Присоединив Украину и Белоруссию, Екатерина II теперь стала индеферентно относиться к религиозному вопросу на этих землях. Он для нее не только потерял свое прежнее значение, но и был подчинен основной цели политики правительства на присоединенных территориях - обеспечить здесь политическую стабильность, а для этого удовлетворить интересы местной ополяченной шляхты Беларуси, в первую очередь национально-культурные и религиозные.
В последней трети XVIII в. на территории Беларуси находилось 270 костелов, действовали 18 мужских и 8 женских монашеских орденов, множество монастырей. При первом разделе Речи Посполитой к Российской империи были присоединены земли, на которых проживало около 100 тыс. католиков, в основном шляхетского происхождения. Российские власти понимали, что польское население, в особенности польская шляхта, а также руководящие католические круги не смирятся с утерей государственности. Отношение их к католической церкви в обоих ее ответвлениях - римо-католической и греко-католической - в основном было лояльным, а иногда и благожелательным. Основные принципы политики по отношению к католической церкви были определены Екатериной II - за католиками сохранялись гражданские права, их храмы и право на религиозную жизнь. Разрешалось свободно исполнять католические обряды, имущество костелов и монастырей оставалось неприкосновенным. Но положение католической церкви в обществе и ее отношение с государством не могли оставаться прежними, такими же, как в Речи Посполитой. Деятельность католической церкви была взята под строгий государственный контроль. Сразу же перед российской властью встали две задачи: организовать управление католиками на своей территории и оградить их от влияния римского папы.
В результате первого раздела правящие архиереи остались в Речи Посполитой, руководя оттуда отошедшими к России деканатами и парафиями. Екатерина II не собиралась с этим мириться и, игнорируя существовавшие в католической церкви порядки, создала в январе 1782 г. для присоединенных католиков Белорусскую католическую епархию с центром в Могилеве, а епископом белорусской диоцезии без согласия Ватикана назначила ксендза С. Богуш-Сестренцевича. Новый епископ приобрел реальную административную власть.10 декабря 1783г. Богуш-Сестренцевича ввели в архиепископское достоинство, а Белорусская (Могилевская) католическая епархия стала архиепископией, что явилось первым шагом к созданию собственной католической организации в России. Во второй половине 1790-х гг. были организованы новые диоцезии в Вильно и Минске.
Все эти нововведения вызвали категорические возражения Ватикана, но ему пришлось примириться с этим, чтобы не вызвать репрессивные меры против католиков в России. Екатерина II в одном из писем к папе прозрачно намекнула на это: "Папа не ведает, что большая часть белорусских католиков испокон веков принадлежала к православной вере, что их предки приняли католическое вероисповедание по принуждению со стороны поляков… Они (католики) только и ждут подходящей минуты, чтобы вновь возвратиться на лоно православной церкви, которую покинули помимо своей воли и следы которой глубоко сохранились в их сердце". Ватикан вынужден был пойти на компромисс и признать проведенное назначение. Богуш-Сестренцевич не только был утвержден Римом в должности, но и в 1792 г. был возведен в сан митрополита римско-католической церкви в России. С 1795 г. папа римский был лишен права объявлять свои послания и буллы на землях империи без наивысочайшего на то разрешения. Следующим шагом российской власти было создание римо-католической коллегии в Петербурге, подчиненной департаменту иностранных исповеданий Министерства внутренних дел.
Внимательно следила Екатерина II и за деятельностью католических орденов. Так, иезуитов она сделала своими союзниками и решила использовать их в борьбе с Ватиканом. В 1773 г. папой Климентом XIV этот орден был ликвидирован в Западной Европе. В 1774 г. вышел указ Екатерины II о сохранении ордена, его имущества, освобождении его от налогов на территории Российской империи. Сыграло в этом свою роль главным образом то, что иезуиты первыми из католиков присягнули императрице, кроме того, оставив иезуитский орден, Екатерина II хотела показать Ватикану, что она никогда не позволит папе распоряжаться в своем государстве. Орден иезуитов даже увеличил свою численность и расширил влияние, в 1812 г. он открыл в Полоцке свою академию. Католическим орденам - иезуитам, пиарам, доминиканцам, францисканцам - принадлежали многие школы в Белоруссии. Политические перемены не отразились существенным образом на числе монастырей, но их организационная структура была разрушена, ограничено самоуправление, затруднена связь с находившимися за рубежом генералами своих орденов.3 февраля 1784 г. вышла грамота о власти С. Богуш-Сестренцевича над монахами римско-католического исповедания на всей территории России.
Перед началом разделов Речи Посполитой на ее территории было восемь униатских епархий. После первого раздела в 1772 г. на присоединенной территории оказались Полоцкое и Смоленская архиепископии, Гомельский и Рогачевский деканаты митрополичьей епархии. Главой белорусских униатов был назначен присягнувший Екатерине II полоцкий архиепископ Смогаржевский. В 1780 г. он стал митрополитом и управлял униатской церковью в сложный период ее разделения между двумя государствами. В указе от 16 августа 1772 г. Екатерина II подчеркивала, что высшее и низшее духовенство всех вероисповеданий должно принести присягу на верность императрице.24 сентября 1772 г. Полоцкий униатский архиепископ Смогаржевский объявил об этом своей пастве, предварительно перед этим уже присягнув.14 декабря 1772 г. Екатерина II подтвердила, что Смогаржевский являлся полоцким униатским архиепископом и, что "католическая и униатская церкви остаются при своих догматах и правилах".2 июля 1780 г. вышел указ об основании консисторий для управления униатскими церквями в Полоцком и Могилевском наместничествах.
После смерти Смогаржевского в 1788 г. его должность занял Феодосий Ростоцкий, холмский епископ, выходец из слонимской шляхты. Ярый полонофил, он пользовался поддержкой польского правительства и католической церкви и был введен в польский Сенат. После третьего раздела Польши Ф. Ростоцкий отказался присягнуть Екатерине II, в результате чего митрополичья и епископские кафедры, кроме Полоцкой, были закрыты, а все униаты бывшей Речи Посполитой подчинены Полоцкому архиепископу Ираклию Лисовскому.
Потеряв поддержку государства, униатская церковь, несмотря на терпимое, на первых порах, отношение к ней властей, стала неуклонно терять свои позиции в Белоруссии и на Украине. Она теряла своих прихожан, переходивших в православие и католичество, причем на рубеже XVIII и XIX вв. в Белоруссии в католичество перешло больше униатов, чем в православие. Остроту ситуации придавало то обстоятельство, что католический епископ Богуш-Сестренцевич стремился подчинить себе униатов и перевести в католицизм базилиан, монахов униатского ордена.
После присоединения Белоруссии к Российской империи среди униатов стали распространяться идеи объединения с православием. На этой основе начался довольно активный процесс присоединения униатских приходов к православным. Особенно это было характерно для восточной части Беларуси, где униатству так и не удалось прочно обосноваться. Уже 9 октября 1772 г. Белорусский православный епископ Георгий Конисский сообщал Священному Синоду, что униатские священники и целые приходы подают прошения с просьбами присоединения их к православию. В 1781-1783 гг. в восточной Беларуси унию покинули от 100 до 120 тысяч ее ненадежных последователей, что явилось обычным явлением на территории распространения православия.22 апреля 1794 г. был принят указ о ликвидации всяких преград для перехода униатов в православие. Так, могилевский чиновник Г. Добрынин в своих автобиографических записках отмечает: "По втором присоединении от Польши края … многие там униаты захотели и заохочены, или побуждены обратиться к церкви Грекороссийской. Вследствие сего, состоялось именное повеление государыни императрицы, чтобы и в наших белорусских губерниях присоединить желающих униатов к Грекороссийской церкви, а буде бы кто из помещиков оказался препятствующим, того имение брать в секвестр…". Отсюда видно, что власти довольно жестко относились к той части помещиков и населения присоединенных земель литовско-белорусских губерний, которые стояли к ним в оппозиции. Разумеется, такие открытые меры официальных властей не могли не встретить определенный отпор со стороны населения униатского вероисповедания. В 1795 г. начинаются волнения в Борисовском и Оршанском поветах. Белорусский генерал-губернатор П. Пасек 3 апреля 1795 г. приказал Полоцкому и Могилевскому наместническим правлениям, чтобы униатскому духовенству, которое осталось без приходов, было запрещено проживать в тех местах. Это был тяжелый удар, так как униатские священники были тесно связаны со своими приходами. Поэтому некоторые из священников были вынуждены сменить веру вместе со своими прихожанами.
Коренным образом изменилось положение православной церкви бывшей Речи Посполитой. После ее разделов православные епархии и приходы в присоединенных областях окончательно стали составной частью Русской православной церкви, система управления которой была создана при Петре I. Он после смерти патриарха в 1700 г. почти четверть века не разрешал избирать его преемника, а в 1723 г. вообще ликвидировал патриаршество, поставив во главе церкви государственный орган - Святейший Правительствующий синод. Указом от 4 августа 1799 г. было решено совместить границы всех епархий с границами губерний. После первого раздела Могилевская епархия в соответствии с новым административным делением была разделена на две - Могилевскую и Псковскую. В 1793 г. после второго раздела Речи Посполитой взамен Слуцкой была создана епископская кафедра в Минске. В 1833 г. была восстановлена древняя Полоцкая епархия. На присоединенных землях начала осуществляться политика унификации церковной структуры и постепенного становления православной церкви как доминирующей.