Положение Габсбургов в империи вновь укрепилось. Но в войну вступила Франция. 25 февраля 1635 г. кардинал Ришелье заключил союз с Нидерландами, а затем возобновил союзные договор с Швецией и объявил войну Испании. Протестанты вновь начали наступление, и весной 1639 г. шведское войско вторглось в Чехию. Шведы обратились к чешскому народу с призывом к восстанию против Габсбургов и обещанием помощи в деле освобождения страны. Но измотанное военными погромами население уже не верило в возможность освобождения и смотрело на наступление шведов с опаской. Шведы тем не менее захватили часть Моравии и планировали соединиться с трансильванским князем Дьердем Ракоци, чтобы совместно ударить на Вену. Но в конце 1643 г. на стороне Габсбургов выступил датский король Христиан IV, а также Польша, и шведы были вынуждены увести войска из Моравии для защиты земель Северной Германии. На территории земель чешской короны шведские войска находились еще не раз. Вся Центральная Европа была опустошена войной, но ни одна из сторон не достигла решающего перевеса. Всеобщее экономическое истощение и внутриполитические сложности заставили воюющие стороны начать переговоры о мире. Чешские эмигранты пытались привлечь внимание ведущих политиков антигабсбургской коалиции к чешскому вопросу и обсудить проблему восстановления в Чехии добелогорских порядков. Но для крупных европейских государств чешский вопрос утратил сколько-нибудь важное значение.
В период мирных переговоров военные действия в Центральной Европе не утихали. Летом 1648 г. шведский генерал Кенигсмарк совершил нападение на чешскую территорию, взял Пражский Град и Малу Страну, захватив при этом многие ценности, прежде всего художественные, хранившиеся в коллекциях Града. Разграбив также и Южную Чехию, шведская армия ушла, а 24 октября 1648 г. в Мюнстере и Оснабрюке был подписан мир, завершивший Тридцатилетнюю войну. Этот мир, известный как Вестфальский, существенно изменил соотношение политических сил в Европе. Рухнули планы установления в Европе гегемонии Габсбургов. Утратила свое господствующее положение Испания. На передний план вышли Франция и Швеция. Вестфальский мир подтвердил суверенитет Нидерландов – первого государства, где победила буржуазная революция. Но положение Габсбургов в Центральной Европе укрепилось. Европейские государства признали победу императора над сословными режимами в так называемых наследственных землях и санкционировали те изменения, которые провело правительство Габсбургов в Чешском королевстве после Белой Горы.
В результате Тридцатилетней войны уменьшилась территория Чешского королевства, так как Лужицы в 1635 г. отошли к Саксонии. Подавление сословного восстания не привело однако к ликвидации чешского государства, и «Обновленное земское устройство» для Чехии (1627 г.) подтвердило существование государственного образования, носившего название «Земли Чешской короны» и соединенного с Венгерским королевством и другими землями монархии личностью единого государя. В границах Чешского государства Габсбурги признавались чешскими королями.
Однако относительная «свобода» отдельных частей монархии в рамках последней была формальной. Габсбурги проводили политику централизации. После поражения восстания уже не собирался сейм Чешской короны, был ликвидирован дуализм сословной и королевской власти, характерный для политического развития чешских земель с конца XIII века. Было ликвидировано и свободное избрание короля. Важнейшие политические и финансовые вопросы стали решаться центральными королевскими органами, тайным и дворцовым советами и особенно «дворцовой коморой» (палатой). Законодательное право принадлежало государю. Высших земских чиновников также назначал король, и они были ответственны перед ним, а не перед сеймом. Земский суд утратил свой суверенитет, так как высшей апелляционной инстанцией стал опять же государь. В состав сейма было введено духовное сословие, и притом – как первое. Мещанство же не имело теперь самостоятельного голоса. Функции утверждения налогов за сеймом сохранились, но шляхта, устрашенная побелогорскими репрессиями, не использовала этого средства для политического давления. Управленческий аппарат сословий бы заменен королевским. Высшим исполнительным органом стала Чешская канцелярия, находившаяся с 1624 г. в Вене, а высший канцлер стал важнейшим по значению чиновником чешского государства. Негативное значение имело уравнение немецкого языка с чешским. Королевские учреждения, занятые немецкими чиновниками, ставили на первое место немецкий язык, чешский же в деятельности учреждений постепенно отходил на задний план.
Территория Чехии неоднократно была ареной военных действий, так что опустошение страны стало всеобщим. Кроме того, экономика подрывалась конфискациями земельного имущества, высокими штрафами за участие в сословном восстании или даже сочувствие повстанцам. Очень сильно пострадали от побелогорских репрессий и от военных действий города. Всеобщий упадок препятствовал экономическому возрождению горожан. Тяжелым бременем для всех слоев населения были высокие военные налоги и принудительные займы. Особенно от налогов страдали опять же города, так как феодалы своих подданных предпочитали обирать сами. Многолетние военные действия нарушили торговые связи чешских земель с остальным миром. Нарушился традиционный ввоз и вывоз товаров. Ослабела внутренняя торговля. Все это уменьшало производство товаров и их обмен и тем самым ухудшало положение городов и мещан в сфере экономики.
Земледельческое население за время войны пострадало так же сильно, как и городское. Многочисленные села погибли в огне, был уничтожен инвентарь всех видов; усугубляли положение тяжелые контрибуции и расходы на содержание войск. Их несли все без исключения слои населения деревни. Однако в период военного затишья земледельцы, которым удавалось сохранить часть скота, спрятав его от мародерствующих войск в лесах, а также какие-то сельскохозяйственные орудия и семена, снова начали обрабатывать землю и производить продукцию для собственных потребностей и частично также на рынок. Но общий объем земледельческого производства далеко не достиг довоенного уровня. Поглощение доходов земледельцев высокими феодальными податями и государственными налогами настолько снизило покупательную способность сельского населения, что крестьяне приобретали у ремесленников лишь самые необходимые им товары. Обмен товарами между городом и деревней получил односторонний характер. Это означало существенное снижение общего уровня экономики, смену высокоразвитого товарного производства таким положением, при котором земледелие преобладало над производством городского характера, что означало явный экономический регресс.
В период войны произошли существенные изменения в феодальном землевладении. Несколько сот шляхетских фамилий утратили свое имущество или значительную его часть за участие в сословном восстании или сочувствие ему. Новые изменения во владениях землей наступили после убийства Альбрехта Валленштейна, когда опять были произведены конфискации. Много могущественных прежде феодальных родов опустились на низшие ступени общественной лестницы, а несколько личностей, ранее незначительных, превратились в крупнейших магнатов. Произошел также большой прилив в Чешские земли иноземной шляхты, преданной Габсбургам и имевшей перед ними военные и политические заслуги. В 50-е годы XVII в. в Чехии соотношение между старыми и новыми панскими родами составляло 169 к 136, а между старыми и новыми рыцарскими фамилиями – 457 к 116. В обоих сословиях старые фамилии имели, таким образом, численное превосходство, но зато представители новой шляхты были более зажиточными. В Моравии наблюдалась несколько иная картина. В панском сословии соотношение пришедших в страну в результате войны иностранцев к старым местным родам составляло 39 к 27, в рыцарском – 35 к 30. Но лишь несколько иностранцев получили владения крупных размеров. В целом же и в Чехии и в Моравии земельные владения сосредоточились в руках небольшого слоя феодалов. Усилилась концентрация земельных владений, углубилась имущественная дифференциация среди шляхты. Панству принадлежало более 60% всех подданных, тогда как рыцарскому сословию – лишь 10%, а церкви – около 12%. Число лиц шляхетского сословия уменьшилось в целом.
Поражение сословного восстания способствовало усилению феодального класса в чешском обществе. На Белой Горе победили силы, опиравшиеся на реакционнейшие слои феодального строя, стремившиеся любыми средствами к укреплению этой системы. Эти слои оказывали поддержку наиболее консервативным элементам общества – католической церкви, и, применяя силу, ослабляли те социальные группы, которые являлись носителями противоположных социально-экономических тенденций. Эти же слои подорвали политическую и экономическую потенцию мещанства, поддерживали процесс разорения мелких рыцарских владений и способствовали закрепощению крестьянства. Уже во время войны крупнейшие магнаты стали ориентировать свое хозяйство на производство товарной продукции, главным образом – продовольствия, которого в стране не хватало. Они расширяли барскую запашку, образуя панские дворы, присоединяли ко дворам оставленные крестьянами земельные наделы, устраивали новые дворы на рустикальной земле. Обрабатывать все эти земли феодалы заставляли крестьян, а поскольку во время войны рабочей силы было недостаточно, повинности крестьян были повышены в несколько раз.
Феодалы продавали хлеб на местном рынке или войскам. Часть пшеницы и ячменя обрабатывалась в панских пивоварнях, так как продажа пива приносила большие доходы. Феодалы устанавливали монополию на продажу пива, на помол зерна. В некоторых панствах разводили овец, выращивали рыбу, продавали лес, добывали железную руду. Все эти предприятия панских хозяйств обслуживались трудом зависимых крестьян.