Для реализации Охридских договоренностей было изменено административно-территориальное деление страны, приведшее к укрупнению местных общин. В результате этого на севере и западе Македонии образуются связанные между собой территории с преобладающим албанским населением.
В сентябре 2002 г. в Македонии состоялись парламентские выборы. Победу на них одержала оппозиционная коалиция "Вместе за Македонию" во главе с Социал-демократическим союзом Македонии. В результате лидер СДСМ Б. Црвенковский вновь возглавил правительство. Среди албанских политических сил больше всего голосов получила новая партия - Демократический союз за интеграцию, которую возглавил Али Ахмети, считавшийся лидером политического крыла Армии национального освобождения.
Социал-демократы сохранили свои позиции во власти и после трагической гибели Б. Трайковского в авиакатастрофе в феврале 2004 г. В стране прошли внеочередные президентские выборы, на которых победу одержал премьер-министр страны Б. Црвенковский. Он и стал третьим президентом независимой Македонии. Правительство страны возглавил его однопартиец Хари Костов.
В середине ноября 2004 г. кабинет Костова подал в отставку. На это повлияли как экономические трудности, так и невозможность договориться с входящими в него представителями албанского Демократического союза за интеграцию. Отставка Костова вписывалась в стратегию правящего Социал-демократического союза Македонии как мера, способная привести к повышению его катастрофически низкого рейтинга накануне местных выборов 2005 г. и особенно парламентских выборов 2006 г. Новое правительство сформировал лидер Социал-демократического союза Македонии Владо Бучковский.
Тем не менее, на парламентских выборах в июле 2006 г. победила оппозиционная коалиция во главе с лидером ВМРО-ДПМНЕ Николой Груевским.
Македония является одним из беднейших государств Европы с уровнем безработицы в 40% трудоспособного населения и минимальным объемом зарубежных инвестиций. Более трети населения живет за чертой бедности. Экономика страны косвенно пострадала от санкций, введенных международным сообществом против Югославии, а также от закрытия Грецией порта Салоники для македонских судов и греческих экономических санкций, введенных против Македонии в 1992 - 1995 гг. Военные действия на территории Македонии против албанских сепаратистов привели к еще большему осложнению экономической ситуации в стране.
Во внешней политике Македонии пришлось решать ряд разной сложности проблем, связанных не только с вхождением в европейские и трансатлантические интеграционные организации, но и с урегулированием спорных вопросов, возникающих в отношениях с соседями. До сих пор до конца не урегулирован спор с Грецией относительно наименования государства. Принятое в 1993 г. компромиссное решение в полной мере не устраивает ни Скопье, ни Афины. На отношения с Тираной оказывает влияние вопрос о положении албанского национального меньшинства в Македонии и македонского меньшинства в Албании. Соответствующие договоры, фиксирующие взаимные обязательства, сторонами пока что не подписаны. Сербская церковь отказывается признавать самостоятельность македонской православной церкви, что крайне затрудняет последней получение общепризнанной другими православными церквами автокефалии.
Македония последовательно проводит курс на сближение с НАТО и Европейским союзом. В 1999 г. она предоставила НАТО свою территорию и воздушное пространство для организации и ведения агрессивных действий против СРЮ. Активно участвует в программе "Партнерство ради мира".
Достаточно успешно развиваются отношения Македонии с Европейским союзом. Этому в немалой степени способствует применяемый ЕС с 1997 г. региональный подход к балканским странам, в соответствии с которым Македония входит в западно-балканскую пятерку наряду с Албанией, Словенией, Хорватией и БиГ.
В 1999 г. Еврокомиссия предложила этим странам приступить к началу Процесса стабилизации и ассоциирования, что было равнозначно предоставлению им более благоприятных условий для развития отношений политического и экономического развития. Вслед за этим по инициативе ЕС был принят Пакт стабильности для Юго-Восточной Европы, целью которого является содействие установлению прочного мира и укреплению демократических политических систем в регионе, восстановлению экономики и развитию свободного рынка, а также поэтапному сближению балканских государств с Европой. В эту неинституционализированную организацию входит около 30 государств, международных организаций, финансовых учреждений и других региональных объединений. Македония - один из активнейших участников Пакта стабильности и реализуемых им проектов в области демократизации и прав человека, экономики и развития, а также общеевропейской и международной безопасности.
Серьезными препятствиями на пути Македонии в международные интеграционные объединения помимо низкого жизненного уровня населения и неразвитости экономики остаются также организованная преступность и коррупция, борьба с которыми требует не только больших затрат, но и серьезной политической воли.