Вскоре начались раздоры между крестоносцами и Алексеем, который не был в состоянии исполнить своих обещаний. Уже в ноябре того же года это привело к враждебным действиям. 25 января 1204 года новая революция в Константинополе низвергла Алексея IV и возвела на престол Алексея V (Мурзуфла). Народ был недоволен новыми налогами и отбиранием церковных сокровищ для уплаты крестоносцам условленного вознаграждения. Исаак умер; Алексей IV и выбранный было императором Канабус были задушены по приказанию Мурзуфла. Война с франками шла неудачно и при новом императоре. 12 апреля 1204 года крестоносцы взяли Константинополь, причем погибло множество памятников искусства. Алексей V иФеодор Ласкарис, зятьАлексея III, бежали (последний — вНикею, где и утвердился), а победители образовалиЛатинскую империю. Для Сирии ближайшим следствием этого события было отвлечение оттуда западных рыцарей. Кроме того, могущество франков в Сирии ослаблялось ещё борьбой между Боэмундом Антиохийским и Львом Армянским. В апреле 1205 года умеркороль иерусалимскийАмальрих; Кипр получил его сын Гуго, а иерусалимскую корону наследовалаМария Иерусалимская, дочь маркграфа Конрада Монферратского и Елизаветы. За её малолетством правилЖан I Ибелин. В 1210 году Марию Иоланту выдали замуж за храброгоИоанна Бриеннского. С мусульманами крестоносцы жили в это время большей частью в мире, который был очень выгоден Альмелику-Аладилу: благодаря ему он укрепил свою власть в Передней Азии и Египте. В Европе успех 4-го Похода вновь оживил крестоносное рвение.
В1212 годусостоялся так называемый Крестовый поход детей, экспедиция под предводительством юного провидца по имени Стефан, который вдохнул во французских и немецких детей веру в то, что с его помощью, как бедные и преданные слуги Господа, они смогут вернуть христианству Иерусалим. Дети отправились на юг Европы, но многие из них не достигли даже берегов Средиземного моря, а погибли в пути. Некоторые историки считают, что Крестовый поход детей был провокацией, устроенной работорговцами с целью продать участников похода в рабство.
В мае 1212 года, когда немецкое народное войско прошло черезКёльн, в его рядах насчитывалось около двадцати пяти тысяч детей и подростков, направляющихся вИталию, чтобы оттуда морем достигнутьПалестины. В хроникахXIII векаболее пятидесяти раз упоминается этот поход, который получил название «крестового похода детей».
Крестоносцы сели в Марселе на корабли и частью погибли от бури, частью же, как говорят, детей продали в Египет в рабство. Подобное движение охватило и Германию, где мальчик Николай собрал толпу детей тысяч в 20. Большая часть их погибла или рассеялась по дороге (особенно много погибло их в Альпах), но некоторые дошли до Бриндизи, откуда должны были вернуться; большая часть их также погибла. Между тем на новый призыв Иннокентия III отозвались английский король Иоанн, венгерский Андрей и, наконец, Фридрих II Гогенштауфен, принявший крест в июле 1215 года. Начало крестового Похода назначено было на 1 июня 1217 года.
ДелоИннокентия III(ум. в июле1216 года) продолжалГонорий III. ХотяФридрих IIотложил поход, аИоанн Английскийумер, всё-таки в1217 годув Святую землю отправились значительные отряды крестоносцев, сАндреем Венгерским, герцогомЛеопольдом VI АвстрийскимиОттоном Меранскимво главе; это был 5-й крестовый поход. Военные действия шли вяло, и в1218 годукороль Андрей вернулся домой. Вскоре в Святую землю прибыли новые отряды крестоносцев, под предводительством Георга Видского иВильгельма Голландского(на пути часть их помогала христианам в борьбе смаврамивПортугалии). Крестоносцы решили напасть наЕгипет, который был в то время главным центром мусульманского могущества в Передней Азии. Сыналь-Адиля,аль-Камиль(аль-Адиль умер в 1218 году), предложил чрезвычайно выгодный мир: он соглашался даже на возвращение Иерусалима христианам. Это предложение было отвергнуто крестоносцами. В ноябре1219 года, после более чем годовой осады, крестоносцы взялиДамиетту. Удаление из лагеря крестоносцев Леопольда и короляИоанна Бриеннскогоотчасти было возмещено прибытием в ЕгипетЛюдовика Баварскогос немцами. Часть крестоносцев, убежденная папским легатом Пелагием, двинулась кМансуре, но поход окончился полной неудачей, и крестоносцы заключили в1221 годус аль-Камилем мир, по которому получили свободное отступление, но обязались очистить Дамиетту и вообще Египет. Между тем наИзабелле, дочериМарии Иолантыи Иоанна Бриеннского, женился Фридрих II Гогенштауфен. Он обязался перед папой начать крестовый поход.
Фридрих в августе 1227 года действительно отправил в Сирию флот с герцогом Генрихом Лимбургским во главе; в сентябре он отплыл и сам, но должен был вскоре вернуться на берег, вследствие серьёзной болезни. Принявший участие в этом крестовом Походе ландграф Людвиг Тюрингенский умер почти тотчас после высадки вОтранто. ПапаГригорий IXне принял в уважение объяснений Фридриха и произнес над ним отлучение за то, что он не исполнил в назначенный срок своего обета. Началась крайне вредная для интересов Святой земли борьба между императором и папой. В июне 1228 года Фридрих наконец отплыл в Сирию (6-й крестовый поход), но это не примирило с ним папу: Григорий говорил, что Фридрих (все ещё отлученный) едет в Святую землю не как крестоносец, а как пират. В Святой земле Фридрих восстановил укрепления Иоппии и в феврале 1229 года заключил договор с Алькамилом: султан уступил ему Иерусалим, Вифлеем, Назарет и некоторые другие места, за что император обязался помогать Алькамилу против его врагов. В марте 1229 года Фридрих вступил в Иерусалим, а в мае отплыл из Святой земли. После удаления Фридриха его враги стали стремиться к ослаблению власти Гогенштауфенов как на Кипре, бывшем со времен императора Генриха VI леном империи, так и в Сирии. Эти раздоры очень невыгодно отражались на ходе борьбы христиан с мусульманами. Облегчение крестоносцам принесли лишь раздоры наследников Алькамила, умершего в 1238 году.
Осенью 1239 года в Акру прибыли Тибо Наваррский, герцог Гуго Бургундский, граф Петр Бретанский, Амальрих Монфортский и другие. И теперь крестоносцы действовали несогласно и опрометчиво и потерпели поражение; Амальрих был взят в плен. Иерусалим снова попал на некоторое время в руки одного эйюбидского владетеля. Союз крестоносцев с эмиром Измаилом Дамасским привел к войне их с египтянами, которые разбили их при Аскалоне. После этого многие крестоносцы покинули Святую землю. Прибывшему в Святую землю в 1240 году графу Ричарду Корнваллийскому (брат английского короля Генриха III) удалось заключить выгодный мир с Эйюбом (Мелик-Салик-Эйюб) египетским. Между тем раздоры среди христиан продолжались; бароны, враждебные Гогенштауфенам передали власть над иерусалимским королевством Алисе Кипрской, тогда как законным королем был сын Фридриха II, Конрад. После смерти Алисы власть перешла к её сыну, Генриху Кипрскому. Новый союз христиан с мусульманскими врагами Эйюба привел к тому, что Эйюб призвал к себе на помощь турок-хорезмийцев, которые взяли в сентябре 1244 года незадолго перед тем возвращенный христианам Иерусалим и страшно опустошили его. С тех пор святой город был навсегда потерян для крестоносцев. После нового поражения христиан и их союзников Эйюб взял Дамаск и Аскалон. Антиохийцы и армяне должны были в то же время обязаться платить дань монголам. На Западе крестоносное рвение остывало, вследствие неудачного исхода последних Походов и вследствие образа действия пап, которые тратили на борьбу с Гогенштауфенами деньги, собранные на крестовые Походы, и заявляли, что помощью Святому Престолу противимператораможно освободиться от данного раньше обета идти в Святую землю. Впрочем, проповедь крестового Похода в Палестину продолжалась по-прежнему и привела к 7-му крестовому походу. Прежде других крест принялЛюдовик IXФранцузский: во время опасной болезни он дал обет идти в Святую землю. С ним пошли его братья Роберт, Альфонс и Карл, герцог Гуго Бургундский, гр. Вильгельм Фландрский, гр. Петр Бретанский, сенешаль шампанский Иоанн Жуанвиль (известный историк этого похода) и многие другие.
Летом1249 годакороль Людовик IX высадился вЕгипте. Христиане занялиДамиетту, а в декабре достигли Мансуры. В феврале следующего года Роберт, опрометчиво ворвавшись в этот город, погиб; несколько дней спустя мусульмане едва не взяли христианский лагерь. Когда в Мансуру прибыл новый султан (Эйюб умер в конце 1249 года), египтяне отрезали крестоносцам отступление; в христианском лагере открылся голод и моровая язва. В апреле мусульмане нанесли крестоносцам полное поражение; сам король был взят в плен, и купил свободу возвращением Дамиетты и уплатой громадной суммы (убиениемамелюками, под начальствомБейбарса, султана Тураншаха не изменило положения дел). Большая часть крестоносцев возвратилась на родину; Людовик пробыл в Святой земле ещё четыре года, но не мог добиться никаких серьёзных результатов.
В среде христиан, несмотря на крайне опасное положение, продолжались бесконечные распри: тамплиеры враждовали с иоаннитами, генуэзцы — с венецианцами и пизанцами (из-за торгового соперничества). Некоторую выгоду крестоносцы извлекли лишь из борьбы между появившимися в Передней Азии монголами и мусульманами; но в 1260 году султанКутузнанёс монголам поражение вбитве при Айн-Джалутеи овладел Дамаском и Халебом. Когда, после убийства Кутуза, султаном сталБейбарс, положение христиан стало безнадежным. Прежде всего Бейбарс обратился против Боэмунда Антиохийского; в1265 годуон взялЦезарею,Арзуф,Сафед, разбил армян. В1268 годув его руки попалаАнтиохия, которой христиане владели 170 лет. Между темЛюдовик IXснова принял крест. Его примеру последовали его сыновья Филипп, Иоанн Тристан и Петр Алансонский, гр. Пуатье, гр. Артуа (сын погибшего в Мансуре Роберта Артуа), король Тибо Наваррский и другие. Кроме того обещали идти в Походы крестовые Карл Анжуйский и сыновья английского короля Генриха III, Эдуард и Эдмунд. В июле 1270 года Людовик отплыл из Эгморта. В Кальяри решено было начать крестовые походы, связанные с завоеваниемТуниса, что было бы выгодно для Карла Анжуйского (брата Людовика Святого), но не для христианского дела в Святой земле. Под Тунисом среди крестоносцев открылся мор: умер Иоанн Тристан, потом папский легат и, наконец, 25 августа 1270 года, сам Людовик IX. После прибытия Карла Анжуйского был заключен с мусульманами мир, выгодный для Карла. Крестоносцы покинули Африку, и часть их отплыла в Сирию, куда в1271 годуприбыли также англичане. Бейбарс продолжал одерживать верх над христианами, взял несколько городов, но попытка его завоевать Кипр не удалась. Он заключил с христианами перемирие на 10 лет и 10 дней и занялся борьбой с монголами и армянами. Преемник Боэмунда VI, Боэмунд VII Трипольский, платил ему дань.