Валуа пашчасціла - праз пяць месяцаў памёр яго брат, кароль Францыі, і Генрых збег у Парыж да французскай кароны. Пасля перамоў з Іванам Жахлівым і некаторымі іншымі прэтэндэнтамі, на новай элекцыі каралём быў абраны Стэфан Баторы, выдатны вайсковец і палітычны дзеяч. Ён так сама вымушаны быў зацвердзіць “pacta conventa” і “Генрыкавы артыкулы” - іх цяпер зацвярджалі ўсе каралі, абраныя на прастол Рэчы Паспалітай, уключна да Станіслава Аўгуста Панятоўскага.
Стэфан Баторы (кароль і вялікі князь у 1576-1586 гг.) адразу пачаў падрыхтоўку да ўзнаўлення ваенных дзеянняў з рускім царом. Апошні ў 1577 г. заняў усю Лівонію, што належыла Рэчы Паспалітай. Па рашэнню сейма 1578 г. была сабрана вялікая армія, пераважна з наёмнай пяхоты - немцаў і венграў, з моцнай артылерыяй. Да таго, у Рэчы Паспалітай Баторы правёў вайсковую рэформу - у склад арміі ўключылі частку дзяржаўных сялян, якія атрымалі па 1,5 валокі зямлі і абавязаны былі несці вайсковую павіннасць. У пачатку жніўня Баторы асадзіў Полацк, што было нечакана для рускага цара і праз тры тыдні штурмам узяў горад. Старажытная беларуская сталіца значна пацярпела як ад штурма рускіх, так і ад штурма венграў - галоўная страта - гэта знішчэнне бібліятэкі Сафійскага сабора і страта Полацкага летапісу.
Да канца 1579 г. былі разбураны ўсе крэпасці, што Іван Жахлівы пабудаваў на Полаччыне. У наступным 1580 г. войска Баторыя захапілі Вялікія Лукі і Веліж, а ў 1581 г. асадзілі Пскоў, але няўдала. У пачатку 1582 г. у Ям-Запольскім было заключана перамір’е, якім скончылася Лівонская вайна. Па ўмовах перамір’я за Рэчу Паспалітай заставаліся Полацк і ўсе былыя землі ВкЛ, а Расіі варочаліся рускія крэпасці. Вайна скончылася тым, з чаго пачалася, толькі беларускія землі былі разрабаваныя і вынішчаныя заваёўнікамі.
Акрамя ваенных поспехаў, С. Баторы вызначыўся ў духоўна-рэлігійнай сферы жыцця грамадства. Баторы садзейнічаў езуітам, у 1579 г. дазволіў пераўтварыць Віленскі калегіўм у акадэмію з правамі ўніверсітэта, а ў 1581 г. заснаваў езуіцкі калегіўм у Полацку.
Пад час падрыхтоўкі новай вайны з Масквой, Баторы нечакана памёр у 1586 г.
На прастол Рэчы Паспалітай зноў пратандавала некалькі кандыдатаў - цар маскоўскі Фёдар Іванавіч, германскі імператар Максіміліян і шведскі прынц Жыгімонт з каралеўскай дынастыі Ваза. Перамогу пры падтрымцы магнатаў ВкЛ атрымаў апошні прэтэндэнт, які быў каранаваны як Жыгімонт III Ваза (1587-1632 гг.). Па меркаваннях шматлікіх гісторыкаў, гэты гаспадар не вызначаўся ні розумам, ні здольнасцямі дзяржаўнага дзеяча. Але ён быў цалкам адданы каталіцтву, а езуіты атрымалі пры ім надзвычайныя перавагі і прывілегіі.
Пад час выбрання гаспадаром Рэчы Паспалітай, Жыгімонт вымушаны быў зацвердзіць трэці Статут ВкЛ, які быў выдадзены ў 1588 г. Бадай гэта была адзіная карысная справа, якую зрабіў гаспадар для княства. Па ініцыятыве езуітаў і са згоды праваслаўных іерархаў, якія баяліся страціць пасады, гвалтоўнымі метадамі была праведзена царкоўная ўнія ў 1596 г. Гэтая падзея раскалола грамадства на варожыя бакі і дала падставы для ўмяшальніцтва рускай дзяржавы ва ўнутраныя справы Рэчы Паспалітай у будучыне. Акрамя наступлення на праваслаўе, езуіты працягвалі барацьбу з пратэстантамі. Кнігі пратэстантаў паліліся, навучальныя ўстановы зачыняліся, а пратэстантаў-магнатаў пазбавілі магчымасці займаць вышэйшыя дзяржаўныя пасады.
Узмацненне рэлігійнага і сацыяльнага ўціску выклікала першае буйное казацка-сялянскае паўстанне пад кіраўніцтвам Севярына Налівайкі ў 1595-1596 гг., якое ахапіла частку Украіны і поўдзень Беларусі. Паўстанне было падаўлена, але яно паказала моц украінскіх казакаў і рост недавольства ў грамадстве.
У знешней палітыцы Жыгімонта за першымі поспехамі заўсёды адбываліся няўдачы. Жыгімонт пратандаваў на шведскі трон, за які ён ваяваў у 1601-1611 і 1614-1629 гг., абодва разы няўдала. Правалам скончыліся намаганні Жыгімонта і яго дарадцаў усталяваць кантроль над рускай дзяржавай.
Авантуры з Ілжэдзмітрыямі. Выбраны ў 1598 г. на маскоўскі прастол Барыс Гадуноў некаторымі баярскімі коламі абвінавачваўся ў забойстве царэвіча Дзмітрыя (адбылося ў 1591 г.), сына Івана Жахлівага - адзінага пасля Федара Іванавіча прадстаўніка правячай у Маскве дынастыі Рурыкавічаў. У цяжкі перыяд кіравання для Барыса (страшэнны голад 1601-1603 гг.) ў Рэчы Паспалітай з’явіўся чалавек, што выдаваў сябе за цудам жывога царэвіча Дзмітрыя Іванавіча. Гэтым авантурыстам быў беглы манах Грышка Атрэп’еў, які некаторы час працаваў пры патрыярхе Іоне і добра ведаў маскоўскі двор. Такі авантурыст быў падарункам для кіраўніцтва Рэчы Паспалітай, гэта дазваляла распаліць у маскоўскай дзяржаве грамадзянскую вайну і потым скарыстацца яе наступствамі. Жыгімонт ІІІ і канцлер ВкЛ Леў Сапега прыватным чынам падтрымалі намаганні Ілжэдзмітрыя і яго паплечнікаў, дазволілі сабраць прыватнае войска. За дапамогу яны патрабавалі ад будучага маскоўскага цара перадаць Рэчы Паспалітай Смаленшчыну, Северскае княства; жонцы - палячке Марыі Мнішак перадаць ў асабістае валоданне Пскоў і Ноўгарад; даць палякам перавагі ў гандлі; садзейнічаць распаўсюджванню каталіцтва ў Масковіі (асабіста “царэвіч” ужо быў католікам) і інш. На ўзроўні дзяржавы Рэч Паспалітая ў адносінах з Масквой захоўвала нейтралітэт.
У кастрычніку 1604 г. “войска" Ілжэдзмітрыя І уступіла ў Расію. Паўднёвыя гарады сустракалі “сапраўднага” цэвіча з хлебам-соллю. Пачаліся ваенныя сутычкі з царскім войскам, якія для самазванца скончыліся дрэнна. Дапамагла Ілжэдзмітрыю нечаканая смерць Барыса Гадунова ў красавіку 1605 г. Ён сабраў вялікае апалчэнне сярод рускіх гарадоў і ўжо летам быў у Маскве. Малалетні цар Фёдар Гадуноў разам з маткай быў задушаны, патрыярх Іоў - які асабіста ведаў Грышку Атрэп’ева - арыштаваны. Хутка народная радасць перарасла ў нянавісць. Новы “цар” не паважаў рускіх традыцый, рускай веры, а яго палякі наогул вызывалі непрыкрытую нянавісць масквічоў. Гэтым скарыстаўся ўплывовы баярын Васілій Іванавіч Шуйскі.17 мая 1606 г. адбылося паўстанне маскоўскага насельніцтва, “цар” быў забіты прыхільнікамі Шуйскага, палякі амаль усе перабіты (Марыну Мнішак з бацькам выратавалі баяры).
Народ не любіў Шуйскага, але прыхільнікі “пракрычалі" яго новым царом на Чырвонай плошчы і разгарачоная маскоўская чэрнь згадзілася. Новая ўлада ў Маскве была вельмі нестабільнай, чым зноў скарысталіся авантурысты. Летам 1607 г. з’явіўся новы “царэвіч Дзмітры" - настаўнік з Магілёўшчыны. Ён аб’яднаў атрады Ілжэдзмітрыя І, стаў рухацца на Маскву. Сталіцу захапіць ён не здолеў і абаснаваўся ў Тушыне, атрымаўшы прозвішча “тушынскі вор”. У гэты час прыватныя войскі Яна Сапегі і Аляксандра Лісоўскага пачалі беспаспяховую асаду Троіца-Сергіевага манастыра, якая цягнулася з верасня 1608 г. па студзень 1610 г.
Лагер “тушынскага вора” стаў другім адміністратыўным цэнтрам маскоўскай дзяржавы, якая раскалолася на некалькі частак. Сюды прыехалі Марына Мнішак з бацькам, якія “прызналі" ў Ілжэдзмітрыі ІІ “сапраўднага” Дзмітрыя. Становішча маскоўскага цара Васілія Шуйскага ўскладнілася, і ён запрасіў дапамогі ў шведаў. Ваенныя дзеянні пачаліся вясной 1609 г. паспяхова для Масквы і Швецыі. Ад “тушынцаў" была вызвалена значная тэрыторыя. Рэч Паспалітая знаходзілася ў стане вайны са Швецыяй (Жыгімонт дабіваўся шведскай кароны), таму ў верасні 1609 г. Жыгімонт распачаў адкрытую вайну супраць рускай дзяржавы і асадзіў Смаленск. Ілжэдзмітры ІІ стаў непатрэбны ўладам Рэчы Паспалітай і праз год быў забіты ў Калуге. Асада Смаленска цягнулася да чэрвеня 1611 г. Годам раней, у чэрвені 1610 г. баяры зверглі Шуйскага - яго войска было разбіта арміяй Рэчы Паспалітай, а шведы захапілі поўнач дзяржавы разам з Ноўгарадам. Маскоўскай “сямібаяршчынай" браты Шуйскія былі выдадзены Жыгімонту ІІІ. У кастрычніку 1611 г. былы цар быў паказаны на сейме ў Варшаве як “захоплены пад час бітвы" кіраўнік варожай дзяржавы, што не адпавядала рэчаіснасці.
Пасля звяржэння Шуйскага, у стане гетмана Жалкеўскага ў чэрвені 1610 г. пад Масквой было падпісана пагадненне аб прызванні на рускі прастол польскага каралевіча Уладзіслава. У верасні баяры ўпусцілі польскае войска ў Маскву. Крыху пазней пад Смаленск паехала прадстаўнічая дэлегацыя да Жыгімонта прасіць Уладзіслава на маскойскае царства. Кароль сам жадаў стаць рускім царом, патрабаваў здачы Смаленска і не прызнаў дагавора, падпісанага Жалкеўскім, таму пасольства правалілася, а паслы былі ўзяты пад ахову. Кіраўніцтва ў Маскве цалкам перайшло да пана Гансеўскага і палякаў.
У пачатку 1611 г. рускія сабралі першае апалчэнне, але з-за супярэчнасцяў у кіраўнікоў Маскву вызваліць яно не здолела. Тым часам войска Жыгімонта ІІІ у чэрвені 1611 г. штурмам заняла Смаленск. У восень 1611 г. на Паволжы пачало збірацца другое рускае апалчэнне, арганізатарам якога быў Кузьма Мінін. На пасаду ваеннага кіраўніка быў вылучаны князь Дзмітры Пажарскі. У жніўні 1612 г. яны ў маскоўскім Крамлі асадзілі войска Рэчы Паспалітай. Войскі апалчэння разбілі армію гетмана Хадкевіча, якая везла шмат правізіі і прыпасаў асаджаным у Крамлі. У апошніх не засталося выбару, як здацца апалчэнцам.
У студзені 1613 г. Земскі сабор у Маскве выбраў новага цара - Міхаіла Раманава, каралевіч Уладзіслаў быў пазбаўлены права на маскоўскі трон. Летам 1617 г. ён з войскам і атрадамі ўкраінскага гетмана Сагайдачнага пайшоў на Маскву, але Масквы ўзяць не здолеў. Было падпісана Дэўлінскае перамір’е на 14,5 год. Згодна з ім, ВкЛ атрымлівала Смаленскія землі, Карона Польская - Ноўгарад-Северскія і Чарнігаўскія землі. Быў праведзены абмен палоннымі. Уладзіслаў працягваў лічыць сябе маскоўскім царом. На гэтым усходні напрамак перастаў цікавіць Жыгімонта ІІІ Вазу. З 1614 па 1629 г. кароль ваяваў з Густавам Адольфам за шведскую карону, але беспаспяхова. Таксама беспаспяхова скончыліся яго намаганні па замацаванню цэнтральнай улады - у 1620 г. была арганізавана змова супраць караля. Наступленне на казацкія вольнасці вызвала вялікае паўстанне на Украіне ў 1630 г., якое было жорстка падаўлена.