В государственных актах, касающихся присоединения, ничего не говорилось о православной церкви в Белоруссии, но это не имело значения - она и без того, став частью мощной организации, занимавшей привилегированное положение среди других конфессий, теперь избавлялась от дискриминации и преследований. В России законодательно был запрещен переход из православия в другую веру, а за обращение в нее православных предусматривались уголовные наказания, вплоть до высылки в Сибирь. Запрещение перехода из православия в другие конфессии было подтверждено указами Екатерины II от 22 апреля 1794 г. и 17 сентября 1795 г.
Но в положение православной церкви в Белоруссии это существенных изменений не внесло. Первые десятилетия православные по-прежнему составляли меньшинство населения. Православная церковь здесь не была ни такой многочисленной, как униатская, ни такой влиятельной, как католическая. Православное духовенство не играло какой-либо заметной роли в жизни края. Стала проблемой нехватка православных священников на местах. Усложнились также отношения между православным и униатским духовенством и внутри самого населения, которое относило себя к тому или иному вероисповеданию. Православные церкви рядом с католическими и униатскими церквями выглядели не лучшим образом, значительно отличаясь от них убранством. В начале XIX в. число их даже стало сокращаться. Строились лишь отдельные новые храмы и в основном во владениях русских вельмож. В 1808 г. начала строиться, в 1825 г. была освящена соборная церковь Петра и Павла в Гомеле. Многие священники были неграмотны и имели слабую профессиональную подготовку. Как правило, только настоятели заканчивали высшие духовные заведения. Возраст священнослужителей в среднем колебался от 40 до 70 лет. Прихожанами были в основном крепостные крестьяне и мещане. Это определяло бедность приходов, а последнее - бедность священников, которым приходилось обрабатывать землю, чтобы прокормить себя, нередко обращаться за материальной поддержкой к помещикам-католикам.
Сразу же после присоединения первых белорусских земель остро встал вопрос о судьбе бывших православных приходов и самих прихожан, ранее переведенных в униатскую церковь. Могилевский епископ Георгий Конисский добивался, чтобы в трактат о разделе Речи Посполитой было включено положение о разрешении покидать униатскую церковь тем, кто был приведен в нее силой. К 1775 г. у него уже собралось восемь десятков прошений о переходе в православие, и он стал обращаться в Петербург с просьбой о переводе этих униатов в православие. К середине 1780 г. Георгию Конисскому поступили новые просьбы, в том числе из Гомеля и Чечерска, и ему разрешили назначать на вакантные посты в униатские приходы православных священников, если об этом просили прихожане. Теперь появилась возможность обходным путем переводить униатов в православие, и дело сдвинулось с места. За три года было присоединено более ста приходов с 117 тысячами верующих, в том числе 112,5 тыс. в Могилевской губернии. Переход в православие проходил в основном во владениях русской знати и среди государственного крестьянства, и этот процесс стал быстро затухать (три четверти этих людей были присоединены в 1781 г.), а затем остановился до середины 90-х годов.
Во время правления Екатерины II Беларусь фактически стала передним краем в борьбе самодержавия и православия с католицизмом. По своему содержанию она была социально-политической, а по форме - религиозно-идеологической. Первым ее проявлением стало восстание под руководством Т. Костюшко. На территории Литвы и Белоруссии оно проходило с апреля по сентябрь 1794 г. и охватило значительную часть присоединенных к России белорусских земель.
Началось восстание провозглашением 24 марта 1794 г. Краковского акта восстания. В нем были обозначены основные цели повстанцев: освобождение от иноземной оккупации, борьба за полный суверенитет Речи Посполитой и воссоздание ее в границах 1772 г., гражданское равенство крестьянина и шляхтича, ксендза и мещанина, поляка и еврея. Так были подхвачены лозунги революционной Франции равенства общества и права каждого народа на независимость.
Социальный императив Т. Костюшко в восстании - свобода и равенство для всех - органически дополнялись религиозной толерантностью, повышенным вниманием к угнетенным католицизмом верующим. Характерной чертой восстания являлись подчеркнутая терпимость и поддержка разных вероисповеданий, которые существовали в речи Посполитой, стремление объединить представителей всех конфессий и вероисповеданий - католиков, униатов, православных, протестантов, мусульман и иудеев в борьбе за волю и независимость.
7 мая 1794 г.Т. Костюшко издал свой Полонецкий универсал. Согласно ему крестьяне объявлялись свободными от крепостной зависимости. В этот же день Т. Костюшко обратился с воззванием к православному духовенству. В обращении к православным священнослужителям он назвал их "московскими невольниками", подчеркнув, что при победе восстания, они станут "братьями и соотечественниками". Пытаясь привлечь на свою сторону православное духовенство, Костюшко стремился, таким образом, привлечь их паству и расширить число участников восстания. После обращения Костюшко к православному духовенству в июне был издан декрет Национальной Рады в Варшаве о воссоздании независимой от петербургского Синода православной иерархии в Речи Посполитой. Позиция Костюшко установления религиозного и общественного равенства нашла поддержку среди восставших в Литве и Белоруссии. Повстанческим руководством предпринимались также попытки по вовлечению в восстание еврейского и татарского населения.
Одной из причин поражения восстания на территории Беларуси являлось отсутствие единого командования, соответствующего взаимодействия в повстанческих войсках, неспособность военного руководства объективно оценивать обстановку. Сыграло роль половинчатость объявленных реформ, учитывавших, прежде всего, интересы шляхетства, которое не желало допускать революционных выступлений крестьянства и мещанства.
Не удалось Т. Костюшко получить поддержку церкви - ни католической, ни православной. Испытывая недостаток в материальных средствах, повстанческие власти вынуждены были обратиться к церквям и монастырям за серебром и иными ценностями. При этом, согласно указу Костюшко от 3 мая 1794 г., православные церкви и монастыри были полностью освобождены от этих займов, которые фактически носили характер конфискации. Такое отношение к православной церкви вызвало недовольство католического духовенства, которое и так достаточно прохладно отнеслось к восстанию. Не удалось привлечь и православное духовенство - попытки наладить отношения с православной церковью были запоздалыми и неискренними, православное духовенство ничего не могло получить от Т. Костюшко сверх того, что оно уже имело в Российском государстве.
Во время восстания Екатерина II сочла необходимым укрепить позиции православной церкви в крае. В апреле 1794 г. она сообщила Синоду о своем решении поощрять и оказывать помощь желающим перейти в православие. Вслед за этим последовал указ об устранении препятствий к переходу униатов в православную церковь. Возвращение униатов в православие объявлялось важнейшим средством достижения спокойствия в крае, снимались ограничения этому, противодействие воссоединению объявлялось уголовным преступлением. За полгода с небольшим к православию было присоединено 1,5 миллиона униатов, но девять десятых этого числа - на Украине.
Екатерина II умерла в 1796 г., а пришедший ей на смену Павел I стал проводить политику свободы совести и осуждал насилие по отношению к иноверцам, что практически остановило процесс пополнения православной церкви униатами. И хотя число православных приходов неуклонно росло (так, Могилевская епархия, насчитывала в 1803 г.380 приходов, а к 1831 г. в ней насчитывалось более 360 тыс. православных), численность православных в Белоруссии в это время по-прежнему значительно уступала численности униатов. Процесс присоединения продолжался и позже. После создания в 1833 г. Полоцкой православной епархии ее епископ Смарагд (Крыжановский) проводил активную политику по склонению в православие не только униатов, но и католиков. Так, в 1835 г. из католичества было переведено 932, из униатства - 71966 верующих с 53 церквями и 7 приходами.
Павел I продолжал придерживаться линии подчинения российских католиков власти государя. В отношении возрождения независимого польского государства он говорил польскоязычным подданным следующее: "Я всегда был против раздела Польши, признавая его делом настолько же несправедливым, как и не политическим, но сейчас это свершившийся факт. Для реставрации Польши необходимо содействие и согласие со стороны трех государств на возвращение захваченных частей. Не могу же я один вернуть принадлежащую мне часть и ослабить себя…". В связи с этим профессор П.А. Кулаковский в работе "Польский вопрос в прошлом и настоящем" отмечает: "…император Павел Петрович показал непонимание всей важности такого решения старой задачи: быть ли русскому государству или польскому? Он не понимал, что в этой борьбе поляков и русских боролись два мира, два начала, две государственности…".
При Павле I, монархе православного государства и одновременно главе католического мальтийского ордена, изгнанного Наполеоном и нашедшего пристанище в России, отношение к католической церкви было наиболее благоприятным. Он добился от римского папы Пия VII восстановления ордена иезуитов в России. Писатель-славянофил Ю.Ф. Самарин причины благосклонности императоров по отношению к иезуитам определил следующим образом: "Иезуиты - заклятые враги революции и неподкупные стражи престолов".1798 г. были пересмотрены границы католических епархий. Всего в Российской империи их было 6, 3 из них - Могилевская, Минская и Виленская - занимали территорию Беларуси.3 ноября 1798 г. Сенат при участии Богуш-Сестренцевича приготовил "Регламент для церквей и монастырей римско-католического исповедания в России". Монастырское руководство подчинялось епархиальному, а часть доходов монастырей шла на содержание больниц, училищ и пр. Монахам запрещалось собирать съезды для избрания различных чинов на монастырские должности. Это право передавалось епископам. В монахи запрещалось принимать молодых людей младше 22 лет.