Осавул охотницького полку — це заступник полковника в усіх важливих справах полку. За необхідності очолював полк у поході (був наказним полковником) або окремі загони під час військових дій, складав компут (реєстр) товаришів, першим підбирав і приймав у "молодці" нових полчан, відповідав за наявність і роздачу обмундирування, екіпіровки та зброї.
Помічником осавула був підосавул, який теж у міру потреби виконував ці функції (окрім наказного полковника). Допомагав осавулу в безпосередньому керівництві полком (у стройовій частині) хорунжий охотницького полку. Полковий писар вів справи полкової канцелярії, а обозний клопотався тим, що провадив забезпечення провіантом, грошима, набоями, порохом, а під час воєнних дій — влаштуванням табору, розміщенням гармат тощо. Полки поділялися на сотні на чолі з сотником і сотенною старшиною (осавул, обозний, хорунжий) та курені на чолі з курінним отаманом. [32, с. 257].
Комплектувалася старшина зі складу самих полчан, з найвміліших, найдосвідченіших і заслужених, щоб це був, як писав Самойлович, "человек нам зичливий, расторопний і пильний в своих делах, жеби мог міти в руках своих" керівництво підрозділом. Сотниками та курінними отаманами намагалися призначати не іноземців, а українців. Про це свідчать згадані в архіві І. Новицького прізвища сотників і курінних: Гордій Левченко, Лук'ян Скребишенко, Андрій Гамалія, Яків Конотоп, Іван Решківський, Петро Блавадський, Сергій Криштопович [28, с. 82].
Для підтримання боєздатності охотники використовували допоміжні служби реєстрового війська, позаяк своїх не мали. їх обслуговували: на переправах — кормщики, суднобудівники, конопатники, мостобудівники; під час облоги—гранатники, підкопники, підривники. Для виготовлення одягу найманці послуговувалися шапошниками, чоботарями, кравцями. При конях були стадники, коновали. Для догляду за козаками тримали цирульників, які виконували й лікарські функції.
З допоміжних служб у охотницьких полках можна також назвати кур'єрів, фельд'єгерів та полкову музику у складі барабанщиків (довбиші, литавристи), скрипників та сурмачів. Музики подавали сигнали збору, виступу в похід, тривоги, наступу, відходу, атаки тощо, тому вони завжди були при війську, якщо навіть у поході брав участь не весь полк. Гетьман у своєму наказі завжди вимагав надіслати молодців, а "разом з тими людьми і трубачов пильно і пильно жадаю". Музиканти також звеселяли охотницьку старшину і рядове товариство під час свят [44, с. 250].
Командував охотницькими полками і видавав розпорядження на всі без винятку акції особисто гетьман. Тільки перед ним звітувалися наймані полковники про виконання того чи іншого завдання. Щоб видати наказ, гетьман викликав охотницького полковника до Батурина або в похідну ставку до табору. Іноді командування здійснювалося через спеціальних розсильних—молодців, які "послані в пильних делєх" усно передавали інформацію і через них "слушний ответ чинився". Коли ситуація змінювалася, гетьман "добрим молодцем" надсилав негайну звістку про відміну старого і видання нового наказу. [29, с. 118].
Гетьманські інструкції розпорядчого змісту мали лаконічний характер і містили лише коротку інформацію до виконання. Коли ж задіяним був увесь гетьманський регімент, розпорядження давались об’ємніші.
У великих військових акціях гетьмани в письмовому наказі визначали не лише шлях, а й конкретні стратегію і тактику дій у майбутній ситуації, передбачали розташування війська та порядок ведення бою. Гетьман пильнував за тим, аби його накази справно виконували всі підлеглі. Коли ж їх не виконували, або виконували неточно чи погано, він виносив підлеглим догану чи карав. [28, с. 79-83].
На відміну від реєстрового козацтва охотницькі полки не мали постійної території дислокації. Вона завжди визначалась гетьманом у кожному окремому випадку на підставі потреби або з тих чи інших обставин. З часом все ж якась територіально-адміністративна одиниця поступово закріплювалася за одним компанійським чи сердюцьким полком, перетворювалася для них у "звиклі становиська". Наприклад, у 1676 р. полк Ілляша Новицького мав квартири (постій) у Стародубському й Чернігівському полках, у 1677-1680 рр. — в Лубенському й Миргородському, а в 1681 р.—у Переяславському полку, а пізніше за ним остаточно закріпили Лубенський полк із постоєм у сотнях Роменській, Глинській, Лохвицькій, Городиській, Чорну-хинській, Лукомльській, Лубенській, Костянтинівській, Чигирин-Дібровській, Пирятинській, Сенчанській. Полк Якова Павловського мав квартири в Прилуцькому полку, сердюки — у містах Батурині, Глухові, Лубнах, Гадячі, Лохвиці. У 70-х роках прибуваючі з Правобережжя найманці розташовувалися Петром Рославцем на Стародубівщині [28, с.83].
Розквартировував полчан полковник чи осавул, або обозний, чи хорунжий у тісному контакті з полковником та полковою старшиною того городового полку, в якому визначено місце постою. Жили полчани на квартирах у міщан, селян, а іноді (в дуже незначних випадках) і в козаків, хоча останні звільнялися від постою. Гетьман, визначаючи постій, завжди клопотався, щоб він не був обтяжливий: "без докуки жителям тамошнім" і щоб молодці вели себе чесно, не досажджали лихою поведінкою обивателям, щоб охотницьке товариство "слушне і порядне, подлуг давнього обичая по становиськах розпряжено було". Проте розквартирування компанійців часто відбувалося з "ущербком і обтяженням для подданих". Гетьман, реагуючи на скарги скривджених свавіллям, часто писав Новицькому, щоб той, "нікому не глядячи в зуби", закликав товаришів-полчан до негайного порядку [32, с.257]. На стаціях охотники отримували від місцевих жителів утримання. У 1676 р. від П. Рославця на Стародубівщині компанійці дістали провіант, фураж для коней, гроші (5 рублів на тиждень сотнику, 9 алтин отаману, 2 гривні рядовому), всім по 2 кварти горілки, по кварті олії. Тому гетьмани й приказували "іменем нашим" товариству своєму накажіте "аби яко в дорозі, в тягненню вашом так і на тих становиськах жадних докук и найменших збитков господаром своїм не чинили". Грошей не збирати, лише харчі і корм коням, одяг надішле генеральна канцелярія, а "всіх людей і коней зареєструвавши, до нас реєстри присилайте, жебисьмо зрозуміли где указати вам стацію" [29, с. 121-122].
Сердюцькі та компанійські полки перебували на повному забезпеченні у гетьманського правління, а полчани-молодці одержували плату за службу й повне продовольче та амуніційне утримання. Для виплати грошей охотникам у 1678 р. ввели оренди на шинки, винокуріння і торгівлю горілкою. Вони поновлювалися щорічно, і, як зазначає Самійло Величко, за І. Самойловича розпочиналися від Великодня. Заможні полчани Лубенщини викупили увесь полк, заплативши за оренду до гетьманської скарбниці 7010 золотих талерів [29, с. 122; 1, с. 544].
У 1686 р. Іван Самойлович універсалом підтвердив встановлення в містах Гетьманщини, а також у містечках і селах усталених та надзвичайних податків, оренд і відкупів на продаж хлібного вина, дьогтю і тютюну, на млини з метою утримання на одержані з того гроші охотників. Мотивуючи необхідність подібного заходу, гетьман писав: "Ижь около обороньг отчизньг нашое Украйни и около захованья цілости церквей Божьих и добра общого всего народу нашого християнського... мусіли есьмо под рейментом нашим держати для данья отпору неприятелем, людей до війни завши готових, меновиті полки пехотньге и комонные охотницкие, которых яко до вшелякой услуги и до воєнних праць занимати маєм, так и уконтектовати их платою належитою стараємося: якож явно то кождому, же и грошима и одежою их контектуем. За чим, за позволенням их царского пресвітлого величества, наше рейментарское зо всею старшиною войсковою постановленье стало на том, аби для зобранья на тыя потреби грошового скарбу аренды во всей Украине были утверждены..." [28, с. 84].
Оренди переважно лягали на плечі заможних міщан та старшини, тому під час обрання Мазепи старшина просила, щоб не було оренди на охотницькі полки, але позаяк вони потрібні для оборони, то давати їм плату, збираючи гроші з посполитих людей, котрі не записані до козацьких реєстрів.
У 1679 р. на місячне утримання компанійців і старшини полку Новицького виплачували скарбових грошей: осавулу 20 золотих, обозному 9, хорунжому 10, писарю 10, підосавулу 7, двом сурмачам по 6 золотих, цирульнику 6, добошеві (барабанщикові) 6, сотникам по 9, отаманам по 4 золотих, а кожному товаришеві по 1 талеру. Всього за цей рік на полк витратили 1860 золотих. В інші роки сума плати на пана-товариша коливалася у межах 1 — 4 золотих на місяць. Тому річне жалування могло скласти 20 злотих. Компанійцям платили більше, ніж сердюкам, позаяк в обов'язки молодця входило на виплачувані гроші утримувати ще й коня.[32, с. 258].
Крім регулярного жалування, полковники отримували також нагороди і гетьманські подарунки грошима. Влітку 1674 р. І. Новицький за бій із татарським чамбулом одержав похвальний лист. І.Самойловича, 48 левів на лікування ран і продукти (борошно) [2, с. 685].
Грошову плату охотникам гетьмани видавали нерегулярно і щороку різну. Це підтверджують документи архіву І. Новицького. Так, у червні-липні 1685 р. І. Самойлович видав полку Іллі Новицького річну платню, наказуючи зберігати скромність на місцях постою, і висловив подяку за вірну службу. 29 вересня 1690 р. Мазепа доручив Новицькому виплатити всім охотницьким полкам, що брали участь у поході проти татар, місячне жалування — компанійцям тільки гроші, а сердюкам — ще й одяг. Того ж року місячні кормові гроші (по 4 золотих на чоловіка) і по жупану висилав Мазепа і в жовтні полкам Новицького, Кузьмовича, Кожуховського, Пашковського, Яреми і Яворського. Компанійським полкам давалось по 4 золотих на молодця, а сердюки на додачу одержали по жупану на чоловіка. Розподілу на всі полки немає, але сердюкам Яреми дісталося у цілому 2330, а Яворського — 3010 золотих. [29, с. 123].