В ночь на 30 августа 1995 г. началась операция "Освобожденная сила": самолеты НАТО, взлетавшие с авиабазы в Италии и авианосцев в Адриатическом море, наносили массированные бомбовые удары по позициям боснийских сербов. Опираясь на натовскую поддержку, против них перешли в наступление объединенные силы мусульманско-хорватской коалиции и подразделения регулярной армии Республики Хорватии. Вскоре силы коалиции смогли овладеть значительными районами на западе Боснии, а контролируемая ими территория даже превысила 51 %.
1 ноября 1995 г. на американской военной авиабазе близ города Дейтон в США начались заключительные переговоры по боснийскому урегулированию. В них принимали участие президенты Сербии С. Милошевич, Хорватии Ф. Туджман и Боснии А. Изетбегович, официальные представители стран-участниц Контактной группы, а также три сопредседателя - от США, России и ЕС.21 ноября трехнедельные переговоры, проходившие под жестким давлением США, завершились подписанием соглашений, определившими конституционное устройство и территориальное разграничение Боснии и Герцеговины.
Согласно достигнутым договоренностям, формально единое государство делилось на два равноправных государственных образования - Республику Сербскую (49% территории) и Федерацию Босния и Герцеговина (51%). Хорватская республика Герцег-Босна была ликвидирована. Общим органом являлся строго ограниченный в своих полномочиях Президиум Боснии и Герцеговины в составе трех членов (представители сербской, боснийской и хорватской общин). Было решено, что первый состав Президиума будет избран на два года, а последующие - на четыре. Пост председательствующего замещался по принципу ротации. Все решения Президиум принимал на основе консенсуса. Создавался также общий двухпалатный парламент, для утверждения решений которого было необходимо согласие депутатов от каждой из трех национальных общин. Кроме нескольких центральных министерств (иностранных дел, внешнеэкономических сношений, финансов, юстиции и по делам беженцев), все остальные вопросы были отнесены к ведению государственных образований. Они получали свои законодательные органы и правительства (в РС избирается еще и президент), вооруженные силы, а также право самостоятельно решать все внутренние вопросы.
Было также решено, что политический и военный лидеры боснийских сербов Р. Караджич и Ратко Младич оставят свои посты и предстанут перед Международным трибуналом по расследованию преступлений, совершенных в бывшей Югославии (МТБЮ) в Гааге, созданным по решению Совета Безопасности ООН в мае 1993 г. С тех пор уже более 10 лет оба сербских лидера скрываются от преследования.
14 декабря 1995 г. парафированные в Дейтоне мирные соглашения были подписаны в Париже. Дейтонские соглашения остановили войну, которая была самой разрушительной в Европе за последние полвека. В ней погибло более 200 тыс. человек, из-за военных действий стали беженцами свыше 2 млн сербов, боснийцев и хорватов, многие из них покинули территорию республики. Довоенное население Боснии уменьшилось почти на миллион и в настоящее время составляет примерно 3,5 млн (около 2,5 млн проживает в Федерации и около миллиона в Республике Сербской). После войны и Республика Сербская, и обе национальные части мусульманско-хорватского образования стали фактически моноэтническими. В Республике Сербской представителей несербской национальности оставалось не более 10%. Боснийцы на контролируемых ими землях составляли 80-85% населения, а хорваты в своей части Федерации - около 98%.
После подписания Дейтонских договоренностей в Боснию и Герцеговину был направлен 60-тысячный контингент многонациональных миротворческих сил под руководством НАТО. В него до середины 2003 г. входил и военный контингент из России. Эти международные силы несколько раз сокращались, а в конце 2004 г. руководство над ними перешло от НАТО к Евросоюзу. Политический контроль над Боснией и Герцеговиной международное сообщество осуществляет через Высокого представителя ООН. Фактически с декабря 1995 г., учитывая широкомасштабное внешнее военное и политическое присутствие, Босния и Герцеговина превратилась в международный протекторат.
В целом курс западных держав в Боснии и Герцеговине направлен в сторону сокращения прав и полномочий Республики Сербской и создания унитарной Боснии и Герцеговины. В 1999 г. Посавинский коридор в районе г. Брчко был выведен из-под управления властей РС и передан под международный надзор. Задача постепенной ревизии Дейтонских соглашений решалась поочередно всеми Высокими представителями ООН. Дейтонские договоренности не наделяли этого представителя чрезмерными властными полномочиями. Однако уже в 1997 г. началось их последовательное расширение, в том числе и явочным путем. Так, в 1999 г. вопреки Дейтонским соглашениям решением Высокого представителя со своего поста был смещен очередной президент Республики Сербской Н. Поплашен.
Первые послевоенные парламентские выборы в Боснии и Герцеговине состоялись в сентябре 1996 г. с участием 39 партий. Выборы проходили под полным контролем западных посредников. Однако их попытки сделать ставку на т. н. умеренные силы провалилась. Национальные общины Боснии отдали свои голоса тем партиям и лидерам, которые возглавляли их во время войны. В Федерации БиГ победили правящая мусульманская Партия демократического действия (54,4% голосов) и Хорватское демократическое содружество (23,4%), а в Республике Сербской - Сербская демократическая партия (54,9%). Представители этих партий получили большинство мест в выборных органах всех уровней. Членами первого Президиума Боснии были избраны лидеры победивших на выборах партий - босниец А. Изетбегович, серб М. Краишник и хорват К. Зубак. Президентом Республики Сербской была избрана Биляна Плавшич, бывшая прежде заместителем Р. Караджича. Поддержка населением Боснии партий, придерживавшихся однозначно национальных программ, сохранялась и в дальнейшем. Ее не изменил даже добровольный уход в отставку в середине 2000 г. по состоянию здоровья А. Изетбеговича.
В 2002 г. в Боснии и Герцеговине фактически была проведена конституционная реформа. В ее результате Республика Сербская перестала быть только сербским образованием, теперь она считается "образованием сербов, боснийцев, хорватов и других народов". Населению РС запретили проведение референдумов, в том числе и по вопросу о самоопределении. У президента РС и спикера парламента появились заместители - босниец и хорват, в правительстве РС было зарезервировано 5 мест для боснийцев и 3 места для хорватов.
Той же цели - ограничению автономных прав РС - послужили военная и полицейская реформы. Под угрозой ликвидации Республики Сербской лидеров боснийских сербов заставили согласиться на общие с Федерацией БиГ армию и полицию. В ноябре 2005 г. представителями всех основных партий БиГ была подписана Вашингтонская конституционная декларация о первой фазе новых конституционных изменений. Однако в апреле 2006 г. парламент не утвердил предложенные конституционные поправки.
1 октября 2006 г. в Боснии и Герцеговине состоялись очередные, уже шестые после Дейтонских общие выборы. Новый Президиум Боснии и Герцеговины составили Харис Силайджич (Партия за БиГ) от боснийцев, Небойша Радманович (Союз независимых социал-демократов) от сербов и Желько Комшич (Социал-демократическая партия) от хорватов.
В Республике Сербской победу на всех уровнях одержал Союз независимых социал-демократов, возглавляемый премьер-министром РС Милорадом Додиком. Представитель независимых социал-демократов Милан Елич стал новым президентом Республики Сербской. В Федерации Боснии и Герцеговине больше всех голосов получили Партия демократического действия, Партия за БиГ и Хорватское демократическое содружество.
Гражданская война нанесла серьезный ущерб экономике Боснии и Герцеговины. Около 80% предприятий легкой промышленности, которая преобладала в экономике республики, были повреждены или разрушены. Уровень безработицы достиг самых высоких показателей после второй мировой войны, в конце 1996 г. она составила 180 тыс. человек. В том же году импорт товаров более чем в 10 раз преобладал над экспортом.
Определенные надежды на изменение экономической ситуации связывались с Дейтонскими соглашениями и отменой эмбарго против Республики Сербской. И они в существенной мере оправдались. Благодаря международной программе реконструкции БиГ получила в 1996-2000 гг. кредиты на сумму более 5 млрд долларов. Эти средства существенно облегчили процесс восстановления экономики. Удалось стабилизировать национальную финансовую систему, ввести собственную валюту и обеспечить ее конвертируемость, реструктурировать внешний долг. Принятие закона о приватизации положило начало реструктуризации промышленности.
Однако последствия межэтнического конфликта до сих пор продолжают оказывать негативное влияние на развитие Боснии и Герцеговины, довоенный уровень развития экономики не достигнут. Во многом это объясняется тем, что на территории этой республики находилась значительная часть военной промышленности СФРЮ, спрос на продукцию которой сейчас невелик. Конверсия предприятий оборонного профиля требует значительных инвестиций, которых в государстве нет. Пока что БиГ не является привлекательной для иностранных туристов, как соседние Хорватия, Словения и Черногория.
До подписания Дейтонских соглашений каждая из боснийских национальных общин искала для себя собственных союзников. Республика Сербская - в Сербии и частично в России, мусульмане - на Западе и в мусульманском мире, хорваты - в Хорватии и на Западе. После Дейтонских соглашений говорить о единой и тем более самостоятельной внешней политики Боснии и Герцеговины по-прежнему трудно. Тем не менее, главными внешнеполитическими партнерами БиГ стали США и страны ЕС. В настоящее время государство стремится присоединиться к программе "Партнерство ради мира", а в будущем надеется стать членом и НАТО, и ЕС. В конце 2005 г. Евросоюз принял решение о начале процесса сближения этого государства с объединенной Европой.