Расценивая Тунис как свое будущее владение, французское правительство не раз пыталось присоединить его военным путем к своим колониям. Но прямой захват территории Туниса, вполне возможный с военной точки зрения, неминуемо наталкивался на сопротивление Великобритании, а затем и Италии. Последняя, едва сложившись в 60-х годах XIX в. как национальное государство, проявила столь выраженные колониальные устремления, что удостоилась высказывания Бисмарка: «аппетит шакала, но зубы гнилые». Поселенческая колонизация Туниса, скупка концессий, требования у бея привилегий для итальянских подданных — все эти меры демонстрировали пристальное внимание Рима к Северной Африке.
Судьбы Туниса были решены на заключительной стадии Берлинского конгресса 1878 г., когда Великобритания и Германия неофициально, но недвусмысленно выразили Франции согласие на свободу действий в этой стране. «Нейтралитет» Великобритании в тунисских делах французское правительство получило в обмен на признание английского «управления» Кипром, ранее принадлежавшим Османской империи, и «беспристрастное» отношение к планам Лондона по захвату Египта. Что же касается Германии, то Бисмарк был крайне заинтересован во французской экспансии в Тунисе.
С одной стороны, он полагал, что внимание к Тунису отвлечет французских лидеров от мыслей о реванше за поражение от Пруссии в войне 1870—1871 г. С другой стороны, борьба Франции против интересов итальянского правительства в Африке должно было, по расчетам германской дипломатии, подтолкнуть Италию к сближению с Германией и Австро-Венгрией. Таким образом, противниками французской оккупации Туниса оставались только Италия и Турция.
Непосредственный захват Туниса был осуществлен Францией в 1881 г. В апреле, воспользовавшись очередным набегом пограничных племен на алжиро-тунисской границе, французские войска оккупировали северо-запад страны. Вскоре в Бизерте высадился французский десант, быстро захвативший столицу. 12 мая 1881 г. бей Мухаммед ас-Садык под угрозой низложения был вынужден подписать в Бардо (предместье столицы Туниса) договор, в соответствии с которым он соглашался на оккупацию Туниса французскими войсками для «восстановления порядка и безопасности на границе и побережье». Бардоский договор также давал Франции право осуществлять внешние сношения Туниса от лица Хусейнидов и упорядочивать финасовую организацию страны, с тем, чтобы «гарантировать выплату государственного долга и права кредиторов». Наконец, Франция обязалась приходить на помощь тунисскому бею в случае опасности, угрожающей ему лично или его династии.
Протесты итальянского и турецкого правительств по случаю захвата Туниса оказались бесплодными. Однако значимость их была различной. Османские султаны, не считая тунисского бея правомочным заключать международные договоры, просто претендовали на «владение» Тунисом вплоть до Первой мировой войны. Но существенной помощи тунисским правителям Османская империя оказать уже не могла. Итальянское же правительство, поощряя колонизацию соотечественниками Туниса, добилось быстрого роста численности итальянской колонии в этой стране. Хотя в 1896 г. Италия все же признала «права» Франции на Тунис, она выговорила для своих подданных особые привилегии. Поэтому итальянская община численно преобладала в Тунисе над французской как в конце XIX, так и в начале XX в.
Взрыв антииностранных эмоций арабского населения по поводу оккупации страны был столь же яростен, сколь краток и слабо организован. Несмотря на решимость части племенных лидеров и городских правителей отстоять независимость страны, неравенство сил было очевидно. Французы сосредоточили в Тунисе свыше 50 тысяч солдат и офицеров, которых поддерживал флот и бейская армия. Уже в октябре 1881 г. экспедиционный корпус взял штурмом политический Центр восстания — Кайруан, а в 1882 г. разгромленные силы повстанцев (около 120—140 тысяч человек, т. е. 15% населения Туниса) были вытеснены на территорию Триполитания, откуда, не выдержав испытаний на чужбине, они постепенно возвратились на родину.
Завоевав Тунис, французские власти позаботились о государственно-правовом оформлении своего господства над страной. Вскоре они навязали бею новую конвенцию, подписанную им 8 июня 1883 г. в Ла-Марсе. В Ла-Марсской конвенции режим управления Тунисом уже официально носил название «протекторат». Управление страной было полностью реорганизовано. Хотя в Тунисе сохранялась царствующая династия, действия бея и его двора контролировались параллельными структурами «покровительствующей державы». Реальная власть сосредоточилась в руках генерального резидента Франции, управлявшего Тунисом через подчиненную ему администрацию «гражданского контроля». Французские «гражданские контролеры» наблюдали за распоряжениями местных тунисских чиновников, формально выполнявших приказы только бейского правительства. В 1884 г. была распущена Международная финансовая комиссия и Франция взяла на себя заботы по удовлетворению претензий кредиторов к тунисскому государству. Теперь финансовые дела страны перешли в ведение генерального резидента. Вместо упразденного консульского суда учреждалась система французских судов, а также было разработано законодательство о политических и гражданских правах жителей Туниса. Наконец, в 1885 г. генеральный резидент был облечен «всей полнотой власти республики» в пределах страны: в его подчинение передавались, наряду с администрацией, сухопутные и морские вооруженные силы Франции в Тунисе.
Установление протектората привлекло в Тунис значительное число европейцев (к концу XIX в. они составляли 7-8% населения страны). Колонисты, переселенческие предпринимательские круги наряду с сохранившей свои общественные позиции тунисской аристократией составили привилегированную группу тунисского общества. Основу для ведения колониального хозяйства в Тунисе составила экспроприация и перераспределение земельной собственности. Поначалу переселенцы приобретали земли без содействия властей («частная колонизация»). В этом им содействовал земельный закон 1885 г., согласно которому специальные трибуналы проверяли права собственности на землю, аннулируя все права, которые признавались сомнительными. Поскольку у многих племен и общин вообще не было документов на земли, их угодья изымались в пользу переселенцев. Когда в 1892 г. правительство протектората начало официальную колонизацию, французское землевладение уже выросло вчетверо (со 107 тысяч га в 1881 г. до 443 тысяч га). В Тунисе, в отличие от Алжира, сложилось крупное колониальное землевладение; исключение составляли итальянские фермы, не имевшие больших угодий. В 1890—1896 гг. было фактически ликвидировано коллективное землевладение племен, которые теперь признавались пользователями занятых ими территорий.
В первые десятилетия протектората заметно увеличился приток иностранного капитала в Тунис. Бурно развивалась горнодобывающая промышленность. Французские, итальянские, бельгийские компании на протяжении 80-х — 90-х годов XIX в. делали крупные инвестиции в освоение природных богатств Туниса, практически не разрабатываемых в доколониальную эпоху. Национальное предпринимательство, предпочитая делать вложения в торговлю и переработку сельскохозяйственного сырья, совершенно не участвовало в разработке горнорудных богатств страны. Этому препятствовала слабость тунисского капитала, как в техническом, так и в финансовом отношении. Между тем свинцовые руды и фосфориты, добываемые в Тунисе, стали локомотивом для развития многих отраслей экономики страны. Для их вывоза строились железные и шоссейные дороги, модернизировались порты, совершенствовалась телеграфная связь.
В то же время традиционное ремесло, не способное выдержать конкуренцию с французскими товарами ни в качестве, ни в цене, стремительно разорялось: к началу XX столетия количество ремесленников в городе Тунисе сократилось втрое по сравнению с 1881 г. Из среды разорявшихся ремесленников и земледельцев постепенно формировалась прослойка наемных рабочих, занятых в модернизированном промышленном секторе экономики и на товарных фермах.
В течение первых лет протектората европейцы обладали монополией на научные и технические знания. Вместе с колонизацией в страну пришел образ жизни и культурные достижения метрополии. В Тунисе издавались французские газеты и журналы, открывались французские школы и лицеи, широкое распространение получил французский язык. Однако по мере модернизации в Тунисе нарождались новые общественные силы, прежде всего арабская интеллигенция и национальное предпринимательство. Вслед за хусейнидским двором и мамлюкской аристократией эти силы охотно принимали французский стиль жизни и язык колонизаторов. Их выход на общественную арену в 90-х годах XIX в. вызвал заметные перемены в культурном и политическом климате страны. У тунисской элиты значительно вырос интерес к европейским знаниям, в стране оживилась литературная жизнь.
На рубеже XIX—XX вв. образованные слои Туниса занимали вполне конструктивную позицию по отношению к режиму протектората. В этой среде преобладало стремление использовать пребывание европейцев, их опыт и знания для построения современного государства. В традиционно же настроенных низах общества преобладало вековое неприятие врагов-«франков», что выражалось в постоянных конфликтах тунисских селян с колонистами, массовых хищениях, потравах посевов и поджогах ферм. С другой стороны, в среде колонистов царила настоящая арабофобия, отвращение и презрение к коренному населению, которому в среде колонистов было принято отказывать даже в праве владеть землей своих предков. Эти настроения неизменно осложняли деятельность администрации протектората и вызывали в средних и высших слоях арабского общества недоверие к Франции и неудовлетворенность привилегированным положением европейцев.