Генеральний хорунжийвідав військовими справами, охороною головного військового прапора (корогви), який під час церемоній несли попереду гетьмана; брав участь у засіданнях генерального суду, проводив слідство на місцях; міг бути призначений наказним гетьманом.
Охорона гетьманського бунчука покладалася на генерального бунчужного.Він відав військовими справами, також виконував адміністративні та судові доручення, зустрічав, і проводжав послів. Бунчукові товариші (підбунчужні були введені наприкінці XVІІ ст. як помічники бунчужного; на святкових церемоніях вони носили малі бунчуки за гетьманом, у походах виконували обов'язки ад'ютантів гетьмана. [39, с.174].
Також існували і більш дрібні посади. Полковник. Він мав повну владу над підпорядкованими йому козаками. Дбав про всі їхні потреби і приймав рішення про всі воєнні операції полку після наради зі старшиною полку. Встановлював артилерію у містах, і для цього при ньому завжди знаходився полковий обозний. Крім того він був головою суду свого полку. Осавул, або ад`ютант полку. У кожному полку їх було двоє для підтримання порядку. Двоє полкових хорунжих. Вони наглядають за бойовими прапорами. Коли козаків посилали на кордон, ними завжди командував хорунжий. Сотник – командир сотні козаків. Кількість сотників непостійна була у полках, так само як і кількість козаків. Його обов’язок: дбати про всіляке збільшення добробуту підпорядкованих йому козаків. Йому допомагає найстарший з цієї сотні. Хорунжий охороняє військовий прапор. Значкові товариші – це чотириста козаків обраних в усіх полках. Вони зобов`язані одержувати і виконувати накази своїх полководців щодо будь-яких справ, військових чи інших [7, с. 54-55].
З усього вище наведеного, ми бачимо, що на Гетьманщині в кінці XVII ст.. існувала розвинута система командування.
Більш детально звернемо увагу на поділ лівобережного війська. Козацьке військо ділилося на полки, сотні і курені. [32, с.258]. В цьому полягав територіальний принцип комплектації і мобілізації, позаяк кожна військова одиниця займала певну територію. На Лівобережній Україні в останній чверті XVII ст. остаточно устійнилося десять військово-адміністративних округ — полків, котрі мали назви головного полкового міста. [29, с.93]. Це були: Стародубський, Чернігівський, Київський, Ніжинський, Прилуцький, Лубенський, Гадяцький, Миргородський, Переяславський, Полтавський [44, с. 249]. Остаточно вони були усталені в 1688р. і проіснували на Лівобережжі до ліквідації гетьманату (1764р.) і знищення полково-сотенного устрою в 1782р. Але до 1688р. відбувалися певні зміни. Після оголошення Лівобережного гетьманату (1663р.) у діях гетьмана І. Брюховецького простежується прагнення більш надійно прикрити України з півночі порубіжними полками. Так, у 1663р. були ліквідовані Іркліївський та Кременчуцький полки, але поповнений Сосницький і утворені: Стародубський полк та на 3 роки (1663-1665) Глухівський, а також поновлений на один рік (1668) Новгородський полк (зі складу Стародубського). Кількісний склад полків залишався незмінним (11), крім 1663-1665 та 1668рр. в які було 12 полків. За гетьманування І.Самойловича перестав існувати (1672р.) Зінківський полк, але поновлений Гадяцький. У 1688р., за гетьманування І. Мазепи, ліквідований Сосницький полк. Розглянута динаміка реформування козацьких полків на Лівобережжі свідчить, що вона зводилася лише до перегрупування сил. Військовий потенціал їх залишався незмінним [53, с.91]. Полки поділялися на сотні, які також були і військово-тактичними, і адміністративними одиницями. Їхня кількість теж залежала від густоти населення. Протягом останньої чверті XVII ст. (як до і після того) в жодному полку не було сталого числа сотень. Воно коливалось від 7 в невеликому полку і до 20 у великих полках. Називалися сотні теж за назвою сотенного містечка (Керибердянська, Ічнянська тощо). Іноді у великих містах було по 2, по 3 і навіть по 4 (яку Прилуках) сотень, які іменували подвійно: Перша Ніжинська або Четверта Прилуцька. Кількість козаків у сотні теж коливалася від 50 — 60 чоловік у малих сотнях до 1000—у великих. Керував сотнею, як це зазначалося вище, призначений гетьманом (чи полковником) сотник та сотенна старшина — писар, осавул і хорунжий, які підпорядковувалися лише полковій адміністрації. Кожна сотня, як найнижча тактична одиниця, мала власний прапор (хоругву), котра символізувала військову честь і доблесть. Сотник мав шестипер (чи пернач). Інших клейнодів у сотні не було. [29, с.95-96].
Козаки однієї сотні, які жили в різних близьких селах, хуторах та присілках, об'єднувалися в курені на чолі з курінним отаманом, якого обирали самі. Це була радше економічно-соціальна структура, аніж тактичний підрозділ. Хоча в документах значиться, що козаки одного куреня в поході трималися разом і керувалися вказівками курінного отамана. В сотні було від 6 до 12 куренів по 5 — 10 чоловіку кожному. [29, с.96].
За родами реєстрове козацьке військо Лівобережної України чітко розподіляється на кінноту (кавалерію), піхоту й артилерію. В полках і сотнях не було сталого поділу на кінноту й піхоту—до них входили і перші й другі, аркебузери, піхотинці, пищальщики, кавалеристи. В похід вирушали переважно кінні сотні, які могли діяти і у пішому строю як мушкетери. Суто піші козаки, які складали сотню в мирний час, залишалися для несення гарнізонної служби. Мали місце виступи у похід і чисто піших сотень. Змішані не могли існувати і діяти спільно в бойових умовах. Проте в останній чверті XVII ст. переважала все ж кіннота, підпорядкована генеральному осавулу. Вона становила від половини до трьох четвертих складу полку чи сотні. [44, с.249]. У бойових діях і далеких походах брала участь переважно кіннота. Але при потребі залучалася і піхота, підпорядкована хорунжому. Наприклад, у Чигиринській війні піхотинців використовували головним чином як гарнізони фортець для охоронної (караульної) і сторожової служби, як обслугу для артилерії в обозі.[29, с.97].
Важливим родом козацького війська була артилерія (армата), якою порядкував генеральний обозний і котра підкорялася безпосередньо гетьману. Гармати виготовляли двома способами: їх виковували із заліза (вже наприкінці XVII ст. майже припинилося) й відливали із чавуну та міді (спижу). Важливим удосконаленням стало введення нарізних (гвинтових) гармат. Недоліком артилерії була її багатокаліберність. Всі гармати поділялися на два типи—облогові (стінобитні) й польові. Останні в свою чергу ділилися на загальновійськові та полкові. Гармати можна класифікувати й за такими видовими ознаками: по виробництву (ковані й литі), по матеріалу (чавунні, залізні, мідні), за призначенням (родом служби — фортечні, стінобитні, польові), за розмірами (великі й малі), по калібру (фальконети — дрібнокаліберні; мортири — крупнокаліберні), по вазі ядер (шестилотові, трифунтові і т.д.).
Гармати діставали з царських арсеналів, брали як трофеї і виготовляли в Україні. Центрами гарматного ремесла були Батурин і Глухів, про що засвідчують написи на казенній частині зброї. [29, с.143].
Українські козаки створили цілий клас багатоствольної артилерії. В Росії такі гармати називали “сороками”, а на Україні – “ожигами”. В XVII ст. “ожиги” вдосконалили і розробили більш досконалу конструкцію – “органи”, що складалися з мушкетних стволів, кількість яких сягала кількох десятків, а іноді доходила і до сотні. “Органи” були розташовані в декілька рядів, і встановлені на двоколісному лафеті. Як свідчать документи, в другій половині XVII ст. на озброєнні Київської фортеці знаходилась велика кількість “органів”: на 23 лафетних двоколісних станках було встановлено 537 мушкетних стволів і 10 “пищалей затинних”. Таким чином, розташовані в найслабкіших і найнебезпечніших місцях Київської фортеці, ці 23 “органи” заміняли цілий полк і надійно охороняли Київ від ворогів. [42, с.177-178].
У великих містах (Києві, Чернігові, Чигирині) була фортечна (кріпосна) артилерія, що утримувалася ратушею чи магістратом і з міста не вивозилася. .Під час походів артилерію, що рухалася, охороняли компанійці, а в таборах—сердюки. Обслугу і коней генеральної артилерії утримували міста і села, які називав гетьман. Він же визначав час їхньої приписки до обозу і функціональні обов'язки. В останній чверті XVII ст. такими містами (з присілками) були Лохвиця, Ромен, Короп, Вороніж
До штату генеральної артилерії, призначеного генеральним обозним і затвердженого гетьманом, належали: гарматний осавул, артилеристи (армаші, пушкарі), ковалі, теслі, конюхи, затинщики, лимарі. Везли гармати на "палубах" — великих возах, в які впрягали 2 — 3 пари коней чи волів.
Полкова артилерія підпорядковувалася полковому обозному і знаходилася в полковому місті. До її штату входили теж згадані фахівці-ремісники і тяглова обслуга, якими безпосередньо керував на місці боїв "арматний отаман". Кількісно артилерійський парк кожного полку був різний. За даними Михайла Слабченка, в Полтавському полку було 29 різнокаліберних гармат, з них 12 у самій Полтаві. Для утримання штату полкової артилерії гроші і продукти здавали жителі міст і сіл полку. Амуніцію (вози, колеса, збрую) виготовляли самі артилерійські команди або діставали зі "скарбу військового" гроші для їх придбання.
Сотні, як підрозділ рівний роті, не мали польової артилерії. Сотня, як одиниця адміністративна, ще включала сотенне місто, що мало укріплення, для оборони якого тримали гармати і гаківниці. Ці гармати були трофеями або закуплені чи відлиті на місці. Отже, сотенна артилерія існувала не в усіх сотнях, а лише в тих, які знаходилися у більших містах і містечках, і складала 2 — 3 гармати.
Таким чином, козацька артилерія підпорядковувалася: сотенна—сотникові через обозного або отаманові сотенного міста, бо сотенна артилерія не була польовою, а тільки фортечною; полкова—полковникові через обозного; генеральна— гетьманові або наказному, через генерального обозного. [29, с.98-99].