Несмотря на упорное сопротивление войск Ли Сючэна, в начале 1864 г. был захвачен г. Ханьчжоу. Ли Сючэн предложил Хун Сюцюаню оставить Нанкин и отправиться на запад Китая для продолжения борьбы, однако тот отверг это предложение. К этому моменту уже не было в живых Ши Дакая, в последние месяцы перед гибелью находившегося со своими сторонниками в провинции Сычуань.
Весной 1864 г. началась осада Нанкина, и 30 июня, оказавшись в безвыходном положении, Хун Сюцюань покончил жизнь самоубийством. Его преемником стал сын, шестнадцатилетний Хун Фу, а Ли Сючэн возглавил оборону тайпинской столицы. 19 июля войскам Цинов удалось ворваться в город. Ли Сючэну и Хун Фу удалось оттуда вырваться, но вскоре они были схвачены и убиты.
Однако падение Нанкина еще не привело к полному прекращению борьбы в других районах Китая. Лишь в 1866 г. правительственным войскам удалось подавить последние крупные очаги сопротивления тайпинов.
В период тайпинского восстания возникали и другие оппозиционные Цинам движения, из которых наиболее значительными было движение няньцзюней (армии факельщиков), начавшееся в 1853 г. в провинции Аньхуэй под руководством Чжан Лосина. У восставших, большинство из которых были крестьянами, не было четкой программы действий, их выступления носили стихийный характер. Тем не менее правительственным войскам с ними было трудно справиться из-за большой поддержки их со стороны местного населения. После поражения тайпинов, часть участников этого движения присоединилась к няньцзюням, значительно увеличив их численность. Восстание охватило восемь провинций Китая. В 1866 г. няньцзюни разделились на два отряда, попытавшись пробиться к столичной провинции Чжили, но к 1868 г. они были полностью разбиты.
В это же время восстали и некоторые малые народности Китая. В 1860 г. под руководством мусульманина из народности дунган Ду Вэньсюна территории провинции Юньнань было создано отдельное государственное образование с центром в г. Даме. Ду Вэньсюань был провозглашен его правителем под именем султана Сулеймана. Лишь в начале 70 гг. XIX в. цинские войска смогли его ликвидировать.
Дунгане также поднимали восстания под религиозными лозунгами в 1862-1877 гг. в провинциях Шэньси, Ганьсу и Синьцзяне.