Существуют косвенные данные и многочисленные свидетельства того, что И. Сталин собирался в марте 1953 г. устроить процесс над врачами, который должен был завершиться их публичной казнью, затем должны были произойти еврейские погромы, организованные представителями властей, а затем депортация евреев в отдаленные районы страны. По свидетельству историка Я. Этингера, существовал список, в котором точно указывалось, кто из врачей в каком крупном городе будет казнен. По другим сведениям, казнь еврейских врачей должна была осуществиться в Москве на Красной площади (на Лобном месте). Еще в начале 1950-х гг. была создана особая, подчиняющаяся И. Сталину комиссия под председательством начальника отдела агитации и пропаганды ЦК М. Суслова по подготовке депортации. По свидетельству секретаря комиссии Н. Полякова: «... в Биробиджане [в частности] форсированно строились барачные комплексы типа концлагерей и соответствующие территории разбивались на закрытые секретные зоны... По всей стране составлялись списки (отделами кадров — по месту работы, домоуправлениями — по месту жительства) всех лиц еврейской национальности, чтобы никого не пропустить. Было два вида списков — на чистокровных евреев и на полукровок. Депортация должна была осуществиться в два этапа — чистые в первую очередь, полукровки — во вторую». Тогдашний министр обороны Н. Булганин позднее рассказывал, что по приказу И. Сталина к столице и к другим крупным городам были подогнаны несколько сот военных эшелонов. Причем, по свидетельству Н. Булганина, И. Сталин хотел, чтобы во время движения эшелонов к местам назначения были организованы крушения и нападения на эшелоны отрядов «народных мстителей». Для осуществления высылки в некоторых крупных городах на товарные станции были введены дополнительные части внутренних войск. Видимо, для того, чтобы офицеры-евреи не могли организовать сопротивление депортируемых, их в массовом порядке переводили в части Дальневосточного военного округа и на Тихоокеанский флот.
По инициативе властей было организовано письмо представителей еврейской общественности И. Сталину («Письмо в редакцию»), в котором с возмущением констатировалось, что многие евреи заражены буржуазным духом, а арестованные врачи назывались «извергами рода человеческого» и для них «авторы» требовали самой суровой казни, но во избежание «справедливого гнева русского народа» просили И. Сталина защитить евреев высылкой их под охраной в отдаленные районы страны. Наиболее активную роль в сборе подписей играли два сотрудника «Правды» Д. Заславский и Я. Хавинсон (1901–92), вызывавшие в свои кабинеты тех, кто должен был подписать письмо, в том числе академиков И. Минца и М. Митина (1901–87). Некоторые из вызванных отказались подписать письмо, в том числе И. Эренбург, В. Каверин, генерал Я. Крейзер, композитор И. Дунаевский, певец М. Рейзен, историк профессор А. Ерусалимский. И. Эренбург тут же написал письмо И. Сталину, в котором говорилось об отрицательном воздействии «Письма в редакцию» на расширение и укрепление мирового движения за мир.
Антисемитская кампания в СССР вызвала волну осуждения в мире. В Западной Европе и США проходили бурные митинги протеста. Президент США Д. Эйзенхауэр и руководящие деятели Великобритании заявили, что никогда не вступали в контакт с арестованными врачами и никаких поручений им не давали. Крупнейшие врачи мира пытались организовать международный комитет для ознакомления с обвинениями, предъявленными врачам. Готовящаяся расправа над евреями СССР была сорвана благодаря смерти И. Сталина.