В 1801 г. Павел I утвердил в Санкт-Петербурге римско-католическую коллегию во главе с архиепископом Могилевским. Коллегия взяла на себя все административно-управляющие функции, которые ранее принадлежали Ватикану. После этого шага католическая церковь в России приобрела фактическую автономию.
Униатскую церковь Павел I считал не как самостоятельное вероисповедание, а как ответвление католицизма. При нем униатская церковь дальше продолжала попадать в полное подчинение католикам - руководство ею было передано римо-католической коллегии в Петербурге. Не случайно в его царствование наблюдается особо массовый переход униатов в католицизм. Глава римско-католической духовной коллегии - епископ Я. Бениславский 15 апреля 1801 г. внес предложение о приемлемости перехода униатов в католицизм. В 1803 г. в Полоцкой униатской епархии в католицизм перешло около 100 тыс. прихожан.
Способствовала укреплению костела в Белоруссии, который здесь все более становился польским, и пропольская политика его преемника Александра I, на которую не повлияло даже участие части польской шляхты во вторжении Наполеона. Эта позиция отражена в письме к А. Чарторыйскому: "Государство, которое желает взять на себя возрождение Польши, есть Россия. Под этим возрождением понимаю объединение всего того, что ранее составляло Польшу с включением русских областей, за исключением Белоруссии (Витебщины и Могилевщины), так, чтобы ее границами была Двина, Березина и Днепр". Александром I допускалась определенная национально-польская власть, но при этом, чтобы Польское королевство было присоединено к России, император которой далее будет носить титул императора России и короля Польши. Католическая церковь расширяла свои ряды, создавала новые приходы, строила костелы (в 1822 г. граф Н.П. Румянцев построил в Гомеле вместо деревянного каменный костел).
В 1814 г. было создано Российское библейское товарищество, которое возглавил обер-прокурор Священного Синода князь А.М. Голицын. Активное участие в деятельности товарищества принял и католический митрополит Богуш-Сестренцевич. Комитет товарищества собирал средства на издание и распространение Библии на всей территории Российской империи. К концу 1816 г. отделения Российского библейского товарищества были открыты в Могилеве, Витебске, в 1817 г. - в Минске, Гродно. Католики играли в них, как и в Библейском обществе в целом, активную роль. Общество издало Библию на польском языке, что вызвало протесты папы.
При Александре I 13 ноября 1803 г. высшим органом управления католиками в Российской империи продолжала оставаться Римско-католическая духовная коллегия. Председательствовал на ней архиепископ могилевский. В 1805 г. коллегия была поделена на 2 департамента: для римско-католических и униатских дел. С августа 1804 г. архиепископу могилевскому предписывалось управлять российскими католиками без каких-либо отношений с римским папой.6 марта 1817 г. была учреждена комиссия для надзора над римско-католическим духовенством и его имуществом. Католическое духовенство, таким образом, было полностью подчинено судебной, административной и полицейской властям Российской империи.
В 1812 г. Полоцкая иезуитская коллегия была преобразована в академию иезуитского ордена. Она получала те же права, которыми обладали российские университеты. В ней работали теологический, философский и филологический факультеты. В академии издавался и свой журнал - "Месячник Польский". Кроме того, имелись в наличии 6 иезуитских коллегиумов. Образованием молодежи занимались и другие католические ордена, такие как: пиары в Лиде, Щучине, доминиканцы в Гродно, Новогрудке, францисканцы в Пинске и др.
В 1817 г. в пределах России был запрещен Мальтийский орден, в 1820 г. российские власти приняли решение об окончательной высылке из России иезуитов, но в целом отношение к католической церкви осталось прежним. Костел продолжал быть мощным средством полонизации населения Белоруссии. Светские училища, которые принадлежали католическим и униатским монахам были польскими по своей сущности, выполнили функции поветовых и являлись, фактически, единственными учебными учреждениями, где можно было приобрести образование. В 1807 г. на территории Белоруссии действовали 40 училищ, которые принадлежали пиарам, доминиканцам, францисканцам и другим католическим орденам.
Материальное положение католического духовенства на Беларуси было лучше, чем униатского и тем более православного. Это было обусловлено тем, что среди католических прихожан было много выходцев из богатого шляхетства, которые вносили значительные пожертвования костелам и монастырям, как землей, так и деньгами.
В 20-е гг. XIX в. по инициативе католического митрополита Богуш-Сестренцевича начинается формирование так называемого дополнительного капитала. Духовная коллегия приняла решение отсчитывать по 3 тыс. руб. в год со всех католических епархий Российской империи. В результате дополнительный капитал римско-католической духовной коллегии на 1 января 1842 г. составлял 1 595 309 руб. Однако на использование этих средств требовалось специальное разрешение министра внутренних дел или царя. Кроме того, этот капитал считался неприкосновенным, и тратить можно было только проценты с этой суммы. Согласно указу от 1842 г. в западных губерниях была проведена секуляризация духовных имуществ. Католическим костелам разрешалось иметь 33 десятины земли, а монастырям - 130 десятин.
При Александре происходят дальнейшие изменения в структуре униатской церкви. Были созданы две новые епархии, 16 июля 1805 г. последовал указ "римско-католическую коллегию разделить на два департамента, в одном должны быть ведомы дела католического, а в другом - Греко-униатского духовенства".24 июля 1806 г. Полоцкий архиепископ И. Лисовский был назначен митрополитом униатской церкви в России.
Для характеристики положения униатской церкви определенный интерес представляет "Записка обер-прокурору Священного Синода и решение о положении униатской церкви". Митрополит И. Лисовский отмечает в своем докладе те преграды, которые творит католическая церковь по отношению к униатской "1) римско-католическая коллегия наряжает без нужды следственныя и безполезныя комиссии, обременяющия епархиальных чиновников всегдашними разъездами;
2) в предписаниях своих делает ему (униатскому митрополиту Лисовскому) угрозы с презрением сана его и 3) постановлениями своими по разным униатским делам причиняет крайния обиды и невозможности в исполнениях". Затрагивается в этом документе и такая проблема, как переход униатов в католическую веру путем всевозможных "случайных" мер: "Далее, римско-католическое правительство послаблениями своими местному начальству, с прежним разглашением об уничтожении унии, совратило униатов во множестве по Белоруссии в обряд свой и удерживает разными непозволительными и противозаконными средствами в оном. При совращении народа обольстило и многих священников, которые преподают прихожанам требы и ныне по прежнему, когда напротив при истинном желании римского обряда не должны бы быть терпимы таковые священники, но удерживаются ими единственно для того, чтобы удобнее прельщать и уловлять по простосердечию народ". Так, на Виленщине и Гродненщине, где позиции католиков были особенно сильны, в конце XVIII в. более 200 тыс. униатов перешло в католичество. В 1813 г. по церковным книгам насчитывалось около 1,5 млн. прихожан-униатов. В 1814 г. число униатов, перешедших в католицизм, составило 197 690 чел. К католикам отошло также 16 церквей и 10 приходов без церквей.
Духовные и светские школы униатской церкви находились в руках базилианской провинции. Духовные училища подразделялись на 3 разряда: новициаты для юношей от 14 лет, которые поступали в монастыри, а также философские и богословские студии для дальнейшего образования.
Под влиянием идей Французской революции и событий войны 1812 г. активизируется общественное движение в Белоруссии. Его главной движущей силой была шляхта. Повсеместно создаются полулегальные и тайные общества. В конце ноября 1830 г. в Варшаве вспыхнуло восстание, ставящее целью восстановление Речи Посполитой в границах 1772 г. Несмотря на усилия царского правительства, восстание распространилось на Литву и Белоруссию. Многие представители белорусской шляхты, воспитанные на традициях католицизма и польской культуры, приняли активное участие в восстании.
Не осталось в стороне от восстания католическое духовенство и базилиане униатской церкви. Превращение католической церкви из господствующей в подчиненную, введенные ограничения ее деятельности вызывали недовольство и сопротивление католического духовенства. Оно не оставляло надежды на возрождение рухнувшей Речи Посполитой и возвращение утраченных привилегий. Это вовлекало ксендзов, преимущественно поляков, в национально-освободительное движение, польский костел превращался в оппозиционный политический клуб. Ксендзы входили в ряд повстанческих комитетов, многие костелы и монастыри стали опорными пунктами восставших, рупором повстанческой агитации, местами хранения оружия. Ксендзы в костелах зачитывали обращения и другие документы повстанцев, некоторые из них активно сражались в повстанческих отрядах. Например, пиары из Лиды были в отрядах Д. Хлаповского и Т. Тышкевича и т.д.