Города Боснии и Герцеговины - Сараево (20 000 чел. -самый крупный город), Травник, Мостар, Баня Лука были заселены преимущественно мусульманами. В городах развивалось ремесло, они же были центрами торговли и административного управления краем. Столица провинции попеременно находилась то в Травнике, то в Сараево. Местные феодалы Боснии и Герцеговины - аяны - к началу XIX в. фактически владели земельными наделами, на которых трудились как крестьяне-мусульмане, так и крестьяне-христиане. Этнических турок в провинции было очень мало, как правило они присылались для занятия административных должностей и недоброжелательно воспринимались местной боснийско-герцеговинской знатью. К середине XIX в. в ходе ликвидации спахийского землевладения старая родовая знать - аяны - теряет свои позиции, появляются новые владельцы земельных наделов, полученных в результате перераспределения чиновниками из центра или боснийским визирем лично. Эта новая знать, часто пришлая, именуется по титулам янычарских военачальников агами и бегами, и образует новый класс собственников модернизированного феодального общества - беговат.
В Боснии и Герцеговине мусульманские традиции и их культура получили широкое развитие в сети духовных школ и училищ, распространении дервишских орденов. Боснийский эялет был оплотом традиционного мусульманства, яростно сопротивлявшегося любым попыткам реформ, в том числе и попыткам европеизации администрации и армии. Даже изменение вида чалмы в 1830 г. вызвало протесты мусульман Боснии. Архитектура и градостроительство Боснии и Герцеговины представляют собой блестящие образцы балканской мусульманской культуры. Христианская же церковь и культура в Боснии и Герцеговине были в конце XVIII - 1878 г. значительно слабее. Особенно это касалось православной церкви, где иерархи, по большей части греки, назначались Вселенским патриархом. Они зачастую тесно сотрудничали с властями, оказывая им порой и осведомительские услуги. Католическая церковь на территории Боснии и Герцеговины была представлена орденом францисканцев, который был допущен султаном для окормления католической паствы. Францисканские священники очень плодотворно трудились в Боснии и Герцеговине, открывая монастыри и католические школы при них. Успеху их деятельности способствовали как прозелитистская политика Ватикана, так и наличие обширных контактных зон, ибо с севера и запада Босния и Герцеговина были окружены католическими территориями Хорватии и Славонии а также Далмации - известного центра католической культуры Средиземноморья. Упадок православной культуры, укрепление католицизма и прочные позиции исламского традиционализма в первой половине XIX века не были главной причиной внутренней нестабильности Боснии и Герцеговины, сотрясаемой в 30-70-х гг. серией восстаний. Этно-конфессиональные конфликты начинают обостряться лишь во второй половине XIX в., а своего апогея достигают в конце ХХ в.
В первой половине XIX в. основные проблемы внутреннего развития Боснии и Герцеговины связаны прежде всего с решением экономических и политических задач. Такой задачей была борьба за самостоятельность Боснии и Герцеговины, выход ее из подчинения центру империи. Причем в первой половине XIX в. во главе движения стояли местные мусульманские феодалы, а в начале 50-х гг. с лозунгами автономии выступают лидеры христианских крестьянских движений. И в первом и во втором случае восстания тесно были связаны с общеимперским процессом попыток реформирования военно-ленной системы, получившего в исторической литературе название - модернизация феодализма.
Босния и Герцеговина в силу своего периферийного положения и довольно прочных позиций местной знати в первой половине XIX в. были центром феодального сепаратизма на Балканах и ядром сопротивления реформам в Османской Турции. Это проявлялось и в период реформаторской деятельности Селима III, а особенно во время правления султана Махмуда II (1808 – 1839 гг.). Реформы этого времени были направлены на централизацию государственного управления и укрепление феодально-абсолютистского режима, позволившего бы приспособить к новым условиям экономику страны. В целях ликвидации центробежных явлений и централизации административного управления ожесточенная борьба велась с местным феодальным сепаратизмом и особенно против укрепившейся прослойки феодалов-аянов, возвысившихся на окраинах империи. Во второй половине 20-х гг. XIX в. был распущен янычарский корпус (1826 г.), проведена военная реформа, правительству удалось ослабить влияние ряда дервишских орденов, оказывавших помощь сепаратистам, началась реорганизация государственного аппарата. В течение 30-х гг. эти преобразования продолжаются как в военной, так и в гражданской сфере. Модернизация государства началась с всеобщей переписи, введения паспортной системы. учреждения регулярной почтовой службы. В экономической области самым важным здесь был декрет 1833 г. о ликвидации спахийской системы. Держатели тимаров и зиаметов превращались в рядовых государственных служащих. Эти действия вызвали вооруженное сопротивление боснийско-герцеговинских феодалов, продолжавшееся до 60-х гг. Так ликвидацию спахийской системы в Боснии и Герцеговине не удалось провести ни в 1833 г., ни в 1836 г., ни в 1843 г. Лишь с введением в 1856 г. “Земельного закона” можно говорить о замене спахийского землевладения и росте процесса читлучения, отмены барщины. В отличие от других чисто мусульманских районов империи, крестьяне не получили в Боснии и Герцеговине наделы в собственность, они фактически перешли на отношения субаренды.
Для проведения хотя бы частично реформ в Боснии и Герцеговине Порте пришлось вести вооруженную борьбу с местным сепаратизмом. Особенно ярко это проявилось в начале реформ танзимата 30-50-х. гг. Выбрав своим вождем местного боснийского военачальника Гуссейн-пашу, боснийские феодалы в 1831 г. выступили против султана за самоуправление Боснии и Герцеговины, их поддержал и скадарский паша. Восстание было подавлено в 1833 г. и проведен ряд мероприятий по усилению роли наместника султана. Вторая волна сопротивления реформам прокатилась в 40-е гг. после попыток проведения в жизнь Гюльханейского хатт-и-шерифа 1839 г., провозгласившего равенство всех подданных поданных султана, как мусульман, так и “неверных”. Так в 1846 г. мусульманские аяны в районе Сребреницы под руководством Рустен-бега выступили против боснийского визиря и даже просили помощи у княжества Сербии. Лишь после направления в 1851 г. специального экспедиционного корпуса во главе с известным военачальником Омер-пашой Латасом удалось подавить волну сепаратистского движения местных феодалов и начать проведение реформ, в том числе и административных.
В 40-50-е гг. наряду с сепаратистскими выступлениями в Боснии и Герцеговине усиливаются волнения христианского населения против мусульманского владычества. Экономическое по сути, направленное на ликвидацию феодальных форм эксплуатации, это движение принимает постепенно национально-освободительную окраску. Происходит это во многом в связи с усилением политической агитации как сербской и черногорской, так и хорватской. Прежде всего, это связано с попытками проведения в жизнь государственно-политической концепции сербского княжества по объединению югославянских земель вокруг Сербии (“Начертание”), где присоединение Боснии и Герцеговины занимало центральное место. В эти же годы начинают активную пропагандистскую деятельность среди католиков Боснии и Герцеговины деятели хорватского национального Возрождения. Причем до начала 70-х гг. сербские и хорватские политические деятели порой действуют совместно.
Для Герцеговины важное значение имели планы черногорских правителей о территориальном расширении Черногории за счет Герцеговины. Черногория поддержала серию восстаний христианского населения в Герцеговине с требованием изменения характера аграрных отношений. Так, под руководством Луки Вукаловича с 1852 по 1862 гг. прошло три восстания. Наряду с традиционными требованиями уравнения в правах с мусульманами, восставшие выдвинули лозунг присоединения Герцеговины к Черногории. В результате совместных боевых действий герцеговинских повстанцев и черногорских отрядов юго-восточная часть Герцеговины перешла де-факто под управление Черногории. Другой лидер боснийско-герцеговинских повстанцев Мичо Любибратич пытался поднять в 60-е гг. восстание с лозунгом совместной борьбы христиан и мусульман за социальное освобождение и автономию Боснии.
В ходе подготовки и создания Балканского союза (1867-68 гг.) активизируется сербская пропаганда в Боснии и Герцеговине, прилагаются большие материальные и организационные усилия Сербского княжества для организации антитурецкого восстания в эялете.
Социальные, национальные, политические требования особенно четко были сформулированы в ходе крупнейшего восстания в Боснии и Герцеговине в XIX в. - восстания 1875 -1878 гг. Именно в этот период произошло кардинальное изменение карты Балканского полуострова и определилась судьба Боснии и Герцеговины. Лидеры повстанцев разрабатывали программы переустройства Боснии и Герцеговины. Особенно выделялась программа Васы Пелагича, предлагавшего включить Боснию в будущую федерацию демократических республик. Наряду с таким радикальным решением национального вопроса выдвигались и более умеренные программы, где лидировала программа присоединения Боснии к Сербии, а Герцеговины к Черногории. В случае неудачи этого плана, по заявлениям созданного повстанцами осенью 1877 г. т. н. “Боснийского правительства”, следовало предоставить Боснии и Герцеговине автономию в составе Османской Турции.
Но судьба Боснии и Герцеговины была предрешена уже летом 1876 г. в ходе переговоров в Рейхштадте (Чехия) русского и австрийского императоров. Официальное подтверждение русско-австрийской договоренности по вопросу о Боснии и Герцеговине было закреплено Будапештской конвенцией 1877 г. Согласно этому документу, Россия в обмен на нейтралитет Австро-Венгрии в предстоящей русско-турецкой войне соглашалась на последующую после окончания войны оккупацию Боснии и Герцеговины Австро-Венгрией. Опоздавшая к колониальным переделам Австро-Венгрия, лишившаяся части своих территорий в результате итальянского освободительного движения и утратившая позиции в Центральной Европе после австро-прусской войны, устремилась на Балканы. Присоединение Боснии и Герцеговины уже в конце 60-х гг. становится частью тайной политической программы Австрию. Несмотря на протест местного населения, как христианского. так и мусульманского, и на его вооруженное сопротивление, Австро-Венгрия оккупировала Боснию и Герцеговину осенью 1878 г. На протяжении последующих 40 лет Босния и Герцеговина являются составной частью империи Габсбургов.