У гэты час з дазволу рускага цара магілёўскі шляхціц Канстанцін Паклонскі, які прысягнуў на вернасць Маскве, пачынае збіраць беларускі полк. Гэты полк (6 тыс. чалавек) удзельнічаў у штурме Магілёва, але дзякуючы Паклонскаму з горадам абышліся міласціва, нават захавалі самакіраванне. Абапіраючыся на Магілёў, Паклонскі ўмацоўвае свой полк, і тут ён сутыкаецца з інтарэсамі казакаў у Падняпроўі. Да таго ж і маскоўскія ўлады беспардоннымі паводзінамі і насіллем над жыхарамі адбіваюць у беларускага палкоўніка жаданне служыць акупантам. Паклонскі ўваходзіць у тайныя зносіны з Радзівілам, які восенню 1654 - зімой 1655 г. распачаў наступленне на пазіцыі рускіх. Радзівіл і Гансеўскі знялі аблогу са Старога Быхава, вызвалілі Оршу, Копысь, Дуброўна і падышлі да Магілёва. Ноччу 6 лютага 1655 г. Паклонскі адчыніў вароты горада, аднак далей знешнягя землянога вала войска ВкЛ пранікнуць не змагло. Радзівіл разам з Паклонскім адышлі да Бярэзіны, але канцлер Радзівіл падцвердзіў “палкоўніцтва" Паклонскага і ўзяў яго ў сваё войска.
Вясной 1655 г. пачалося новае наступленне рускай арміі. Былі заняты Мінск, Столін, Слонім, Клецк.26 ліпеня ў Ашмянскім павеце адбылася рашаючая бітва, ў якой войска Радзівіла было разбіта.31 ліпеня была захоплена і спалена Вільня, у жніўні Коўна і Гродна таксама былі акупіраваны. Уся Беларусь за выключэннем Старога Быхава, Бярэсця, Слуцка і Пінска кантралявалася маскоўскім царом. Гэта дало падставу Аляксею Міхайлавічу дадаць да свайго тытула, што ён самадзержац не толькі Вялікай, але яшчэ Малай і Белай Русі. Фактычна было абвешчана аб анэксіі тэрыторыі Вялікага княства Літоўскага.
Але становішча рускіх войск у ВкЛ было не такім трывалым. У адказ на рабаўніцтва і насільны вывад насельніцтва ў Расію пачаліся народныя паўстанні супраць рускіх. Восенню 1655 г. абвастрыліся адносіны паміж рускімі і казакамі І. Залатарэнкі, якія пратандавалі на далучэнне паўднёвай Беларусі да Украіны. У выніку сутычак, Залатарэнка быў забіты, і казакі адышлі да Хмяльніцкага. У тым жа 1655 г. шведы пачалі канцэнтраваць войскі ў Прыбалтыке - яны так сама распачалі вайну супраць Польшчы.
Кіраўніцтва ВкЛ у асобе канцлера Януша Радзівіла шукала выйсці з надзвычайна цяжкіх абставін. Выратаванне бачылася яму ў цесным саюзе са Швецыяй, нават у дзяржаўнай уніі з ёй.17 жніўня 1655 г. было заключана Кейданскае пагадненне аб пераходзе ВкЛ пад пратэктарат Швецыі, аб’яўляўся саюз супраць агульнага ворага, Швецыя абавязалася вярнуць ВкЛ страчаныя тэрыторыі. Люблінская ўнія касавалася. Кейданскую ўнію падпісала каля паўтысячы шляхціцаў і паноў, але астатнія захавалі вернасць каралю Яну Казіміру. Тым не менш, шведы выбілі рускіх з Браслава, Друі і Дрысы. Адначасова шведская армія захапіла ўсю Польшчу разам з Варшавай і Кракавам (кароль Ян Казімір схаваўся ў Сілезіі). Рэч Паспалітая аказалася падзеленай паміж Расіяй і Швецыяй, але згоды паміж імі не было - па Кейданскаму дагавору Швецыя павінна была адваяваць у Расіі тэрыторыю ВкЛ. Гэтым скарысталіся верныя каралю Яну Казіміру дзяржаўныя дзеячы, якія падпісалі ў кастрычніку 1656 г. перамір’е з Расіяй і саюз супраць Швецыі. Распачалася руска-шведская вайна 1657-1660 гг. і працягвалася польска-шведская вайна 1655-1660 гг. У Польшчы паднялося народнае паўстанне, і шведы былі выгнаны, рускія з пераменным поспехам дзейнічалі ў Лівоніі. Шведы ў красавіку 1656 г. вымушаны былі пакінуць тэрыторыю ВкЛ, што азначала канец Кейданскай уніі. Да таго, большая частка шляхты і паноў пад кіраўніцтвам Сапегаў выступіла супраць Януша Радзівіла і шведаў.
У 1657 г. памёр Б. Хмяльніцкі і сітуацыя на Украіне змянілася карэнным чынам. Новы гетман Іван Выгоўскі ў 1658 г. падпісаў з палякамі Гадзяцкі дагавор, па якому Украіна пераходзіла на бок Рэчы Паспалітай, і на Беларусі атрад казацкага палкоўніка Івана Нячая пачаў ваяваць супраць рускіх войск. Аднак у канцы 1659 г. атрад Нячая быў разбіты рускімі, а на Украіне гетмана Выгоўскага замянілі Юрыем Хмяльніцкім - сынам Багдана Хмяльніцкага. Ён аднавіў саюз з Масквой, але рэальнай помачы рускаму цару не аказваў. Тым часам з 1659 г. узнавіліся паходы рускіх войскаў на Беларусь, былі захоплены Гародня і Бярэсце. Зараз яны адкрыта рабавалі і вынішчалі гарады і вёскі, насельніцтва выводзілі ў палон, асабліва актыўна адшуквалі рамеснікаў і майстроў, якіх вывозілі ў Маскву. Аднак гэта былі апошнія поспехі акупантаў. Сярод іх - захоп 25 чэрвеня 1660 г. Пінска.
Вясной 1660 г. Рэч Паспалітая і Швецыя падпісалі Оліўскае пагадненне аб міры, па якому першая канчаткова адмаўлялася ад уладанняў у Прыбалтыке (Ліфляндыі). Тым жа годам (1660) Юры Хмяльніцкі так сама пайшоў на пагадненне з Польшчай, па якому ануляваліся рашэнні Пераслаўскай рады 1654 г. Рэч Паспалітая накіравала сілы супраць маскоўскіх войск. Руская армія на Украіне капітулявала амаль адразу, у 1660 г. У чэрвені 1660 г. войскі ВкЛ пад кіраўніцтвам П. Сапегі і полькае войска пад камандаваннем С. Чарнецкага ў некалькіх пераможных бітвах разбілі рускую армію.3 ліпеня 1660 г. быў вызвалены Мінск (на 1656 г. у ім лічылася толькі 156 жыхароў), рускія адступілі да Смаленска. У лютым 1661 г. супраць рускага гарнізона паўстаў Магілёў, па яго прыкладу адбыліся паўстанні ў Дзісне, Себежы, Гомелі і ншых гарадах. У пачатку лістапада пад Кушлікамі каля Дзісны была разбіта вялікая руская армія Хаванскага і Орды-Нашчокіна і другая армія каля Глыбокага, у выніку чаго была вызвалена 2 снежня сталіца ВкЛ Вільня. Далейшая барацьба прыняла зацяжны характар і доўжылася да 1667 г. У 1663 г. польская шляхта ў выніку мяцежа (“рокоша”) сарвала намер Яна Казіміра на генеральнае наступленне на Маскву, таму кароль пачаў перамовы, якія скончыліся 30 студзеня 1667 г. падпісаннем Андрусаўскага пагаднення аб перамір’і на 13,5 год. Згодна з яго ўмовамі, да Расіі адыходзіў Смаленск і Северская зямля з Чарнігавам і Старадубам, так сама і левабярэжная Ўкраіна з Кіевам. Вялікі палон з беларусаў так сама заставаўся ў Маскве.
Для Беларусі вайна 1654-1667 гг. з’явілася нацыянальнай катастрофай. Калі ў 1650 г. у ёй было 2,9 млн. жыхароў, то ў 1673 засталося толькі 1,4 млн. Больш паловы насельніцтва было вынішчана казакамі, рускімі, шведскімі ці польскімі войскамі. Шмат гараджан, асабліва рамеснікаў было насільна вывезена ў Расію, дзе яны працавалі на цара і баяр. Частка палонных беларусаў прадавалася на рабскіх рынках прычарнаморскіх гарадоў. Гаспадарка ляжала ў руінах, поўнасцю было вынішчана адукаванае беларускага мяшчанства, таму менавіта з гэтага часу беларуская культура і мова канчаткова перайшлі ў разрад другараднай, “сялянскай”, не здолелі канкураваць з “панскай” польскай культурай. Разам з культурай і мовай была страчана нацыянальная ідэя беларусаў і ВкЛ - як пераважна беларускай дзяржавы.
У Рэчы Паспалітай магнацкая анархія дасягнула піку развіцця. Менавіта ў 1655 г. упершыню было выкарыстана права “liberum veta”, а у 1663 г. мяцеж шляхты сарваў падрыхтаваны паход на Маскву. Вайна спрыяла ўзвышэнню ролі магнатаў у вырашэнні дзяржаўных спраў. Мелкая і сярэдняя шляхта канчаткова збяднела і ў гаспадарчым плане поўнасцю залежыла ад магнатаў, якія захавалі большую частку багаццяў і памесці якіх былі разбураны толькі часткова. Кароль Ян Казімір, які бачыў гэты разлад у дзяржаве, у 1668 г. адмовіўся ад кароны і выехаў у Францыю.
На элекцыйным сейме ў 1669 г. нечакана для многіх каралём выбралі маладога Міхаіла Карыбута Вішнявецкага (1669-1673 гг.), багацейшага магната Рэчы Паспалітай, які валодаў вялікімі латыфундыямі на Украіне. Адразу пасля выбрання каралю прыйшлося ваяваць з Турцыяй, якая здолела захапіць Правябярэжную Украіну (Левабярэжная Украіна была ўжо ў складзе Расіі). Пад час вайны Вішнявецкі нечакана памёр у лістападзе 1673 г. На прастол Рэчы Паспалітай пратандавалі каля дзесяці кандыдатаў, але абраны быў каронны гетман Ян Сабескі (1674-1696 гг.), які вылучыўся перамогамі над туркамі. У знешняй палітыке галоўным напрамкам дзейнасці Сабескага быў паўднёвы. Кароль Рэчы Паспалітай скалочваў антытурэцкую кааліцыю з еўрапейскіх краін, у якую запрасілі і Расію.12 верасня 1686 г. з Масквой быў заключаны “вечны мір”, умовы якога паўтаралі ўмовы Андрусаўскага перамір’я.
Ва ўнутрананых справах вялікі ўплыў атрымалі магнацкія групоўкі і каталіцкая царква. Пасля вайны з Расіяй апошнія праваслаўныя шляхціцы перайшлі ў каталіцтва, а на праваслаўе пачалося наступленне. У 1668, 1674 і 1677 гг. прынятымі пастановамі значна абмяжоўваліся правы праваслаўных, ім забаранялася займаць дзяржаўныя пасады, пакідаць межы дзяржавы, праводзіць набажэнствы. У 1676 г. праваслаўныя брацтвы былі пазбаўлены права зносін з канстантынопальскім патрыярхам, у 1699 г. забаранялі праваслаўным займаць пасады ў магістратах. Адначасова прыніжалася роля ВкЛ у агульнай дзяржаве - Рэчы Паспалітай. Насуперак рашэнням Люблінскага сейму 1569 г. толькі кожны трэці сейм праходзіў у Гродна, але і гэта чаргаванне часта зрывалася. У 1696 г. беларуская мова была пазбаўлена статуса дзяржаўнай мовы ВкЛ на карысць польскай.
Свавольства магнатаў у ВкЛ асабліва выразным стала падчас новай элекцыі пасля смерці Яна Сабескага. Буйныя валоданні магнатаў - “дзяржавы" ўключалі сотні вёсак і гарадоў, у тым ліку былых дзяржаўных, перададзеных феадалам за ваенныя даўгі. У “дзяржавах” магнаты выдавалі асабістыя законы, трымалі прыватнае войска - “надворныя харугвы" з залежнай шляхты. Пакуль кіраваў Сабескі, пераважную ролю ў дзяржаўным жыцці ВкЛ мелі Сапегі. Радзівілы пасля Кейданскага дагавору са Швецыяй некаторы час вядучых роляў не займалі, але яны разам з Пацамі і Агінскімі былі вельмі незадаволены ўзвышэннем Сапегаў. Таму са смерцю Сабескага супраць іх выступілі астатнія магнаты княства. Пачатак грамадзянскай вайны супаў з выбраннем каралём Фрыдрыха Аўгуста ІІ Саксанскага (1697-1733 гг. з перарывам у 1706-1709 гг.), які атрымаў прозвішча Моцны. Аўгуст ІІ спрабаваў прымірыць бакі нават з дапамогай цара Пятра, але беспаспяхова. Надворныя харугвы магнатаў Агінскіх і Сапегаў палілі маёнткі адзін аднаго па ўсёй Беларусі. Толькі 18 лістапада 1700 г. варожыя бакі сышліся для бітвы пад Алькенікамі, у якой Сапегі былі разбіты і выгнаны з дзяржавы. Пры падтрымке Агінскіх Аўгуст ІІ стаў выношваць праект аб пераўтварэнні ВкЛ у самастойную спадчынную манархію, але гэта не спадабалася шляхце і іншым магнатам, якія звярнуліся за дапамогай да рускага цара, нават паабяцалі яму права пратэктарату над княствам. Тым часам выгнаныя Сапегі падаліся да шведскага караля Карла XII - як раз пачыналася Паўночная вайна 1700-1721 гг.