады ў якіх выясьнялася, што новы каляндар уводзіцца для цывільных спраў, а рэлігійныя сьвяты вольна ўстанаўляюцца рэлігійнымі дзейнікамі.
У гэту пару праваслаўныя беларусы не цярпелі пасыўна каталіцкіх нападаў. Яны дзеілі ня толькі пратэстамі перад уладамі і жальбамі каралю. Праваслаўныя стасавалі тыя мэтады, якія ўжывалі каталікі: палянізацыйным школам каталікоў яны супроцьставілі свае беларускія школы, супроць каталіцкіх брацтваў – арганізавалі праваслаўныя брацтвы, супроць каталіцкіх публікацыяў друкавалі свае кнігі, супроць націску каталікоў з новым каляндаром – ужывалі свой націск гдзе маглі.
У барацьбе праваслаўных супроць каталіцка-польскага наступу, мітрапаліт, япіскапы і пастыры ня прымалі ніякага ўдзелу, хаця гэта быў іх непасрэдны абавязак і яны мелі вялікія матар'яльныя сродкі. Уладыкі змагаліся толькі за свае асабістыя і маемасныя інта-рэсы. Віленскія праваслаўныя бурмісты і радцы прасілі караля, каб ён, утрымліваючы старыя парадкі, дазволіў ім кантраляваць маемасьць траецкага манастыра, чаму пачаў перашкаджаць новы мітрапаліт Анісіфар, а па сьмерці мітрапаліта, каб гэты манастыр быў адданы пад уладу і падаваньне віленскім бурмістрам і радцам. Кароль сваей граматай з 1584 г. згадзіўся з прозьбай, а ў асаблівасьці адцеміў, што даходы з маемасьцяў манастыра, згодна з прозьбай радцаў, павінны ісьці на царкоўныя патрэбы манастыра, на направу манастырскіх будынкаў, на ўтрыманьне архімандрыта, сьвятароў, манахаў і ўбогіх манашак, а так сама на пабудову школаў і на утрыманьне людзей умелых у грамаце, для навучаньня дзяцей грэцкага закону.
У 1589 г., на прозьбу мітрапаліта, япіскапаў, ігумэнаў і ўсяго праваслаўнага духавенства, кароль Жыгімонт III на варшаўскім сойме даў мітрапаліту Анісіфару грамату, у якой гаварыў, што ўважае за свой абавязак захоўваць непарушанымі ўсе правы праваслаўнага духавенства, як і каталіцкага. Кароль выдаў абежную грамату да ўсіх цывільных ураднікаў у дзяржаве, каб яны па сьмерці духоўных уладыкаў не прысабечвалі ўправы ў падлягаючых ім царкоўных мейсцах.
Па Люблінскай вуніі каталіцка-полёнізацыйная акцыя на Беларусі шырака разгарнулася. Аднак, яна здабыла толькі вьппэйшыя грамадзкія пласты: магнатаў, баяраў і шляхту. Шырокія пласты беларускага мяшчанства і сялянства моцна трымаліся праваслаўя і сваей нацыянальнасьці. 3 мэтай асыміляцыі гэтай вялікай часткі беларусоў, палякі з Ватыканам застасавалі адумысловую тактыку – увядзеньне рэлігійнай вуніі праваслаўнай царквы з каталіцкай, як пераходнага маста для пазьнейшага акаталічаньня вуніятаў і апалячаньня. Польска-каталіцкі ўрад з каралём на чале, прадстаўнікі Ватыкану, іезуіты і польскія грамадзкія колы патаемна праводзілі падрыхтоўку да царкоўнай вуніі.
Праваслаўныя мітрапаліты і япіскапы гэтай пары не адказвалі свайму высокаму і адказнаму становішчу ані сваей асьветай, ані этычнасьцяй. Гэта тлумачыцца тым, што каралі – каталікі, паводля сваіх мяркаваньняў раздавалі праваслаўныя архірэйскія кафэдры, манастыры і цэрквы. Пры Жыгімонце Аўгусьце і Сьняпане Баторым тая самая кафэдра давалася двум ці тром кандыдатам, якія распачыналі між сабой барацьбу, паніжаючы праваслаўе і наражаючы яго на глум іншаверцаў.
Польска-каталіцкая акцыя прыцягнула да справы вуніі мітрапаліта Рагозу, япіскапаў: луцкага Кірылу Тэрлецкага ды ўладзімерскага і берасьцейскага Іпація Пацея, а пазьней і іншых архірэяў. Кароль Жыгімонт III прызначыў пасламі ад вуніятаў у Рым у 1594 г. уладыкаў Тэрлецкага і Пацея.
Весткі аб патаемна рыхтаванай вукіі непакоілі праваслаўных беларусаў. У 1595 г. віленскія праваслаўныя бурмістры, радцы і лаўнікі выслалі сваіх паслоў і прозьбу да віленскага ваяводы, гэтмана ВКЛ князя Крыштофа Радзівіла. Яны паведамлялі ваяводу, што сярод беларускага народу робяць непакой старэйшыя яго ў грэцкім законе ўладыкі і сам мітрапаліт, і пры тым не ў аднэй толькі Вільні, але і ува ўсіх панствах яго каралеўскай міласьці. А гэта таму, што мітрапаліт і ўладыкі, бяз ведама сваіх старэйшых, бацькоў патрыярхаў, ад якіх атрымліваюць благаславеньне, і бяз ведама ўсіх духоўных і сьвецкіх людзей грэцкага закону, наўсуперак свайму абавязку і прысязе, зрабіўшы між сабой патаемныя зьезды, умысьлілі аддацца рымскаму папе, прыняць новы календар і, на вялікую шкоду даўнага хрысьціянскага закону грэцкага, выдумалі між сабой нейкія навіны і «артыкулы» і падпісаліся прызнаць папу сваей галавой. Бурмістры, радцы і лаўнікі прасілі князя Радзівіла, каб ён выслухаў іх паслоў, якія падрабязьней прадставяць справу, і каб ён быў для іх, як пражываючых у яго ваяводзтве, дапамогай і абаронцам, а мітрапаліту каб прыпомніў сваей граматай аб яго пастырскім абавязку.