Сразу после подавления восстания 1863 г. властями были приняты меры, направленные на то, чтобы поставить народное образование под контроль православной церкви. "Народные школы, - писал Корнилов, - имеют тут большое значение как проводники православия и вместе с тем народного сознания и языка".1 января 1864 г. Муравьев издал циркуляр, по которому вся система начального образования в сельской местности переходила в руки православного духовенства. Местные власти должны были следить, чтобы без разрешения начальства никто, кроме православного духовенства, не занимался обучением крестьян, чтобы крестьянам ни в коем разе не преподавался польский язык и не распространялись польскоязычные буквари и другие учебные книги. За нарушение данного приказа циркуляром предусматривались штрафы. Даже строения сельских школ теперь должны были размещаться вблизи православных церквей. В ведение православного духовенства передавались и городские народные школы, в них должны были наряду с грамотой и основными началами арифметики изучаться молитвы, основополагающие понятия о догматах православной веры, пение на клиросе. Языком обучения был русский, о белорусском языке не могло идти и речи. Рупор политики Муравьева в Белоруссии "Вестник Западной России" по этому поводу писал следующее: "При распространении российской письменности белорусы натурально и легко заговорят разговорным русским языком".
Для подготовки учителей начальных школ было открыто несколько учительских семинарий, в которых принимали детей православных крестьян. Администрация пристально следила за воспитанием их в духе верности царю, православной церкви и официальной народности. Неблагонадежных учителей заменяли выходцами из центральных губерний Российской империи, привлекая их увеличением оклада.
Большие надежды возлагались и на православные церковные школы, которые получили широкое распространение во всей России еще в 40-е, а в Белоруссии - с конца 50-х гг. XIX в. Большое внимание созданию церковных школ уделялось из-за того, что влияние католицизма в крае было еще достаточно сильно, шляхта, обучавшая своих детей в тайных польских школах, начала активно создавать небольшие школы для крестьян, и эти школы "считались враждебными православию и русской народности".23 марта 1863 г. царь утвердил временные правила для народных школ в северо-западных губерниях. В губернских городах создавались особые дирекции, а при них - училищные советы из представителей заинтересованных ведомств. Преподавание в школах предписывалось вести только на русском языке. В белорусско-литовских губерниях за четыре года управления учебной округой И. Корниловым, единомышленника и соратника М. Муравьева, количество церковно-приходских школ возросло до 1500. В последующем образование все больше принимает светский характер, и количество церковных школ уменьшается. К началу 80-х гг. церковные школы сохраняют свои позиции только в Могилевской епархии. Народные училища, которые пришли на смену церковным школам, не смогли в полной мере содействовать русификаторской политике царизма, как церковные школы.13 июня 1884 г. Александром III были утверждены новые правила о церковно-приходских школах и школах грамоты, было усилено их финансирование, что вызвало их дальнейший рост, причем более интенсивный на белорусских землях, чем в остальной части России. Для усиления русского влияния власти Западного края стремились использовать старообрядцев. Общины поповцев и беспоповцев имелись во всех губерниях, кроме Гродненской. В середине XIX в. официальная статистика насчитывала в Западном крае 110 тыс. староверов, однако в действительности их количество, по единодушному мнению современников, было намного больше. Самый большой массив старообрядцев, преимущественно беспоповцев, находился в Витебской губернии - она занимала в Российской империи второе место по числу раскольников после земель Войска Донского. В Минской и Могилевской губерниях они располагались компактно: в первой - в самом Минске, во второй - в Гомельском уезде, где проживали 70 процентов из 25 тыс. староверов Могилевской губернии. В Белоруссии, где шла борьба с польским влиянием, старообрядцы были представителями великорусской народности. Поэтому восстание 1863 г. заставило власть по-новому взглянуть на давнюю российскую проблему старообрядцев. Была оценена их стойкость к ополячиванию и окатоличиванию. Муравьев видел в старообрядцах опору русской цивилизации в полонизированном крае. Действия старообрядцев против польских повстанцев (отдельные случаи помощи им не меняли общей картины) еще более улучшили отношение к ним власти. И Александр II перешел от репрессивной к благожелательной политике. Было допущено некоторое послабление в проведении богослужений, организации собственных школ. Впрочем, реальных результатов в главном - в экономической сфере - старообрядцы так и не получили. Сочетание противоречивых инициатив центра и местных властей, различие мнений во взглядах на старообрядцев в Западном крае делало политику в отношении их неустойчивой, хотя в целом отношение к ним здесь улучшалось вплоть до конца XIX века. В отличие от позиций православной церкви во второй половине XIX - начале XX вв., которые значительно укрепились, католическая церковь продолжает их утрачивать. Принятые после подавления восстания 1863 г. ограничительные законы и распоряжения, новое закрытие костелов и монастырей в значительной степени ограничили влияние католического духовенства на население. Одной из мер, направленных на уменьшение этого влияния, было закрытие школ при костелах. Борьба с польским костелом как составная часть борьбы с польским влиянием в Белоруссии и Литве вылилась в так называемое располячивание костела - попытку перевести в нем богослужение на русский язык. В русском обществе эта идея вызвала неоднозначную оценку. Те, кто полагал, что костел должен остаться польскоязычным, считали, что введение русского языка сделает равноправным положение католичества и поляков с православными, что будет мешать православию и политике русификации. Таких позиций придерживались М. Коялович и И. Аксаков. Идею русификации костела активно отстаивали опекун Виленской учебной округи в 1868-69 гг.П. Батюшков, известный публицист Н. Катков и другие. Приверженцы располячивания костела утверждали, что белорусы-католики - это те же русские и их необходимо защищать от полонизации и постепенно русифицировать. В декабре 1869 г. указ Александра II одобрил использование русского языка в католических храмах. Отношение ксендзов к нему было неоднозначным - небольшая часть высказалась в поддержку такого предложения, большинство было против. Одним из активных сторонников такого перехода был каноник Ф. Сенчиковский, который еще до выхода царского указа читал проповеди на русском и белорусском языках, чем вызывал недовольство коллег и польской общественности. Он писал в Рим, что такой переход в интересах католической церкви - польского языка, на котором велось дополнительное богослужение и читались проповеди, многие белорусы-католики не понимают, а, значит, и истины римо-католической веры до них не доходят (кстати, именно это обстоятельство определило отрицательное отношение к располячиванию костела многих православных). Был начат перевод католических церковных книг на русский язык. Стремление части ксендзов и местных властей совпали, и царский указ о желательности использования в костеле русского языка стал трактоваться как обязательный, что и стало осуществляться на практике. Указ от 25 декабря 1869 г.Ф. Сенчиковский оценил как полумеру. Он делал все, чтобы толковать его как указ об обязательном введении русского языка в костел. Историк В. Григорьева считает, что власти фактически заставляли вводить русский язык во всех парафиях, за исключением тех, где население разговаривало на литовском языке. Ксендзы, которые пытались сопротивляться, высылались. В результате уже в начале 70-х гг. в Минской губернии в 32 костелах из 52 зазвучал русский язык. По мере того как деятельность приверженцев идеи русификации костела становилась более активной, росло и сопротивление со стороны тех ксендзов, которые видели в этом угрозу польской культуре и не поддерживали ее. Сопротивление ксендзов подогревалось отрицательным отношением Ватикана к такому нововведению. Были случаи, когда парафиане отказывались ходить в костел, в котором звучал русский язык. Успех оказался непрочным, и в начале 80-х гг. большинство ксендзов снова перешло на польский язык. Национальные интересы победили интересы церковные, костел уже прочно стал польским и отвергал все попытки, в том числе и внутренние, сделать его другим. На тех священнослужителей, которые употребляли русский язык, усилилось давление со стороны римско-католических властей.
В результате в конце 90-х гг. XIX в. из 47 костелов Минской губернии 18 остались без настоятелей. Во второй половине 70-х гг. Сенчиковский был вынужден оставить свой пост и выехать за пределы Белоруссии. В 1904 - 1907 гг. виленский бискуп Э. Рооп давал ксендзам указание об использовании литовского и белорусского языков в дополнительном богослужении, но духовенство по-прежнему игнорировало подобные предложения. В конце XIX в. положение католической церкви в России стабилизировалось. С одной стороны это было вызвано новой либерализацией политики властей по отношению к польскому населению, с другой - улучшением отношений Ватикана и России, в результате чего между ними были установлены дипломатические отношения. В это время в Северо-Западном крае насчитывалось 597 костелов и 8 монастырей. По переписи населения 1897 г. католики составляли 13,5 процентов населения пяти западных губерний, в Гродненской и Витебской губерниях они составляли до четверти населения. Расширила свои ряды католическая церковь в результате революции 1905 - 1907 гг. В апреле 1905 г. царем был издан указ под названием "Указ о веротерпимости", признававший, что отпадение от православной веры в другие христианские исповедания или вероучения не подлежат преследованию и не должны влечь за собой каких-либо невыгодных в отношении личных или гражданских прав последствий.