Внутриполитические мероприятия турецких властей Йемена были сконцентрированы на попытках использовать в интересах укрепления имперского влияния феодальную верхушку страны, в первую очередь зейдитских имамов. Влиятельным шейхам племен, богословам и духовным лидерам были выделены солидные пенсии и дарованы почетные титулы. Однако при этом турецкие власти стремились предотвратить всякую возможность с их стороны влиять на дела государственной администрации. Им отводилась роль бессловесных марионеток, освящающих своим авторитетом бесконтрольные действия турецких должностных лиц.
В 1878 г. после смерти имама Мухсина бен Ахмада вали смог добиться того, что зейдитским имамом был избран аль-Хади Шарафаддин бен Мухаммад, интересы которого были сосредоточены главным образом в сфере богословия и культовых обрядов. Шарафаддин бен Мухаммад не делал даже попытки каким-то образом вмешиваться в политические вопросы и вполне устраивал турецкие власти. Султанское правительство выделило новому имаму значительную ежегодную субсидию и, прикрываясь его именем, активно проводило мероприятия по укреплению своей власти в стране.
Грабительская политика турецких наместников с первых дней оккупации Йемена встретила сопротивление местного населения. Отдельные племена в различных районах страны неоднократно поднимали восстания против налогового грабежа, ущемления прежних свобод племен, бесчинств турецкой солдатни.
После смерти имама Шарафаддина бен Мухаммада в 1890 г. его преемником был избран популярный проповедник из города Сана аль-Мансур Мукаммад бен Яхья Хамидаддин, ставший родоначальником династии будущих правителей независимого Йемена. По своим взглядам он мало отличался от своего предшественника, но его проповеди, выдержанные в духе правоверного зейдизма, воспринимались населением Северного Йемена как выступления против официальной духовной доктрины Османской империи; тем самым они заложили основу для антитурецкого сплочения зейдитских племен. Группировки племенных вождей и зейдитских богословов, избравших его имамом, связали это избрание с началом антитурецкого выступления. Новый имам невольно стал героем борьбы против иноземного ига. Он тайно бежал из Саны и укрылся в горах северо-западного Джебеля. В 1891 г. восставшие племена осадили Хадджу, Амран и подошли к Сане. Восстание вскоре распространилось на все зейдитские районы. Только в шафиитских областях турки сохраняли относительно эффективный контроль; однако и здесь, в частности в Тихаме, неоднократно вспыхивали восстания. Скоро положение турок в стране стало критическим.
В 1892 г. Порта послала в Йемен новые воинские подкрепления. Карательная экспедиция, выступив из Ходейды, с боями пробилась к Сане. По пути ею было разрушено около ЗОО йеменских селений. В результате зверских расправ восстание к 1897 г. было локализовано в горном районе вокруг Саады и Хадджи, где местные племена упорно отражали попытки турецкого командования восстановить контроль турецкой администрации. В других же районах страны к концу XIX в. власть турок была восстановлена, но совсем ненадолго: в 1904 г. разразится новая антитурецкая война и будет она длиться семь лет.