В послевыборный период движениям “Гражданский форум” и “Общественность против насилия” в сложных условиях коренных преобразований не удалось справиться с обстановкой и ростом национальных противоречий чехов и словаков. Эти движения представляли собой скорее свободный конгломерат антикоммунистических организаций и групп, имевших различные подходы к решению практических проблем государственного строительства. Вскоре после выборов в парламент “Гражданский форум” распался на ряд политических партий.В их числе наиболее влиятельным было либеральное по ориентации “Гражданское движение”, а также самая крупная по численности Гражданская демократическая партия (ГДП), исповедывавшая идеологию современного реализма. Ее лидер В.Клаус, прагматик-технократ, отстоял собственную концепцию радикальной экономической реформы, состоявшей в ускоренной приватизации и ослаблении экономической роли государства. Третьей силой, выделившейся из “Гражданского форума”, стал “Гражданский демократический альянс” (ГДА), исповедовавший ценности западного консерватизма.
Последствия реформ в экономике неблагоприятно сказались в большей мере на положении Словакии. Целые словацкие регионы оказались в состоянии экономической депрессии. В этих условиях после распада словацкой ОПН массовой поддержки добился известный политик Владимир Мечиар, председатель партии Движение за демократическую Словакию (ДЗДС). Правые силы в Словакии не получили поддержки. Мечиар возглавил движение словаков за национальный суверенитет в противовес сторонникам чехо-словацкой федерации. За независимость Словакии выступили и словацкие эмигранты из рядов Словацкой Лиги в Канаде и США, а также Всемирный словацкий конгресс. Требование полной независимости Словакии поддерживала вначале незначительная часть словацкого общества. Лишь после выборов 1990 г. это требование стало программным в деятельности Словацкой национальной партии и ряда других партий и группировок.
В начале 90-х гг. словацкая сторона усиливала давление на Прагу, добиваясь от нее гарантии равных возможностей в федерации. Обострение межнациональных отношений стало заметным уже весной 1990 г., когда в федеральном собрании обсуждался вопрос о смене названия государства. Словацкая сторона упорно настаивала на изменении написания названия страны на Чехо-Словакия. Тогда же в Братиславе состоялись первые демонстрации с требованием полного суверенитета Словакии. После принятия компромиссного названия Чешская и Словацкая Федеративная Республика началась новая тяжба о повторном разделении компетенций между чешским правительством П.Питгарта и словацким правительством В.Мечиара. Временным компромиссом явилось принятие в декабре 1990 г. закона о компетенциях, существенно ограничивавшего полномочия федеральных органов власти.
Весной 1991 г. правительство Мечиара вынуждено было подать в отставку, его заменил кабинет во главе с Я. Чарногурским. Он выступил с инициативой заключения особого чешско-словацкого договора, пока не будет принята конституция. Это требование было принято чехами. Но тем временем в Словакии все шире укреплялся лозунг создания суверенной республики. Словацкая сторона долгое время рассчитывала на то, что чехи пойдут на образование конфедерации, однако большинство чешских политических партий уже накануне выборов 1992 г. в парламент отвергли этот вариант как неприемлемый. Таким образом вопрос о будущем федеративного государства был предрешен, хотя это вовсе не означало фатальной неизбежности распада Чехословакии в 1992 г. Камнем преткновения для чешской стороны стало настоятельное требование Словакии предоставления ей самостоятельности в вопросах внешней политики.
Затянувшаяся конфронтация достигла своего апогея на выборах 1992 г. В Чешской Республике успеха добилась Гражданская демократическая партия (около 30 % голосов), в Словакии перевес оказался за Движением за демократическую Словакию во главе с В.Мечиаром. Было очевидно, что эти силы преследуют различные политические и экономические цели, и создание полноценного в функциональном отношении федерального правительства было проблематичным. В такой обстановке победившие на выборах лидеры в результате серии переговоров пришли к решению о разделе федерации. 25 ноября 1992 г. федеральное собрание приняло решение о прекращении федерации двух народов. Спустя три недели Чешский национальный совет узаконил конституцию Чешской Республики.
С 1 января 1993 г. на карте Европы вместо бывшей чехословацкой федерации появились два новых государства: Чешская Республика и Словацкая Республика. Их территория и географическое положение остались прежними, однако геополитическая ситуация и условия государственного развития претерпели существенные изменения.