К сер. IX в. в Европе сложилась достаточно устойчивая церковная иерархия, которая, однако, не исключала борьбы папы римского и византийского патриарха за первенствующую роль.
Хан Борис, решившийся окрестить Болгарию - личность несомненно яркая и драматичная. Язычник - хан Борис и христианин - князь Борис-Михаил - это одно и то же лицо. Смиренный монах и разгневанный правитель, приказавший уничтожить не толь ко более пятидесяти предводителей языческого бунта, но и все их семьи, а также повелевший ослепить своего сына за измену христианству - это тоже Борис I.
Поиски своего места в христианском мире Болгария начала с помощью оружия. Однако Бориса преследовали военные неудачи, не помогла и политика лавирования. Вскоре после своего вступления на престол Борис в союзе с Великой Моравией начал войну против немецкого короля Людовика, но потерпел поражение. Неудача постигла его и в борьбе с Византией в 855-856 гг. Болгария потеряла тогда область Загоры и Филиппополь. Не помог в борьбе с Византией и союз с Людовиком Немецким , снова последовало поражение. И тогда Византия предложила болгарскому хану мир и совершение в его стране обряда крещения. Введение новой религии растянулось на несколько лет, с 864 до 866 г. Почему болгарский правитель принял, наконец, решение о крещении? Возможно под влиянием серии военных неудач, а также привлеченный заманчивым предложением Византии вернуть Болгарии ряд отторгнутых у нее областей. Возобладало желание Бориса вписаться в христианскую общность европейских народов.
В начале 864 г. хан Борис был окрещен вместе с семьей и ближайшими сановниками в своем дворце в обстановке полной таинственности. Акт крещения был совершен священниками , прибывшими из Византии. Этот акт не был торжественным. Народ в целом не понимал и не принимал новую религию. Не замедлил подняться мощный языческий бунт, тотчас же жестоко подавленный Борисом. Духовный сын византийского императора Михаила III, каковым являлся теперь болгарский хан, принял титул князя и новое имя Михаил. Справившись с антихристианским движением, правитель Болгарии был еще очень далек от заветной цели устройства самостоятельной болгарской церкви.
Впереди была длительная борьба за ее автономию. Стараясь добиться самостоятельности для своей церкви, Борис лавировал между двумя могущественными христианскими центрами - Римом и Константинополем. Болгария добивалась статуса автокефалии церкви , либо патриархии. Стремясь получить необходимые разъяснения относительно положения болгарской церкви, князь Борис отправляет послания в разные христианские центры. Византийский патриарх Фотий в ответ на вопросы болгарского князя прислал морально-этическое послание, в котором, правда, ни словом не обмолвился о положении болгарской церкви в иерархии вселенских церквей. В послании он наставлял Бориса в том, что глава государства обязан заботиться не только о своем спасении, , но и вверенном ему народе, руководить им и вести к совершенству. Но вразумительного ответа о статусе болгарской церкви Борис от константинопольского патриарха так и не получил. Тогда он решил обратиться по другим адресами. Болгарские посольства были отправлены к Людовику Немецкому, в Регенсбург, а также в Рим, к папе Римскому (866 г.). Папа откликнулся объемным посланием, прислав 106 ответов на вопросы болгар. Судя по посланию папы, болгарского князя более всего интересовали проблемы учреждения в Болгарии патриархии и процедура рукоположения патриарха. Борис просил разъяснить основы новой религии, прислать богослужебные книги и проповедников. Папа разъяснил, что Болгарии пока подобает иметь епископа, а не патриарха. После рукоположения епископа можно избрать архиепископа, а уж затем и патриарха, рукоположить которого может более высокий церковный чин, т.е. кто-то из уже существующих патриархов. Глава римской церкви подробно рассказывал болгарам, какие патриархи являются истинными. При этом он не преминул подчеркнуть, что Константинопольская церковь не является апостольской и создана лишь по благоволению светских властей, в то время как римская церковь освящена апостолами Петром и Павлом. Таким образом, вновь обращенных болгар погружал в пучину длительной Римо-Константинопольской церковной распри.
В 867 г. умер папа Николай I. В этом же году был низложен с патриаршего престола Фотий. Борису пришлось иметь дело с новыми партнерами. Болгарское посольство отправилось в Рим к новому папе с просьбой рукоположить архиепископом Болгарии выдвинутого болгарами кандидата. Папа же настаивал на своем кандидате на болгарский церковный престол. История с определением статуса болгарской церкви завершилась на вселенском соборе 870 г., где болгарская церковь была поставлена под верховенство Константинопольской патриархии. Во главе церкви был поставлен архиепископ, рукоположенный Константинопольским патриархом.
Началась трудная работа по строительству болгарского клира, христианских храмов, формированию корпуса богослужебной литературы.
Тем временем в христианском мире произошли важнейшие события, прямо отразившиеся и на судьбе Болгарии и на ее церкви. Славянские просветители, святые братья Константин (Кирилл) и Мефодий в начале 60-х годов IX в. изобрели славянскую письменность, успешно перевели с греческого на славянский язык основные богослужебные книги и стали проводить богослужения на славянском языке в Великой Моравии. Ими была воспитана целая плеяда талантливых учеников и последователей. Именно этим ученикам Кирилла и Мефодия довелось сыграть огромную роль в становлении болгарской церкви и воспитании первых болгарских священников. Однако миссия славянских просветителей в Великой Моравии закончилась после смерти Кирилла (869 г.) и Мефодия (885 г.). По настоянию немецкого духовенства их ученики были изгнаны из страны. Часть их обрела приют в Болгарии.
В 886 г. князь Борис с почетом встретил в болгарской столице Климента, Наума, Ангелария, а затем Константина. Наум стал проповедовать в Плиске, Климент - в Охриде. Эти города стали важнейшими центрами по подготовке священнослужителей Болгарии.
В 889 г. князь Борис оставил трон и ушел в монастырь, посчитав свою государственную миссию выполненной. Царский трон занял старший сын Бориса Владимир-Расате. В течение почти пяти лет он пытался вернуть Болгарию к язычеству, что вынудило Бориса покинуть монастырь и вернуться к государственным делам. Владимир был отстранен от престола и ослеплен. Князем был провозглашен Симеон, один из сыновей Бориса (893 г.). Новый правитель Болгарии высокообразованный человек, отдал много сил укреплению болгарской церкви. Его острейшим желанием стало утверждение в Болгарии патриархии. с его именем связано строительство новых церквей. Была воздвигнута дворцовая церковь-ротонда в Преславе, богато украшенная и получившая с связи с этим название “золотой”. Просвещенный болгарский князь, более десяти лет обучавшийся в Византии, возглавил переводческую и книжную деятельность болгарских церковнослужителей.
В целом, в эпоху Первого Болгарского царства (681-1018) с греческого на славянский было переведено много текстов Ветхого и Нового Завета и написаны оригинальные сочинения болгарских книжников на церковную тему.
Вожделенная мечта князя Симеона об учреждении в Болгарии патриархии, однако, не сбылась. Лишь его сыну Петру (927-970) удалось возвести болгарскую церковь в ранг патриархии, когда он женился на внучке греческого императора, и Византия одобрила этот шаг Болгарии. Именно в правление Петра в стране возникло множество монастырей, появились монахи, отшельники и пустыннослужители. Наиболее заметной и впечатляющей фигурой этого времени является св. Иоанн Рильский. Этот канонизированный после смерти монах-отшельник основал монастырь в горах Рильского массива, вел высоконравственную жизнь и совершал чудесные деяния. Он встречался с самим царем Петром, давая ему наставления об управлении государством.
Казалось, ничто не омрачает плавного эволюционного развития болгарской церковной организации. Однако именно в правление царя Петра, в сравнительно мирный период истории страны, в Болгарии поднялось мощное еретическое движение, получившее название богомильского. В сущности это была первая в Европе обширная богословская ересь, оказавшая сильное влияние не только на Болгарию, но и на Европу. Найти причины этого социально-религиозного движения достаточно трудно, ведь болгарская церковь была сравнительно молода. Возможно, сказалось трудное социально-экономическое положение населения, резко ухудшившееся после непрерывных войн Симеона. Возможно, как раз молодость самой церковной организации сыграла свою роль. Миновало всего лишь несколько десятилетий после принятия христианства в Болгарии. В стране помнили и об языческих временах, и о старых религиозных течениях, проникающих в Болгарию с Востока - манихействе и павликианстве. Для этих учений был характерен крайний дуализм, т.е. признание бесконечной борьбы доброго и злого начал.
Организатором движения стал поп Богомил, давший свое имя всей ереси. Богомилом была создана своя организация. Первую группу составляли близкие последователи Богомила - теоретики движения. Это были преимущественно духовные лица. Во вторую группу вошли сочувствующие новому учению. Сторонники еретиков появились как на селе, так и в городе. Официальная церковь не могла принять развиваемого богомилами учения о происхождении вселенной и человека, а также об устройстве государственной системы. Главным в учении богомилов была критика церкви, ее устройства и порядков, выступление против служителей церкви. Особенно яростно нападали богомилы на представителей высшего клира - епископов и митрополитов. Еретики выступали не только против официальной церкви, но и против светской власти и государства. Критика богатства и восхваление бедности занимали центральное место в их проповедях.