Босния и Герцеговина (БиГ) являлась единственной республикой в СФРЮ, созданной по историко-географическому, а не этническому принципу. К 1991 г. славяно-мусульманское население республики (с середины 90-х годов их стали называть боснийцами, бошняками) составляло около 44%; сербское ― 32% и хорватское ― 17%.
Первые многопартийные выборы в Боснии и Герцеговине прошли в ноябре 1990 г. На них победила хрупкая коалиция оппозиционных национальных партий - представлявшая боснийских мусульман Партия демократического действия (ПДД), Сербская демократическая партия (СДП) и Хорватское демократическое содружество (ХДС). После выборов лидеры этих партий сформировали правительство во главе с хорватом Юре Пеливаном. Парламент возглавил серб Момчило Краишник. Председателем Президиума Боснии и Герцеговины стал лидер боснийских мусульман Алия Изетбегович (1925-2003). В отличие от других лидеров государств и государственных образований, возникших на территории бывшей Югославии, он никогда не был членом КПЮ или СКЮ. Более того, за сотрудничество с немецкими оккупантами Изетбегович после войны был приговорен к тюремному заключению. Во второй раз его осудили в 1983 г. за сочинение "Исламской декларации", призывавшей к созданию в Боснии исламского государства.
Коалиция трех партий основных национальных общин Боснии распалась уже в начале 1991 г., в том числе и из-за начавшейся войны в соседней Хорватии. В октябре 1991 г. мусульманские депутаты республиканского парламента обвинили югославские власти в развале федерации и провозгласили независимость Боснии и Герцеговины. Сербские депутаты в знак протеста покинули парламент и созвали "скупщину сербского народа в БиГ". В ноябре в сербских общинах Боснии был проведен плебисцит. Абсолютное большинство его участников (92%) высказались за сохранение обновленного югославского государства.9 января 1992 г. боснийские сербы провозгласили создание собственного государственного образования ― Республики Сербской (РС). Ее президентом был избран врач-психиатр и поэт Радован Караджич.
Мусульманские и хорватские депутаты скупщины БиГ также приняли решение провести референдум, но уже с вопросом о суверенитете и независимости Боснии. В голосовании, проходившем 29 февраля и 1 марта 1992 г., участвовало 63,4% избирателей. Более 60% из них высказались за суверенную Боснию и Герцеговину. Боснийские сербы референдум бойкотировали. Сразу же после подсчета голосов руководство Боснии и Герцеговины во главе с А. Изетбеговичем фактически провозгласило независимость этой республики и обратилось к Европейскому сообществу с просьбой о ее признании.
В феврале 1992 г. на конференции под патронатом Европейского сообщества в Лиссабоне лидеры всех трех боснийских общин начали переговоры, завершившиеся 18 марта 1992 г. подписанием "Основных принципов конституционного устройства БиГ". Предполагалось, что Босния останется единым государством с тремя административными единицами, созданными по национальному признаку. Однако 6 апреля 1992 г. последовало неожиданное признание странами ЕС Боснии и Герцеговины. Этот акт перечеркнул подписанное соглашение и все другие планы политического урегулирования назревающего межэтнического конфликта.
Представители боснийских мусульман, решив главную для себя задачу, покинули Лиссабонскую конференцию. Отсутствие договоренностей делало вооруженный межнациональный конфликт неизбежным. Уже с начала марта 1992 г. происходили спорадические вооруженные стычки на национальной почве в местах смешанного проживания мусульман, сербов и хорватов. Кроме того, мусульманские военизированные формирования начали блокировать дислоцированные в Боснии гарнизоны Югославской народной армии, нападать на военные колонны, покидавшие республику. В апреле военные действия охватили всю территорию Боснии и Герцеговины.
В начале июля 1992 г. хорватское население республики (концентрировавшееся главным образом в Западной Герцеговине) также провозгласило создание своего государственного образования - Хорватской республики Герцег-Босна. Ее президентом стал лидер хорватской общины Крешимир Зубак.
Боевые действия в Боснии и Герцеговине велись между боснийскими сербами и мусульманами, боснийскими хорватами и мусульманами, боснийскими сербами и хорватами (в меньшей степени) и даже между различными группировками боснийских мусульман. Отношение всех сторон к противнику и мирному инонациональному населению отличалось крайней жестокостью. В мае 1992 г. правительство Югославии под давлением Запада вывело из БиГ все подразделения ЮНА. С этого времени прямая военная помощь боснийским сербам Югославией официально не оказывалась.30 мая 1992 г. в наказание за участие ЮНА в военных действиях в Боснии и Герцеговине против Югославии и Республики Сербской Советом Безопасности ООН были введены экономические и политические санкции.
Первый период боснийской войны, пришедшийся на 1992-1993 гг., характеризовался крупномасштабными боевыми действиями. Чересполосный характер проживания национальных общин в БиГ привел к тому, что главным в военных планах их руководителей стало соединение национальных районов и насильственное изгнание с контролируемых территорий представителей других национальностей. Международная общественность назвала подобные действия "этническими чистками". Успех сопутствовал боснийским сербам. Они смогли установить контроль над 70% территории всей БиГ, связанной между собой узким, пятикилометровым Посавинским коридором (в долине реки Сава на севере Боснии, в районе города Брчко). Сумела не только сохранить, но даже расширить свои довоенные позиции и хорватская община.
Больше всех возникшим территориальным размежеванием были недовольны боснийские мусульмане, выступавшие за превращение Боснии в унитарное государство. И если формально доминирование мусульман в Боснии соблюдалось (международное сообщество в качестве центральных признавало органы власти, созданные мусульманами), то на практике все выглядело по-иному. После периода крупномасштабных военных действий боснийские мусульмане контролировали лишь 1/5 территории Боснии и Герцеговины. Кроме того, на западе Боснии возникла не подчинявшаяся Сараево область боснийских мусульман во главе с Фикретом Абдичем - так называемая "Цазинская краина".
На Босния и Герцеговина первоначально не распространялся мандат миротворческих сил ООН. Туда было послано лишь 100 военных наблюдателей. Затем миротворцы во все большем количестве стали помогать в осуществлении поставок гуманитарной помощи и постепенно оказались втянутыми в войну. Боснийский конфликт оказался и в центре внимания НАТО, особенно американцев. В октябре 1992 г. ВВС альянса приступили к операции по контролю над соблюдением режима запретов на полеты над Боснией. С июня 1993 г. началась новая операция - по принудительному выполнению режима санкций и эмбарго на поставку оружия. Для этого в Адриатическое море были направлены военные корабли. С начала 1994 г. вооруженные силы НАТО активизировали свои действия против боснийских сербов.27 февраля в небе над Баня-Лукой два американских F-16 сбили 4 устаревших сербских самолета (это был первый бой НАТО за всю ее историю), а 10 и 11 апреля самолеты альянса нанесли бомбовые удары по позициям боснийских сербов около города Горажде. Боснийская война вступила в свой второй этап.
18 марта 1994 г. в Вашингтоне при непосредственном участии американцев было провозглашено создание Федерации Босния и Герцеговина, объединившей территории, контролируемые боснийскими мусульманами и хорватами, и получившей в обиходе название Мусульманско-хорватской федерации (МХФ). Вторым крупным шагом американской дипломатии стало инициирование создания международной Контактной группы по урегулированию в Боснии и Герцеговине из представителей США, Германии, Великобритании, Франции и России (позже, во время косовского конфликта, в нее вошли также представители Италии).
К середине 1994 г. контактная группа разработала очередной международный план мирного урегулирования для Боснии. Он касался территориального разграничения между Мусульманско-хорватской федерацией и Республикой Сербской. Разработчики плана исходили из необходимости предоставления 51% территории Боснии и Герцеговины мусульманам (боснийцам) и хорватам и 49% - боснийским сербам. Однако боснийские сербы, контролировавшие на тот момент большую часть территории БиГ, фактически отклонили это предложение Контактной группы. Одним из их главных аргументов явилось то, что Контактная группа не предоставила им проекта конституционного устройства будущей Боснии и Герцеговины.